Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1545
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1545, 407 aa
1>>>pF1KE1545 407 - 407 aa - 407 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6287+/-0.00114; mu= 15.1089+/- 0.068
mean_var=66.9504+/-13.431, 0's: 0 Z-trim(101.8): 78 B-trim: 54 in 1/49
Lambda= 0.156746
statistics sampled from 6601 (6681) to 6601 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.561), E-opt: 0.2 (0.205), width: 16
Scan time: 2.420
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3 ( 407) 2655 609.8 1.5e-174
CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 406) 2426 558.0 5.7e-159
CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 347) 1971 455.1 4.7e-128
CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17 ( 411) 1801 416.7 2e-116
CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11 ( 483) 930 219.7 4.6e-57
CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 479) 923 218.1 1.4e-56
CCDS10889.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 478) 913 215.9 6.5e-56
CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19 ( 427) 891 210.9 1.9e-54
CCDS4697.1 DDX39B gene_id:7919|Hs108|chr6 ( 428) 888 210.2 3e-54
CCDS44766.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 483) 873 206.8 3.5e-53
CCDS42187.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 370) 856 202.9 4e-52
CCDS842.1 DDX20 gene_id:11218|Hs108|chr1 ( 824) 834 198.1 2.5e-50
CCDS32475.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 448) 825 196.0 6e-50
CCDS58478.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 453) 825 196.0 6.1e-50
CCDS82009.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 447) 815 193.7 2.9e-49
CCDS81646.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 369) 800 190.3 2.6e-48
CCDS13416.1 DDX27 gene_id:55661|Hs108|chr20 ( 796) 728 174.1 4e-43
CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 455) 721 172.5 7.4e-43
CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6 ( 648) 706 169.1 1.1e-41
CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1031) 695 166.7 8.9e-41
CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032) 695 166.7 8.9e-41
CCDS30964.1 DDX59 gene_id:83479|Hs108|chr1 ( 619) 690 165.5 1.2e-40
CCDS11659.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 676 162.3 1.1e-39
CCDS82190.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 676 162.3 1.1e-39
CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 729) 666 160.1 6.2e-39
CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 731) 666 160.1 6.2e-39
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 881) 660 158.8 1.9e-38
CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 882) 660 158.8 1.9e-38
CCDS11323.1 DDX52 gene_id:11056|Hs108|chr17 ( 599) 612 147.9 2.5e-35
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17 ( 938) 609 147.2 5.9e-35
CCDS12390.1 DDX49 gene_id:54555|Hs108|chr19 ( 483) 605 146.2 6.1e-35
CCDS35214.1 DDX53 gene_id:168400|Hs108|chrX ( 631) 604 146.1 9e-35
CCDS55404.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 646) 573 139.0 1.2e-32
CCDS43931.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 662) 573 139.0 1.2e-32
CCDS14782.1 DDX3Y gene_id:8653|Hs108|chrY ( 660) 570 138.4 1.9e-32
CCDS4427.1 DDX41 gene_id:51428|Hs108|chr5 ( 622) 566 137.5 3.4e-32
CCDS2120.1 DDX18 gene_id:8886|Hs108|chr2 ( 670) 566 137.5 3.7e-32
CCDS8342.1 DDX10 gene_id:1662|Hs108|chr11 ( 875) 548 133.4 7.8e-31
CCDS73144.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 715) 536 130.7 4.3e-30
CCDS31211.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 783) 536 130.7 4.7e-30
CCDS7283.1 DDX50 gene_id:79009|Hs108|chr10 ( 737) 527 128.7 1.8e-29
CCDS54855.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 575) 510 124.8 2.1e-28
CCDS47208.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 690) 510 124.8 2.5e-28
CCDS54854.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 704) 510 124.8 2.5e-28
CCDS3969.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 724) 510 124.8 2.6e-28
CCDS8656.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 406) 455 112.3 8.5e-25
CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12 ( 820) 404 100.9 4.7e-21
CCDS59053.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 507) 377 94.7 2.1e-19
CCDS9251.1 DDX55 gene_id:57696|Hs108|chr12 ( 600) 357 90.2 5.6e-18
CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9 ( 585) 287 74.4 3.2e-13
>>CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3 (407 aa)
initn: 2655 init1: 2655 opt: 2655 Z-score: 3247.3 bits: 609.8 E(32554): 1.5e-174
Smith-Waterman score: 2655; 100.0% identity (100.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-407)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE1 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
370 380 390 400
>>CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 2418 init1: 2418 opt: 2426 Z-score: 2967.5 bits: 558.0 E(32554): 5.7e-159
Smith-Waterman score: 2426; 89.7% identity (98.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-406)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
::... . .:..: :.::.:.::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::::
CCDS11 MSASQDSRSRDNG-PDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV
::::.:::::::::::::::::::::::::::::.:...: :::::::::::::::::::
CCDS11 QRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF
..::::::::.::::::::::: :.:::: :::::.:::::::::::::::::::.::::
CCDS11 VMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
::::::::::::::::::.::::::.. ::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS11 VLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV
:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS11 ELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400
pF1KE1 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
:::::::::::::::.::::::: ::::::::::..::::.::::::
CCDS11 IGRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
360 370 380 390 400
>>CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 (347 aa)
initn: 1963 init1: 1963 opt: 1971 Z-score: 2412.5 bits: 455.1 E(32554): 4.7e-128
Smith-Waterman score: 1971; 88.4% identity (97.9% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
::... . .:..: :.::.:.::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::::
CCDS58 MSASQDSRSRDNG-PDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV
::::.:::::::::::::::::::::::::::::.:...: :::::::::::::::::::
CCDS58 QRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF
..::::::::.::::::::::: :.:::: :::::.:::::::::::::::::::.::::
CCDS58 VMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
::::::::::::::::::.::::::.. ::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS58 VLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV
:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS58 ELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
::.::::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS58 SAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLGKLYPQNRSRWTVWP
300 310 320 330 340
370 380 390 400
pF1KE1 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
>>CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17 (411 aa)
initn: 1802 init1: 1258 opt: 1801 Z-score: 2203.6 bits: 416.7 E(32554): 2e-116
Smith-Waterman score: 1801; 71.4% identity (89.7% similar) in 378 aa overlap (30-407:35-411)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAI
... .:: :.:.:.::::::::::::::::
CCDS11 ATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 QQRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQK
::::: ::: :::::.::::::::::.::.:: :.:. .:::::.:::::::: ::::
CCDS11 QQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 VILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKM
.:::::::.. :::::::::: ....::. . :.:.:::::::::. :: : . :::
CCDS11 GLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKM
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 FVLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKK
.:::::::::..:::.:::.... : . ::::.:::.: ..::.:.::: ::::::::.
CCDS11 LVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 EELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFT
.::::::::::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. .::
CCDS11 DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 VSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIH
::..:::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.::: :::
CCDS11 VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIH
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400
pF1KE1 RIGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
::::.::.:::::::::: ..: ::::::: .:.: ..::::::::::
CCDS11 RIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
370 380 390 400 410
>>CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11 (483 aa)
initn: 778 init1: 439 opt: 930 Z-score: 1138.0 bits: 219.7 E(32554): 4.6e-57
Smith-Waterman score: 930; 38.4% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (33-403:96-464)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 GGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR
..:.:. ::. :: ::. .:.:::: ::..
CCDS44 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 AIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKVIL
.: ..: :..:.:..::::.... : .:..:... . ::.:..:::::: :.... .
CCDS44 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ALGDYMG-ATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMFV
.. .:: : : ::::.:.....:. .. :.:..::::..:.... . ..:.:
CCDS44 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
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CCDS44 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE
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250 260 270 280 290 300
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CCDS44 LTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCF
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310 320 330 340 350 360
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370 380 390 400
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CCDS44 P
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110 120 130 140 150 160
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CCDS10 IERLDTDDLDEIEKIAN
470
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CCDS10 SVVINFDLPVDKDGNPDNETYLHRIGRTGRFGKRGLAVNMVDSKHSMNILNRIQEHFNKK
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CCDS10 IERLDTDDLDEIEKIAN
470
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CCDS46 AIHRGMPQEERLSRYQQFKDFQRRILVATNLFGRGMDIERVNIAFNYDMPEDSDTYLHRV
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CCDS46 ARAGRFGTKGLAITFVSDENDAKILNDVQDRFEVNISELPDEIDISSYIEQTR
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CCDS44 MAL-PMMLAHPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSRVNALELFPQCLCLAPTYELALQTG
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CCDS44 IRVFVLDEADVMIDTQGFSDHSIRIQRALPSECQMLLFSATFEDSVWHFAERIIPDPNVI
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