Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1925
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1925, 462 aa
1>>>pF1KE1925 462 - 462 aa - 462 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4100+/-0.0004; mu= 10.7098+/- 0.025
mean_var=227.7374+/-50.041, 0's: 0 Z-trim(119.8): 457 B-trim: 1784 in 1/53
Lambda= 0.084988
statistics sampled from 33760 (34357) to 33760 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.403), width: 16
Scan time: 10.140
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000674 (OMIM: 104250) alpha-2C adrenergic recep ( 462) 3099 392.9 9.4e-109
NP_000672 (OMIM: 104210) alpha-2A adrenergic recep ( 465) 1308 173.3 1.2e-42
NP_000673 (OMIM: 104260,607876) alpha-2B adrenergi ( 450) 948 129.2 2.3e-29
XP_016872785 (OMIM: 126450,159900) PREDICTED: D(2) ( 443) 706 99.5 1.9e-20
NP_000786 (OMIM: 126450,159900) D(2) dopamine rece ( 443) 706 99.5 1.9e-20
NP_009163 (OMIM: 604525) histamine H3 receptor [Ho ( 445) 624 89.4 2.1e-17
XP_005260323 (OMIM: 604525) PREDICTED: histamine H ( 453) 624 89.5 2.1e-17
NP_000515 (OMIM: 109760,614674) 5-hydroxytryptamin ( 422) 567 82.4 2.5e-15
XP_005265876 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 328) 553 80.6 7.1e-15
XP_006714884 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 331) 553 80.6 7.2e-15
XP_005265875 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 366) 553 80.6 7.7e-15
XP_011532740 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 389) 553 80.7 8e-15
XP_011532739 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 402) 553 80.7 8.1e-15
NP_000670 (OMIM: 104220) alpha-1B adrenergic recep ( 520) 553 80.8 9.5e-15
XP_011532737 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 556) 553 80.9 1e-14
NP_000855 (OMIM: 182133) 5-hydroxytryptamine recep ( 377) 535 78.4 3.6e-14
XP_011542714 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 308) 524 77.0 8.1e-14
XP_016868585 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 317) 524 77.0 8.2e-14
XP_011542713 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 324) 524 77.0 8.3e-14
NP_001309433 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 342) 524 77.0 8.6e-14
NP_001309432 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 370) 524 77.1 9.1e-14
NP_001309431 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 372) 524 77.1 9.1e-14
NP_150645 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 429) 524 77.2 9.9e-14
XP_006716356 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 429) 524 77.2 9.9e-14
NP_150647 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 455) 524 77.2 1e-13
NP_000671 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 466) 524 77.2 1e-13
NP_150646 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 475) 524 77.2 1.1e-13
XP_016868584 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 524 77.2 1.1e-13
XP_006716355 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 524 77.2 1.1e-13
XP_016868583 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 524 77.2 1.1e-13
XP_011543044 (OMIM: 118510) PREDICTED: muscarinic ( 460) 522 77.0 1.2e-13
NP_000729 (OMIM: 118510) muscarinic acetylcholine ( 460) 522 77.0 1.2e-13
NP_000669 (OMIM: 104219) alpha-1D adrenergic recep ( 572) 514 76.1 2.8e-13
NP_000788 (OMIM: 126452,143465,601696) D(4) dopami ( 419) 491 73.1 1.6e-12
NP_000854 (OMIM: 182131) 5-hydroxytryptamine recep ( 390) 490 72.9 1.7e-12
NP_000856 (OMIM: 182132) 5-hydroxytryptamine recep ( 365) 477 71.3 4.9e-12
XP_011534091 (OMIM: 182132) PREDICTED: 5-hydroxytr ( 365) 477 71.3 4.9e-12
NP_001309138 (OMIM: 182134) 5-hydroxytryptamine re ( 366) 468 70.2 1.1e-11
XP_011531966 (OMIM: 182134) PREDICTED: 5-hydroxytr ( 366) 468 70.2 1.1e-11
NP_001309139 (OMIM: 182134) 5-hydroxytryptamine re ( 366) 468 70.2 1.1e-11
XP_005264808 (OMIM: 182134) PREDICTED: 5-hydroxytr ( 366) 468 70.2 1.1e-11
NP_001309137 (OMIM: 182134) 5-hydroxytryptamine re ( 366) 468 70.2 1.1e-11
NP_000857 (OMIM: 182134) 5-hydroxytryptamine recep ( 366) 468 70.2 1.1e-11
NP_000675 (OMIM: 109630,607276) beta-1 adrenergic ( 477) 469 70.5 1.1e-11
XP_016883112 (OMIM: 604525) PREDICTED: histamine H ( 399) 466 70.0 1.3e-11
NP_057658 (OMIM: 126450,159900) D(2) dopamine rece ( 414) 462 69.5 1.9e-11
NP_076917 (OMIM: 601305) 5-hydroxytryptamine recep ( 357) 456 68.7 2.9e-11
NP_387512 (OMIM: 126451,181500,190300) D(3) dopami ( 367) 455 68.6 3.2e-11
XP_016861318 (OMIM: 126451,181500,190300) PREDICTE ( 400) 455 68.7 3.4e-11
NP_001269492 (OMIM: 126451,181500,190300) D(3) dop ( 400) 455 68.7 3.4e-11
>>NP_000674 (OMIM: 104250) alpha-2C adrenergic receptor (462 aa)
initn: 3099 init1: 3099 opt: 3099 Z-score: 2073.4 bits: 392.9 E(85289): 9.4e-109
Smith-Waterman score: 3099; 100.0% identity (100.0% similar) in 462 aa overlap (1-462:1-462)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MASPALAAALAVAAAAGPNASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MASPALAAALAVAAAAGPNASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVGF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRAPQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANELMAYWYFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRAPQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANELMAYWYFG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 QVWCGVYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSVTQAVEYNLKRTPRRVKATIVAVWLISA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QVWCGVYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSVTQAVEYNLKRTPRRVKATIVAVWLISA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VISFPPLVSLYRQPDGAAYPQCGLNDETWYILSSCIGSFFAPCLIMGLVYARIYRVAKLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VISFPPLVSLYRQPDGAAYPQCGLNDETWYILSSCIGSFFAPCLIMGLVYARIYRVAKLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TRTLSEKRAPVGPDGASPTTENGLGAAAGAGENGHCAPPPADVEPDESSAAAERRRRRGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TRTLSEKRAPVGPDGASPTTENGLGAAAGAGENGHCAPPPADVEPDESSAAAERRRRRGA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LRRGGRRRAGAEGGAGGADGQGAGPGAAESGALTASRSPGPGGRLSRASSRSVEFFLSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LRRGGRRRAGAEGGAGGADGQGAGPGAAESGALTASRSPGPGGRLSRASSRSVEFFLSRR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 RRARSSVCRRKVAQAREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFPFFFSYSLYGICREACQVPGPLFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RRARSSVCRRKVAQAREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFPFFFSYSLYGICREACQVPGPLFK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE1 FFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGFRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGFRQ
430 440 450 460
>>NP_000672 (OMIM: 104210) alpha-2A adrenergic receptor (465 aa)
initn: 1463 init1: 768 opt: 1308 Z-score: 886.6 bits: 173.3 E(85289): 1.2e-42
Smith-Waterman score: 1515; 53.6% identity (73.0% similar) in 474 aa overlap (1-458:8-462)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MASPALAAALAVAAAAGPNASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAG
.: ..: .. :: ::: : .. :: : :. : :: ..
NP_000 MFRQEQPLAEGSFAPMGSLQPDAG-NASWNGTEAPGGGARAT------P---YSLQVTLT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LAAVVGFLIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRAPQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANEL
:. ..:.:...:: :::::.:::.:::::.:::::::::::::::::::::.:::::::.
NP_000 LVCLAGLLMLLTVFGNVLVIIAVFTSRALKAPQNLFLVSLASADILVATLVIPFSLANEV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 MAYWYFGQVWCGVYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSVTQAVEYNLKRTPRRVKATIV
:.:::::..:: .::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::::.:: :.
NP_000 MGYWYFGKAWCEIYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSITQAIEYNLKRTPRRIKAIII
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE1 AVWLISAVISFPPLVSLYRQPDGA----AYPQCGLNDETWYILSSCIGSFFAPCLIMGLV
.::.::::::::::.:. .. :. : :.: .::. ::..:::::::::::::: ::
NP_000 TVWVISAVISFPPLISIEKKGGGGGPQPAEPRCEINDQKWYVISSCIGSFFAPCLIMILV
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 YARIYRVAKLRTRTLSEKRAP---VGPDGASPTTENGLGAAAGAGENGHCAPP-PADVE-
:.:::..:: :::. .:.: ..: :.. :::: .:: .: : : :....
NP_000 YVRIYQIAKRRTRVPPSRRGPDAVAAPPGGTERRPNGLGPERSAGPGGAEAEPLPTQLNG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KE1 -PDESSAAAERRRRRGALRRGG-----RRRAGAEGGAGGADGQG-AGPGAAESGALTASR
: : . :. : :.... .: : . : :.: : . .. : :
NP_000 APGEPAPAGPRDTDALDLEESSSSDHAERPPGPRRPERGPRGKGKARASQVKPGDSLPRR
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 SPGPGGRLSRASSRSVEFFLSRRRRARSSVCRRKVAQAREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFP
.:: : . :.. . : : :..: : . : ::::::::::::.::::.::::
NP_000 GPGATGIGTPAAGPGEE----RVGAAKAS--RWRGRQNREKRFTFVLAVVIGVFVVCWFP
360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 FFFSYSLYGICREACQVPGPLFKFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRR
:::.:.: .. .:.:: :::::::.:::::::::::::.::.::::.::.:: : :
NP_000 FFFTYTLTAV---GCSVPRTLFKFFFWFGYCNSSLNPVIYTIFNHDFRRAFKKILCRGDR
410 420 430 440 450 460
460
pF1KE1 RGFRQ
.
NP_000 KRIV
>>NP_000673 (OMIM: 104260,607876) alpha-2B adrenergic re (450 aa)
initn: 1391 init1: 727 opt: 948 Z-score: 648.2 bits: 129.2 E(85289): 2.3e-29
Smith-Waterman score: 1377; 54.5% identity (71.8% similar) in 444 aa overlap (46-454:7-443)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 AGPNASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVGFLIVFTVVGNVLVVIA
::. :.:..::.. :::.::. ::.::..:
NP_000 MDHQDPYSVQATAAIAAAITFLILFTIFGNALVILA
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 VLTSRALRAPQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANELMAYWYFGQVWCGVYLALDVLFC
:::::.:::::::::::::.::::::::..::::::::..:::: ..:: ::::::::::
NP_000 VLTSRSLRAPQNLFLVSLAAADILVATLIIPFSLANELLGYWYFRRTWCEVYLALDVLFC
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 TSSIVHLCAISLDRYWSVTQAVEYNLKRTPRRVKATIVAVWLISAVISFPPLVSLYRQ-P
::::::::::::::::.:..:.::: ::::::.: :..::::.::::.:::. : :
NP_000 TSSIVHLCAISLDRYWAVSRALEYNSKRTPRRIKCIILTVWLIAAVISLPPLIYKGDQGP
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 DGAAYPQCGLNDETWYILSSCIGSFFAPCLIMGLVYARIYRVAKLRTRTLSEKRAPVGP-
. . ::: ::.:.::::.: ::::::::::: ::: ::: .:: .: :: ::
NP_000 QPRGRPQCKLNQEAWYILASSIGSFFAPCLIMILVYLRIYLIAKRSNRR--GPRAKGGPG
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290
pF1KE1 DGAS--PTTENG----------LGAAAGAGE-NGHCAPPPADVEPDESSAAAERRR---R
.: : : ..: :...:.: : ::: . .. : :. . :
NP_000 QGESKQPRPDHGGALASAKLPALASVASAREVNGH-SKSTGEKEEGETPEDTGTRALPPS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340
pF1KE1 RGALRRGGRRRAGAEGGAGGADGQGAG--------------PGAAESGALTASRSP--GP
.:: .:. : . :. ::. . . : :. . .: : :
NP_000 WAALPNSGQ---GQKEGVCGASPEDEAEEEEEEEEEEEECEPQAVPVSPASACSPPLQQP
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 GGRLSRASSRSVEFFLSRRRRARSSVCRRKVAQ-AREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFPFFF
: :. :. . .:.: : .. :. :: .::::::::::::.::::::::::::
NP_000 QGSRVLATLRG-QVLLGRGVGAIGGQWWRRRAQLTREKRFTFVLAVVIGVFVLCWFPFFF
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 SYSLYGICREACQVPGPLFKFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGF
:::: .:: . :.:: ::.::::::::::::::::::.:::::::.:..:: :
NP_000 SYSLGAICPKHCKVPHGLFQFFFWIGYCNSSLNPVIYTIFNQDFRRAFRRILCRPWTQTA
390 400 410 420 430 440
pF1KE1 RQ
NP_000 W
450
>>XP_016872785 (OMIM: 126450,159900) PREDICTED: D(2) dop (443 aa)
initn: 746 init1: 342 opt: 706 Z-score: 487.9 bits: 99.5 E(85289): 1.9e-20
Smith-Waterman score: 718; 32.9% identity (63.4% similar) in 423 aa overlap (55-452:38-441)
30 40 50 60 70 80
pF1KE1 ERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVGFLIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRA
:... .::. : ::::: .:: .::..
XP_016 WYDDDLERQNWSRPFNGSDGKADRPHYNYYATLLTLLIAVIVFGNVLVCMAVSREKALQT
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 PQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANELMAYWYFGQVWCGVYLALDVLFCTSSIVHLCA
: ..:::: ::.::::::::. . :... : :... : ....:::..::.::..:::
XP_016 TTNYLIVSLAVADLLVATLVMPWVVYLEVVGEWKFSRIHCDIFVTLDVMMCTASILNLCA
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 ISLDRYWSVTQAVEYNLKRTP-RRVKATIVAVWLISAVISFPPLVSLYRQPDGAAYPQCG
::.::: .:.. . :: . . ::: . : ::..: .:: : : .: ..: .:
XP_016 ISIDRYTAVAMPMLYNTRYSSKRRVTVMISIVWVLSFTISCPLLFGL----NNADQNECI
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 LNDETWYILSSCIGSFFAPCLIMGLVYARIYRVAKLRTRTLSEKRAPVGPDGASPTTENG
. . .. . :: . ::..: .. ::: .:: : . : . .. :: . .
XP_016 IANPAFVVYSSIV-SFYVPFIVTLLVYIKIYIVLRRRRKRVNTKR-----------SSRA
190 200 210 220 230
270 280 290 300 310
pF1KE1 LGAAAGAGENGHCAPPP-----ADVEPDESSAAAERRRRRGALRRGGRRRAGAEGGAGGA
. : : .:.:. : . . ...: ..::: ..: ::. . . ....
XP_016 FRAHLRAPLKGNCTHPEDMKLCTVIMKSNGSFPVNRRRVEAA-RRAQELEMEMLSSTSPP
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350
pF1KE1 D-----------GQGAGPGAAESGALTASRSPGPGGRLSRASS--RSVEFFL------SR
. : . : .. : .. ::. . ..:.. . ...: ..
XP_016 ERTRYSPIPPSHHQLTLPDPSHHGLHSTPDSPAKPEKNGHAKDHPKIAKIFEIQTMPNGK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 RRRARSSVCRRKVAQAREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFPFFFSYSLYGICREACQVPGPLF
: . ... :::..: .::. : .::.:.:::..::.:::... : : :..: :.
XP_016 TRTSLKTMSRRKLSQQKEKKATQMLAIVLGVFIICWLPFFITHILNIHCD--CNIPPVLY
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE1 KFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGFRQ
. : :.:: ::..::.:::.:: .::..: .::
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:... .::. : ::::: .:: .::..
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. . .. . :: . ::..: .. ::: .:: : . : . .. :: . .
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NP_000 SAFTWLGYVNSAVNPIIYTTFNIEFRKAFLKILHC
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. .. : ..: :.. :. : .::.: .. ::.: : . . .:
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>>XP_005260323 (OMIM: 604525) PREDICTED: histamine H3 re (453 aa)
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Smith-Waterman score: 640; 31.5% identity (59.4% similar) in 451 aa overlap (13-452:4-427)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MASPALAAALAVAAAAGP-NASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVG
: :: ::::: .: .: :.:: :: .::. .: :::...
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..:: .:. : ::.:: :. :.: .. ... ... : : :. :
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. :. : .: . :. .. .:... . :::....: ::: :. . . . . :.
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450
>>NP_000515 (OMIM: 109760,614674) 5-hydroxytryptamine re (422 aa)
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30 40 50 60 70 80
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. : . : .:.:. : :.: ..:.::.:.:..: : .: .: : ::::
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initn: 670 init1: 422 opt: 553 Z-score: 387.9 bits: 80.6 E(85289): 7.2e-15
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10 20 30 40 50
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110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 WLISAVISFPPLVSLYRQPDGAAYPQCGLNDETWYILSSCIGSFFAPCLIMGLVYARIYR
:..:.:::. ::.. ...: .::...: .: : : .:::. : .. ..: :.:
XP_006 WVLSTVISIGPLLG-WKEPAPNDDKECGVTEEPFYALFSSLGSFYIPLAVILVMYCRVYI
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 VAKLRTRTLSEKRAPVGPDGASPTTENGLGAAAGAGENGHCAPPPADVEPDESSAAAERR
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XP_006 VAKRTTKNLEAGVMKEMSNSKELTLRIHSKNFHEDTLSSTKAKGHNPRSSIAVKLFKFSR
230 240 250 260 270 280
462 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]