Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1938
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1938, 480 aa
1>>>pF1KE1938 480 - 480 aa - 480 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4262+/-0.000984; mu= 16.9683+/- 0.059
mean_var=64.8774+/-13.152, 0's: 0 Z-trim(104.2): 15 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.159231
statistics sampled from 7758 (7768) to 7758 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.61), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 2.680
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3 ( 480) 3190 741.9 3.4e-214
CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7 ( 489) 1811 425.1 7.9e-119
CCDS35180.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9 ( 525) 415 104.5 2.9e-22
CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16 ( 453) 370 94.1 3.3e-19
>>CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3 (480 aa)
initn: 3190 init1: 3190 opt: 3190 Z-score: 3959.0 bits: 741.9 E(32554): 3.4e-214
Smith-Waterman score: 3190; 100.0% identity (100.0% similar) in 480 aa overlap (1-480:1-480)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAASVVCRAATAGAQVLLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVA
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CCDS27 MAASVVCRAATAGAQVLLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 SEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 SEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 NAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 NAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 DVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 DVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 QLLDLAQKHLGGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRDDALPFAHVAIAVEGPGWASPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 QLLDLAQKHLGGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRDDALPFAHVAIAVEGPGWASPD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 NVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSICYAETGLLGAHFVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 NVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSICYAETGLLGAHFVC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 DRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 DRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 GRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 GRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF
430 440 450 460 470 480
>>CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7 (489 aa)
initn: 1816 init1: 922 opt: 1811 Z-score: 2246.8 bits: 425.1 E(32554): 7.9e-119
Smith-Waterman score: 1811; 57.6% identity (86.4% similar) in 448 aa overlap (32-479:42-488)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 AASVVCRAATAGAQVLLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVAS
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CCDS57 SAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVAS
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 EQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHLN
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CCDS57 EDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHLN
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 AYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMRD
::..::.:.:: ::.:::::.:::.:.::.:: .: ...::.:: :::::::: ......
CCDS57 AYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQE
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQQ
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CCDS57 VVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHDE
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LLDLAQKHLGGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRDDALPFAHVAIAVEGPGWASPDN
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CCDS57 LLDLAKFHFGDSLCTH-KGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT
260 270 280 290 300 310
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 VALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSICYAETGLLGAHFVCD
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CCDS57 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLCHSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVCE
320 330 340 350 360 370
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 RMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYG
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CCDS57 SSTVADMLHVVQKEWMRLCTSVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLCYN
380 390 400 410 420 430
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 RRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF
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CCDS57 RRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGPIKQLPDFKQIRSNMCWLRD
440 450 460 470 480
>>CCDS35180.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9 (525 aa)
initn: 374 init1: 183 opt: 415 Z-score: 513.1 bits: 104.5 E(32554): 2.9e-22
Smith-Waterman score: 597; 31.0% identity (60.6% similar) in 452 aa overlap (47-475:66-510)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 LLRARRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWID
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CCDS35 GGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVDGQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILIN
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 VGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEK--EVESMGAHLNAYSTREHTAYYIK
:::.:.. .: ..:::.:::..: : : : .:. :. . ..:. : : ..
CCDS35 SGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSSTA-RFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVS
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 ALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMRD----VVFNYLHAT
: :: : .: ::.:.: . : : ..: : .. :.. : ..: .. ...: .
CCDS35 ADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEEVEMTRMAVQFELE--DLNLRPDPEPLLTEMIHEA
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 AFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQQLLDLAQKHL
:.. . .. :.::: :..: : :: ..: :::::..: :::..:.: :.:.:
CCDS35 AYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHSYLRNYYTPDRMVLAGVG-VEHEHLVDCARKYL
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290
pF1KE1 GGI-P-WTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIR-HRD--------DALP-FAHVAIAVEGPGWAS
:. : : :: . . ..::. . .:: .: ..:. ...:. ..
CCDS35 LGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKLERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLE
280 290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 PDNVALQVANAIIGHYDC-TYGG-GVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSI--CYAETGLL
: . . : : ..: . :: : . : : . : :. ... : : .::::
CCDS35 EDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMFSRLYLN-VLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLL
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 GAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIG
: : .. .:. .. ... . .. :. :.:. : . :. .:.. . ::.:
CCDS35 CIHASADPRQVREMVEIITKEFILMGGTVDTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVG
400 410 420 430 440 450
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 RSLL-TYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRS
:..: : .:..: : . : .: :... ::.. . ::::. : . .:: :..:..
CCDS35 RQVLATRSRKLP-HELCTLIRNVKPEDVKRVASKMLRGK-PAVAALGDLTDLPTYEHIQT
460 470 480 490 500
480
pF1KE1 GMFWLRF
..
CCDS35 ALSSKDGRLPRTYRLFR
510 520
>>CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16 (453 aa)
initn: 190 init1: 190 opt: 370 Z-score: 458.3 bits: 94.1 E(32554): 3.3e-19
Smith-Waterman score: 379; 23.5% identity (57.6% similar) in 469 aa overlap (15-466:2-448)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAASVVCRAATAGAQVLLRA---RRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGL
..: :: : .: .: ...::. : : . . . : :::
CCDS10 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGL
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 RVASEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMG
.:: .. .:. .:..: .:::.: .: :. ..:. . ::. . . . .:..:
CCDS10 VIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLE-------DSQIEKERDVILR
..:.. .:::. :: .. : :. .:.: ... .. . :.. .. : ..
CCDS10 GKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQ
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 EMQENDASMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMV
. : . :.. :::.:.... ::. . :. . :.. .: ....:. . ::.
CCDS10 NPQTH-------VIENLHAAAYRNA-LANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMA
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280
pF1KE1 LAAAGGVEHQQLLDLAQKHL---GGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRD-DALPFAH
: . : : : : ..:.. : ::. . :. . :.:::... :.: .:
CCDS10 LIGLG-VSHPVLKQVAEQFLNMRGGLGLSGAK--------ANYRGGEIREQNGDSL--VH
220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 VAIAVEGPGWASPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQT--F
.:...:. .: . :..: . ..: . :. . .: : . :::. : :.. :
CCDS10 AAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS-NTTSHLHQ-AVAKATQQPFDVSAF
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 SICYAETGLLGAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSA-TESEVARGKNILRNALVSHL
. :...::.: . . . :.. . .: . . ....: .:: :. . . .
CCDS10 NASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSV
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 DGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIE
... :..: . :. : .: . ..: : . . . .:.. : ..:. : .
CCDS10 ESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQ-KSMAASGNLG
390 400 410 420 430 440
470 480
pF1KE1 QLPDYNRIRSGMFWLRF
. :
CCDS10 HTPFVDEL
450
480 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 17:48:16 2016 done: Sun Nov 6 17:48:17 2016
Total Scan time: 2.680 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]