Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1932
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1932, 470 aa
1>>>pF1KE1932 470 - 470 aa - 470 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4172+/-0.000395; mu= 16.9482+/- 0.024
mean_var=64.7113+/-13.400, 0's: 0 Z-trim(112.3): 76 B-trim: 1084 in 1/49
Lambda= 0.159435
statistics sampled from 21111 (21188) to 21111 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.608), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 8.610
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002417 (OMIM: 601046) macrophage metalloelastas ( 470) 3235 753.1 3.6e-217
NP_002413 (OMIM: 185250,614466) stromelysin-1 prep ( 477) 1690 397.8 3.5e-110
NP_002416 (OMIM: 185260) stromelysin-2 preproprote ( 476) 1633 384.6 3.1e-106
NP_002412 (OMIM: 120353,226600,606963) interstitia ( 469) 1567 369.5 1.1e-101
NP_002415 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase is ( 467) 1526 360.0 7.8e-99
NP_001291370 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase ( 444) 1497 353.4 7.6e-97
XP_011541137 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 444) 1497 353.4 7.6e-97
NP_001291371 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase ( 444) 1497 353.4 7.6e-97
XP_016873260 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 444) 1497 353.4 7.6e-97
XP_011541136 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 476) 1497 353.4 8.1e-97
NP_001139410 (OMIM: 120353,226600,606963) intersti ( 403) 1472 347.6 3.8e-95
NP_002418 (OMIM: 250400,600108,602111) collagenase ( 471) 1459 344.6 3.4e-94
NP_004762 (OMIM: 604629,612529) matrix metalloprot ( 483) 1380 326.5 1e-88
XP_011541138 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 377) 1108 263.8 5.7e-70
NP_002414 (OMIM: 178990) matrilysin preproprotein ( 267) 817 196.8 5.9e-50
NP_068573 (OMIM: 605470) matrix metalloproteinase- ( 261) 644 157.0 5.6e-38
XP_011518521 (OMIM: 605470) PREDICTED: matrix meta ( 191) 627 153.1 6.4e-37
NP_004521 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV col ( 660) 628 153.5 1.6e-36
NP_001121363 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 610) 625 152.8 2.4e-36
NP_002420 (OMIM: 601807,611543) matrix metalloprot ( 508) 607 148.7 3.6e-35
NP_002419 (OMIM: 602261) matrix metalloproteinase- ( 669) 606 148.5 5.4e-35
NP_001289438 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 599 146.9 1.5e-34
NP_001289437 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 599 146.9 1.5e-34
NP_001289439 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 599 146.9 1.5e-34
XP_016883086 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 591) 545 134.4 8.1e-31
NP_005931 (OMIM: 185261) stromelysin-3 preproprote ( 488) 538 132.8 2.1e-30
XP_016880550 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 409) 537 132.5 2.1e-30
XP_011523534 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 494) 537 132.6 2.5e-30
XP_016874796 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 434) 526 130.0 1.3e-29
NP_057239 (OMIM: 602285) matrix metalloproteinase- ( 603) 526 130.1 1.7e-29
NP_004985 (OMIM: 120361,613073) matrix metalloprot ( 707) 520 128.7 5.1e-29
XP_016874798 (OMIM: 601807,611543) PREDICTED: matr ( 366) 510 126.3 1.4e-28
XP_016874797 (OMIM: 601807,611543) PREDICTED: matr ( 387) 510 126.3 1.5e-28
XP_011536659 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 499 123.8 1.1e-27
XP_011536658 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 499 123.8 1.1e-27
XP_011536657 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 499 123.8 1.1e-27
XP_011526802 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 556) 481 119.7 2.1e-26
XP_016883087 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 614) 481 119.7 2.2e-26
NP_006681 (OMIM: 604871) matrix metalloproteinase- ( 645) 481 119.7 2.3e-26
NP_005932 (OMIM: 602262) matrix metalloproteinase- ( 607) 477 118.8 4.2e-26
XP_016880552 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 468 116.6 1.2e-25
XP_016880551 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 468 116.6 1.2e-25
XP_016880553 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 468 116.6 1.2e-25
XP_011523533 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 390) 468 116.6 1.2e-25
NP_116568 (OMIM: 608417) matrix metalloproteinase- ( 393) 468 116.6 1.2e-25
XP_011523532 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 418) 468 116.7 1.3e-25
XP_011523528 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 468 116.7 1.3e-25
XP_011523531 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 468 116.7 1.3e-25
XP_011523530 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 468 116.7 1.3e-25
XP_011523529 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 468 116.7 1.3e-25
>>NP_002417 (OMIM: 601046) macrophage metalloelastase pr (470 aa)
initn: 3235 init1: 3235 opt: 3235 Z-score: 4019.8 bits: 753.1 E(85289): 3.6e-217
Smith-Waterman score: 3235; 100.0% identity (100.0% similar) in 470 aa overlap (1-470:1-470)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNLM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRINN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRINN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 YTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKGGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKGGI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPTY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 KYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGNKIFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGNKIFF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 FKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLISNLRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLISNLRP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 EPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGYPKLITK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGYPKLITK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE1 NFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
430 440 450 460 470
>>NP_002413 (OMIM: 185250,614466) stromelysin-1 prepropr (477 aa)
initn: 1514 init1: 807 opt: 1690 Z-score: 2099.1 bits: 397.8 E(85289): 3.5e-110
Smith-Waterman score: 1690; 51.4% identity (77.7% similar) in 479 aa overlap (1-470:1-477)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MKFLLILLLQATA-SGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNL
:: : :::: .: .: ::.... : ... . ..:::..: :. . .. : :: .
NP_002 MKSLPILLLLCVAVCSAYPLDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLKKDVKQFVRRKDSGPV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 MKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRIN
.: ::.:::.::::.:::.::..:::.:. :::::::: ::: .:: : ::: ..::::
NP_002 VK-KIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRKTHLTYRIV
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 NYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKGG
:::::. .. :: :..::..:: .:::: ::.. : :::.. :: ::::. ::: :.
NP_002 NYTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPFDGPGN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 ILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPT
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NP_002 VLAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTEALMYPL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 YKYV-DINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLP-------NPDNSEPALCDPNLSFDAV
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NP_002 YHSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCDPALSFDAV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 TTVGNKIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDK
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NP_002 STLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVFIFKGNQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 YWLISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMD
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NP_002 FWAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNSME
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 PGYPKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
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NP_002 PGFPKQIAEDFPGIDSKIDAVF-EEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHTLKSNSWLNC
420 430 440 450 460 470
>>NP_002416 (OMIM: 185260) stromelysin-2 preproprotein [ (476 aa)
initn: 1672 init1: 794 opt: 1633 Z-score: 2028.3 bits: 384.6 E(85289): 3.1e-106
Smith-Waterman score: 1633; 49.3% identity (76.4% similar) in 479 aa overlap (1-470:2-476)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYS-GN
:.. ...:: . .: ::..... : .: ....::::.:.:: . : ... . .:
NP_002 MMHLAFLVLLCLPVCSAYPLSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYYNLEKD---VKQFRRKDSN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRI
:. .::: ::.::::.:::.:::.:::.:. :::::::: :: .:: : ::: ..::::
NP_002 LIVKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKTHLTYRI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 NNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKG
:::::. :. :: ::.::..:: .:::: ::.. : :::.. :: ::::..::: :
NP_002 VNYTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFDGPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFP
::::. :: :. :: :::.:: :: ..::::::.:.::.:::::: ::.. .:.:.:
NP_002 HSLAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEALMYP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 TYK-YVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLP------NPDNSE-PALCDPNLSFDA
:. .... :::: ::. ::::::: : . . : :..:: :: ::: :::::
NP_002 LYNSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDPALSFDA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 VTTVGNKIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDD
..:. .. .:::::.:: . :. .:::..::.::: ..::::...:. ::.:: .
NP_002 ISTLRGEYLFFKDRYFWRRSHWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDTVFIFKGN
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 KYWLISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMM
..: : . . . .::..::..::: ..:::::: . . .::::. ..:::.:: : :
NP_002 EFWAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRFDENSQSM
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 DPGYPKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
. :.:.::. .: :. ::.:::. . . ..:::.::.:::.: . .:. ::::::. :
NP_002 EQGFPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFG-FFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKSNSWLHC
420 430 440 450 460 470
>>NP_002412 (OMIM: 120353,226600,606963) interstitial co (469 aa)
initn: 1389 init1: 738 opt: 1567 Z-score: 1946.3 bits: 369.5 E(85289): 1.1e-101
Smith-Waterman score: 1567; 49.1% identity (75.6% similar) in 468 aa overlap (4-470:7-466)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSG
::.::. ...: ..: .. ....: . ..::::.:.:. . : : . ::
NP_002 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFP--ATLETQEQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 NLMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYR
.. ::...::.:.::::::. :. ::..:. :::::::: .: :.: :.. ..:::
NP_002 PVV-EKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 INNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGK
:.:::::. : :::.::.::::.::::::: :.:.. :.:::.. :.:: : : :::
NP_002 IENYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GGILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMF
:: ::::: :: :::::::::::: ::.. :: .:.::.::::::.::.: :.:.
NP_002 GGNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 PTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGNK
:.: . . .:. ::: :::..:: .. . .:.. : :: .:.:::.::. ..
NP_002 PSYTFS--GDVQLAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQPIGPQT--PKACDSKLTFDAITTIRGE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 IFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLISN
..::::::. :.. .:.:: .:: ::.:.:::::. :..: .:: .::: ...
NP_002 VMFFKDRFYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
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pF1KE1 ILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNLMKEKIQ
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XP_011 EMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYRIRNYTPQL
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XP_011 SEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGPNGILAHAF
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190 200 210 220 230 240
pF1KE1 GPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPTYKYVDI
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XP_011 QPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGALMYPNYAFRET
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250 260 270 280 290 300
pF1KE1 NTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGNKIFFFKDRF
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XP_011 SNYSLPQDDIDGIQAIYGLSSNPIQPTGPSTPKP--CDPSLTFDAITTLRGEILFFKDRY
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pF1KE1 FWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLISNLRPEPNYP
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XP_011 FWRRHPQLQRVEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKGNQYWALSGYDILQGYP
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pF1KE1 KSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGYPKLITKNFQGI
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XP_011 KDISNYGFPSSVQAIDAAVFYRS--KTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPKSISGAFPGI
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pF1KE1 GPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
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XP_011 ESKVDAVF-QQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNCRYG
430 440 450 460 470
470 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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