Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1822
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1822, 335 aa
1>>>pF1KE1822 335 - 335 aa - 335 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0098+/-0.000727; mu= 18.3093+/- 0.044
mean_var=72.0317+/-14.523, 0's: 0 Z-trim(109.6): 67 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.151117
statistics sampled from 10920 (10991) to 10920 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 2.830
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1173.1 CD1D gene_id:912|Hs108|chr1 ( 335) 2320 514.6 4.4e-146
CCDS41417.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 388) 1226 276.2 3.1e-74
CCDS41418.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 376) 1212 273.1 2.5e-73
CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 ( 327) 1165 262.8 2.7e-70
CCDS1176.1 CD1B gene_id:910|Hs108|chr1 ( 333) 1143 258.0 7.7e-69
CCDS1175.1 CD1C gene_id:911|Hs108|chr1 ( 333) 1098 248.2 6.9e-66
CCDS41421.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 290) 962 218.5 5.3e-57
CCDS53387.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 289) 939 213.5 1.7e-55
CCDS41419.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 321) 833 190.4 1.7e-48
CCDS53385.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 298) 674 155.7 4.3e-38
CCDS53390.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 199) 663 153.2 1.7e-37
CCDS53386.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 286) 660 152.7 3.4e-37
CCDS41420.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 187) 649 150.1 1.3e-36
CCDS41422.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 101) 399 95.4 2.1e-20
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 342 83.4 2.9e-16
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 342 83.4 3e-16
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 340 82.9 3.8e-16
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 329 80.6 2.1e-15
CCDS12770.1 FCGRT gene_id:2217|Hs108|chr19 ( 365) 308 76.0 5.2e-14
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 303 74.9 9.5e-14
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 299 73.9 1.6e-13
CCDS53384.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 231) 292 72.4 4.1e-13
CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 ( 362) 282 70.3 2.6e-12
CCDS53389.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 132) 270 67.4 7.5e-12
CCDS53388.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 ( 144) 270 67.4 8.1e-12
CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 ( 366) 262 66.0 5.5e-11
CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 ( 358) 260 65.5 7.3e-11
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 258 65.1 1e-10
>>CCDS1173.1 CD1D gene_id:912|Hs108|chr1 (335 aa)
initn: 2320 init1: 2320 opt: 2320 Z-score: 2736.1 bits: 514.6 E(32554): 4.4e-146
Smith-Waterman score: 2320; 100.0% identity (100.0% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MGCLLFLLLWALLQAWGSAEVPQRLFPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWLGELQTHSWSN
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CCDS11 MGCLLFLLLWALLQAWGSAEVPQRLFPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWLGELQTHSWSN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSYPLELQVSAGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSYPLELQVSAGC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 EVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLNQDKWTRETVQWLL
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CCDS11 EVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLNQDKWTRETVQWLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 NGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFYPKPVWVKWMR
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CCDS11 NGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFYPKPVWVKWMR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 GEQEQQGTQPGDILPNADETWYLRATLDVVAGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIVLYWGGSYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GEQEQQGTQPGDILPNADETWYLRATLDVVAGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIVLYWGGSYT
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE1 SMGLIALAVLACLLFLLIVGFTSRFKRQTSYQGVL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SMGLIALAVLACLLFLLIVGFTSRFKRQTSYQGVL
310 320 330
>>CCDS41417.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 (388 aa)
initn: 1241 init1: 871 opt: 1226 Z-score: 1446.2 bits: 276.2 E(32554): 3.1e-74
Smith-Waterman score: 1226; 54.1% identity (78.1% similar) in 342 aa overlap (4-335:3-339)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MGCLLFLLLWALLQAWGSAEVPQRL----------FPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWL
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CCDS41 MLLLFLLFEGLCCPGENTAAPQALQSYHLAAEEQLSFRMLQTSSFANHSWAHSEGSGWL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 GELQTHSWSNDSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSY
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CCDS41 GDLQTHGWDTVLGTIRFLKPWSHGNFSKQELKNLQSLFQLYFHSFIQIVQASAGQFQLEY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 PLELQVSAGCEVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLNQDK
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CCDS41 PFEIQILAGCRM---NAPQIFLNMAYQGSDFLSFQGISWEPSPGAGIRAQNICKVLNRYL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 WTRETVQWLLNGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFY
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CCDS41 DIKEILQSLLGHTCPRFLAGLMEAGESELKRKVKPEAWLSCGPSPGPGRLQLVCHVSGFY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 PKPVWVKWMRGEQEQQGTQPGDILPNADETWYLRATLDVVAGEAAGLSCRVKHSSLEGQD
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CCDS41 PKPVWVMWMRGEQEQRGTQRGDVLPNADETWYLRATLDVAAGEAAGLSCRVKHSSLGGHD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE1 IVLYWGGSYTSMGLIALAVLACLLFLLIVGFTSRFKRQTSYQGVL
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CCDS41 LIIHWGGYSIFLILICLTVIVTLVILVVV--DSRLKKQSSNKNILSPHTPSPVFLMGANT
300 310 320 330 340 350
CCDS41 QDTKNSRHQFCLAQVSWIKNRVLKKWKTRLNQLW
360 370 380
>>CCDS41418.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 (376 aa)
initn: 1241 init1: 871 opt: 1212 Z-score: 1429.9 bits: 273.1 E(32554): 2.5e-73
Smith-Waterman score: 1212; 54.5% identity (78.0% similar) in 336 aa overlap (4-329:3-333)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MGCLLFLLLWALLQAWGSAEVPQRL----------FPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWL
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CCDS41 MLLLFLLFEGLCCPGENTAAPQALQSYHLAAEEQLSFRMLQTSSFANHSWAHSEGSGWL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 GELQTHSWSNDSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSY
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CCDS41 GDLQTHGWDTVLGTIRFLKPWSHGNFSKQELKNLQSLFQLYFHSFIQIVQASAGQFQLEY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 PLELQVSAGCEVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLNQDK
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CCDS41 PFEIQILAGCRM---NAPQIFLNMAYQGSDFLSFQGISWEPSPGAGIRAQNICKVLNRYL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 WTRETVQWLLNGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFY
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CCDS41 DIKEILQSLLGHTCPRFLAGLMEAGESELKRKVKPEAWLSCGPSPGPGRLQLVCHVSGFY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 PKPVWVKWMRGEQEQQGTQPGDILPNADETWYLRATLDVVAGEAAGLSCRVKHSSLEGQD
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CCDS41 PKPVWVMWMRGEQEQRGTQRGDVLPNADETWYLRATLDVAAGEAAGLSCRVKHSSLGGHD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE1 IVLYWGGSYTSMGLIALAVLACLLFLLIVGFTSRFKRQTSYQGVL
....::: . :: :.:.. :..:..: ::.:.:.
CCDS41 LIIHWGGYSIFLILICLTVIVTLVILVVVD--SRLKKQSPVFLMGANTQDTKNSRHQFCL
300 310 320 330 340 350
CCDS41 AQVSWIKNRVLKKWKTRLNQLW
360 370
>>CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 (327 aa)
initn: 1096 init1: 1096 opt: 1165 Z-score: 1375.4 bits: 262.8 E(32554): 2.7e-70
Smith-Waterman score: 1165; 52.0% identity (80.4% similar) in 327 aa overlap (4-328:1-324)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MGCLLFLLL--WALLQAWGSAEVPQRLFPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWLGELQTHSW
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CCDS11 MLFLLLPLLAVLPGDGNADGLKEPLSFHVTWIASFYNHSWKQNLVSGWLSDLQTHTW
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SNDSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSYPLELQVSA
...:.:. : :::.:.::...:. :. .::. . ....:. :.. ::.:.::..
CCDS11 DSNSSTIVFLCPWSRGNFSNEEWKELETLFRIRTIRSFEGIRRYAHELQFEYPFEIQVTG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 GCEVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLNQDKWTRETVQW
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CCDS11 GCELHSGKVSGSFLQLAYQGSDFVSFQNNSWLPYPVAGNMAKHFCKVLNQNQHENDITHN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 LLNGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFYPKPVWVKW
::. :::.:. :::..::..:..::::.::::.:::::::.: ::::::::::::::: :
CCDS11 LLSDTCPRFILGLLDAGKAHLQRQVKPEAWLSHGPSPGPGHLQLVCHVSGFYPKPVWVMW
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 MRGEQEQQGTQPGDILPNADETWYLRATLDVVAGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIVLYWGGS
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CCDS11 MRGEQEQQGTQRGDILPSADGTWYLRATLEVAAGEAADLSCRVKHSSLEGQDIVLYWE-H
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE1 YTSMGLIALAVLACLLFLLIVGFTSRFKRQTSYQGVL
..:.:.: :::.. :: :..:.. :...
CCDS11 HSSVGFIILAVIVPLL--LLIGLALWFRKRCFC
300 310 320
>>CCDS1176.1 CD1B gene_id:910|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 1096 init1: 1096 opt: 1143 Z-score: 1349.4 bits: 258.0 E(32554): 7.7e-69
Smith-Waterman score: 1143; 53.0% identity (77.8% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-332)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MGCLLFLLLWALLQAWGSAEVPQRLFPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWLGELQTHSWSN
: : : :: .:. . .: .. : .. .: :::.::.:..:.: .:: .:: :.:..
CCDS11 MLLLPFQLLAVLFPGGNSEHAFQGPTSFHVIQTSSFTNSTWAQTQGSGWLDDLQIHGWDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSYPLELQVSAGC
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CCDS11 DSGTAIFLKPWSKGNFSDKEVAELEEIFRVYIFGFAREVQDFAGDFQMKYPFEIQGIAGC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 EVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLNQDKWTRETVQWLL
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CCDS11 ELHSGGAIVSFLRGALGGLDFLSVKNASCVPSPEGGSRAQKFCALIIQYQGIMETVRILL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 NGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFYPKPVWVKWMR
:::... :.:..::..:..::::.:::: ::::::::: ::::::::::::::: :::
CCDS11 YETCPRYLLGVLNAGKADLQRQVKPEAWLSSGPSPGPGRLQLVCHVSGFYPKPVWVMWMR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 GEQEQQGTQPGDILPNADETWYLRATLDVVAGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIVLYWGGSYT
::::::::: :::::::. ::::::::::. ::::::::::::::::::::.::: . :
CCDS11 GEQEQQGTQLGDILPNANWTWYLRATLDVADGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIILYWRNP-T
250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KE1 SMGLIALAVLACLLFLLIVGFTSRFKRQTSYQGVL
:.: :.::... :.::. .. . :. :::..
CCDS11 SIGSIVLAIIVPSLLLLLC-LALWYMRRRSYQNIP
300 310 320 330
>>CCDS1175.1 CD1C gene_id:911|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 1098 init1: 599 opt: 1098 Z-score: 1296.3 bits: 248.2 E(32554): 6.9e-66
Smith-Waterman score: 1098; 49.7% identity (77.1% similar) in 336 aa overlap (1-335:1-333)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MGCLLFLLLWALLQAWGSAEVPQRLFPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWLGELQTHSWSN
: : :::: :: . .:.. :. .. .:: ::.:.::.: .: .:: :::::.:..
CCDS11 MLFLQFLLLALLLPGGDNADASQEHVSFHVIQIFSFVNQSWARGQGSGWLDELQTHGWDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSYPLELQVSAGC
.: :. :. ::.:.::... :. .:: : ..::.... :.. .::.:.::.:::
CCDS11 ESGTIIFLHNWSKGNFSNEELSDLELLFRFYLFGLTREIQDHASQDYSKYPFEVQVKAGC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE1 EVHPGNASNNFFHVAFQGKDILSFQGTSWEPTQEAPLWVNLAIQVLN-QDKWTRETVQWL
:.: :.. ..::.:::.: :.::::.:.: :. .. . ..:: : . . ::: :
CCDS11 ELHSGKSPEGFFQVAFNGLDLLSFQNTTWVPSPGCGSLAQSVCHLLNHQYEGVTETVYNL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 LNGTCPQFVSGLLESGKSELKKQVKPKAWLSRGPSPGPGRLLLVCHVSGFYPKPVWVKWM
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CCDS11 IRSTCPRFLLGLLDAGKMYVHRQVRPEAWLSSRPSLGSGQLLLVCHASGFYPKPVWVTWM
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 RGEQEQQGTQPGDILPNADETWYLRATLDVVAGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIVLYWGGSY
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CCDS11 RNEQEQLGTKHGDILPNADGTWYLQVILEVASEEPAGLSCRVRHSSLGGQDIILYWGHHF
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330
pF1KE1 TSMGLIALAVLACLLFLLIVGFTSRFKRQTSYQGVL
::. :::.:.. :..:... . ::.. ::: .:
CCDS11 -SMNWIALVVIVPLVILIVLVLW--FKKHCSYQDIL
310 320 330
>>CCDS41421.1 CD1E gene_id:913|Hs108|chr1 (290 aa)
initn: 1007 init1: 637 opt: 962 Z-score: 1136.9 bits: 218.5 E(32554): 5.3e-57
Smith-Waterman score: 962; 53.0% identity (76.7% similar) in 270 aa overlap (4-263:3-269)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MGCLLFLLLWALLQAWGSAEVPQRL----------FPLRCLQISSFANSSWTRTDGLAWL
:::::. .: .. .:: : . .: :: ::::: ::....: .::
CCDS41 MLLLFLLFEGLCCPGENTAAPQALQSYHLAAEEQLSFRMLQTSSFANHSWAHSEGSGWL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 GELQTHSWSNDSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSY
:.::::.:.. :.: :::::.:.:: :. ..:: .:..: :: . :. : ...: :
CCDS41 GDLQTHGWDTVLGTIRFLKPWSHGNFSKQELKNLQSLFQLYFHSFIQIVQASAGQFQLEY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
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120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
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.: .: ::. :::.:..::.:.:.::::..:::.:::: ::::::::: :::::::::
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180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
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:::::: ::::::::.::: ::.::::::::..
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:::::. .: .. .:: : . .: :: ::::: ::....: .::
CCDS53 MLLLFLLFEGLCCPGENTAAPQALQSYHLAAEEQLSFRMLQTSSFANHSWAHSEGSGWL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 GELQTHSWSNDSDTVRSLKPWSQGTFSDQQWETLQHIFRVYRSSFTRDVKEFAKMLRLSY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]