Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1418
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1418, 409 aa
1>>>pF1KE1418 409 - 409 aa - 409 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3478+/-0.00121; mu= 16.8705+/- 0.073
mean_var=68.4753+/-14.217, 0's: 0 Z-trim(100.9): 46 B-trim: 22 in 1/48
Lambda= 0.154991
statistics sampled from 6294 (6314) to 6294 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.531), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16
Scan time: 2.610
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4927.1 RHAG gene_id:6005|Hs108|chr6 ( 409) 2655 603.3 1.4e-172
CCDS10351.1 RHCG gene_id:51458|Hs108|chr15 ( 479) 1360 313.7 2.3e-85
CCDS41414.2 RHBG gene_id:57127|Hs108|chr1 ( 458) 1296 299.4 4.5e-81
CCDS262.1 RHD gene_id:6007|Hs108|chr1 ( 417) 772 182.2 7.8e-46
CCDS30635.1 RHCE gene_id:6006|Hs108|chr1 ( 417) 758 179.1 6.8e-45
CCDS60029.1 RHD gene_id:6007|Hs108|chr1 ( 463) 684 162.6 7.1e-40
CCDS81283.1 RHCE gene_id:6006|Hs108|chr1 ( 372) 652 155.4 8.5e-38
CCDS60030.1 RHD gene_id:6007|Hs108|chr1 ( 396) 651 155.1 1e-37
CCDS60027.1 RHD gene_id:6007|Hs108|chr1 ( 431) 651 155.2 1.1e-37
CCDS60028.1 RHD gene_id:6007|Hs108|chr1 ( 493) 651 155.2 1.3e-37
CCDS53285.1 RHD gene_id:6007|Hs108|chr1 ( 321) 636 151.7 9e-37
CCDS60031.1 RHD gene_id:6007|Hs108|chr1 ( 378) 636 151.8 1e-36
CCDS30637.1 RHCE gene_id:6006|Hs108|chr1 ( 354) 614 146.8 2.9e-35
>>CCDS4927.1 RHAG gene_id:6005|Hs108|chr6 (409 aa)
initn: 2655 init1: 2655 opt: 2655 Z-score: 3212.0 bits: 603.3 E(32554): 1.4e-172
Smith-Waterman score: 2655; 99.5% identity (99.8% similar) in 409 aa overlap (1-409:1-409)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRFTFPLMAIVLEIAMIVLFGLFVEYETDQTVLEQLNITKPTDMGIFFELYPLFQDVHVM
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CCDS49 MRFTFPLMAIVLEIAMIVLFGLFVEYETDQTVLEQLNITKPTDMGIFFELYPLFQDVHVM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 IFVGFGFLMTFLKKYGFSSVGINLLVAALGLQWGTIVQGTLQSQGQKFNIGIKNMINADF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS49 IFVGFGFLMTFLKKYGFSSVGINLLVAALGLQWGTIVQGILQSQGQKFNIGIKNMINADF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SAATVLISFGAVLGKTSPTQMLIMTILEIVFFAHNEYLVSEIFKASDIGASMTIHAFGAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 SAATVLISFGAVLGKTSPTQMLIMTILEIVFFAHNEYLVSEIFKASDIGASMTIHAFGAY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 FGLAVAGILYRSGLRKGRENEESAYYSDLFAMIGTLFLWMFWPSFNSAIAEPGDKQCRAI
:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 FGLAVAGILYRSGLRKGHENEESAYYSDLFAMIGTLFLWMFWPSFNSAIAEPGDKQCRAI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 VNTYFSLAACVLTAFAFSSLVEHRGKLNMVHIQNATLAGGVAVGTCADMAIHPFGSMIIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 VNTYFSLAACVLTAFAFSSLVEHRGKLNMVHIQNATLAGGVAVGTCADMAIHPFGSMIIG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SIAGMVSVLGYKFLTPLFTTKLRIHDTCGVHNLHGLPGVVGGLAGIVAVAMGASNTSMAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 SIAGMVSVLGYKFLTPLFTTKLRIHDTCGVHNLHGLPGVVGGLAGIVAVAMGASNTSMAM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE1 QAAALGSSIGTAVVGGLMTGLILKLPLWGQPSDQNCYDDSVYWKVPKTR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 QAAALGSSIGTAVVGGLMTGLILKLPLWGQPSDQNCYDDSVYWKVPKTR
370 380 390 400
>>CCDS10351.1 RHCG gene_id:51458|Hs108|chr15 (479 aa)
initn: 1500 init1: 997 opt: 1360 Z-score: 1646.0 bits: 313.7 E(32554): 2.3e-85
Smith-Waterman score: 1510; 50.7% identity (80.6% similar) in 434 aa overlap (1-407:7-440)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRFTFPLMAIVLEIAMIVLFGLFVEY--ETDQTVLEQLNITKPTDM-GIFFELY
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CCDS10 MAWNTNLRWRLPLTCLLLQVIMVILFGVFVRYDFEADAHWWSERTHKNLSDMENEFYYRY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 PLFQDVHVMIFVGFGFLMTFLKKYGFSSVGINLLVAALGLQWGTIVQGTLQS-QGQKFNI
: :::::::.:::::::::::..::::.::.:.:.::.:.::. ..:: .. : . . .
CCDS10 PSFQDVHVMVFVGFGFLMTFLQRYGFSAVGFNFLLAAFGIQWALLMQGWFHFLQDRYIVV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 GIKNMINADFSAATVLISFGAVLGKTSPTQMLIMTILEIVFFAHNEYLVSEIFKASDIGA
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CCDS10 GVENLINADFCVASVCVAFGAVLGKVSPIQLLIMTFFQVTLFAVNEFILLNLLKVKDAGG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 SMTIHAFGAYFGLAVAGILYRSGLRKGRENEESAYYSDLFAMIGTLFLWMFWPSFNSAIA
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CCDS10 SMTIHTFGAYFGLTVTRILYRRNLEQSKERQNSVYQSDLFAMIGTLFLWMYWPSFNSAIS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 EPGDKQCRAIVNTYFSLAACVLTAFAFSSLVEHRGKLNMVHIQNATLAGGVAVGTCADMA
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CCDS10 YHGDSQHRAAINTYCSLAACVLTSVAISSALHKKGKLDMVHIQNATLAGGVAVGTAAEMM
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 IHPFGSMIIGSIAGMVSVLGYKFLTPLFTTKLRIHDTCGVHNLHGLPGVVGGLAGIVAVA
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CCDS10 LMPYGALIIGFVCGIISTLGFVYLTPFLESRLHIQDTCGINNLHGIPGIIGGIVGAVTAA
310 320 330 340 350 360
360 370 380
pF1KE1 MGA-----------------------SNTSMAMQAAALGSSIGTAVVGGLMTGLILKLPL
.. . :. .: .: ... :..::...::::.::.
CCDS10 SASLEVYGKEGLVHSFDFQGFNGDWTARTQGKFQIYGLLVTLAMALMGGIIVGLILRLPF
370 380 390 400 410 420
390 400
pF1KE1 WGQPSDQNCYDDSVYWKVPKTR
::::::.::..:.:::..:.
CCDS10 WGQPSDENCFEDAVYWEMPEGNSTVYIPEDPTFKPSGPSVPSVPMVSPLPMASSVPLVP
430 440 450 460 470
>>CCDS41414.2 RHBG gene_id:57127|Hs108|chr1 (458 aa)
initn: 1370 init1: 951 opt: 1296 Z-score: 1569.0 bits: 299.4 E(32554): 4.5e-81
Smith-Waterman score: 1392; 50.8% identity (79.7% similar) in 429 aa overlap (2-406:12-438)
10 20 30 40
pF1KE1 MRFTFPLMAIVLEIAMIVLFGLFVEY--ETDQTVLEQLNITKPTDMGIFF
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CCDS41 MAGSPSRAAGRRLQLPLLCLFLQGATAVLFAVFVRYNHKTDAALWHRSNHSN-ADNEFYF
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 ELYPLFQDVHVMIFVGFGFLMTFLKKYGFSSVGINLLVAALGLQWGTIVQGTLQS-QGQK
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CCDS41 R-YPSFQDVHAMVFVGFGFLMVFLQRYGFSSVGFTFLLAAFALQWSTLVQGFLHSFHGGH
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 FNIGIKNMINADFSAATVLISFGAVLGKTSPTQMLIMTILEIVFFAHNEYLVSEIFKASD
...:...:::::: :..::::::::::::.:::.:.:..::.:.:. ::... ... . :
CCDS41 IHVGVESMINADFCAGAVLISFGAVLGKTGPTQLLLMALLEVVLFGINEFVLLHLLGVRD
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 IGASMTIHAFGAYFGLAVAGILYRSGLRKGRENEESAYYSDLFAMIGTLFLWMFWPSFNS
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CCDS41 AGGSMTIHTFGAYFGLVLSRVLYRPQLEKSKHRQGSVYHSDLFAMIGTIFLWIFWPSFNA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 AIAEPGDKQCRAIVNTYFSLAACVLTAFAFSSLVEHRGKLNMVHIQNATLAGGVAVGTCA
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CCDS41 ALTALGAGQHRTALNTYYSLAASTLGTFALSALVGEDGRLDMVHIQNAALAGGVVVGTSS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 DMAIHPFGSMIIGSIAGMVSVLGYKFLTPLFTTKLRIHDTCGVHNLHGLPGVVGGLAGIV
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CCDS41 EMMLTPFGALAAGFLAGTVSTLGYKFFTPILESKFKVQDTCGVHNLHGMPGVLGALLGVL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380
pF1KE1 A-------------------VAMGA-SNTSMAM-QAAALGSSIGTAVVGGLMTGLILKLP
. .: : : ::.:: : .: .. : ::: . ::.::::
CCDS41 VAGLATHEAYGDGLESVFPLIAEGQRSATSQAMHQLFGLFVTLMFASVGGGLGGLLLKLP
360 370 380 390 400 410
390 400
pF1KE1 LWGQPSDQNCYDDSVYWKVPKTR
. .: :.. :.:.:.:.::
CCDS41 FLDSPPDSQHYEDQVHWQVPGEHEDKAQRPLRVEEADTQA
420 430 440 450
>>CCDS262.1 RHD gene_id:6007|Hs108|chr1 (417 aa)
initn: 866 init1: 511 opt: 772 Z-score: 936.3 bits: 182.2 E(32554): 7.8e-46
Smith-Waterman score: 823; 36.5% identity (70.4% similar) in 416 aa overlap (1-406:9-411)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRFTFPLMAIVLEIAMIVLFGLFVEYETDQTVLEQLNITKPTDMGIFFELYP
.: .:: :..:: :.:.:: .:..: : .. .: ... ..:
CCDS26 MSSKYPRSVRRCLPLWALTLEAALILLFYFFTHY--DASLEDQKGLVASYQVG-------
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LFQDVHVMIFVGFGFLMTFLKKYGFSSVGINLLVAALGLQWGTIVQGTL-QSQGQKFNIG
::. :: .:.::: . ......:::..::.. :::.::. ...: : : . : :
CCDS26 --QDLTVMAAIGLGFLTSSFRRHSWSSVAFNLFMLALGVQWAILLDGFLSQFPSGKVVIT
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 IKNMINADFSAATVLISFGAVLGKTSPTQMLIMTILEIVFFAHNEYLVSEIFKASDIGAS
. .. : .:: .:::: :::::.. .:...:...:.. ... ....:.::...
CCDS26 LFSIRLATMSALSVLISVDAVLGKVNLAQLVVMVLVEVTALGNLRMVISNIFNTDYHMNM
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 MTIHAFGAYFGLAVAGILYRSGLRKGREN-EESAYYSDLFAMIGTLFLWMFWPSFNSAIA
: :..:.:::::.:: : . : .: :. ...: .: ::.:.:::::::::::::.
CCDS26 MHIYVFAAYFGLSVAWCLPKP-LPEGTEDKDQTATIPSLSAMLGALFLWMFWPSFNSALL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 EPGDKQCRAIVNTYFSLAACVLTAFAFSSLVEHRGKLNMVHIQNATLAGGVAVGTCADMA
. .. :. :::...:. :.::.. :::.. .::.. .....:.::::::::: .
CCDS26 RSPIERKNAVFNTYYAVAVSVVTAISGSSLAHPQGKISKTYVHSAVLAGGVAVGTSCHLI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KE1 IHPFGSMIIGSIAGMVSVLGYKFLTPLFTTKLRI-HDTCGVHNLHGLPGVVGGLAGIVAV
:. .:..: .::..:: : :.: . : : :.. .:. .: :..: . :: .
CCDS26 PSPWLAMVLGLVAGLISVGGAKYLPGCCNRVLGIPHSSIMGYNF-SLLGLLGEIIYIVLL
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 AM---GASNTSMAMQA----AALGSSIGTAVVGGLMTGLILKLPLWGQPSDQNCYDDSVY
.. ::.: ...:. . :. .: :...::.:::.:.: .: : . . .::.:.
CCDS26 VLDTVGAGNGMIGFQVLLSIGELSLAIVIALMSGLLTGLLLNLKIWKAPHEAKYFDDQVF
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 WKVPKTR
:: :
CCDS26 WKFPHLAVGF
410
>>CCDS30635.1 RHCE gene_id:6006|Hs108|chr1 (417 aa)
initn: 812 init1: 517 opt: 758 Z-score: 919.4 bits: 179.1 E(32554): 6.8e-45
Smith-Waterman score: 808; 36.1% identity (68.8% similar) in 416 aa overlap (1-406:9-411)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRFTFPLMAIVLEIAMIVLFGLFVEYETDQTVLEQLNITKPTDMGIFFELYP
.: .:: :..:: :.:.:: .:..: : .. .: ... ..:
CCDS30 MSSKYPRSVRRCLPLCALTLEAALILLFYFFTHY--DASLEDQKGLVASYQVG-------
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LFQDVHVMIFVGFGFLMTFLKKYGFSSVGINLLVAALGLQWGTIVQGTL-QSQGQKFNIG
::. :: .:.::: . ......:::..::.. :::.::. ...: : : : :
CCDS30 --QDLTVMAALGLGFLTSNFRRHSWSSVAFNLFMLALGVQWAILLDGFLSQFPPGKVVIT
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 IKNMINADFSAATVLISFGAVLGKTSPTQMLIMTILEIVFFAHNEYLVSEIFKASDIGAS
. .. : .:: .:::: ::::::.. .:...:...:.. .. ....:.::. .: .
CCDS30 LFSIRLATMSAMSVLISAGAVLGKVNLAQLVVMVLVEVTALGTLRMVISNIFN-TDYHMN
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE1 MT-IHAFGAYFGLAVAGILYRSGLRKGRE-NEESAYYSDLFAMIGTLFLWMFWPSFNSAI
. ...:.:::::.:: : . : :: : :.. : .: ::.:.::::::::: :::.
CCDS30 LRHFYVFAAYFGLTVAWCLPKP-LPKGTEDNDQRATIPSLSAMLGALFLWMFWPSVNSAL
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 AEPGDKQCRAIVNTYFSLAACVLTAFAFSSLVEHRGKLNMVHIQNATLAGGVAVGTCADM
. .. :. :::..::. :.::.. :::.. . :..:.....:.::::::::: .
CCDS30 LRSPIQRKNAMFNTYYALAVSVVTAISGSSLAHPQRKISMTYVHSAVLAGGVAVGTSCHL
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 AIHPFGSMIIGSIAGMVSVLGYKFLTPLFTTKLRIHDTCGVHNLHGLPGVVGGLAGIVAV
:. .:..: .::..:. : : : . : :: .:.. .: :..: .. :: .
CCDS30 IPSPWLAMVLGLVAGLISIGGAKCLPVCCNRVLGIHHISVMHSIFSLLGLLGEITYIVLL
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 AM-------GASNTSMAMQAAALGSSIGTAVVGGLMTGLILKLPLWGQPSDQNCYDDSVY
.. : . .. .. . :. .: :...::.:::.:.: .: : . .::.:.
CCDS30 VLHTVWNGNGMIGFQVLLSIGELSLAIVIALTSGLLTGLLLNLKIWKAPHVAKYFDDQVF
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 WKVPKTR
:: :
CCDS30 WKFPHLAVGF
410
>>CCDS60029.1 RHD gene_id:6007|Hs108|chr1 (463 aa)
initn: 752 init1: 511 opt: 684 Z-score: 829.3 bits: 162.6 E(32554): 7.1e-40
Smith-Waterman score: 735; 36.1% identity (70.4% similar) in 388 aa overlap (1-382:9-383)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRFTFPLMAIVLEIAMIVLFGLFVEYETDQTVLEQLNITKPTDMGIFFELYP
.: .:: :..:: :.:.:: .:..: : .. .: ... ..:
CCDS60 MSSKYPRSVRRCLPLWALTLEAALILLFYFFTHY--DASLEDQKGLVASYQVG-------
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LFQDVHVMIFVGFGFLMTFLKKYGFSSVGINLLVAALGLQWGTIVQGTL-QSQGQKFNIG
::. :: .:.::: . ......:::..::.. :::.::. ...: : : . : :
CCDS60 --QDLTVMAAIGLGFLTSSFRRHSWSSVAFNLFMLALGVQWAILLDGFLSQFPSGKVVIT
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 IKNMINADFSAATVLISFGAVLGKTSPTQMLIMTILEIVFFAHNEYLVSEIFKASDIGAS
. .. : .:: .:::: :::::.. .:...:...:.. ... ....:.::...
CCDS60 LFSIRLATMSALSVLISVDAVLGKVNLAQLVVMVLVEVTALGNLRMVISNIFNTDYHMNM
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 MTIHAFGAYFGLAVAGILYRSGLRKGREN-EESAYYSDLFAMIGTLFLWMFWPSFNSAIA
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CCDS60 MHIYVFAAYFGLSVAWCLPKP-LPEGTEDKDQTATIPSLSAMLGALFLWMFWPSFNSALL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 EPGDKQCRAIVNTYFSLAACVLTAFAFSSLVEHRGKLNMVHIQNATLAGGVAVGTCADMA
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CCDS60 RSPIERKNAVFNTYYAVAVSVVTAISGSSLAHPQGKISKTYVHSAVLAGGVAVGTSCHLI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KE1 IHPFGSMIIGSIAGMVSVLGYKFLTPLFTTKLRI-HDTCGVHNLHGLPGVVGGLAGIVAV
:. .:..: .::..:: : :.: . : : :.. .:. .: :..: . :: .
CCDS60 PSPWLAMVLGLVAGLISVGGAKYLPGCCNRVLGIPHSSIMGYNF-SLLGLLGEIIYIVLL
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 AM---GASNTSMAMQAAALGSSIGTAVVGGLMTGLILKLPLWGQPSDQNCYDDSVYWKVP
.. ::.: ...:. . .. :.: .::.::.
CCDS60 VLDTVGAGNGMIGFQVLLSIGELSLAIVIALMSGLLTVSSFGCWILSKSIQEKQGLFKNK
350 360 370 380 390 400
pF1KE1 KTR
CCDS60 TTSSHCCLHLYVRNAHDSKVSNVRAGTGVRENGVESFLCHSLRRISPFIMHCRIQQ
410 420 430 440 450 460
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