Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1431
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1431, 764 aa
1>>>pF1KE1431 764 - 764 aa - 764 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8827+/-0.00104; mu= 17.6237+/- 0.063
mean_var=106.6322+/-21.871, 0's: 0 Z-trim(106.2): 168 B-trim: 216 in 1/49
Lambda= 0.124202
statistics sampled from 8630 (8844) to 8630 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.633), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16
Scan time: 3.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4729.1 CFB gene_id:629|Hs108|chr6 ( 764) 5255 953.3 0
CCDS4728.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 ( 752) 1846 342.5 1.5e-93
CCDS54991.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 ( 620) 1434 268.6 2.2e-71
CCDS75428.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 ( 506) 1099 208.5 2.2e-53
CCDS75427.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 ( 328) 752 146.1 8.3e-35
>>CCDS4729.1 CFB gene_id:629|Hs108|chr6 (764 aa)
initn: 5255 init1: 5255 opt: 5255 Z-score: 5094.2 bits: 953.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5255; 99.9% identity (99.9% similar) in 764 aa overlap (1-764:1-764)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MGSNLSPQLCLMPFILGLLSGGVTTTPWSLAWPQGSCSLEGVEIKGGSFRLLQEGQALEY
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CCDS47 MGSNLSPQLCLMPFILGLLSGGVTTTPWSLARPQGSCSLEGVEIKGGSFRLLQEGQALEY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 VCPSGFYPYPVQTRTCRSTGSWSTLKTQDQKTVRKAECRAIHCPRPHDFENGEYWPRSPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VCPSGFYPYPVQTRTCRSTGSWSTLKTQDQKTVRKAECRAIHCPRPHDFENGEYWPRSPY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 YNVSDEISFHCYDGYTLRGSANRTCQVNGRWSGQTAICDNGAGYCSNPGIPIGTRKVGSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YNVSDEISFHCYDGYTLRGSANRTCQVNGRWSGQTAICDNGAGYCSNPGIPIGTRKVGSQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 YRLEDSVTYHCSRGLTLRGSQRRTCQEGGSWSGTEPSCQDSFMYDTPQEVAEAFLSSLTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YRLEDSVTYHCSRGLTLRGSQRRTCQEGGSWSGTEPSCQDSFMYDTPQEVAEAFLSSLTE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS47 TIEGVDAEDGHGPGEQQKRKIVLDPSGSMNIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKCLVNLIEKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 ASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 AVYSMMSWPDDVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AVYSMMSWPDDVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPRE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 DYLDVYVFGVGPLVNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQSLSLCGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DYLDVYVFGVGPLVNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQSLSLCGM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 VWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSIKVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSIKVS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE1 VGGEKRDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VGGEKRDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE1 EGTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSCERDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EGTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSCERDA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE1 QYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KE1 VVDVCKNQKRQKQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VVDVCKNQKRQKQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFL
730 740 750 760
>>CCDS4728.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 (752 aa)
initn: 1524 init1: 548 opt: 1846 Z-score: 1793.0 bits: 342.5 E(32554): 1.5e-93
Smith-Waterman score: 1846; 39.8% identity (69.6% similar) in 757 aa overlap (30-764:17-750)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MGSNLSPQLCLMPFILGLLSGGVTTTPWSLAWPQGSCSLEGVEIKGGSFRLLQ---EGQA
:: :: ..:.:.::.: : . :.
CCDS47 MGPLMVLFCLLFLYPGLADSAPSCP-QNVNISGGTFTLSHGWAPGSL
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LEYVCPSGFYPYPVQTRTCRSTGSWSTLKTQDQKTVRKAECRAIHCPRPHDFENGEYWPR
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CCDS47 LTYSCPQGLYPSPA-SRLCKSSGQWQT--PGATRSLSKAVCKPVRCPAPVSFENGIYTPR
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 SPYYNVSDEISFHCYDGYTLRGSANRTCQVNGRWSGQTAICDNGAGYCSNPGIPIGTRKV
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CCDS47 LGSYPVGGNVSFECEDGFILRGSPVRQCRPNGMWDGETAVCDNGAGHCPNPGISLGAVRT
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GSQYRLEDSVTYHCSRGLTLRGSQRRTCQEGGSWSGTEPSCQDSFMYDTPQEVAEAFLSS
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CCDS47 GFRFGHGDKVRYRCSSNLVLTGSSERECQGNGVWSGTEPICRQPYSYDFPEDVAPALGTS
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 LTETIEGVDAEDGHGPGEQQKRKIVLDPSGSMNIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKCLVNLI
... . ... . :. ::: .. :: .:.::.:: :.:.. ..: :. ..
CCDS47 FSHMLGATNPT--QKTKESLGRKIQIQRSGHLNLYLLLDCSQSVSENDFLIFKESASLMV
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 EKVASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKK
... :. .. ...:.:. ::. ..: . .: . : ..:.. ::.::. .::::
CCDS47 DRIFSFEINVSVAIITFASEPKVLMSVLNDNSRDMTEVISSLENANYKDHENGTGTNTYA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 ALQAVYSMMSWPD---DVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKD
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CCDS47 ALNSVYLMMNNQMRLLGMETMAWQEIRHAIILLTDGKSNMGGSPKTAVDHIREILNINQK
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 RKNPREDYLDVYVFGVGPL-VNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQ
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CCDS47 R----NDYLDIYAIGVGKLDVDWRELNELGSKKDGERHAFILQDTKALHQVFEHMLDVSK
410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE1 -SLSLCGMVWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDD
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CCDS47 LTDTICGVGNMSANASDQERTPWHV---TIKP-KSQETCRGALISDQWVLTAAHCFR-DG
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580
pF1KE1 KEHSI-KVSVGGEK----RDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLK
..::. .:.:: : ... :: ... :.... .::. :: ::: :.::.:: .:.:
CCDS47 NDHSLWRVNVGDPKSQWGKEFLIEKAVISPGFDVFAKKNQGILEFYGDDIALLKLAQKVK
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KE1 YGQTIRPICLPCTEGTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYI
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CCDS47 MSTHARPICLPCTMEANLALRRPQGSTCRDHENELLNKQSVPAHFVALNGSKL---NINL
580 590 600 610 620
650 660 670 680 690 700
pF1KE1 KNGDKKGSC-ERDAQYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVH
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CCDS47 KMGVEWTSCAEVVSQEKTMFPNLTDVREVVTDQFLCSG---TQEDESPCKGESGGAVFLE
630 640 650 660 670 680
710 720 730 740 750
pF1KE1 KRSRFIQVGVISWGVVDVC-----KNQKRQ---KQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQD
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CCDS47 RRFRFFQVGLVSWGLYNPCLGSADKNSRKRAPRSKVPP-PRDFHINLFRMQPWLRQHLGD
690 700 710 720 730 740
760
pF1KE1 EDLGFL
:.::
CCDS47 V-LNFLPL
750
>>CCDS54991.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 (620 aa)
initn: 1351 init1: 266 opt: 1434 Z-score: 1395.2 bits: 268.6 E(32554): 2.2e-71
Smith-Waterman score: 1434; 38.6% identity (69.9% similar) in 622 aa overlap (162-764:16-618)
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 YDGYTLRGSANRTCQVNGRWSGQTAICDNGAGYCSNPGIPIGTRKVGSQYRLEDSVTYHC
::.: :::: .:. ..: .. :.: :.:
CCDS54 MGPLMVLFCLLFLYPAGHCPNPGISLGAVRTGFRFGHGDKVRYRC
10 20 30 40
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 SRGLTLRGSQRRTCQEGGSWSGTEPSCQDSFMYDTPQEVAEAFLSSLTETIEGVDAEDGH
: .:.: ::..: :: .: :::::: :.. . :: :..:: :. .:... . ... .
CCDS54 SSNLVLTGSSERECQGNGVWSGTEPICRQPYSYDFPEDVAPALGTSFSHMLGATNPT--Q
50 60 70 80 90 100
260 270 280 290 300 310
pF1KE1 GPGEQQKRKIVLDPSGSMNIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKCLVNLIEKVASYGVKPRYGL
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CCDS54 KTKESLGRKIQIQRSGHLNLYLLLDCSQSVSENDFLIFKESASLMVDRIFSFEINVSVAI
110 120 130 140 150 160
320 330 340 350 360 370
pF1KE1 VTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQAVYSMMSWPD-
.:.:. ::. ..: . .: . : ..:.. ::.::. .:::: ::..:: ::.
CCDS54 ITFASEPKVLMSVLNDNSRDMTEVISSLENANYKDHENGTGTNTYAALNSVYLMMNNQMR
170 180 190 200 210 220
380 390 400 410 420
pF1KE1 --DVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPREDYLDVYVF
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CCDS54 LLGMETMAWQEIRHAIILLTDGKSNMGGSPKTAVDHIREILNINQKR----NDYLDIYAI
230 240 250 260 270
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 GVGPL-VNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQ-SLSLCGMVWEHRK
::: : :. ..: :.::::.:.:.: ..: . :..:: .:.: :. . ..::. .
CCDS54 GVGKLDVDWRELNELGSKKDGERHAFILQDTKALHQVFEHMLDVSKLTDTICGVGNMSAN
280 290 300 310 320 330
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 GTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSI-KVSVGGEK
..: .. ::.. .:.: :..:.: ::..:. .:::::::: : ..::. .:.:: :
CCDS54 ASDQERTPWHV---TIKP-KSQETCRGALISDQWVLTAAHCFR-DGNDHSLWRVNVGDPK
340 350 360 370 380 390
550 560 570 580 590 600
pF1KE1 ----RDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCTE
... :: ... :.... .::. :: ::: :.::.:: .:.:.. ::::::::
CCDS54 SQWGKEFLIEKAVISPGFDVFAKKNQGILEFYGDDIALLKLAQKVKMSTHARPICLPCTM
400 410 420 430 440 450
610 620 630 640 650 660
pF1KE1 GTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSC-ERDA
.. ::: : .::.....::: :.. : ::. . .::. . .: : . :: : .
CCDS54 EANLALRRPQGSTCRDHENELLNKQSVPAHFVALNGSKLN---INLKMGVEWTSCAEVVS
460 470 480 490 500 510
670 680 690 700 710 720
pF1KE1 QYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWG
: . .. :. :::: .:::.: : . :.:.::: .....: ::.:::..:::
CCDS54 QEKTMFPNLTDVREVVTDQFLCSG---TQEDESPCKGESGGAVFLERRFRFFQVGLVSWG
520 530 540 550 560
730 740 750 760
pF1KE1 VVDVC-----KNQKRQ---KQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFL
. . : ::.... ..:: ::::::::.. :::...: : :.::
CCDS54 LYNPCLGSADKNSRKRAPRSKVPP-PRDFHINLFRMQPWLRQHLGDV-LNFLPL
570 580 590 600 610 620
>>CCDS75428.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 (506 aa)
initn: 894 init1: 256 opt: 1099 Z-score: 1071.9 bits: 208.5 E(32554): 2.2e-53
Smith-Waterman score: 1099; 39.0% identity (70.0% similar) in 484 aa overlap (300-764:38-504)
270 280 290 300 310 320
pF1KE1 NIYLVLDGSDSIGASNFTGAKKCLVNLIEKVASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADS
. :. .. ...:.:. ::. ..: . .:
CCDS75 AAPRILCSRGLRSGSARATGSGVERSPSAAIFSFEINVSVAIITFASEPKVLMSVLNDNS
10 20 30 40 50 60
330 340 350 360 370 380
pF1KE1 SNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQAVYSMMSWPD---DVPPEGWNRTRHVIIL
. : ..:.. ::.::. .:::: ::..:: ::. . .:.. ::.:::
CCDS75 RDMTEVISSLENANYKDHENGTGTNTYAALNSVYLMMNNQMRLLGMETMAWQEIRHAIIL
70 80 90 100 110 120
390 400 410 420 430 440
pF1KE1 MTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPREDYLDVYVFGVGPL-VNQVNINALASK
.::: ::::.: :..:.::..: :.. :. ::::.:..::: : :. ..: :.::
CCDS75 LTDGKSNMGGSPKTAVDHIREILNINQKRN----DYLDIYAIGVGKLDVDWRELNELGSK
130 140 150 160 170 180
450 460 470 480 490 500
pF1KE1 KDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQ-SLSLCGMVWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRP
::.:.:.: ..: . :..:: .:.: :. . ..::. ...: .. ::.. .:.:
CCDS75 KDGERHAFILQDTKALHQVFEHMLDVSKLTDTICGVGNMSANASDQERTPWHV---TIKP
190 200 210 220 230 240
510 520 530 540 550
pF1KE1 SKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSI-KVSVGGEK----RDLEIEVVLFHPNY
:..:.: ::..:. .:::::::: : ..::. .:.:: : ... :: ... :..
CCDS75 -KSQETCRGALISDQWVLTAAHCFR-DGNDHSLWRVNVGDPKSQWGKEFLIEKAVISPGF
250 260 270 280 290
560 570 580 590 600 610
pF1KE1 NINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCTEGTTRALRLPPTTTCQQQK
.. .::. :: ::: :.::.:: .:.:.. :::::::: .. ::: : .::....
CCDS75 DVFAKKNQGILEFYGDDIALLKLAQKVKMSTHARPICLPCTMEANLALRRPQGSTCRDHE
300 310 320 330 340 350
620 630 640 650 660 670
pF1KE1 EELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSC-ERDAQYAPGYDKVKDISEVVTP
.::: :.. : ::. . .:: .. .: : . :: : .: . .. :. ::::
CCDS75 NELLNKQSVPAHFVALNGSKL---NINLKMGVEWTSCAEVVSQEKTMFPNLTDVREVVTD
360 370 380 390 400 410
680 690 700 710 720 730
pF1KE1 RFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWGVVDVC-----KNQKRQ--
.:::.: : . :.:.::: .....: ::.:::..:::. . : ::....
CCDS75 QFLCSG---TQEDESPCKGESGGAVFLERRFRFFQVGLVSWGLYNPCLGSADKNSRKRAP
420 430 440 450 460 470
740 750 760
pF1KE1 -KQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFL
..:: ::::::::.. :::...: : :.::
CCDS75 RSKVPP-PRDFHINLFRMQPWLRQHLGDV-LNFLPL
480 490 500
>>CCDS75427.1 C2 gene_id:717|Hs108|chr6 (328 aa)
initn: 840 init1: 543 opt: 752 Z-score: 738.3 bits: 146.1 E(32554): 8.3e-35
Smith-Waterman score: 752; 41.2% identity (69.0% similar) in 274 aa overlap (30-300:17-284)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MGSNLSPQLCLMPFILGLLSGGVTTTPWSLAWPQGSCSLEGVEIKGGSFRLLQ---EGQA
:: :: ..:.:.::.: : . :.
CCDS75 MGPLMVLFCLLFLYPGLADSAPSCP-QNVNISGGTFTLSHGWAPGSL
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LEYVCPSGFYPYPVQTRTCRSTGSWSTLKTQDQKTVRKAECRAIHCPRPHDFENGEYWPR
: : ::.:.:: :. .: :.:.:.:.: ... :: :. ..:: : .:::: : ::
CCDS75 LTYSCPQGLYPSPA-SRLCKSSGQWQT--PGATRSLSKAVCKPVRCPAPVSFENGIYTPR
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