Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1942
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1942, 496 aa
1>>>pF1KE1942 496 - 496 aa - 496 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7611+/-0.00117; mu= 15.8129+/- 0.069
mean_var=98.1933+/-18.713, 0's: 0 Z-trim(104.8): 132 B-trim: 10 in 2/48
Lambda= 0.129430
statistics sampled from 7909 (8062) to 7909 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 3.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS336.1 MATN1 gene_id:4146|Hs108|chr1 ( 496) 3190 606.8 1.7e-173
CCDS46226.1 MATN3 gene_id:4148|Hs108|chr2 ( 486) 931 185.0 1.6e-46
CCDS13348.1 MATN4 gene_id:8785|Hs108|chr20 ( 581) 859 171.6 2.1e-42
CCDS46607.1 MATN4 gene_id:8785|Hs108|chr20 ( 540) 823 164.8 2.1e-40
CCDS83309.1 MATN2 gene_id:4147|Hs108|chr8 ( 915) 805 161.7 3.2e-39
CCDS55265.1 MATN2 gene_id:4147|Hs108|chr8 ( 937) 805 161.7 3.2e-39
CCDS55264.1 MATN2 gene_id:4147|Hs108|chr8 ( 956) 805 161.7 3.3e-39
CCDS83099.1 COL21A1 gene_id:81578|Hs108|chr6 ( 954) 506 105.8 2.1e-22
CCDS55025.1 COL21A1 gene_id:81578|Hs108|chr6 ( 957) 506 105.9 2.1e-22
CCDS43482.1 COL12A1 gene_id:1303|Hs108|chr6 (3063) 490 103.3 4e-21
CCDS34938.1 COL14A1 gene_id:7373|Hs108|chr8 (1796) 481 101.4 8.6e-21
CCDS43481.1 COL12A1 gene_id:1303|Hs108|chr6 (1899) 472 99.8 2.9e-20
CCDS6376.1 COL22A1 gene_id:169044|Hs108|chr8 (1626) 447 95.0 6.5e-19
CCDS46628.1 COL20A1 gene_id:57642|Hs108|chr20 (1284) 421 90.1 1.6e-17
CCDS2773.1 COL7A1 gene_id:1294|Hs108|chr3 (2944) 421 90.4 2.9e-17
CCDS54349.1 VIT gene_id:5212|Hs108|chr2 ( 656) 393 84.6 3.6e-16
CCDS54348.1 VIT gene_id:5212|Hs108|chr2 ( 657) 393 84.6 3.6e-16
CCDS54347.1 VIT gene_id:5212|Hs108|chr2 ( 678) 393 84.6 3.7e-16
CCDS33180.1 VIT gene_id:5212|Hs108|chr2 ( 693) 393 84.6 3.7e-16
CCDS43553.1 COL28A1 gene_id:340267|Hs108|chr7 (1125) 374 81.3 6.3e-15
CCDS46911.1 COL6A6 gene_id:131873|Hs108|chr3 (2263) 350 77.0 2.4e-13
CCDS7589.2 VWA2 gene_id:340706|Hs108|chr10 ( 755) 329 72.7 1.6e-12
CCDS27.1 VWA1 gene_id:64856|Hs108|chr1 ( 445) 318 70.5 4.4e-12
CCDS45470.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1152) 319 71.0 7.9e-12
CCDS54004.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1153) 319 71.0 7.9e-12
CCDS9640.1 COCH gene_id:1690|Hs108|chr14 ( 550) 313 69.6 9.9e-12
CCDS32438.1 ITGAD gene_id:3681|Hs108|chr16 (1161) 317 70.6 1e-11
CCDS10711.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1163) 306 68.6 4.3e-11
CCDS67014.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1169) 306 68.6 4.3e-11
CCDS32433.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16 (1170) 302 67.8 7.2e-11
CCDS54439.1 COL6A3 gene_id:1293|Hs108|chr2 (1036) 299 67.2 9.7e-11
>>CCDS336.1 MATN1 gene_id:4146|Hs108|chr1 (496 aa)
initn: 3190 init1: 3190 opt: 3190 Z-score: 3228.1 bits: 606.8 E(32554): 1.7e-173
Smith-Waterman score: 3190; 100.0% identity (100.0% similar) in 496 aa overlap (1-496:1-496)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRVLSGTSLMLCSLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFEKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MRVLSGTSLMLCSLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFEKV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGTMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGTMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 GLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAIGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAIGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 GSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVCIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVCIS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 SPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNVCSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRPENFELVKKFISQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNVCSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRPENFELVKKFISQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 IVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYMEKGTMTGAALKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYMEKGTMTGAALKY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LIDNSFTVSSGARPGAQKVGIVFTDGRSQDYINDAAKKAKDLGFKMFAVGVGNAVEDELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LIDNSFTVSSGARPGAQKVGIVFTDGRSQDYINDAAKKAKDLGFKMFAVGVGNAVEDELR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 EIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEEDPCACESLVKFQAKVEGLLQALTRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEEDPCACESLVKFQAKVEGLLQALTRK
430 440 450 460 470 480
490
pF1KE1 LEAVSKRLAILENTVV
::::::::::::::::
CCDS33 LEAVSKRLAILENTVV
490
>>CCDS46226.1 MATN3 gene_id:4148|Hs108|chr2 (486 aa)
initn: 1200 init1: 827 opt: 931 Z-score: 948.5 bits: 185.0 E(32554): 1.6e-46
Smith-Waterman score: 931; 54.0% identity (79.2% similar) in 274 aa overlap (24-292:68-335)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRVLSGTSLMLCSLLLLLQALCSPGLAPQSRGH-LCRTRPTDLVFVVDSSRSV
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CCDS46 RLETRGPGGSPGRRPSPAAPDGAPASGTSEPGRA---RGAGVCKSRPLDLVFIIDSSRSV
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 RPVEFEKVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQ
::.:: :::.:.:..:..::.:: :::..:::::::: ::.:.:...: .: ::: ::
CCDS46 RPLEFTKVKTFVSRIIDTLDIGPADTRVAVVNYASTVKIEFQLQAYTDKQSLKQAVGRIT
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 PLSTGTMTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASG
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CCDS46 PLSTGTMSGLAIQTAMDEAFTVEAGAREPSSNIPKVAIIVTDGRPQDQVNEVAARAQASG
160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 VELFAIGVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDH
.::.:.:: .: :.:...:::: .::: :::.:.:::::: .:::.::.. : :. : :
CCDS46 IELYAVGVDRADMASLKMMASEPLEEHVFYVETYGVIEKLSSRFQETFCAL-DPCVLGTH
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280
pF1KE1 DCEQVCISS-PGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNV---CSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRP
.:..::::. :.. : : .:.:::.: :::.. :. . . . . . . : : : .
CCDS46 QCQHVCISDGEGKHHCECSQGYTLNADKKTCSALDRCALN--THGCEHICVNDRSGSYHC
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 ENFELVKKFISQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYM
: .:
CCDS46 ECYEGYTLNEDRKTCSAQDKCALGTHGCQHICVNDRTGSHHCECYEGYTLNADKKTCSVR
340 350 360 370 380 390
>>CCDS13348.1 MATN4 gene_id:8785|Hs108|chr20 (581 aa)
initn: 1567 init1: 618 opt: 859 Z-score: 874.8 bits: 171.6 E(32554): 2.1e-42
Smith-Waterman score: 1333; 45.0% identity (66.1% similar) in 522 aa overlap (10-448:4-521)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE
.:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: :::
CCDS13 MRGLLCWPVLLLLLQPWETQL---QLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT
.. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. ::
CCDS13 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI
:::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:.
CCDS13 MTGLAIQYAMNVAFSVAEGARPPEERVPRVAVIVTDGRPQDRVAEVAAQARARGIEIYAV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVC
:: .: ..:: .:: : :::: :::...:.... .:: .:.. :::: : : ::. :
CCDS13 GVQRADVGSLRAMASPPLDEHVFLVESFDLIQEFGLQFQSRLCAI-DLCAEGTHGCEHHC
180 190 200 210 220 230
240 250
pF1KE1 ISSPGSYTCACHEGFTLNSD----------------------------------------
..::::: : :. ::.:..:
CCDS13 VNSPGSYFCHCQVGFVLQQDQRSCRAIDYCSFGNHSCQHECVSTPGGPRCHCREGHDLQP
240 250 260 270 280 290
260 270 280
pF1KE1 -GKTCNV---CSG---------------------------GGGSSAT-------DLVFLI
:..:.: :.: . :.: . :::.:.
CCDS13 DGRSCQVRDLCNGVDHGCEFQCVSEGLSYRCLCPEGRQLQADGKSCNRCREGHVDLVLLV
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 DGSKSVRPENFELVKKFISQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKA
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CCDS13 DGSKSVRPQNFELVKRFVNQIVDFLDVSPEGTRVGLVQFSSRVRTEFPLGRYGTAAEVKQ
360 370 380 390 400 410
350 360 370 380 390
pF1KE1 AVRNMSYMEKGTMTGAALKYLIDNSFTVSSGARPGA---QKVGIVFTDGRSQDYINDAAK
:: . :::.::::: ::......::. ..:::: : .::.::::::::: :. :
CCDS13 AVLAVEYMERGTMTGLALRHMVEHSFSEAQGARPRALNVPRVGLVFTDGRSQDDISVWAA
420 430 440 450 460 470
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 KAKDLGFKMFAVGVGNAVEDELREIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEEDP
.::. :. :.:::::.::: :::::::::. : :. :: :.... ..:.
CCDS13 RAKEEGIVMYAVGVGKAVEAELREIASEPAELHVSYAPDFGTMTHLLENLRGSICPEEGI
480 490 500 510 520 530
460 470 480 490
pF1KE1 CACESLVKFQAKVEGLLQALTRKLEAVSKRLAILENTVV
CCDS13 SAGTELRSPCECESLVEFQGRTLGALESLTLNLAQLTARLEDLENQLANQK
540 550 560 570 580
>>CCDS46607.1 MATN4 gene_id:8785|Hs108|chr20 (540 aa)
initn: 1567 init1: 618 opt: 823 Z-score: 838.9 bits: 164.8 E(32554): 2.1e-40
Smith-Waterman score: 1491; 47.5% identity (70.8% similar) in 520 aa overlap (10-478:4-519)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE
.:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: :::
CCDS46 MRGLLCWPVLLLLLQPWET---QLQLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT
.. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. ::
CCDS46 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI
:::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:.
CCDS46 MTGLAIQYAMNVAFSVAEGARPPEERVPRVAVIVTDGRPQDRVAEVAAQARARGIEIYAV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVC
:: .: ..:: .:: : :::: :::...:.... .:: .:.. : :. :.:.:.. :
CCDS46 GVQRADVGSLRAMASPPLDEHVFLVESFDLIQEFGLQFQSRLCAI-DYCSFGNHSCQHEC
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KE1 ISSPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNV---CSG---------------------------G
.:.::. : :.:: :. ::..:.: :.: .
CCDS46 VSTPGGPRCHCREGHDLQPDGRSCQVRDLCNGVDHGCEFQCVSEGLSYRCLCPEGRQLQA
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE1 GGSSAT-------DLVFLIDGSKSVRPENFELVKKFISQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSS
:.: . :::.:.::::::::.::::::.:..:::: :::: . ..:::::.::
CCDS46 DGKSCNRCREGHVDLVLLVDGSKSVRPQNFELVKRFVNQIVDFLDVSPEGTRVGLVQFSS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370
pF1KE1 SVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYMEKGTMTGAALKYLIDNSFTVSSGARPGA---QK
:: ::::::. : ..: :: . :::.::::: ::......::. ..:::: : .
CCDS46 RVRTEFPLGRYGTAAEVKQAVLAVEYMERGTMTGLALRHMVEHSFSEAQGARPRALNVPR
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KE1 VGIVFTDGRSQDYINDAAKKAKDLGFKMFAVGVGNAVEDELREIASEPVAEHYFYTADFK
::.::::::::: :. : .::. :. :.:::::.::: :::::::::. : :. ::
CCDS46 VGLVFTDGRSQDDISVWAARAKEEGIVMYAVGVGKAVEAELREIASEPAELHVSYAPDFG
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480
pF1KE1 TINQIGKKLQKKICVEE---------DPCACESLVKFQAKVEGLLQALTRKLEAVSKRLA
:.... ..:. .:: :: .:: :::::.::... : :..::
CCDS46 TMTHLLENLRGSICPEEGISAGTELRSPCECESLVEFQGRTLGALESLTLNLAQLTARLE
480 490 500 510 520 530
490
pF1KE1 ILENTVV
CCDS46 DLENQLANQK
540
>>CCDS83309.1 MATN2 gene_id:4147|Hs108|chr8 (915 aa)
initn: 1453 init1: 646 opt: 805 Z-score: 817.7 bits: 161.7 E(32554): 3.2e-39
Smith-Waterman score: 806; 46.2% identity (73.6% similar) in 273 aa overlap (12-264:8-279)
10 20 30 40
pF1KE1 MRVLSGTSLMLCSLLLLLQALCSPGLAPQ-------SRGHLCRTRP-------------T
: ::.: : . :. : . :::. ::.: .
CCDS83 MEKMLAGCFLLILGQIVLLPAEARERSRGRSISRGRHARTHPQTALLESSCENKRA
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 DLVFVVDSSRSVRPVEFEKVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVS
::::..:::::: .. ::: :. .... ::.::..::::...:.::::.::::..
CCDS83 DLVFIIDSSRSVNTHDYAKVKEFIVDILQFLDIGPDVTRVGLLQYGSTVKNEFSLKTFKR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 KAALLQAVRRIQPLSTGTMTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDS
:. . .::.:.. ::::::::::::.:.. ::..:::.: .. .:...:::::::::
CCDS83 KSEVERAVKRMRHLSTGTMTGLAIQYALNIAFSEAEGARPLRENVPRVIMIVTDGRPQDS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 VQDVSARARASGVELFAIGVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAF
: .:.:.:: .:. .::::::.:: ::..:.:::...:: : ..: :: :. ::. .
CCDS83 VAEVAAKARDTGILIFAIGVGQVDFNTLKSIGSEPHEDHVFLVANFSQIETLTSVFQKKL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 CVVSDLCATGDHDCEQVCISSPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNVCSGGGGSSATDLVFLI
:. . .:.: .:.: . ::. ::::.: :..:. :::: :: .
CCDS83 CT-AHMCSTLEHNCAHFCINIPGSYVCRCKQGYILNSDQTTCRIQDLCAMEDHNCEQLCV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 DGSKSVRPENFELVKKFISQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKA
CCDS83 NVPGSFVCQCYSGYALAEDGKRCVAVDYCASENHGCEHECVNADGSYLCQCHEGFALNPD
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CCDS43 NFRTQAGMRPRARKIGVLITDGKSQDDVEAPSKKLKDEGVELFAIGIKNADEVELKMIAT
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CCDS43 DPDDTHAYNVADFESLSRIVDDLTINLCNSVKGPGDLEAPSNLVISERTHRSFRVSWTPP
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