Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1404
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1404, 338 aa
1>>>pF1KE1404 338 - 338 aa - 338 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2942+/-0.000463; mu= 11.0036+/- 0.028
mean_var=114.0595+/-23.619, 0's: 0 Z-trim(113.3): 348 B-trim: 949 in 1/49
Lambda= 0.120090
statistics sampled from 22050 (22536) to 22050 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16
Scan time: 7.690
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo s ( 338) 2224 396.6 3.9e-110
NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [H ( 376) 1030 189.8 8e-48
NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 775 145.6 1.6e-34
NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 775 145.6 1.6e-34
NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precurso ( 352) 747 140.7 4.4e-33
NP_598010 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a ( 359) 478 94.1 4.8e-19
XP_006719333 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 478 94.1 4.8e-19
XP_016874406 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 478 94.1 4.8e-19
XP_005268750 (OMIM: 125255,610048) PREDICTED: deco ( 359) 478 94.1 4.8e-19
NP_001911 (OMIM: 125255,610048) decorin isoform a ( 359) 478 94.1 4.8e-19
NP_056379 (OMIM: 610868) leucine-rich repeat trans ( 516) 359 73.6 1e-12
NP_079269 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat trans ( 518) 349 71.9 3.4e-12
NP_001269857 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 519) 349 71.9 3.4e-12
XP_016859476 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-ric ( 522) 349 71.9 3.4e-12
NP_849161 (OMIM: 610867) leucine-rich repeat trans ( 522) 349 71.9 3.4e-12
XP_016859475 (OMIM: 610867) PREDICTED: leucine-ric ( 522) 349 71.9 3.4e-12
NP_001128217 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 349 72.0 3.7e-12
NP_001269853 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 590) 349 72.0 3.7e-12
NP_001317299 (OMIM: 610870) leucine-rich repeat tr ( 591) 349 72.0 3.7e-12
XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 613) 325 67.8 6.8e-11
NP_001186009 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 325 67.8 7e-11
NP_001186010 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 325 67.8 7e-11
XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 652) 325 67.8 7.1e-11
NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo s ( 661) 325 67.8 7.2e-11
NP_570718 (OMIM: 219050,606655) relaxin receptor 2 ( 754) 317 66.5 2.1e-10
XP_016875878 (OMIM: 219050,606655) PREDICTED: rela ( 383) 307 64.5 4.1e-10
XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 306 64.6 7.2e-10
NP_037412 (OMIM: 604806) leucine-rich repeat trans ( 674) 306 64.6 7.2e-10
XP_005273918 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 306 64.6 7.2e-10
NP_001159530 (OMIM: 219050,606655) relaxin recepto ( 730) 302 63.9 1.2e-09
XP_011527507 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 299 63.3 1.6e-09
XP_011527506 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 299 63.3 1.6e-09
NP_938205 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 299 63.3 1.6e-09
XP_005260739 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 299 63.3 1.6e-09
NP_037413 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 299 63.3 1.6e-09
XP_011538979 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 402) 294 62.3 2e-09
XP_011530481 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 412) 281 60.1 9.9e-09
XP_011508141 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 900) 284 60.8 1.3e-08
NP_067649 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-conta ( 915) 284 60.9 1.3e-08
XP_011530476 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 783) 283 60.6 1.3e-08
XP_005245461 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 924) 284 60.9 1.3e-08
NP_001017403 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 967) 284 60.9 1.3e-08
XP_016857485 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 876) 283 60.7 1.4e-08
XP_016864008 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703) 281 60.2 1.5e-08
XP_016864009 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703) 281 60.2 1.5e-08
NP_001240656 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 iso ( 784) 281 60.3 1.6e-08
XP_016864012 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 385) 275 59.0 1.9e-08
XP_016864007 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 756) 277 59.6 2.5e-08
NP_067647 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 isofor ( 757) 275 59.2 3.2e-08
XP_016864011 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 675) 273 58.8 3.8e-08
>>NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo sapie (338 aa)
initn: 2224 init1: 2224 opt: 2224 Z-score: 2098.2 bits: 396.6 E(85289): 3.9e-110
Smith-Waterman score: 2224; 100.0% identity (100.0% similar) in 338 aa overlap (1-338:1-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 VPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKLGSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSAAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKLGSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSAAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFCKILGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFCKILGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE1 LSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
310 320 330
>>NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [Homo (376 aa)
initn: 1216 init1: 920 opt: 1030 Z-score: 979.6 bits: 189.8 E(85289): 8e-48
Smith-Waterman score: 1030; 46.5% identity (79.2% similar) in 318 aa overlap (26-337:61-376)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSP----NCAPECNCPESYPSAM
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NP_002 LRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAM
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 YCDELKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRV
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NP_002 YCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKV
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160
pF1KE1 FSKLKQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHN
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NP_002 FSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHN
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 RLKEDAVSAAFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFN
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NP_002 EIQE--VGSSMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAP
220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 ALQYLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKF
: :.::::: :...:. .:.:: :::.:::::::.:..:: :: :::: ::. :....:
NP_002 KLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEF
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330
pF1KE1 DIKSFCKILGPLSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
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NP_002 SISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI
330 340 350 360 370
>>NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo sap (382 aa)
initn: 770 init1: 344 opt: 775 Z-score: 740.7 bits: 145.6 E(85289): 1.6e-34
Smith-Waterman score: 805; 39.8% identity (72.8% similar) in 324 aa overlap (26-337:66-382)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDE
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NP_958 PRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIF----PDCPRECYCPPDFPSALYCDS
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKL
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NP_958 RNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIR--KIDQRVLEKL
100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 KQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKE
: :....:.: : . ::..::.:.:..:.:... : : : :: .. ::::::..
NP_958 PGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSD
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 DAVSA-AFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQ
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NP_958 GVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLA
210 220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 YLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIK
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NP_958 FIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGT
270 280 290 300 310 320
300 310 320 330
pF1KE1 SFCK--ILGPLSYSK-------IKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
..: ... ..:. ...:::::: . . .: :.. :.:. . :..
NP_958 QICPNDLVAFHDFSSDLENVPHLRYLRLDGNYL-KPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
330 340 350 360 370 380
>>NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo sap (382 aa)
initn: 770 init1: 344 opt: 775 Z-score: 740.7 bits: 145.6 E(85289): 1.6e-34
Smith-Waterman score: 805; 39.8% identity (72.8% similar) in 324 aa overlap (26-337:66-382)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDE
: ::. :.: :: :: ..:::.:::
NP_002 PRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIF----PDCPRECYCPPDFPSALYCDS
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKL
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NP_002 RNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIR--KIDQRVLEKL
100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 KQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKE
: :....:.: : . ::..::.:.:..:.:... : : : :: .. ::::::..
NP_002 PGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSD
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 DAVSA-AFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQ
. . .:.:::.: :.:. : . ..: .:... ::::.::: .::. ::: : :
NP_002 GVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLA
210 220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 YLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIK
..::..:.:.: :.: ::::.:.:. : ::.:.....:..:. ::. ::. :..::..
NP_002 FIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGT
270 280 290 300 310 320
300 310 320 330
pF1KE1 SFCK--ILGPLSYSK-------IKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
..: ... ..:. ...:::::: . . .: :.. :.:. . :..
NP_002 QICPNDLVAFHDFSSDLENVPHLRYLRLDGNYL-KPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
330 340 350 360 370 380
>>NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precursor [H (352 aa)
initn: 757 init1: 370 opt: 747 Z-score: 715.0 bits: 140.7 E(85289): 4.4e-33
Smith-Waterman score: 790; 39.4% identity (73.7% similar) in 312 aa overlap (37-337:42-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 TLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKSVPMVPP
: :: :: :.:.:.::.. :: .: .:
NP_008 LFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIPS
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 GIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKKLHINHN
: ::::.:: :. : :: :::.:.:.:. :..: . : :. ..:.::.: : .. :
NP_008 RIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLEDN
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 NLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSA-AFKGL
.: : .:::.:::.:::..::.... :.: .: :::.. ::.:.: ..: . .::::
NP_008 ELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKGL
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNELAD
:.: :... : . .: ::.. . :.::::.: .::..::. . . .:::.::.:.:
NP_008 KNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLSD
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 SGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFCKI--LGP-
:.:. .:.:::...:.::.:.: ..: .. .:.. .:. :.... ... .: . :
NP_008 EGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLPA
260 270 280 290 300 310
310 320 330
pF1KE1 ----LSYS-KIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
.::. ....::::::.: . .: .. :.:. . : .
NP_008 ERDSFSYGPHLRYLRLDGNEI-KPPIPMALMTCFRLLQAVII
320 330 340 350
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338 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]