Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1730
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1730, 238 aa
1>>>pF1KE1730 238 - 238 aa - 238 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1401+/-0.000812; mu= 15.2444+/- 0.048
mean_var=63.0008+/-13.187, 0's: 0 Z-trim(107.0): 49 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.161585
statistics sampled from 9252 (9303) to 9252 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 2.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7721.1 TSPAN4 gene_id:7106|Hs108|chr11 ( 238) 1621 386.2 1e-107
CCDS41589.1 TSPAN4 gene_id:7106|Hs108|chr11 ( 174) 1203 288.7 1.7e-78
CCDS8520.1 TSPAN9 gene_id:10867|Hs108|chr12 ( 239) 984 237.7 5.1e-63
CCDS8999.1 TSPAN8 gene_id:7103|Hs108|chr12 ( 237) 514 128.1 4.9e-30
CCDS829.1 CD53 gene_id:963|Hs108|chr1 ( 219) 504 125.8 2.3e-29
CCDS8890.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 ( 238) 454 114.2 8e-26
CCDS58243.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 ( 215) 416 105.3 3.4e-23
CCDS7719.1 CD151 gene_id:977|Hs108|chr11 ( 253) 416 105.3 3.9e-23
CCDS10292.1 TSPAN3 gene_id:10099|Hs108|chr15 ( 253) 414 104.8 5.4e-23
CCDS7910.1 TSPAN18 gene_id:90139|Hs108|chr11 ( 248) 413 104.6 6.2e-23
CCDS31765.1 TSPAN11 gene_id:441631|Hs108|chr12 ( 253) 397 100.9 8.4e-22
CCDS7909.1 CD82 gene_id:3732|Hs108|chr11 ( 267) 391 99.5 2.3e-21
CCDS530.1 TSPAN1 gene_id:10103|Hs108|chr1 ( 241) 390 99.2 2.5e-21
CCDS12760.1 CD37 gene_id:951|Hs108|chr19 ( 281) 378 96.5 2e-20
CCDS7734.1 CD81 gene_id:975|Hs108|chr11 ( 236) 365 93.4 1.4e-19
CCDS7369.1 TSPAN14 gene_id:81619|Hs108|chr10 ( 270) 349 89.7 2.1e-18
CCDS31469.1 CD82 gene_id:3732|Hs108|chr11 ( 242) 339 87.3 9.5e-18
CCDS14248.1 TSPAN7 gene_id:7102|Hs108|chrX ( 249) 324 83.9 1.1e-16
CCDS3646.1 TSPAN5 gene_id:10098|Hs108|chr4 ( 268) 323 83.6 1.4e-16
CCDS47346.2 TSPAN17 gene_id:26262|Hs108|chr5 ( 263) 316 82.0 4.2e-16
CCDS14470.1 TSPAN6 gene_id:7105|Hs108|chrX ( 245) 315 81.8 4.6e-16
CCDS54952.1 TSPAN17 gene_id:26262|Hs108|chr5 ( 329) 316 82.1 5e-16
CCDS58242.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 ( 156) 312 80.9 5.2e-16
CCDS34298.1 TSPAN17 gene_id:26262|Hs108|chr5 ( 332) 315 81.8 6e-16
CCDS8540.1 CD9 gene_id:928|Hs108|chr12 ( 228) 312 81.0 7.1e-16
CCDS5810.1 TSPAN33 gene_id:340348|Hs108|chr7 ( 283) 313 81.3 7.2e-16
CCDS881.1 TSPAN2 gene_id:10100|Hs108|chr1 ( 221) 301 78.5 4.1e-15
CCDS7294.1 TSPAN15 gene_id:23555|Hs108|chr10 ( 294) 279 73.4 1.8e-13
CCDS53963.1 TSPAN3 gene_id:10099|Hs108|chr15 ( 189) 271 71.4 4.6e-13
CCDS5777.1 TSPAN12 gene_id:23554|Hs108|chr7 ( 305) 272 71.8 5.8e-13
CCDS77130.1 TSPAN10 gene_id:83882|Hs108|chr17 ( 393) 260 69.1 5e-12
CCDS46139.1 CD37 gene_id:951|Hs108|chr19 ( 213) 247 65.9 2.4e-11
CCDS62549.1 TSPAN16 gene_id:26526|Hs108|chr19 ( 244) 239 64.0 1e-10
>>CCDS7721.1 TSPAN4 gene_id:7106|Hs108|chr11 (238 aa)
initn: 1621 init1: 1621 opt: 1621 Z-score: 2047.4 bits: 386.2 E(32554): 1e-107
Smith-Waterman score: 1621; 100.0% identity (100.0% similar) in 238 aa overlap (1-238:1-238)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MARACLQAVKYLMFAFNLLFWLGGCGVLGVGIWLAATQGSFATLSSSFPSLSAANLLIIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MARACLQAVKYLMFAFNLLFWLGGCGVLGVGIWLAATQGSFATLSSSFPSLSAANLLIIT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 GAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVFLLEATIAILFFAYTDKIDRYAQQDLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 GAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVFLLEATIAILFFAYTDKIDRYAQQDLK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 KGLHLYGTQGNVGLTNAWSIIQTDFRCCGVSNYTDWFEVYNATRVPDSCCLEFSESCGLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KGLHLYGTQGNVGLTNAWSIIQTDFRCCGVSNYTDWFEVYNATRVPDSCCLEFSESCGLH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE1 APGTWWKAPCYETVKVWLQENLLAVGIFGLCTALVQILGLTFAMTMYCQVVKADTYCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 APGTWWKAPCYETVKVWLQENLLAVGIFGLCTALVQILGLTFAMTMYCQVVKADTYCA
190 200 210 220 230
>>CCDS41589.1 TSPAN4 gene_id:7106|Hs108|chr11 (174 aa)
initn: 1203 init1: 1203 opt: 1203 Z-score: 1522.8 bits: 288.7 E(32554): 1.7e-78
Smith-Waterman score: 1203; 100.0% identity (100.0% similar) in 174 aa overlap (65-238:1-174)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 AATQGSFATLSSSFPSLSAANLLIITGAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVF
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 LLEATIAILFFAYTDKIDRYAQQDLKKGLHLYGTQGNVGLTNAWSIIQTDFRCCGVSNYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LLEATIAILFFAYTDKIDRYAQQDLKKGLHLYGTQGNVGLTNAWSIIQTDFRCCGVSNYT
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 DWFEVYNATRVPDSCCLEFSESCGLHAPGTWWKAPCYETVKVWLQENLLAVGIFGLCTAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DWFEVYNATRVPDSCCLEFSESCGLHAPGTWWKAPCYETVKVWLQENLLAVGIFGLCTAL
100 110 120 130 140 150
220 230
pF1KE1 VQILGLTFAMTMYCQVVKADTYCA
::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VQILGLTFAMTMYCQVVKADTYCA
160 170
>>CCDS8520.1 TSPAN9 gene_id:10867|Hs108|chr12 (239 aa)
initn: 1073 init1: 984 opt: 984 Z-score: 1244.8 bits: 237.7 E(32554): 5.1e-63
Smith-Waterman score: 984; 57.0% identity (83.9% similar) in 230 aa overlap (1-230:1-230)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MARACLQAVKYLMFAFNLLFWLGGCGVLGVGIWLAATQGSFATLSSSFPSLSAANLLIIT
:::.:: .::.:: :::.::: :::.:::::::...::.:::.: ::::::::::.:
CCDS85 MARGCLCCLKYMMFLFNLIFWLCGCGLLGVGIWLSVSQGNFATFSPSFPSLSAANLVIAI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 GAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVFLLEATIAILFFAYTDKIDRYAQQDLK
:..::. ::.::::::::::::::.::..::...: : . ::::.: ::... :..:::
CCDS85 GTIVMVTGFLGCLGAIKENKCLLLSFFIVLLVILLAELILLILFFVYMDKVNENAKKDLK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 KGLHLYGTQGNVGLTNAWSIIQTDFRCCGVSNYTDWFEVYNATRVPDSCCLEFSESCGLH
.:: :: :..:::: :::.:::...:::::..::::. : . . ::: ::.: :..:: .
CCDS85 EGLLLYHTENNVGLKNAWNIIQAEMRCCGVTDYTDWYPVLGENTVPDRCCMENSQGCGRN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE1 APGTWWKAPCYETVKVWLQENLLAVGIFGLCTALVQILGLTFAMTMYCQVVKADTYCA
: :.. ::: ::.:...: ..: :.: ..::::..:.::.. ..
CCDS85 ATTPLWRTGCYEKVKMWFDDNKHVLGTVGMCILIMQILGMAFSMTLFQHIHRTGKKYDA
190 200 210 220 230
>>CCDS8999.1 TSPAN8 gene_id:7103|Hs108|chr12 (237 aa)
initn: 350 init1: 223 opt: 514 Z-score: 652.7 bits: 128.1 E(32554): 4.9e-30
Smith-Waterman score: 514; 38.1% identity (68.6% similar) in 236 aa overlap (4-230:6-234)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MARACLQAVKYLMFAFNLLFWLGGCGVLGVGIWLAATQGSFATLSS---SFPSLSAAN
:: .:: ::.::.:::: : .:...::. ... : : ..: . : :..
CCDS89 MAGVSAC---IKYSMFTFNFLFWLCGILILALAIWVRVSNDSQAIFGSEDVGSSSYVAVD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LLIITGAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVFLLEATIAILFFAYTDKIDRYA
.:: .::..: .::.:: :::::..:.:: ::. :::..::... .:: .. .: :: .
CCDS89 ILIAVGAIIMILGFLGCCGAIKESRCMLLLFFIGLLLILLLQVATGILGAVFKSKSDRIV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 QQDLKKGLHLYGTQGNV--GLTNAWSIIQTDFRCCGVSN-YTDWFEVYNATRVPDSC-CL
.. : .. .: .. :. . .: ..: .:.:::. : .:: . : . :. : ::
CCDS89 NETLYENTKLLSATGESEKQFQEAIIVFQEEFKCCGLVNGAADWGN--NFQHYPELCACL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE1 EFSESCGLHAPGTWWKAPCYETVKVWLQENLLAV-GI-FGLCTALVQILGLTFAMTMYCQ
. .. : . .: : .: .: .::. : :: ::: :...::::.:.:..:::
CCDS89 DKQRPCQSYNGKQVYKETCISFIKDFLAKNLIIVIGISFGL--AVIEILGLVFSMVLYCQ
180 190 200 210 220 230
230
pF1KE1 VVKADTYCA
.
CCDS89 IGNK
>>CCDS829.1 CD53 gene_id:963|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 640 init1: 301 opt: 504 Z-score: 640.6 bits: 125.8 E(32554): 2.3e-29
Smith-Waterman score: 616; 37.1% identity (72.8% similar) in 232 aa overlap (1-232:1-212)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MARACLQAVKYLMFAFNLLFWLGGCGVLGVGIWLAATQGSFATLSSSFPSLSAANLLIIT
:. . :. .::..: ::::::. :: .:: ::.: ...:..: ..:::. .:...:.
CCDS82 MGMSSLKLLKYVLFFFNLLFWICGCCILGFGIYLLI-HNNFGVLFHNLPSLTLGNVFVIV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 GAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVFLLEATIAILFFAYTDKIDRYAQQDLK
:...:...:.::.:.::::::::..::.:::...: :.:.:::.:.: .:...:. . :
CCDS82 GSIIMVVAFLGCMGSIKENKCLLMSFFILLLIILLAEVTLAILLFVYEQKLNEYVAKGLT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 KGLHLYGTQGNVGLTNAWSIIQTDFRCCGVSNYTDWFEVYNATRVPDSCCLEFSESCGLH
..: : ..... ::. ::. ..:::... .:: : : . :
CCDS82 DSIHRYHSDNST--KAAWDSIQSFLQCCGINGTSDW------TSGPPASC----------
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE1 APGTWWKAPCYETVKVWLQENLLAVGIFGLCTALVQILGLTFAMTMYCQVVKADTYCA
:. :: ...:.. :.: .::. .:. ....::..::.:. ::. :
CCDS82 -PSDRKVEGCYAKARLWFHSNFLYIGIITICVCVIEVLGMSFALTLNCQIDKTSQTIGL
170 180 190 200 210
>>CCDS8890.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 (238 aa)
initn: 385 init1: 186 opt: 454 Z-score: 577.1 bits: 114.2 E(32554): 8e-26
Smith-Waterman score: 454; 32.2% identity (68.7% similar) in 233 aa overlap (6-233:7-230)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MARACLQAVKYLMFAFNLLFWLGGCGVL--GVGIWLAATQGSFATLSSSFPSLSAANLL
.. ::.:.... : : . :.. ::: :. .: . .... :. ..
CCDS88 MAVEGGMKCVKFLLYVLLLAFCACAVGLIAVGVGAQLVLSQ---TIIQGATPGSLLPVVI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 IITGAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVFLLEATIAILFFAYTDKIDRYAQQ
: .:.:.. ..:::: :: ::: ::..:: ..: :..:.:.. :: ... ::. ..
CCDS88 IAVGVFLFLVAFVGCCGACKENYCLMITFAIFLSLIMLVEVAAAIAGYVFRDKVMSEFNN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 DLKKGLHLYGTQGNVGLTNAWSIIQTDFRCCGVSNYTDWFEV--YNATRVPDSCCLEFSE
.... .. : ..... . . .:.::.:::..::::: .. .. .:::::::.. .
CCDS88 NFRQQMENYPKNNHTA--SILDRMQADFKCCGAANYTDWEKIPSMSKNRVPDSCCINVTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 SCGLH-APGTWWKAPCYETVKVWLQENLLAVGIFGLCTALVQILGLTFAMTMYCQVVKAD
.::.. . : : : . ::..:.:.:. .: :.:..::..:: : .::.
CCDS88 GCGINFNEKAIHKEGCVEKIGGWLRKNVLVVAAAALGIAFVEVLGIVFA----CCLVKSI
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 TYCA
CCDS88 RSGYEVM
>>CCDS58243.1 CD63 gene_id:967|Hs108|chr12 (215 aa)
initn: 385 init1: 186 opt: 416 Z-score: 529.9 bits: 105.3 E(32554): 3.4e-23
Smith-Waterman score: 420; 32.5% identity (65.4% similar) in 231 aa overlap (6-233:7-207)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MARACLQAVKYLMFAFNLLFWLGGCGVLGVGIWLAATQGSFATLSSSFPSLSAANLLII
.. ::.:.... : : :: :: ::. .: ..:
CCDS58 MAVEGGMKCVKFLLYVLLLAF----CG---------ATPGSL------LPV-----VIIA
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 TGAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVFLLEATIAILFFAYTDKIDRYAQQDL
.:.:.. ..:::: :: ::: ::..:: ..: :..:.:.. :: ... ::. ....
CCDS58 VGVFLFLVAFVGCCGACKENYCLMITFAIFLSLIMLVEVAAAIAGYVFRDKVMSEFNNNF
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 KKGLHLYGTQGNVGLTNAWSIIQTDFRCCGVSNYTDWFEV--YNATRVPDSCCLEFSESC
.. .. : ..... . . .:.::.:::..::::: .. .. .:::::::.. . .:
CCDS58 RQQMENYPKNNHTA--SILDRMQADFKCCGAANYTDWEKIPSMSKNRVPDSCCINVTVGC
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GLH-APGTWWKAPCYETVKVWLQENLLAVGIFGLCTALVQILGLTFAMTMYCQVVKADTY
:.. . : : : . ::..:.:.:. .: :.:..::..:: : .::.
CCDS58 GINFNEKAIHKEGCVEKIGGWLRKNVLVVAAAALGIAFVEVLGIVFA----CCLVKSIRS
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 CA
CCDS58 GYEVM
>>CCDS7719.1 CD151 gene_id:977|Hs108|chr11 (253 aa)
initn: 419 init1: 305 opt: 416 Z-score: 528.8 bits: 105.3 E(32554): 3.9e-23
Smith-Waterman score: 492; 34.2% identity (64.5% similar) in 234 aa overlap (5-227:15-245)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MARACLQAVKYLMFAFNLLFWLGGCGVLGVGIWLAATQGSFATLSSSFPS
:: :::.:..: :::.: .:..:::: : .... .: .:
CCDS77 MGEFNEKKTTCGTVCL---KYLLFTYNCCFWLAGLAVMAVGIWTLALKSDYISLLASGTY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LSAANLLIITGAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVFLLEATIAILFFAYTDK
:..: .:...:. ::. : .:: ...:: . :: .:.:::..:::: .:: .:: ..
CCDS77 LATAYILVVAGTVVMVTGVLGCCATFKERRNLLRLYFILLLIIFLLEIIAGILAYAYYQQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE1 IDRYAQQDLKKGL-HLYGTQGNVGLTNAWSIIQTDFRCCGVSNYTDWFEVY-------NA
.. ...:: . . : :. ..:.: . .: .:.::: .: :: . ..
CCDS77 LNTELKENLKDTMTKRYHQPGHEAVTSAVDQLQQEFHCCGSNNSQDWRDSEWIRSQEAGG
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KE1 TRVPDSCCLEFSESCGL--HAPGTWW-KAPCYETVKVWLQENLLAVGIFGLCTALVQILG
:::::: :: :: . . .. : .....::.: ..: :. : ::..:
CCDS77 RVVPDSCCKTVVALCGQRDHASNIYKVEGGCITKLETFIQEHLRVIGAVGIGIACVQVFG
180 190 200 210 220 230
220 230
pF1KE1 LTFAMTMYCQVVKADTYCA
. :. .:
CCDS77 MIFTCCLYRSLKLEHY
240 250
>>CCDS10292.1 TSPAN3 gene_id:10099|Hs108|chr15 (253 aa)
initn: 372 init1: 300 opt: 414 Z-score: 526.3 bits: 104.8 E(32554): 5.4e-23
Smith-Waterman score: 414; 29.5% identity (60.7% similar) in 244 aa overlap (1-236:1-243)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MARACLQAVKYLMFAFNLLFWLGGCGVLG-VGIWLAATQGSFATLSSSFPSLSAANLLII
:.. . . : .. .::.:: :. :.: :: .. : .. . . .: : ..:
CCDS10 MGQCGITSSKTVLVFLNLIFW-GAAGILCYVGAYVFITYDDYDHFFEDVYTLIPAVVIIA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 TGAFVMAIGFVGCLGAIKENKCLLLTFFLLLLLVFLLEATIAILFFAYTDKIDRYAQQDL
.::... ::..:: ..:.:..: : :: ..:::::. :.....: ..: :.. .....
CCDS10 VGALLFIIGLIGCCATIRESRCGLATFVIILLLVFVTEVVVVVLGYVYRAKVENEVDRSI
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