Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1888
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1888, 416 aa
1>>>pF1KE1888 416 - 416 aa - 416 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2537+/-0.000873; mu= 14.1814+/- 0.053
mean_var=116.9660+/-22.841, 0's: 0 Z-trim(110.6): 17 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.118589
statistics sampled from 11688 (11698) to 11688 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.731), E-opt: 0.2 (0.359), width: 16
Scan time: 2.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 416) 2817 492.8 2.6e-139
CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 294) 1936 341.9 4.7e-94
CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 ( 501) 879 161.3 1.9e-39
CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 568) 788 145.8 1e-34
CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 543) 725 135.0 1.7e-31
CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 ( 557) 722 134.5 2.5e-31
CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 485) 671 125.7 9.6e-29
CCDS11243.1 TRAF4 gene_id:9618|Hs108|chr17 ( 470) 374 74.9 1.9e-13
CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11 ( 522) 373 74.7 2.3e-13
>>CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 (416 aa)
initn: 2817 init1: 2817 opt: 2817 Z-score: 2614.7 bits: 492.8 E(32554): 2.6e-139
Smith-Waterman score: 2817; 100.0% identity (100.0% similar) in 416 aa overlap (1-416:1-416)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MASSSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENPRNGEDQICPKCRGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MASSSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENPRNGEDQICPKCRGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DLQSISPGSRLRTQEKAHPEVAEAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTSQTSHLNLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 DLQSISPGSRLRTQEKAHPEVAEAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTSQTSHLNLLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 GFMKQWKARLGCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEELALQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GFMKQWKARLGCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEELALQH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 FMKEKLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASHLALATSIHQSQLDRERILSLEQRVVELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 FMKEKLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASHLALATSIHQSQLDRERILSLEQRVVELQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 QTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACGRTVSLFSPAFYTAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 QTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACGRTVSLFSPAFYTAK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 YGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVTFMLLDQNNREHAID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 YGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVTFMLLDQNNREHAID
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE1 AFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDTMFLKCIVETST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 AFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDTMFLKCIVETST
370 380 390 400 410
>>CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 (294 aa)
initn: 1936 init1: 1936 opt: 1936 Z-score: 1802.1 bits: 341.9 E(32554): 4.7e-94
Smith-Waterman score: 1936; 100.0% identity (100.0% similar) in 294 aa overlap (123-416:1-294)
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 VGCSFKGSPQSVQEHEVTSQTSHLNLLLGFMKQWKARLGCGLESGPMALEQNLSDLQLQA
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MKQWKARLGCGLESGPMALEQNLSDLQLQA
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 AVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEELALQHFMKEKLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEELALQHFMKEKLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASH
40 50 60 70 80 90
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 LALATSIHQSQLDRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LALATSIHQSQLDRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWK
100 110 120 130 140 150
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 ITNVTRRCHESACGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ITNVTRRCHESACGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGE
160 170 180 190 200 210
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 YDALLPWPFRNKVTFMLLDQNNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YDALLPWPFRNKVTFMLLDQNNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSK
220 230 240 250 260 270
400 410
pF1KE1 LQSPKHAYVKDDTMFLKCIVETST
::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LQSPKHAYVKDDTMFLKCIVETST
280 290
>>CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 (501 aa)
initn: 932 init1: 809 opt: 879 Z-score: 821.7 bits: 161.3 E(32554): 1.9e-39
Smith-Waterman score: 908; 42.3% identity (65.1% similar) in 392 aa overlap (34-415:159-499)
10 20 30 40 50
pF1KE1 SSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENPRNGED-----QICPKCR
:.: : : . : : : ..:::
CCDS70 CPLMLTECPACKGLVRLGEKERHLEHECPERSLSCRHC--RAPCCGADVKAHHEVCPKF-
130 140 150 160 170 180
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 GEDLQSISPGSRLRTQEKAHPEVAEAG---IGCPFAGVGC--SFKGSPQSVQEHEVTSQT
: . :.. .:: . .: : . : : ..:: . .: : :::::
CCDS70 --PLTCDGCGKKKIPREKFQDHVKTCGKCRVPCRFHAIGCLETVEGEKQ--QEHEVQWLR
190 200 210 220 230 240
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 SHLNLLLGFMKQWKARLGCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQ
:: .::. . ::. :. :.: : .:. : : : ::
CCDS70 EHLAMLLSSV----------LEAKPL-----LGD-QSHAGSE----LLQRC------ES-
250 260 270
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 EELALQHFMKEKLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASHLALATSIHQSQLDRERILSLE
:: : .::::: :::.::: .. . .: .::...: .:
CCDS70 ----------------LEKKTATFENIVCVLNREVERVAMTAEACSRQHRLDQDKIEALS
280 290 300 310
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 QRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACGRTVSLFS
..: .:..... :: :.. :::.. :: ...::.:.:::.. .:. .:.. :: ..::
CCDS70 SKVQQLERSIGLKDLAMADLEQKVLEMEASTYDGVFIWKISDFARKRQEAVAGRIPAIFS
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 PAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVTFMLLDQN
:::::..::::.:::.::::::::. ::::::.:.:.: :::: ::: .:::.::::::
CCDS70 PAFYTSRYGYKMCLRIYLNGDGTGRGTHLSLFFVVMKGPNDALLRWPFNQKVTLMLLDQN
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 NREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDTMFLKCIVE
::::.:::::::..:.::::: .. :.::::::: :.::... :..::.::..:.: ::.
CCDS70 NREHVIDAFRPDVTSSSFQRPVNDMNIASGCPLFCPVSKMEA-KNSYVRDDAIFIKAIVD
440 450 460 470 480 490
pF1KE1 TST
.
CCDS70 LTGL
500
>>CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (568 aa)
initn: 747 init1: 425 opt: 788 Z-score: 736.8 bits: 145.8 E(32554): 1e-34
Smith-Waterman score: 816; 37.5% identity (67.2% similar) in 400 aa overlap (34-415:173-563)
10 20 30 40 50
pF1KE1 SSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENP----RNGEDQICPKCRG
: :. : :. : .. :: ::
CCDS99 FEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVV
150 160 170 180 190 200
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 EDLQSISPGSRLRTQEKAH-PEVAEAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTSQTSHLNL
.. : . ::.. .:: : ..: : : :: :.:. :... ::..: ..:.::
CCDS99 SCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCVFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNL
210 220 230 240 250 260
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 LLGFMKQWKARL--GCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEE-
: :.:. : .: .. ..:.: : .:. . . ..:.. . ... .
CCDS99 L----KEWSNSLEKKVSLLQNE-SVEKNKSIQSLHNQI-CSFEIEIERQKEMLRNNESKI
270 280 290 300 310
180 190 200 210 220
pF1KE1 LALQHFM--KEKLLAELEGKLRVFENI---VAVLNKEVEA--SHLALATSIHQS--QLDR
: ::. . . . : ::. ..: :.. . ... ::. .... :. .: :. :
CCDS99 LHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELESVDKSAGQVAR
320 330 340 350 360 370
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 ERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACG
. : ::... . .: :. .: :. .. ....: ::..:...::: . :: .:.. :
CCDS99 NTGL-LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMG
380 390 400 410 420 430
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 RTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVT
.:.::.: :::. .:::.: :.:::::: :: ::::::.:::::::::::::::..:::
CCDS99 KTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRGEYDALLPWPFKQKVT
440 450 460 470 480 490
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 FMLLDQ-NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDT
.::.:: ..:.: :::.:: .:.::..: .: :.:::::.: . :.. .:.::::
CCDS99 LMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQTVLEN--GTYIKDDT
500 510 520 530 540 550
410
pF1KE1 MFLKCIVETST
.:.: ::.::
CCDS99 IFIKVIVDTSDLPDP
560
>>CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (543 aa)
initn: 638 init1: 425 opt: 725 Z-score: 678.8 bits: 135.0 E(32554): 1.7e-31
Smith-Waterman score: 739; 34.6% identity (64.9% similar) in 410 aa overlap (27-415:141-538)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MASSSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEP--RALCCAGCLSENPRNGEDQIC
:. . : : : : .. :. .. :
CCDS99 LALQIYCRNESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKAC
120 130 140 150 160 170
60 70 80 90 100
pF1KE1 PKCRGEDLQSISPGSRLRTQEKAHPEVAEAGIGCPFAGVGCSFK------GSPQSVQEHE
.. . : . :.. . . ..:: :: . :. :... ::
CCDS99 KYREATCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHK---CSVQTLLRSEGTNQQIKAHE
180 190 200 210 220
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 VTSQTSHLNLLLGFMKQWKARL--GCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYR
..: ..:.::: :.:. : .: .. ..:.: : .:. . . ..:.. .
CCDS99 ASSAVQHVNLL----KEWSNSLEKKVSLLQNE-SVEKNKSIQSLHNQI-CSFEIEIERQK
230 240 250 260 270 280
170 180 190 200 210
pF1KE1 APCSESQEE-LALQHFM--KEKLLAELEGKLRVFENI---VAVLNKEVEA--SHLALATS
... . : ::. . . . : ::. ..: :.. . ... ::. .... :
CCDS99 EMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELES
290 300 310 320 330 340
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 IHQS--QLDRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNV
. .: :. :. : ::... . .: :. .: :. .. ....: ::..:...::: .
CCDS99 VDKSAGQVARNTGL-LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDY
350 360 370 380 390 400
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 TRRCHESACGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDAL
:: .:.. :.:.::.: :::. .:::.: :.:::::: :: ::::::.::::::::::
CCDS99 KRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRGEYDAL
410 420 430 440 450 460
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 LPWPFRNKVTFMLLDQ-NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQS
:::::..:::.::.:: ..:.: :::.:: .:.::..: .: :.:::::.: . :..
CCDS99 LPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQTVLEN
470 480 490 500 510 520
400 410
pF1KE1 PKHAYVKDDTMFLKCIVETST
.:.::::.:.: ::.::
CCDS99 G--TYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
530 540
>>CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 (557 aa)
initn: 677 init1: 579 opt: 722 Z-score: 675.9 bits: 134.5 E(32554): 2.5e-31
Smith-Waterman score: 722; 33.2% identity (63.3% similar) in 401 aa overlap (27-415:161-552)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MASSSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENPRNGEDQICPK
:: :: : . : .: :...::.
CCDS14 QCLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLYCKKDVVVINLQNHEENLCPE
140 150 160 170 180 190
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 ----CRGEDLQSISPGSRLRTQEKAHPEVA-EAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTS
: .. . : :.:. : : :: ::: ::. . ...:.:: ..
CCDS14 YPVFCPNNCAKII-----LKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGCAVTDKRRNLQQHEHSA
200 210 220 230 240
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 QTSHLNLLLGFMKQWKARLGCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSE
:. :.: : . ... :.. .:::. : .: : . . : . ..
CCDS14 LREHMRLVLEKNVQLEEQIS-DLHK---SLEQKESKIQQLAETIKKLEKEFKQFAQLFGK
250 260 270 280 290 300
180 190 200 210 220
pF1KE1 SQEELA-LQHFMKE-KLLAELEGKLRVFENIVAVLNKEVEASHLALATSIHQSQL-----
. : .: : .. : ::.... . ..: ... . : :.. ....
CCDS14 NGSFLPNIQVFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEAVDTVKQKITLLEN
310 320 330 340 350 360
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 DRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESA
. .:. ::... . . . . :.: :. ..:.: . ..: ..::.:. . .:..
CCDS14 NDQRLAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTCYNGKLIWKVTDYKMKKREAV
370 380 390 400 410 420
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 CGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNK
:.:::.:: .:::.. ::.:: : ::::::.:. .::::..:.::::.:.:: ::::..
CCDS14 DGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSLYFVVMRGEFDSLLQWPFRQR
430 440 450 460 470 480
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 VTFMLLDQNNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDD
::.:::::..... ...:.:: .:.::.::..: :.::::: : : :.. :.::.:::
CCDS14 VTLMLLDQSGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASGCPRFVAHSVLENAKNAYIKDD
490 500 510 520 530 540
410
pF1KE1 TMFLKCIVETST
:.::: :. .
CCDS14 TLFLKVAVDLTDLEDL
550
>>CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (485 aa)
initn: 638 init1: 425 opt: 671 Z-score: 629.5 bits: 125.7 E(32554): 9.6e-29
Smith-Waterman score: 687; 36.0% identity (63.4% similar) in 369 aa overlap (57-415:141-480)
30 40 50 60 70 80
pF1KE1 CQDPKEPRALCCAGCLSENPRNGEDQICPKCRGEDLQSISPGSR---LRTQEKAHPEVAE
:. :.: . : . :: . . : : :
CCDS55 LALQIYCRNESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKA-
120 130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 AGIGCPFAGVGCSFKGS--PQ-SVQEHEVTSQTSHLNLLLGFMKQWKARLGCGLESGPMA
: . . :: : :. ..: . ... . : . ... . .:
CCDS55 ----CKYREATCSHCKSQVPMIALQVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEIEIERQKEM
170 180 190 200 210 220
150 160 170 180 190
pF1KE1 LEQNLSD-LQLQAAVEVAGDL--EVDCYRAPCSESQEELALQHFMKEKLLAELEGKLRVF
:..: : :.:: ... .. :.: : .. :: :: .. :.... .
CCDS55 LRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEE---ADSMKSSV-ESLQNRVTEL
230 240 250 260 270 280
200 210 220 230 240 250
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