Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1543
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1543, 473 aa
1>>>pF1KE1543 473 - 473 aa - 473 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2583+/-0.000803; mu= 17.9015+/- 0.048
mean_var=69.8568+/-13.587, 0's: 0 Z-trim(107.5): 24 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.153451
statistics sampled from 9596 (9613) to 9596 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.295), width: 16
Scan time: 3.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2818.1 HYAL2 gene_id:8692|Hs108|chr3 ( 473) 3323 744.9 4.3e-215
CCDS5789.1 HYAL4 gene_id:23553|Hs108|chr7 ( 481) 1193 273.3 3.8e-73
CCDS2816.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 ( 435) 1183 271.1 1.6e-72
CCDS5791.1 SPAM1 gene_id:6677|Hs108|chr7 ( 509) 1157 265.4 1e-70
CCDS5790.1 SPAM1 gene_id:6677|Hs108|chr7 ( 511) 1157 265.4 1e-70
CCDS2815.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 ( 417) 1088 250.1 3.4e-66
CCDS2817.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 ( 405) 832 193.4 3.8e-49
CCDS56257.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 ( 387) 757 176.8 3.7e-44
CCDS46832.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 ( 253) 692 162.3 5.6e-40
CCDS56260.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 ( 168) 432 104.6 8.5e-23
CCDS46833.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 ( 176) 406 98.8 4.8e-21
>>CCDS2818.1 HYAL2 gene_id:8692|Hs108|chr3 (473 aa)
initn: 3323 init1: 3323 opt: 3323 Z-score: 3975.2 bits: 744.9 E(32554): 4.3e-215
Smith-Waterman score: 3323; 99.8% identity (100.0% similar) in 473 aa overlap (1-473:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRAGPGPTVTLALVLAVAWAMELKPTAPPIFTGRPFVVAWDVPTQDCGPRLKVPLDLNAF
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CCDS28 MRAGPGPTVTLALVLAVSWAMELKPTAPPIFTGRPFVVAWDVPTQDCGPRLKVPLDLNAF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DVQASPNEGFVNQNITIFYRDRLGLYPRFDSAGRSVHGGVPQNVSLWAHRKMLQKRVEHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 DVQASPNEGFVNQNITIFYRDRLGLYPRFDSAGRSVHGGVPQNVSLWAHRKMLQKRVEHY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 IRTQESAGLAVIDWEDWRPVWVRNWQDKDVYRRLSRQLVASRHPDWPPDRIVKQAQYEFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 IRTQESAGLAVIDWEDWRPVWVRNWQDKDVYRRLSRQLVASRHPDWPPDRIVKQAQYEFE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 FAAQQFMLETLRYVKAVRPRHLWGFYLFPDCYNHDYVQNWESYTGRCPDVEVARNDQLAW
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CCDS28 FAAQQFMLETLRYVKAVRPRHLWGFYLFPDCYNHDYVQNWESYTGRCPDVEVARNDQLAW
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LWAESTALFPSVYLDETLASSRHGRNFVSFRVQEALRVARTHHANHALPVYVFTRPTYSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 LWAESTALFPSVYLDETLASSRHGRNFVSFRVQEALRVARTHHANHALPVYVFTRPTYSR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 RLTGLSEMDLISTIGESAALGAAGVILWGDAGYTTSTETCQYLKDYLTRLLVPYVVNVSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 RLTGLSEMDLISTIGESAALGAAGVILWGDAGYTTSTETCQYLKDYLTRLLVPYVVNVSW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 ATQYCSRAQCHGHGRCVRRNPSASTFLHLSTNSFRLVPGHAPGEPQLRPVGELSWADIDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 ATQYCSRAQCHGHGRCVRRNPSASTFLHLSTNSFRLVPGHAPGEPQLRPVGELSWADIDH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE1 LQTHFRCQCYLGWSGEQCQWDHRQAAGGASEAWAGSHLTSLLALAALAFTWTL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 LQTHFRCQCYLGWSGEQCQWDHRQAAGGASEAWAGSHLTSLLALAALAFTWTL
430 440 450 460 470
>>CCDS5789.1 HYAL4 gene_id:23553|Hs108|chr7 (481 aa)
initn: 1122 init1: 610 opt: 1193 Z-score: 1426.6 bits: 273.3 E(32554): 3.8e-73
Smith-Waterman score: 1193; 40.8% identity (69.4% similar) in 448 aa overlap (23-466:35-474)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRAGPGPTVTLALVLAVAWAMELKPTAPPIFTGRPFVVAWDVPTQDCGPRLK
:::. ::. .::..::..::..: . .
CCDS57 SEGQLKLCVVQPVHLTSWLLIFFILKSISCLKPARLPIYQRKPFIAAWNAPTDQCLIKYN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 VPLDLNAFDVQASPNEGFVNQNITIFYRDRLGLYPRFDSAGRSVHGGVPQNVSLWAHRKM
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CCDS57 LRLNLKMFPVIGSPLAKARGQNVTIFYVNRLGYYPWYTSQGVPINGGLPQNISLQVHLEK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 LQKRVEHYIRTQESAGLAVIDWEDWRPVWVRNWQDKDVYRRLSRQLVASRHPDWPPDRIV
.. ...:: ... .:::::::: ::: :.:::..:::::. ::.:... . :
CCDS57 ADQDINYYIPAEDFSGLAVIDWEYWRPQWARNWNSKDVYRQKSRKLISDMGKNVSATDIE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 KQAQYEFEFAAQQFMLETLRYVKAVRPRHLWGFYLFPDCYNHD-YVQNWESYTGRCPDVE
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CCDS57 YLAKVTFEESAKAFMKETIKLGIKSRPKGLWGYYLYPDCHNYNVYAPN---YSGSCPEDE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 VARNDQLAWLWAESTALFPSVYLDETLASSRHGRNFVSFRVQEALRVARTHHANHALPVY
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CCDS57 VLRNNELSWLWNSSAALYPSIGVWKSLGDSENILRFSKFRVHESMRISTMTSHDYALPVF
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 VFTRPTYSRR-LTGLSEMDLISTIGESAALGAAGVILWGDAGYTTSTETCQYLKDYLTRL
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CCDS57 VYTRLGYRDEPLFFLSKQDLVSTIGESAALGAAGIVIWGDMNLTASKANCTKVKQFVSSD
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 LVPYVVNVSWATQYCSRAQCHGHGRCVRRNPSASTFLHLSTNSFRLVPGHAPGEPQLRPV
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CCDS57 LGSYIANVTRAAEVCSLHLCRNNGRCIRKMWNAPSYLHLNPASYH-IEASEDGEFTVK--
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE1 GELSWADIDHLQTHFRCQCYLGWSGEQCQWDHRQAAG--GASEAWAGSHLTSLLALAALA
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CCDS57 GKASDTDLAVMADTFSCHCYQGYEGADCR-EIKTADGCSGVSPS-PGSLMTLCLLLLASY
420 430 440 450 460 470
470
pF1KE1 FTWTL
CCDS57 RSIQL
480
>>CCDS2816.1 HYAL1 gene_id:3373|Hs108|chr3 (435 aa)
initn: 1185 init1: 639 opt: 1183 Z-score: 1415.3 bits: 271.1 E(32554): 1.6e-72
Smith-Waterman score: 1183; 42.9% identity (70.0% similar) in 413 aa overlap (29-439:25-430)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRAGPGPTVTLALVLAVAWAMELKPTAPPIFTGRPFVVAWDVPTQDCGPRLKVPLDLNAF
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CCDS28 MAAHLLPICALFLTLLDMAQGFRGPLLPNRPFTTVWNANTQWCLERHGVDVDVSVF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DVQASPNEGFVNQNITIFYRDRLGLYPRFDSAGRSVHGGVPQNVSLWAHRKMLQKRVEHY
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CCDS28 DVVANPGQTFRGPDMTIFYSSQLGTYPYYTPTGEPVFGGLPQNASLIAHLARTFQDILAA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 IRTQESAGLAVIDWEDWRPVWVRNWQDKDVYRRLSRQLVASRHPDWPPDRIVKQAQYEFE
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CCDS28 IPAPDFSGLAVIDWEAWRPRWAFNWDTKDIYRQRSRALVQAQHPDWPAPQVEAVAQDQFQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 FAAQQFMLETLRYVKAVRPRHLWGFYLFPDCYNHDYVQNWESYTGRCPDVEVARNDQLAW
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CCDS28 GAARAWMAGTLQLGRALRPRGLWGFYGFPDCYNYDFLS--PNYTGQCPSGIRAQNDQLGW
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LWAESTALFPSVYLDETLASSRHGRNFVSFRVQEALRVARTHHANHALPVYVFTRPTYSR
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CCDS28 LWGQSRALYPSIYMPAVLEGTGKSQMYVQHRVAEAFRVA-VAAGDPNLPVLPYVQIFYDT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 RLTGLSEMDLISTIGESAALGAAGVILWGDAGYTTSTETCQYLKDYLTRLLVPYVVNVSW
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CCDS28 TNHFLPLDELEHSLGESAAQGAAGVVLWVSWENTRTKESCQAIKEYMDTTLGPFILNVTS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KE1 ATQYCSRAQCHGHGRCVRR--NPSASTFLHLSTNSFRLVPGHAPGEPQLRPVGELSWADI
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CCDS28 GALLCSQALCSGHGRCVRRTSHPKALLLLNPASFSIQLTPGGGPL--SLR--GALSLEDQ
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 DHLQTHFRCQCYLGWSGEQCQWDHRQAAGGASEAWAGSHLTSLLALAALAFTWTL
.. ..:.:.:: ::.. :.
CCDS28 AQMAVEFKCRCYPGWQAPWCERKSMW
410 420 430
>>CCDS5791.1 SPAM1 gene_id:6677|Hs108|chr7 (509 aa)
initn: 977 init1: 531 opt: 1157 Z-score: 1383.2 bits: 265.4 E(32554): 1e-70
Smith-Waterman score: 1157; 40.3% identity (71.8% similar) in 412 aa overlap (21-430:34-438)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRAGPGPTVTLALVLAVAWAMELKPTAPPIFTGRPFVVAWDVPTQDCGPR
. :. :::.. . ::. ::..:.. : .
CCDS57 LKFKHIFFRSFVKSSGVSQIVFTFLLIPCCLTLNFRAPPVIPNVPFLWAWNAPSEFCLGK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE1 LKVPLDLNAFDVQASPNEGFVNQNITIFYRDRLGLYPRFDS-AGRSVHGGVPQNVSLWAH
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CCDS57 FDEPLDMSLFSFIGSPRINATGQGVTIFYVDRLGYYPYIDSITGVTVNGGIPQKISLQDH
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 RKMLQKRVEHYIRTQESAGLAVIDWEDWRPVWVRNWQDKDVYRRLSRQLVASRHPDWPPD
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CCDS57 LDKAKKDITFYMPV-DNLGMAVIDWEEWRPTWARNWKPKDVYKNRSIELVQQQNVQLSLT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 RIVKQAQYEFEFAAQQFMLETLRYVKAVRPRHLWGFYLFPDCYNHDYVQNWESYTGRCPD
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CCDS57 EATEKAKQEFEKAGKDFLVETIKLGKLLRPNHLWGYYLFPDCYNHHYKK--PGYNGSCFN
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 VEVARNDQLAWLWAESTALFPSVYLDETLASSRHGRNFVSFRVQEALRVARTHHANHALP
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CCDS57 VEIKRNDDLSWLWNESTALYPSIYLN-TQQSPVAATLYVRNRVREAIRVSKIPDAKSPLP
250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 VYVFTRPTYSRR-LTGLSEMDLISTIGESAALGAAGVILWGDAGYTTSTETCQYLKDYLT
:...:: ... . : ::. .:. :.::..::::.:...:: . : ..: : .:.
CCDS57 VFAYTRIVFTDQVLKFLSQDELVYTFGETVALGASGIVIWGTLSIMRSMKSCLLLDNYME
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 RLLVPYVVNVSWATQYCSRAQCHGHGRCVRRNPSASTFLHLSTNSFRLVPGHAPGEPQLR
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CCDS57 TILNPYIINVTLAAKMCSQVLCQEQGVCIRKNWNSSDYLHLNPDNFA-IQLEKGGKFTVR
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 PVGELSWADIDHLQTHFRCQCYLGWSGEQCQWDHRQAAGGASEAWAGSHLTSLLALAALA
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CCDS57 --GKPTLEDLEQFSEKFYCSCYSTLSCKEKADVKDTDAVDVCIADGVCIDAFLKPPMETE
420 430 440 450 460 470
>>CCDS5790.1 SPAM1 gene_id:6677|Hs108|chr7 (511 aa)
initn: 977 init1: 531 opt: 1157 Z-score: 1383.2 bits: 265.4 E(32554): 1e-70
Smith-Waterman score: 1157; 40.3% identity (71.8% similar) in 412 aa overlap (21-430:34-438)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRAGPGPTVTLALVLAVAWAMELKPTAPPIFTGRPFVVAWDVPTQDCGPR
. :. :::.. . ::. ::..:.. : .
CCDS57 LKFKHIFFRSFVKSSGVSQIVFTFLLIPCCLTLNFRAPPVIPNVPFLWAWNAPSEFCLGK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE1 LKVPLDLNAFDVQASPNEGFVNQNITIFYRDRLGLYPRFDS-AGRSVHGGVPQNVSLWAH
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CCDS57 FDEPLDMSLFSFIGSPRINATGQGVTIFYVDRLGYYPYIDSITGVTVNGGIPQKISLQDH
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 RKMLQKRVEHYIRTQESAGLAVIDWEDWRPVWVRNWQDKDVYRRLSRQLVASRHPDWPPD
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CCDS57 LDKAKKDITFYMPV-DNLGMAVIDWEEWRPTWARNWKPKDVYKNRSIELVQQQNVQLSLT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 RIVKQAQYEFEFAAQQFMLETLRYVKAVRPRHLWGFYLFPDCYNHDYVQNWESYTGRCPD
. ...:. ::: :...:..::.. : .:: ::::.::::::::: : . .:.: : .
CCDS57 EATEKAKQEFEKAGKDFLVETIKLGKLLRPNHLWGYYLFPDCYNHHYKK--PGYNGSCFN
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230 240 250 260 270 280
pF1KE1 VEVARNDQLAWLWAESTALFPSVYLDETLASSRHGRNFVSFRVQEALRVARTHHANHALP
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CCDS57 VEIKRNDDLSWLWNESTALYPSIYLN-TQQSPVAATLYVRNRVREAIRVSKIPDAKSPLP
250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 VYVFTRPTYSRR-LTGLSEMDLISTIGESAALGAAGVILWGDAGYTTSTETCQYLKDYLT
:...:: ... . : ::. .:. :.::..::::.:...:: . : ..: : .:.
CCDS57 VFAYTRIVFTDQVLKFLSQDELVYTFGETVALGASGIVIWGTLSIMRSMKSCLLLDNYME
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 RLLVPYVVNVSWATQYCSRAQCHGHGRCVRRNPSASTFLHLSTNSFRLVPGHAPGEPQLR
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CCDS57 TILNPYIINVTLAAKMCSQVLCQEQGVCIRKNWNSSDYLHLNPDNFA-IQLEKGGKFTVR
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 PVGELSWADIDHLQTHFRCQCYLGWSGEQCQWDHRQAAGGASEAWAGSHLTSLLALAALA
:. . :..... .: :.::
CCDS57 --GKPTLEDLEQFSEKFYCSCYSTLSCKEKADVKDTDAVDVCIADGVCIDAFLKPPMETE
420 430 440 450 460 470
>>CCDS2815.1 HYAL3 gene_id:8372|Hs108|chr3 (417 aa)
initn: 1085 init1: 359 opt: 1088 Z-score: 1301.9 bits: 250.1 E(32554): 3.4e-66
Smith-Waterman score: 1126; 42.2% identity (64.6% similar) in 438 aa overlap (6-439:6-407)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRAGPGPTVTLALVLAVAWAMELKPTAPPIFTGRPFVVAWDVPTQDCGPRLKVPLDLNAF
::...:...: .. .. : : .: ::: : :.::. : :. : : :::.
CCDS28 MTTQLGPALVLGVALCLGCGQPL-PQVPE----RPFSVLWNVPSAHCEARFGVHLPLNAL
10 20 30 40 50
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pF1KE1 DVQASPNEGFVNQNITIFYRDRLGLYPRFDSAGRSVHGGVPQNVSLWAHRKMLQKRVEHY
. :. .. : .::.::::...::::: : : . .::.:: . : : . ...:
CCDS28 GIIANRGQHFHGQNMTIFYKNQLGLYPYFGPRGTAHNGGIPQALPLDRHLALAAYQIHHS
60 70 80 90 100 110
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pF1KE1 IRTQESAGLAVIDWEDWRPVWVRNWQDKDVYRRLSRQLVASRHPDWPPDRIVKQAQYEFE
.: :: ::.:::.: :.:. :: . .:. : . . :: :.. . .: ::
CCDS28 LRPGF-AGPAVLDWEEWCPLWAGNWGRRRAYQAASWAWAQQVFPDLDPQEQLYKAYTGFE
120 130 140 150 160 170
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pF1KE1 FAAQQFMLETLRYVKAVRPRHLWGFYLFPDCYN--HDYVQNWESYTGRCPDVEVARNDQL
::. .: .::: ..:.::. ::::: .: : : :....: ::::: . .::: ::
CCDS28 QAARALMEDTLRVAQALRPHGLWGFYHYPACGNGWHSMASN---YTGRCHAATLARNTQL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 AWLWAESTALFPSVYLDETLASSRHGRNFVSFRVQEALRVARTHHANHALPVYVFTRPTY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]