Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1914
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1914, 451 aa
1>>>pF1KE1914 451 - 451 aa - 451 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2584+/-0.000381; mu= 18.3512+/- 0.024
mean_var=69.9218+/-14.092, 0's: 0 Z-trim(112.2): 67 B-trim: 68 in 1/52
Lambda= 0.153380
statistics sampled from 21010 (21077) to 21010 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.609), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 8.870
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_110400 (OMIM: 612901,613112) tubulin beta-1 cha ( 451) 3020 677.6 1.9e-194
XP_016883574 (OMIM: 612901,613112) PREDICTED: tubu ( 429) 2860 642.2 8.1e-184
NP_006077 (OMIM: 600638,602661,614039) tubulin bet ( 450) 2437 548.6 1.3e-155
NP_006079 (OMIM: 602660) tubulin beta-4B chain [Ho ( 445) 2434 547.9 2e-155
NP_821133 (OMIM: 156610,191130,615771) tubulin bet ( 444) 2433 547.7 2.3e-155
NP_821080 (OMIM: 610031,612850) tubulin beta-2B ch ( 445) 2430 547.0 3.7e-155
NP_001276058 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain ( 444) 2424 545.7 9.2e-155
NP_006078 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain iso ( 444) 2424 545.7 9.2e-155
NP_001276056 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain ( 489) 2424 545.7 9.9e-155
NP_001276052 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain ( 495) 2424 545.7 1e-154
NP_001060 (OMIM: 615101,615763) tubulin beta-2A ch ( 445) 2416 543.9 3.1e-154
NP_115914 (OMIM: 615103) tubulin beta-6 chain isof ( 446) 2414 543.5 4.3e-154
NP_001290453 (OMIM: 615103) tubulin beta-6 chain i ( 446) 2414 543.5 4.3e-154
NP_817124 (OMIM: 616768,616780) tubulin beta-8 cha ( 444) 2388 537.7 2.3e-152
NP_001280141 (OMIM: 156610,191130,615771) tubulin ( 464) 2314 521.4 2e-147
NP_001280143 (OMIM: 156610,191130,615771) tubulin ( 400) 2144 483.7 3.8e-136
NP_001184110 (OMIM: 600638,602661,614039) tubulin ( 378) 2055 464.0 3.1e-130
NP_001280145 (OMIM: 156610,191130,615771) tubulin ( 372) 2047 462.2 1e-129
NP_001280144 (OMIM: 156610,191130,615771) tubulin ( 372) 2047 462.2 1e-129
NP_001276059 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain ( 372) 2046 462.0 1.2e-129
NP_001276060 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain ( 372) 2046 462.0 1.2e-129
NP_001290456 (OMIM: 615103) tubulin beta-6 chain i ( 374) 2038 460.2 4.1e-129
XP_011517761 (OMIM: 616768,616780) PREDICTED: tubu ( 372) 2019 456.0 7.6e-128
NP_001290457 (OMIM: 615103) tubulin beta-6 chain i ( 381) 1951 441.0 2.6e-123
NP_001290455 (OMIM: 615103) tubulin beta-6 chain i ( 409) 1943 439.2 9.4e-123
NP_001297244 (OMIM: 615101,615763) tubulin beta-2A ( 360) 1940 438.5 1.3e-122
XP_016871682 (OMIM: 616768,616780) PREDICTED: tubu ( 332) 1807 409.1 9.1e-114
XP_016871681 (OMIM: 616768,616780) PREDICTED: tubu ( 332) 1807 409.1 9.1e-114
NP_001290459 (OMIM: 615103) tubulin beta-6 chain i ( 300) 1634 370.8 2.8e-102
NP_001290458 (OMIM: 615103) tubulin beta-6 chain i ( 300) 1634 370.8 2.8e-102
XP_011517762 (OMIM: 616768,616780) PREDICTED: tubu ( 291) 1455 331.2 2.3e-90
NP_006073 (OMIM: 602530) tubulin alpha-1B chain [H ( 451) 1198 274.4 4.3e-73
NP_005991 (OMIM: 191110,616208) tubulin alpha-4A c ( 448) 1191 272.9 1.3e-72
NP_006000 (OMIM: 602529,611603) tubulin alpha-1A c ( 451) 1190 272.6 1.5e-72
NP_001257328 (OMIM: 602529,611603) tubulin alpha-1 ( 451) 1190 272.6 1.5e-72
NP_061816 (OMIM: 605742,613180) tubulin alpha-8 ch ( 449) 1186 271.7 2.7e-72
NP_005992 (OMIM: 602528) tubulin alpha-3C/D chain ( 450) 1179 270.2 7.9e-72
NP_001265481 (OMIM: 191110,616208) tubulin alpha-4 ( 433) 1135 260.5 6.6e-69
NP_001257329 (OMIM: 602529,611603) tubulin alpha-1 ( 416) 1095 251.6 2.9e-66
NP_001180343 (OMIM: 605742,613180) tubulin alpha-8 ( 383) 1029 237.0 6.8e-62
NP_001061 (OMIM: 191135,615412) tubulin gamma-1 ch ( 451) 980 226.2 1.4e-58
NP_057521 (OMIM: 605785) tubulin gamma-2 chain iso ( 451) 973 224.6 4.2e-58
XP_016860313 (OMIM: 191110,616208) PREDICTED: tubu ( 295) 753 175.8 1.3e-43
NP_001280142 (OMIM: 156610,191130,615771) tubulin ( 242) 648 152.5 1.1e-36
NP_001307438 (OMIM: 605785) tubulin gamma-2 chain ( 460) 629 148.5 3.5e-35
XP_016879942 (OMIM: 605785) PREDICTED: tubulin gam ( 298) 525 125.4 2.1e-28
XP_011522916 (OMIM: 605785) PREDICTED: tubulin gam ( 298) 525 125.4 2.1e-28
NP_057346 (OMIM: 607345) tubulin epsilon chain [Ho ( 475) 514 123.1 1.6e-27
XP_016879945 (OMIM: 605785) PREDICTED: tubulin gam ( 274) 488 117.2 5.7e-26
XP_016879946 (OMIM: 605785) PREDICTED: tubulin gam ( 274) 488 117.2 5.7e-26
>>NP_110400 (OMIM: 612901,613112) tubulin beta-1 chain [ (451 aa)
initn: 3020 init1: 3020 opt: 3020 Z-score: 3612.1 bits: 677.6 E(85289): 1.9e-194
Smith-Waterman score: 3020; 100.0% identity (100.0% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_110 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_110 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTLLMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_110 RHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTLLMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_110 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_110 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQLLSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_110 AACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQLLSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_110 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE1 EYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKGH
:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_110 EYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKGH
430 440 450
>>XP_016883574 (OMIM: 612901,613112) PREDICTED: tubulin (429 aa)
initn: 2860 init1: 2860 opt: 2860 Z-score: 3421.1 bits: 642.2 E(85289): 8.1e-184
Smith-Waterman score: 2860; 100.0% identity (100.0% similar) in 429 aa overlap (23-451:1-429)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTLLMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTLLMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVV
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTM
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQLLSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQLLSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
340 350 360 370 380 390
430 440 450
pF1KE1 EYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKGH
:::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKGH
400 410 420
>>NP_006077 (OMIM: 600638,602661,614039) tubulin beta-3 (450 aa)
initn: 2406 init1: 2406 opt: 2437 Z-score: 2914.9 bits: 548.6 E(85289): 1.3e-155
Smith-Waterman score: 2437; 78.2% identity (92.9% similar) in 450 aa overlap (1-450:1-448)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
:::::::: :::::::::::::.:..::::: .:. : : ::::::::::::: ..:::
NP_006 MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPSGNYVGDSDLQLERISVYYNEASSHKYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
:::.:::::::::::.::. .: ::.::.:. :.::::::::::::::::::...::.::
NP_006 PRAILVDLEPGTMDSVRSGAFGHLFRPDNFIFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTLLMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVV
:.: :.::::::::..:::::::::::::::..:.::::::::::.:::.::::::::::
NP_006 RKECENCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKVREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
:::::.::::::.::.: .:::::::::::::::::.:::::::::::: ::::.::::
NP_006 EPYNATLSIHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLATPTYGDLNHLVSATMSGVTTSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.: :::::::::.: :
NP_006 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTARGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQLLSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
:::: :.::::::: .:::.:: ::::.:.:..:..::: ::::::::::::::::::::
NP_006 AACDPRHGRYLTVATVFRGRMSMKEVDEQMLAIQSKNSSYFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
:.:..:::::.:::::.:.:.::.:.:::.::::.::::.:::: :: :::.:..::::
NP_006 LKMSSTFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE1 EYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKGH
::::.::: : ::. :. :. : : : .:
NP_006 EYQQYQDATA--EEEGEMYEDDEEESEAQGPK
430 440 450
>>NP_006079 (OMIM: 602660) tubulin beta-4B chain [Homo s (445 aa)
initn: 2456 init1: 2406 opt: 2434 Z-score: 2911.4 bits: 547.9 E(85289): 2e-155
Smith-Waterman score: 2434; 79.3% identity (93.3% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-443)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
::::::.: :::::::::::::.:..::::: .:. .: : ::::::.:::::: : :::
NP_006 MREIVHLQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLERINVYYNEATGGKYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
:::::::::::::::.::. .: .:.::.:: :.::::::::::::::::::...::.::
NP_006 PRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTLLMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVV
:.:.::::::::::..:::::::::::::::..::::::::::::.:::.::::::::::
NP_006 RKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
:::::.::.:::.::.: .:::::::::::::::::::::::::::::: ::::.:: :
NP_006 EPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::.: :::::::::.: :
NP_006 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQLLSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
:::: :.::::::: .:::.:: ::::.:.:.::..::: ::::::::::.:::::::::
NP_006 AACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
:.:.::::::.:::::.:.:.::.:.:::.::::.::::.:::: :: :::.:..::::
NP_006 LKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450
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::::.::: : ::. : :::: :
NP_006 EYQQYQDATA--EEEGEFEEEAEEEVA
430 440
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Smith-Waterman score: 2433; 79.1% identity (93.5% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-443)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
:::::::: :::::::::::::.:..::::: .:. .: : :::.::::::::: : :::
NP_821 MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLDRISVYYNEATGGKYV
10 20 30 40 50 60
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pF1KE1 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
:::.:::::::::::.::. .: .:.::.:: :.::::::::::::::::::...::.::
NP_821 PRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVV
70 80 90 100 110 120
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:.:.::::::::::..:::::::::::::::..::::::::::::.:::.::::::::::
NP_821 RKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVV
130 140 150 160 170 180
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pF1KE1 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
:::::.::.:::.::.: .:::::::::::::::::::::::::::::: ::::.:: :
NP_821 EPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::.: :::::.:::.: :
NP_821 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQVFDAKNMM
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:::: :.::::::: .:::.:: ::::.:.:.::..::: ::::::::::.:::::::::
NP_821 AACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRG
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pF1KE1 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
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NP_821 LKMAVTFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE1 EYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKGH
::::.::: : ::.:. :::: :
NP_821 EYQQYQDATA--EEEEDFGEEAEEEA
430 440
>>NP_821080 (OMIM: 610031,612850) tubulin beta-2B chain (445 aa)
initn: 2420 init1: 2420 opt: 2430 Z-score: 2906.6 bits: 547.0 E(85289): 3.7e-155
Smith-Waterman score: 2430; 79.6% identity (93.0% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-444)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
:::::::: :::::::::::::.:..::::: .:: .: : ::::::.:::::: : :::
NP_821 MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEATGNKYV
10 20 30 40 50 60
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pF1KE1 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
:::.:::::::::::.::. .: .:.::.:: :.::::::::::::::::::...::.::
NP_821 PRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVV
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:.::::::::::::..:::::::::::::::..::::::::::::.::::::::::::::
NP_821 RKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMPSPKVSDTVV
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pF1KE1 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
:::::.::.:::.::.: .:::::::::::::::::::::::::::::: ::::.:: :
NP_821 EPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL
190 200 210 220 230 240
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pF1KE1 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::.: ::::::::..: :
NP_821 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMM
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pF1KE1 AACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQLLSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
:::: :.::::::: ::::.:: ::::.:.:.::..::: ::::::::::.:::::::::
NP_821 AACDPRHGRYLTVAAIFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRG
310 320 330 340 350 360
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pF1KE1 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
:.:.::::::.:::::.:.:.::.:.:::.::::.::::.:::: :: :::.:..::::
NP_821 LKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE1 EYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKGH
::::.::: : :. : ::.: :
NP_821 EYQQYQDATAD-EQGEFEEEEGEDEA
430 440
>>NP_001276058 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain isof (444 aa)
initn: 2417 init1: 2417 opt: 2424 Z-score: 2899.5 bits: 545.7 E(85289): 9.2e-155
Smith-Waterman score: 2424; 79.1% identity (92.8% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-442)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
::::::.: :::::::::::::.:..::::: .:. .: : ::::::.:::::: : .::
NP_001 MREIVHLQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLERINVYYNEATGGNYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
:::::::::::::::.::. .: .:.::.:: :.::::::::::::::::::.. ::.::
NP_001 PRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDAVLDVV
70 80 90 100 110 120
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pF1KE1 RHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTLLMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVV
:.:.::::::::::..:::::::::::::::..:::::.::::::.:::.::::::::::
NP_001 RKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEFPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
:::::.::.:::.::.: .:::::::::::::::::::::::::::::: ::::.:: :
NP_001 EPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL
190 200 210 220 230 240
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pF1KE1 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::.: :::::::::.: :
NP_001 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQLLSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
:::: :.::::::: .:::.:: ::::.:.::::..::: ::::::::::.:::::::::
NP_001 AACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLSVQSKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
:.::::::::.:::::.:.:.::.:.:::.::::.::::.:::: :: :::.:..::::
NP_001 LKMAATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE1 EYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKGH
::::.::: : :. : :::: :
NP_001 EYQQYQDATA---EEGEFEEEAEEEVA
430 440
>>NP_006078 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain isoform (444 aa)
initn: 2417 init1: 2417 opt: 2424 Z-score: 2899.5 bits: 545.7 E(85289): 9.2e-155
Smith-Waterman score: 2424; 79.1% identity (92.8% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-442)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGIDLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYV
::::::.: :::::::::::::.:..::::: .:. .: : ::::::.:::::: : .::
NP_006 MREIVHLQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLERINVYYNEATGGNYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 PRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSFVHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVV
:::::::::::::::.::. .: .:.::.:: :.::::::::::::::::::.. ::.::
NP_006 PRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDAVLDVV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTLLMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVV
:.:.::::::::::..:::::::::::::::..:::::.::::::.:::.::::::::::
NP_006 RKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEFPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 EPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSL
:::::.::.:::.::.: .:::::::::::::::::::::::::::::: ::::.:: :
NP_006 EPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCL
190 200 210 220 230 240
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pF1KE1 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::.: :::::::::.: :
NP_006 RFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQLLSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRG
:::: :.::::::: .:::.:: ::::.:.::::..::: ::::::::::.:::::::::
NP_006 AACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLSVQSKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFKRKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVS
:.::::::::.:::::.:.:.::.:.:::.::::.::::.:::: :: :::.:..::::
NP_006 LKMAATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE1 EYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKGH
::::.::: : :. : :::: :
NP_006 EYQQYQDATA---EEGEFEEEAEEEVA
430 440
>>NP_001276056 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain isof (489 aa)
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Smith-Waterman score: 2424; 79.1% identity (92.8% similar) in 445 aa overlap (1-445:46-487)
10 20 30
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGI
::::::.: :::::::::::::.:..::::
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: .:. .: : ::::::.:::::: : .:::::::::::::::::.::. .: .:.::.:
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pF1KE1 VHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVVRHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTL
: :.::::::::::::::::::.. ::.:::.:.::::::::::..::::::::::::::
NP_001 VFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDAVLDVVRKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTL
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160 170 180 190 200 210
pF1KE1 LMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVVEPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDI
:..:::::.::::::.:::.:::::::::::::::.::.:::.::.: .::::::::::
NP_001 LISKIREEFPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDI
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pF1KE1 CFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGF
:::::::::::::::::::: ::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGF
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 APLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTMAACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQL
::::..::::::::.: :::::::::.: ::::: :.::::::: .:::.:: ::::.:.
NP_001 APLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQM
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pF1KE1 LSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRGLSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFK
::::..::: ::::::::::.::::::::::.::::::::.:::::.:.:.::.:.:::.
NP_001 LSVQSKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMAATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFR
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pF1KE1 RKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVSEYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKG
::::.::::.:::: :: :::.:..::::::::.::: : :. : :::: :
NP_001 RKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA---EEGEFEEEAEEEVA
440 450 460 470 480
pF1KE1 H
>>NP_001276052 (OMIM: 602662) tubulin beta-4A chain isof (495 aa)
initn: 2417 init1: 2417 opt: 2424 Z-score: 2898.8 bits: 545.7 E(85289): 1e-154
Smith-Waterman score: 2424; 79.1% identity (92.8% similar) in 445 aa overlap (1-445:52-493)
10 20 30
pF1KE1 MREIVHIQIGQCGNQIGAKFWEMIGEEHGI
::::::.: :::::::::::::.:..::::
NP_001 AVSAASSTLAAAAAPRARATAAASTLSATAMREIVHLQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGI
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 DLAGSDRGASALQLERISVYYNEAYGRKYVPRAVLVDLEPGTMDSIRSSKLGALFQPDSF
: .:. .: : ::::::.:::::: : .:::::::::::::::::.::. .: .:.::.:
NP_001 DPTGTYHGDSDLQLERINVYYNEATGGNYVPRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNF
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 VHGNSGAGNNWAKGHYTEGAELIENVLEVVRHESESCDCLQGFQIVHSLGGGTGSGMGTL
: :.::::::::::::::::::.. ::.:::.:.::::::::::..::::::::::::::
NP_001 VFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDAVLDVVRKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTL
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 LMNKIREEYPDRIMNSFSVMPSPKVSDTVVEPYNAVLSIHQLIENADACFCIDNEALYDI
:..:::::.::::::.:::.:::::::::::::::.::.:::.::.: .::::::::::
NP_001 LISKIREEFPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDI
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 CFRTLKLTTPTYGDLNHLVSLTMSGITTSLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGF
:::::::::::::::::::: ::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGF
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 APLTAQGSQQYRALSVAELTQQMFDARNTMAACDLRRGRYLTVACIFRGKMSTKEVDQQL
::::..::::::::.: :::::::::.: ::::: :.::::::: .:::.:: ::::.:.
NP_001 APLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQM
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 LSVQTRNSSCFVEWIPNNVKVAVCDIPPRGLSMAATFIGNNTAIQEIFNRVSEHFSAMFK
::::..::: ::::::::::.::::::::::.::::::::.:::::.:.:.::.:.:::.
NP_001 LSVQSKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMAATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFR
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 RKAFVHWYTSEGMDINEFGEAENNIHDLVSEYQQFQDAKAVLEEDEEVTEEAEMEPEDKG
::::.::::.:::: :: :::.:..::::::::.::: : :. : :::: :
NP_001 RKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA---EEGEFEEEAEEEVA
450 460 470 480 490
pF1KE1 H
451 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 21:16:13 2016 done: Sun Nov 6 21:16:14 2016
Total Scan time: 8.870 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]