Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1525
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1525, 257 aa
1>>>pF1KE1525 257 - 257 aa - 257 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7888+/-0.000861; mu= 12.1295+/- 0.052
mean_var=87.7264+/-18.457, 0's: 0 Z-trim(107.3): 69 B-trim: 4 in 1/51
Lambda= 0.136933
statistics sampled from 9421 (9489) to 9421 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.291), width: 16
Scan time: 2.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1184.1 FCER1A gene_id:2205|Hs108|chr1 ( 257) 1765 358.6 2.5e-99
CCDS44266.1 FCGR3A gene_id:2214|Hs108|chr1 ( 254) 542 117.0 1.3e-26
CCDS1232.1 FCGR3A gene_id:2214|Hs108|chr1 ( 290) 542 117.0 1.5e-26
CCDS72845.1 FCGR1B gene_id:2210|Hs108|chr1 ( 280) 536 115.8 3.3e-26
CCDS41433.1 FCGR3B gene_id:2215|Hs108|chr1 ( 233) 522 113.0 1.9e-25
CCDS58040.1 FCGR3B gene_id:2215|Hs108|chr1 ( 269) 522 113.0 2.1e-25
CCDS72961.1 FCGR3B gene_id:2215|Hs108|chr1 ( 216) 509 110.4 1.1e-24
CCDS72844.1 FCGR1B gene_id:2210|Hs108|chr1 ( 224) 499 108.4 4.3e-24
CCDS933.1 FCGR1A gene_id:2209|Hs108|chr1 ( 374) 501 109.0 4.9e-24
CCDS30924.1 FCGR2B gene_id:2213|Hs108|chr1 ( 310) 490 106.7 1.9e-23
CCDS30925.1 FCGR2B gene_id:2213|Hs108|chr1 ( 291) 482 105.1 5.5e-23
CCDS44264.1 FCGR2A gene_id:2212|Hs108|chr1 ( 317) 468 102.4 4e-22
CCDS53414.1 FCGR2B gene_id:2213|Hs108|chr1 ( 303) 467 102.2 4.4e-22
CCDS30922.1 FCGR2A gene_id:2212|Hs108|chr1 ( 316) 459 100.6 1.4e-21
CCDS72962.1 FCRLB gene_id:127943|Hs108|chr1 ( 275) 450 98.8 4.2e-21
CCDS72963.1 FCRLB gene_id:127943|Hs108|chr1 ( 318) 450 98.8 4.7e-21
CCDS30927.1 FCRLB gene_id:127943|Hs108|chr1 ( 426) 450 98.9 5.9e-21
CCDS72964.1 FCRLB gene_id:127943|Hs108|chr1 ( 268) 438 96.4 2.1e-20
CCDS72965.1 FCRLB gene_id:127943|Hs108|chr1 ( 311) 438 96.5 2.4e-20
CCDS1166.1 FCRL4 gene_id:83417|Hs108|chr1 ( 515) 362 81.6 1.2e-15
CCDS1165.1 FCRL5 gene_id:83416|Hs108|chr1 ( 977) 353 80.0 6.7e-15
CCDS1167.1 FCRL3 gene_id:115352|Hs108|chr1 ( 734) 348 78.9 1.1e-14
CCDS81385.1 FCRL3 gene_id:115352|Hs108|chr1 ( 742) 348 78.9 1.1e-14
CCDS72846.1 FCGR1B gene_id:2210|Hs108|chr1 ( 188) 303 69.6 1.7e-12
>>CCDS1184.1 FCER1A gene_id:2205|Hs108|chr1 (257 aa)
initn: 1765 init1: 1765 opt: 1765 Z-score: 1896.8 bits: 358.6 E(32554): 2.5e-99
Smith-Waterman score: 1765; 100.0% identity (100.0% similar) in 257 aa overlap (1-257:1-257)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAPAMESPTLLCVALLFFAPDGVLAVPQKPKVSLNPPWNRIFKGENVTLTCNGNNFFEVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MAPAMESPTLLCVALLFFAPDGVLAVPQKPKVSLNPPWNRIFKGENVTLTCNGNNFFEVS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 STKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQVNESEPVYLEVFSDWLLLQASAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 STKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQVNESEPVYLEVFSDWLLLQASAE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 VVMEGQPLFLRCHGWRNWDVYKVIYYKDGEALKYWYENHNISITNATVEDSGTYYCTGKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VVMEGQPLFLRCHGWRNWDVYKVIYYKDGEALKYWYENHNISITNATVEDSGTYYCTGKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 WQLDYESEPLNITVIKAPREKYWLQFFIPLLVVILFAVDTGLFISTQQQVTFLLKIKRTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 WQLDYESEPLNITVIKAPREKYWLQFFIPLLVVILFAVDTGLFISTQQQVTFLLKIKRTR
190 200 210 220 230 240
250
pF1KE1 KGFRLLNPHPKPNPKNN
:::::::::::::::::
CCDS11 KGFRLLNPHPKPNPKNN
250
>>CCDS44266.1 FCGR3A gene_id:2214|Hs108|chr1 (254 aa)
initn: 526 init1: 477 opt: 542 Z-score: 591.1 bits: 117.0 E(32554): 1.3e-26
Smith-Waterman score: 542; 40.9% identity (66.1% similar) in 230 aa overlap (10-230:5-233)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAPAMESPTLLCVALLFFAPDGVLAVPQKPK--VSLNPPWNRIFKGENVTLTCNGNNFFE
:: .:::... : . . . :: : :.: : :... ..::: :.: :
CCDS44 MWQLLLPTALLLLVSAG-MRTEDLPKAVVFLEPQWYRVLEKDSVTLKCQGAYSPE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 VSSTKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQVNESEPVYLEVFSDWLLLQAS
.::.:::: :: :: : : .:::::.:: . . :.:: ::: ::::::
CCDS44 DNSTQWFHNESLISSQASSYFIDAATVDDSGEYRCQTNLSTLSDPVQLEVHIGWLLLQAP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AEVVMEGQPLFLRCHGWRNWDVYKVIYYKDGEALKYWYENHNISITNATVEDSGTYYCTG
: : .:. ::::.:.: ..:: : ..:.. ::...: .. : .::..:::.:.: :
CCDS44 RWVFKEEDPIHLRCHSWKNTALHKVTYLQNGKGRKYFHHNSDFYIPKATLKDSGSYFCRG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 KVWQLDYESEPLNITVIKAPREKYWLQFFIP-------LLVVILFAVDTGLFISTQQQVT
. . :: .:::. .. . .:: : :..:.::::::::..:.. ..
CCDS44 LFGSKNVSSETVNITITQGLAVSTISSFFPPGYQVSFCLVMVLLFAVDTGLYFSVKTNIR
180 190 200 210 220 230
240 250
pF1KE1 FLLKIKRTRKGFRLLNPHPKPNPKNN
CCDS44 SSTRDWKDHKFKWRKDPQDK
240 250
>>CCDS1232.1 FCGR3A gene_id:2214|Hs108|chr1 (290 aa)
initn: 526 init1: 477 opt: 542 Z-score: 590.3 bits: 117.0 E(32554): 1.5e-26
Smith-Waterman score: 542; 40.9% identity (66.1% similar) in 230 aa overlap (10-230:41-269)
10 20 30
pF1KE1 MAPAMESPTLLCVALLFFAPDGVLAVPQKPK--VSLNPP
:: .:::... : . . . :: : :.:
CCDS12 TSSCLVGLVPLGLRISLVTCPLQCGIMWQLLLPTALLLLVSAG-MRTEDLPKAVVFLEPQ
20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 WNRIFKGENVTLTCNGNNFFEVSSTKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQ
: :... ..::: :.: : .::.:::: :: :: : : .:::::.:: .
CCDS12 WYRVLEKDSVTLKCQGAYSPEDNSTQWFHNESLISSQASSYFIDAATVDDSGEYRCQTNL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 VNESEPVYLEVFSDWLLLQASAEVVMEGQPLFLRCHGWRNWDVYKVIYYKDGEALKYWYE
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CCDS12 STLSDPVQLEVHIGWLLLQAPRWVFKEEDPIHLRCHSWKNTALHKVTYLQNGKGRKYFHH
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 NHNISITNATVEDSGTYYCTGKVWQLDYESEPLNITVIKAPREKYWLQFFIP-------L
: .. : .::..:::.:.: : . . :: .:::. .. . .:: : :
CCDS12 NSDFYIPKATLKDSGSYFCRGLFGSKNVSSETVNITITQGLAVSTISSFFPPGYQVSFCL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250
pF1KE1 LVVILFAVDTGLFISTQQQVTFLLKIKRTRKGFRLLNPHPKPNPKNN
..:.::::::::..:.. ..
CCDS12 VMVLLFAVDTGLYFSVKTNIRSSTRDWKDHKFKWRKDPQDK
250 260 270 280 290
>>CCDS72845.1 FCGR1B gene_id:2210|Hs108|chr1 (280 aa)
initn: 520 init1: 495 opt: 536 Z-score: 584.1 bits: 115.8 E(32554): 3.3e-26
Smith-Waterman score: 536; 36.5% identity (72.1% similar) in 219 aa overlap (15-230:7-223)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAPAMESPTLLCVALLFFAP-DGVLAVPQKPKVSLNPPWNRIFKGENVTLTCNGNNFFEV
::...: :: . . : ..:.::: .:. :..:: :. ..
CCDS72 MWFLTTLLLWVPVDGQVDTT-KAVITLQPPWVSVFQEETITLHCEVLHLPGS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SSTKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQVNESEPVYLEVFSDWLLLQASA
:::.:: ::. .. .. : :..:. .:::::.::. ..:.:. ::. :::::.:.
CCDS72 SSTQWFLNGTATQTSTPSYRITSASVNDSGEYRCQRGLSGRSDPIQLEIHRGWLLLQVSS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 EVVMEGQPLFLRCHGWRNWDVYKVIYYKDGEALKYWYENHNISITNATVEDSGTYYCTGK
.: :::.:: ::::.:.. ::.:.::..:.:.:... : :..: .... .:::.:.:
CCDS72 RVFMEGEPLALRCHAWKDKLVYNVLYYRNGKAFKFFHWNSNLTILKTNISHNGTYHCSG-
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 VWQLDYESEPLNITVIKAPR--EKYWLQFFIPLLVVILFAVDTGLFISTQQQVTFLLKIK
. . : : .. ..:. . :.. .. : : :.: :.: :... ....
CCDS72 MGKHRYTSAGISQYTVKGLQLPTPVWFHVLFYLAVGIMFLVNTVLWVTIRKELKRKKKWN
180 190 200 210 220 230
240 250
pF1KE1 RTRKGFRLLNPHPKPNPKNN
CCDS72 LEISLDSGHEKKVISSLQEDRHLEEELKCQEQKEEQLQEGVHRKEPQGAT
240 250 260 270 280
>>CCDS41433.1 FCGR3B gene_id:2215|Hs108|chr1 (233 aa)
initn: 510 init1: 461 opt: 522 Z-score: 570.3 bits: 113.0 E(32554): 1.9e-25
Smith-Waterman score: 522; 40.0% identity (65.2% similar) in 230 aa overlap (10-230:5-233)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAPAMESPTLLCVALLFFAPDGVLAVPQKPK--VSLNPPWNRIFKGENVTLTCNGNNFFE
:: .:::... : . . . :: : :.: : ... ..::: :.: :
CCDS41 MWQLLLPTALLLLVSAG-MRTEDLPKAVVFLEPQWYSVLEKDSVTLKCQGAYSPE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 VSSTKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQVNESEPVYLEVFSDWLLLQAS
.::.:::: .: :: : : .:::::.:: . . :.:: ::: ::::::
CCDS41 DNSTQWFHNENLISSQASSYFIDAATVNDSGEYRCQTNLSTLSDPVQLEVHIGWLLLQAP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 AEVVMEGQPLFLRCHGWRNWDVYKVIYYKDGEALKYWYENHNISITNATVEDSGTYYCTG
: : .:. ::::.:.: ..:: : ..:. ::...: .. : .::..:::.:.: :
CCDS41 RWVFKEEDPIHLRCHSWKNTALHKVTYLQNGKDRKYFHHNSDFHIPKATLKDSGSYFCRG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 KVWQLDYESEPLNITVIKAPREKYWLQFFIP-------LLVVILFAVDTGLFISTQQQVT
: . . :: .:::. .. . .: : :..:.::::::::..:.. ..
CCDS41 LVGSKNVSSETVNITITQGLAVSTISSFSPPGYQVSFCLVMVLLFAVDTGLYFSVKTNI
180 190 200 210 220 230
240 250
pF1KE1 FLLKIKRTRKGFRLLNPHPKPNPKNN
>>CCDS58040.1 FCGR3B gene_id:2215|Hs108|chr1 (269 aa)
initn: 510 init1: 461 opt: 522 Z-score: 569.4 bits: 113.0 E(32554): 2.1e-25
Smith-Waterman score: 522; 40.0% identity (65.2% similar) in 230 aa overlap (10-230:41-269)
10 20 30
pF1KE1 MAPAMESPTLLCVALLFFAPDGVLAVPQKPK--VSLNPP
:: .:::... : . . . :: : :.:
CCDS58 TPSCLVGLVPLGLRISLVTCPLQCGIMWQLLLPTALLLLVSAG-MRTEDLPKAVVFLEPQ
20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 WNRIFKGENVTLTCNGNNFFEVSSTKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQ
: ... ..::: :.: : .::.:::: .: :: : : .:::::.:: .
CCDS58 WYSVLEKDSVTLKCQGAYSPEDNSTQWFHNENLISSQASSYFIDAATVNDSGEYRCQTNL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 VNESEPVYLEVFSDWLLLQASAEVVMEGQPLFLRCHGWRNWDVYKVIYYKDGEALKYWYE
. :.:: ::: :::::: : : .:. ::::.:.: ..:: : ..:. ::...
CCDS58 STLSDPVQLEVHIGWLLLQAPRWVFKEEDPIHLRCHSWKNTALHKVTYLQNGKDRKYFHH
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 NHNISITNATVEDSGTYYCTGKVWQLDYESEPLNITVIKAPREKYWLQFFIP-------L
: .. : .::..:::.:.: : : . . :: .:::. .. . .: : :
CCDS58 NSDFHIPKATLKDSGSYFCRGLVGSKNVSSETVNITITQGLAVSTISSFSPPGYQVSFCL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250
pF1KE1 LVVILFAVDTGLFISTQQQVTFLLKIKRTRKGFRLLNPHPKPNPKNN
..:.::::::::..:.. ..
CCDS58 VMVLLFAVDTGLYFSVKTNI
250 260
>>CCDS72961.1 FCGR3B gene_id:2215|Hs108|chr1 (216 aa)
initn: 510 init1: 461 opt: 509 Z-score: 556.9 bits: 110.4 E(32554): 1.1e-24
Smith-Waterman score: 509; 40.7% identity (65.1% similar) in 209 aa overlap (29-230:8-216)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAPAMESPTLLCVALLFFAPDGVLAVPQKPKVSLNPPWNRIFKGENVTLTCNGNNFFEVS
: : :.: : ... ..::: :.: : .
CCDS72 MRTEDLPKAVVFLEPQWYSVLEKDSVTLKCQGAYSPEDN
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 STKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQVNESEPVYLEVFSDWLLLQASAE
::.:::: .: :: : : .:::::.:: . . :.:: ::: ::::::
CCDS72 STQWFHNENLISSQASSYFIDAATVNDSGEYRCQTNLSTLSDPVQLEVHIGWLLLQAPRW
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 VVMEGQPLFLRCHGWRNWDVYKVIYYKDGEALKYWYENHNISITNATVEDSGTYYCTGKV
: : .:. ::::.:.: ..:: : ..:. ::...: .. : .::..:::.:.: : :
CCDS72 VFKEEDPIHLRCHSWKNTALHKVTYLQNGKDRKYFHHNSDFHIPKATLKDSGSYFCRGLV
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE1 WQLDYESEPLNITVIKAPREKYWLQFFIP-------LLVVILFAVDTGLFISTQQQVTFL
. . :: .:::. .. . .: : :..:.::::::::..:.. ..
CCDS72 GSKNVSSETVNITITQGLAVSTISSFSPPGYQVSFCLVMVLLFAVDTGLYFSVKTNI
160 170 180 190 200 210
240 250
pF1KE1 LKIKRTRKGFRLLNPHPKPNPKNN
>>CCDS72844.1 FCGR1B gene_id:2210|Hs108|chr1 (224 aa)
initn: 495 init1: 495 opt: 499 Z-score: 546.0 bits: 108.4 E(32554): 4.3e-24
Smith-Waterman score: 499; 41.8% identity (76.4% similar) in 165 aa overlap (15-178:7-170)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAPAMESPTLLCVALLFFAP-DGVLAVPQKPKVSLNPPWNRIFKGENVTLTCNGNNFFEV
::...: :: . . : ..:.::: .:. :..:: :. ..
CCDS72 MWFLTTLLLWVPVDGQVDTT-KAVITLQPPWVSVFQEETITLHCEVLHLPGS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SSTKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQVNESEPVYLEVFSDWLLLQASA
:::.:: ::. .. .. : :..:. .:::::.::. ..:.:. ::. :::::.:.
CCDS72 SSTQWFLNGTATQTSTPSYRITSASVNDSGEYRCQRGLSGRSDPIQLEIHRGWLLLQVSS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 EVVMEGQPLFLRCHGWRNWDVYKVIYYKDGEALKYWYENHNISITNATVEDSGTYYCTGK
.: :::.:: ::::.:.. ::.:.::..:.:.:... : :..: .... .:::.:.:
CCDS72 RVFMEGEPLALRCHAWKDKLVYNVLYYRNGKAFKFFHWNSNLTILKTNISHNGTYHCSGM
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 VWQLDYESEPLNITVIKAPREKYWLQFFIPLLVVILFAVDTGLFISTQQQVTFLLKIKRT
CCDS72 GKHRYTSAGISQYTVKELFPAPVLNASVTSPLLEGNLVTLSCETKLLLQRPGL
180 190 200 210 220
>>CCDS933.1 FCGR1A gene_id:2209|Hs108|chr1 (374 aa)
initn: 488 init1: 488 opt: 501 Z-score: 544.9 bits: 109.0 E(32554): 4.9e-24
Smith-Waterman score: 501; 40.3% identity (74.0% similar) in 181 aa overlap (15-194:7-185)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAPAMESPTLLCVALLFFAP-DGVLAVPQKPKVSLNPPWNRIFKGENVTLTCNGNNFFEV
::...: :: . . : ..:.::: .:. :.::: :. ..
CCDS93 MWFLTTLLLWVPVDGQVDTT-KAVITLQPPWVSVFQEETVTLHCEVLHLPGS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SSTKWFHNGSLSEETNSSLNIVNAKFEDSGEYKCQHQQVNESEPVYLEVFSDWLLLQASA
:::.:: ::. .. .. : :..:. .:::::.::. ..:.:. ::. :::::.:.
CCDS93 SSTQWFLNGTATQTSTPSYRITSASVNDSGEYRCQRGLSGRSDPIQLEIHRGWLLLQVSS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
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