Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1404
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1404, 338 aa
1>>>pF1KE1404 338 - 338 aa - 338 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0674+/-0.0011; mu= 12.4867+/- 0.066
mean_var=106.5678+/-22.280, 0's: 0 Z-trim(106.1): 178 B-trim: 80 in 1/48
Lambda= 0.124240
statistics sampled from 8560 (8768) to 8560 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 1.720
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9038.1 LUM gene_id:4060|Hs108|chr12 ( 338) 2224 409.6 1.9e-114
CCDS30976.1 FMOD gene_id:2331|Hs108|chr1 ( 376) 1030 195.6 5.4e-50
CCDS6696.1 OMD gene_id:4958|Hs108|chr9 ( 421) 793 153.2 3.6e-37
CCDS1438.1 PRELP gene_id:5549|Hs108|chr1 ( 382) 775 149.9 3.1e-36
CCDS9037.1 KERA gene_id:11081|Hs108|chr12 ( 352) 747 144.9 9.5e-35
CCDS9039.1 DCN gene_id:1634|Hs108|chr12 ( 359) 478 96.7 3.2e-20
CCDS54226.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 510) 443 90.5 3.2e-18
CCDS12300.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 512) 443 90.5 3.2e-18
CCDS47272.1 LRRTM2 gene_id:26045|Hs108|chr5 ( 516) 359 75.5 1.1e-13
CCDS46347.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 518) 349 73.7 3.8e-13
CCDS74530.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 519) 349 73.7 3.8e-13
CCDS1966.1 LRRTM1 gene_id:347730|Hs108|chr2 ( 522) 349 73.7 3.8e-13
CCDS46346.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 590) 349 73.7 4.2e-13
CCDS82475.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 591) 349 73.7 4.2e-13
CCDS55602.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 642) 325 69.4 8.8e-12
CCDS573.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 661) 325 69.4 9e-12
CCDS9342.1 RXFP2 gene_id:122042|Hs108|chr13 ( 754) 317 68.1 2.7e-11
CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11 ( 674) 306 66.0 9.7e-11
>>CCDS9038.1 LUM gene_id:4060|Hs108|chr12 (338 aa)
initn: 2224 init1: 2224 opt: 2224 Z-score: 2168.3 bits: 409.6 E(32554): 1.9e-114
Smith-Waterman score: 2224; 100.0% identity (100.0% similar) in 338 aa overlap (1-338:1-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKS
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CCDS90 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 VPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 VPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKLGSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSAAF
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CCDS90 LHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKLGSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSAAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNE
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CCDS90 KGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFCKILGP
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CCDS90 LADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFCKILGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE1 LSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
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CCDS90 LSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
310 320 330
>>CCDS30976.1 FMOD gene_id:2331|Hs108|chr1 (376 aa)
initn: 1216 init1: 920 opt: 1030 Z-score: 1011.0 bits: 195.6 E(32554): 5.4e-50
Smith-Waterman score: 1030; 46.5% identity (79.2% similar) in 318 aa overlap (26-337:61-376)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSP----NCAPECNCPESYPSAM
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CCDS30 LRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAM
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 YCDELKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRV
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CCDS30 YCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKV
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160
pF1KE1 FSKLKQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHN
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CCDS30 FSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHN
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 RLKEDAVSAAFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFN
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CCDS30 EIQE--VGSSMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAP
220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 ALQYLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKF
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CCDS30 KLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEF
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330
pF1KE1 DIKSFCKILGPLSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
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CCDS30 SISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI
330 340 350 360 370
>>CCDS6696.1 OMD gene_id:4958|Hs108|chr9 (421 aa)
initn: 730 init1: 379 opt: 793 Z-score: 780.8 bits: 153.2 E(32554): 3.6e-37
Smith-Waterman score: 793; 40.8% identity (71.0% similar) in 314 aa overlap (19-329:47-354)
10 20 30 40
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYP
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CCDS66 KVHCQYETYQWDEDYDQEPDDDYQTGFPFRQNVDYGVP---FHQYTLGCVSECFCPTNFP
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 SAMYCDELKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIK
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CCDS66 SSMYCDNRKLKTIPNIPMHIQQLYLQFNEIEAVTANSFINATHLKEINLSHNKIKSQKID
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 GRVFSKLKQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHL
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CCDS66 YGVFAKLPNLLQLHLEHNNLEEFPFPLPKSLERLLLGYNEISKLQTNAMDGLVNLTMLDL
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 QHNRLKEDAVS-AAFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYF
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CCDS66 CYNYLHDSLLKDKIFAKMEKLMQLNLCSNRLESMPPGLPSSLMYLSLENNSISSIPEKYF
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 KRFNALQYLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQ
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CCDS66 DKLPKLHTLRMSHNKLQD--IPYNIFNLPNIVELSVGHNKLKQAFYIPRNLEHLYLQNNE
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330
pF1KE1 LEKFDIKSFCKILGPLSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
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CCDS66 IEKMNLTVMCPSIDPLHYHHLTYIRVDQNKLKEP-ISSYIFFCFPHIHTIYYGEQRSTNG
320 330 340 350 360 370
CCDS66 QTIQLKTQVFRRFPDDDDESEDHDDPDNAHESPEQEGAEGHFDLHYYENQE
380 390 400 410 420
>>CCDS1438.1 PRELP gene_id:5549|Hs108|chr1 (382 aa)
initn: 770 init1: 344 opt: 775 Z-score: 763.9 bits: 149.9 E(32554): 3.1e-36
Smith-Waterman score: 805; 39.8% identity (72.8% similar) in 324 aa overlap (26-337:66-382)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDE
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CCDS14 PRPRPRPTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIF----PDCPRECYCPPDFPSALYCDS
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKL
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CCDS14 RNLRKVPVIPPRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIR--KIDQRVLEKL
100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 KQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKE
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CCDS14 PGLVFLYMEKNQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSD
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 DAVSA-AFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQ
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CCDS14 GVFKPDTFHGLKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLA
210 220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 YLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIK
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CCDS14 FIRLNYNKLTDRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGT
270 280 290 300 310 320
300 310 320 330
pF1KE1 SFCK--ILGPLSYSK-------IKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
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CCDS14 QICPNDLVAFHDFSSDLENVPHLRYLRLDGNYL-KPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
330 340 350 360 370 380
>>CCDS9037.1 KERA gene_id:11081|Hs108|chr12 (352 aa)
initn: 757 init1: 370 opt: 747 Z-score: 737.3 bits: 144.9 E(32554): 9.5e-35
Smith-Waterman score: 790; 39.4% identity (73.7% similar) in 312 aa overlap (37-337:42-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 TLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKSVPMVPP
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CCDS90 LFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIPS
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 GIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKKLHINHN
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CCDS90 RIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLEDN
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 NLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSA-AFKGL
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CCDS90 ELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKGL
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNELAD
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CCDS90 KNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLSD
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 SGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFCKI--LGP-
:.:. .:.:::...:.::.:.: ..: .. .:.. .:. :.... ... .: . :
CCDS90 EGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLPA
260 270 280 290 300 310
310 320 330
pF1KE1 ----LSYS-KIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
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CCDS90 ERDSFSYGPHLRYLRLDGNEI-KPPIPMALMTCFRLLQAVII
320 330 340 350
>>CCDS9039.1 DCN gene_id:1634|Hs108|chr12 (359 aa)
initn: 289 init1: 159 opt: 478 Z-score: 476.6 bits: 96.7 E(32554): 3.2e-20
Smith-Waterman score: 478; 31.5% identity (62.7% similar) in 324 aa overlap (22-337:43-355)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAM
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CCDS90 VSWAGPFQQRGLFDFMLEDEASGIGPEVPDDRDFEPSL----GPVCPFRCQC---HLRVV
20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 YCDELKLKSVPM-VPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGR
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CCDS90 QCSDLGLDKVPKDLPPDTTLLDLQNNKITEIKDGDFKNLKNLHALILVNNKI--SKVSPG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE1 VFSKLKQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKLG--SFEGLVNLTFIHLQH
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CCDS90 AFTPLVKLERLYLSKNQLKELPEKMPKTLQELRAHENEITKVRKVTFNGLNQMIVIELGT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 NRLKEDAV-SAAFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKR
: :: ... ..::.:.:.: :. .. ..:. .:.::: :: :.::.:::: . .:
CCDS90 NPLKSSGIENGAFQGMKKLSYIRIADTNITSIPQGLPPSLTELHLDGNKISRVDAASLKG
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 FNALQYLRLSHNELADSGIPGNSF-NVSSLVELDLSYNKLKNIP---TVNENLENYYLEV
.: : : :: : . :.. ..:. :. : :: :. ::: .: . .. .. ::.
CCDS90 LNNLAKLGLSFNSI--SAVDNGSLANTPHLRELHLDNNKLTRVPGGLAEHKYIQVVYLHN
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330
pF1KE1 NQLEKFDIKSFCKILGPLSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
:.. ..:: . .. . . : .: .. . :. ..:. : . . :
CCDS90 NNISVVGSSDFCPPGHNTKKASYSGVSLFSNPVQYWEIQPSTFRCVYVRSAIQLGNYK
310 320 330 340 350
>>CCDS54226.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 (510 aa)
initn: 479 init1: 194 opt: 443 Z-score: 440.6 bits: 90.5 E(32554): 3.2e-18
Smith-Waterman score: 443; 30.7% identity (62.1% similar) in 335 aa overlap (8-330:11-335)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSLSAFTLFLALIGGTS--GQYYDYDFP-LSIYGQSSPNCAP-ECNCPESYPSAMYC
:.: :. : . : :: :. : : : .:.::. ... :
CCDS54 MGRPTQWPSLLLLLLLPGPPPVAGLEDAAFPHLGESLQPLPRACPLRCSCPRV--DTVDC
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 DELKLKSVP-MVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVF
: : :. : . . ..: :.:::.... . . .. :. : : .::. . . ..:
CCDS54 DGLDLRVFPDNITRAAQHLSLQNNQLQELPYNELSRLSGLRTLNLHNNLISSEGLPDEAF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE1 SKLKQLKKLHINHNNLTESVGP--LPKSLEDLQLTHNKITKLG--SFEGLVNLTFIHLQH
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CCDS54 ESLTQLQHLCVAHNKL--SVAPQFLPRSLRVADLAANQVMEIFPLTFGEKPALRSVYLHN
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 NRLKEDAVSA-AFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKR
:.:.. .. ::.: ... :.:: ::.. :: .:: :: :.:.:: ::..: ..:
CCDS54 NQLSNAGLPPDAFRGSEAIATLSLSNNQLSYLPPSLPPSLERLHLQNNLISKVPRGALSR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 FNALQYLRLSHNELADSGIPGNSFN-VSSLVELDLSYNKLKNIPT-VNENLENYYLEVNQ
. :. : :.::.:.:::. ...:. . :: ::::.:.: ..:. . ..: .: :.
CCDS54 QTQLRELYLQHNQLTDSGLDATTFSKLHSLEYLDLSHNQLTTVPAGLPRTLAILHLGRNR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KE1 LEKFDIKSFCKILGPLSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
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:.... . . : ...: :. :... ..:: . ::
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:. : ... .:..:.:. :....: : :: .: .::. : :. : :
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CCDS47 ILNSLRSLTTVGLSGNLWECSARICALASWLGSFQGRWEHSILCHSPDHTQGEDILDAVH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]