Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1374
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1374, 428 aa
1>>>pF1KE1374 428 - 428 aa - 428 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5904+/-0.000861; mu= 1.9556+/- 0.052
mean_var=152.4542+/-31.236, 0's: 0 Z-trim(112.2): 18 B-trim: 50 in 1/49
Lambda= 0.103873
statistics sampled from 12967 (12983) to 12967 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.752), E-opt: 0.2 (0.399), width: 16
Scan time: 3.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12107.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 428) 2912 447.9 8.6e-126
CCDS59331.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 439) 2871 441.8 6.2e-124
CCDS59330.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 508) 2871 441.8 7.1e-124
CCDS58640.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 430) 2801 431.3 8.8e-121
CCDS45914.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 499) 2801 431.3 1e-120
CCDS615.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 ( 498) 1700 266.3 4.7e-71
CCDS44156.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 ( 509) 1700 266.3 4.7e-71
CCDS53322.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 ( 554) 1700 266.3 5.1e-71
CCDS53321.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 ( 501) 1647 258.4 1.2e-68
CCDS45996.1 NFIX gene_id:4784|Hs108|chr19 ( 441) 1617 253.9 2.3e-67
CCDS6474.1 NFIB gene_id:4781|Hs108|chr9 ( 420) 1580 248.3 1e-65
CCDS59359.1 NFIX gene_id:4784|Hs108|chr19 ( 433) 1570 246.8 3e-65
CCDS55291.1 NFIB gene_id:4781|Hs108|chr9 ( 494) 1541 242.5 6.9e-64
CCDS55292.1 NFIB gene_id:4781|Hs108|chr9 ( 446) 1537 241.9 9.5e-64
CCDS65007.1 NFIB gene_id:4781|Hs108|chr9 ( 309) 488 84.6 1.4e-16
>>CCDS12107.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 (428 aa)
initn: 2912 init1: 2912 opt: 2912 Z-score: 2371.9 bits: 447.9 E(32554): 8.6e-126
Smith-Waterman score: 2912; 100.0% identity (100.0% similar) in 428 aa overlap (1-428:1-428)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 PGPSWYLG
::::::::
CCDS12 PGPSWYLG
>>CCDS59331.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 (439 aa)
initn: 2871 init1: 2871 opt: 2871 Z-score: 2338.5 bits: 441.8 E(32554): 6.2e-124
Smith-Waterman score: 2871; 100.0% identity (100.0% similar) in 423 aa overlap (1-423:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 PGPSWYLG
:::
CCDS59 PGPPTLRPTRPLQTVPLWD
430
>>CCDS59330.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 (508 aa)
initn: 2871 init1: 2871 opt: 2871 Z-score: 2337.5 bits: 441.8 E(32554): 7.1e-124
Smith-Waterman score: 2871; 100.0% identity (100.0% similar) in 423 aa overlap (1-423:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 PGPSWYLG
:::
CCDS59 PGPLNGSGQLKMPSHCLSAQMLAPPPPGLPRLALPPATKPATTSEGGATSPTSPSYSPPD
430 440 450 460 470 480
>>CCDS58640.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 (430 aa)
initn: 2801 init1: 2801 opt: 2801 Z-score: 2281.9 bits: 431.3 E(32554): 8.8e-121
Smith-Waterman score: 2801; 100.0% identity (100.0% similar) in 413 aa overlap (11-423:2-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 PGPSWYLG
:::
CCDS58 PGPPTLRPTRPLQTVPLWD
420 430
>>CCDS45914.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 (499 aa)
initn: 2801 init1: 2801 opt: 2801 Z-score: 2280.9 bits: 431.3 E(32554): 1e-120
Smith-Waterman score: 2801; 100.0% identity (100.0% similar) in 413 aa overlap (11-423:2-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKSGSMEEDVDTSPGGDYY
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIAVH
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQ
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 PGPSWYLG
:::
CCDS45 PGPLNGSGQLKMPSHCLSAQMLAPPPPGLPRLALPPATKPATTSEGGATSPTSPSYSPPD
420 430 440 450 460 470
>>CCDS615.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 (498 aa)
initn: 1524 init1: 1187 opt: 1700 Z-score: 1389.2 bits: 266.3 E(32554): 4.7e-71
Smith-Waterman score: 1756; 66.0% identity (81.8% similar) in 435 aa overlap (1-427:1-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS61 MYS-PLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKEEERAVKDE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
::.:::::::::::::::::::::::: ::::::..:::: : :::::::::::::::::
CCDS61 LLSEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPEYREDFVLTVTGKKPPCCVLSNPDQKGKMRRIDC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
:::::::::::::::::::::::::::::::::. ::..: ::::::::::.::::::::
CCDS61 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKSPQCSNPGLCVQPHHIGVSVKELDLYL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
::::. :. :: :: .: .: .: . ::.:::::::::::::..::.::..
CCDS61 AYFVHAADSSQSESPSQPSDADIKD-QPEN-GHLGFQDSFVTSGVFSVTELVRVSQTPIA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE1 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGS-KRHKSGSMEEDVDTSPGGD-
.::::::::..:.. :...:.. .::.::::::..: :: :: .:...: ::: .
CCDS61 AGTGPNFSLSDLESSSYYSMSPGA--MRRSLPSTSSTSSTKRLKS--VEDEMD-SPGEEP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 YYT----SPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRL-SSFTQHH
.:: ::.: ..:: .: : .: :. ::. . .:: :.::::... : ..:::::
CCDS61 FYTGQGRSPGSGSQSS-GWHE-VEPGMPSPTTLKKSEKSGFSSPSPSQTSSLGTAFTQHH
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 RPVIAVHSGIARSPHPS-SALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSL
:::: .: ::: . :.:::::. :. : . :: : :::: .::. ::..:.:
CCDS61 RPVI---TGPRASPHATPSTLHFPTSPIIQQPGP-YFSHPAIRY----HPQETLKEFVQL
360 370 380 390 400
420
pF1KE1 ACDPASQQPGPSWYLG
.: :.:: : .:
CCDS61 VCPDAGQQAGQVGFLNPNGSSQGKVHNPFLPTPMLPPPPPPPMARPVPLPVPDTKPPTTS
410 420 430 440 450 460
>>CCDS44156.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 (509 aa)
initn: 1554 init1: 1187 opt: 1700 Z-score: 1389.0 bits: 266.3 E(32554): 4.7e-71
Smith-Waterman score: 1756; 66.0% identity (81.8% similar) in 435 aa overlap (1-427:1-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS44 MYS-PLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKEEERAVKDE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
::.:::::::::::::::::::::::: ::::::..:::: : :::::::::::::::::
CCDS44 LLSEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPEYREDFVLTVTGKKPPCCVLSNPDQKGKMRRIDC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
:::::::::::::::::::::::::::::::::. ::..: ::::::::::.::::::::
CCDS44 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKSPQCSNPGLCVQPHHIGVSVKELDLYL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
::::. :. :: :: .: .: .: . ::.:::::::::::::..::.::..
CCDS44 AYFVHAADSSQSESPSQPSDADIKD-QPEN-GHLGFQDSFVTSGVFSVTELVRVSQTPIA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE1 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGS-KRHKSGSMEEDVDTSPGGD-
.::::::::..:.. :...:.. .::.::::::..: :: :: .:...: ::: .
CCDS44 AGTGPNFSLSDLESSSYYSMSPGA--MRRSLPSTSSTSSTKRLKS--VEDEMD-SPGEEP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 YYT----SPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRL-SSFTQHH
.:: ::.: ..:: .: : .: :. ::. . .:: :.::::... : ..:::::
CCDS44 FYTGQGRSPGSGSQSS-GWHE-VEPGMPSPTTLKKSEKSGFSSPSPSQTSSLGTAFTQHH
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 RPVIAVHSGIARSPHPS-SALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSL
:::: .: ::: . :.:::::. :. : . :: : :::: .::. ::..:.:
CCDS44 RPVI---TGPRASPHATPSTLHFPTSPIIQQPGP-YFSHPAIRY----HPQETLKEFVQL
360 370 380 390 400
420
pF1KE1 ACDPASQQPGPSWYLG
.: :.:: : .:
CCDS44 VCPDAGQQAGQVGFLNPNGSSQGKVHNPFLPTPMLPPPPPPPMARPVPLPVPDTKPPTTS
410 420 430 440 450 460
>>CCDS53322.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 (554 aa)
initn: 1554 init1: 1187 opt: 1700 Z-score: 1388.5 bits: 266.3 E(32554): 5.1e-71
Smith-Waterman score: 1756; 66.0% identity (81.8% similar) in 435 aa overlap (1-427:46-462)
10 20 30
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYT
::: ::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TRWPGGCGATWQSCPSPPPRRTRIPQRPAVMYS-PLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYT
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 WFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECRE
:::::::::::::::::::::.::::::::::.:::::::::::::::::::::::: ::
CCDS53 WFNLQARKRKYFKKHEKRMSKEEERAVKDELLSEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPEYRE
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 DFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGER
::::..:::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DFVLTVTGKKPPCCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGER
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 LVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYLAYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPIT
:::. ::..: ::::::::::.::::::::::::. :. :: :: .: .: .: .
CCDS53 LVKSPQCSNPGLCVQPHHIGVSVKELDLYLAYFVHAADSSQSESPSQPSDADIKD-QPEN
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 LDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVVTGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRT
::.:::::::::::::..::.::...::::::::..:.. :...:.. .::.
CCDS53 -GHLGFQDSFVTSGVFSVTELVRVSQTPIAAGTGPNFSLSDLESSSYYSMSPGA--MRRS
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320
pF1KE1 LPSTSSSGS-KRHKSGSMEEDVDTSPGGD-YYT----SPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSP
::::::..: :: :: .:...: ::: . .:: ::.: ..:: .: : .: :. ::
CCDS53 LPSTSSTSSTKRLKS--VEDEMD-SPGEEPFYTGQGRSPGSGSQSS-GWHE-VEPGMPSP
320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KE1 VKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRL-SSFTQHHRPVIAVHSGIARSPHPS-SALHFPTTSILP
. . .:: :.::::... : ..::::::::: .: ::: . :.:::::. :.
CCDS53 TTLKKSEKSGFSSPSPSQTSSLGTAFTQHHRPVI---TGPRASPHATPSTLHFPTSPIIQ
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420
pF1KE1 QTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQPGPSWYLG
: . :: : :::: .::. ::..:.:.: :.:: : .:
CCDS53 QPGP-YFSHPAIRY----HPQETLKEFVQLVCPDAGQQAGQVGFLNPNGSSQGKVHNPFL
430 440 450 460 470
CCDS53 PTPMLPPPPPPPMARPVPLPVPDTKPPTTSTEGGAASPTSPTYSTPSTSPANRFVSVGPR
480 490 500 510 520 530
>>CCDS53321.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 (501 aa)
initn: 1504 init1: 1137 opt: 1647 Z-score: 1346.2 bits: 258.4 E(32554): 1.2e-68
Smith-Waterman score: 1703; 65.4% identity (81.6% similar) in 425 aa overlap (11-427:2-409)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS53 MDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKEEERAVKDE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
::.:::::::::::::::::::::::: ::::::..:::: : :::::::::::::::::
CCDS53 LLSEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPEYREDFVLTVTGKKPPCCVLSNPDQKGKMRRIDC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
:::::::::::::::::::::::::::::::::. ::..: ::::::::::.::::::::
CCDS53 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKSPQCSNPGLCVQPHHIGVSVKELDLYL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
::::. :. :: :: .: .: .: . ::.:::::::::::::..::.::..
CCDS53 AYFVHAADSSQSESPSQPSDADIKD-QPEN-GHLGFQDSFVTSGVFSVTELVRVSQTPIA
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KE1 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGS-KRHKSGSMEEDVDTSPGGD-
.::::::::..:.. :...:.. .::.::::::..: :: :: .:...: ::: .
CCDS53 AGTGPNFSLSDLESSSYYSMSPGA--MRRSLPSTSSTSSTKRLKS--VEDEMD-SPGEEP
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 YYT----SPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSPSPQDSPRL-SSFTQHH
.:: ::.: ..:: .: : .: :. ::. . .:: :.::::... : ..:::::
CCDS53 FYTGQGRSPGSGSQSS-GWHE-VEPGMPSPTTLKKSEKSGFSSPSPSQTSSLGTAFTQHH
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 RPVIAVHSGIARSPHPS-SALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSL
:::: .: ::: . :.:::::. :. : . :: : :::: .::. ::..:.:
CCDS53 RPVI---TGPRASPHATPSTLHFPTSPIIQQPGP-YFSHPAIRY----HPQETLKEFVQL
350 360 370 380 390
420
pF1KE1 ACDPASQQPGPSWYLG
.: :.:: : .:
CCDS53 VCPDAGQQAGQVGFLNPNGSSQGKVHNPFLPTPMLPPPPPPPMARPVPLPVPDTKPPTTS
400 410 420 430 440 450
>>CCDS45996.1 NFIX gene_id:4784|Hs108|chr19 (441 aa)
initn: 1477 init1: 1154 opt: 1617 Z-score: 1322.8 bits: 253.9 E(32554): 2.3e-67
Smith-Waterman score: 1617; 62.1% identity (78.7% similar) in 428 aa overlap (1-420:1-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
::: : :::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MYS-PYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLSITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDC
:::::::.::::::::::::::::::: ::::::.::::: : :::::::::::.:::::
CCDS45 LLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTITGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAAQCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYL
::::::::::::::::::::::::::::::: :. ::..: ::::::::::..:::::::
CCDS45 LRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQCSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 AYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTDFQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVV
::::. .. :: : ... .: : ::. .::. ::::::..::::..::.:::.
CCDS45 AYFVHTPESGQSDS--SNQQGDA-DIKPLPNGHLSFQDCFVTSGVWNVTELVRVSQTPVA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE1 TGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTSSSGSKRHKS---GSMEEDVDTS--P
:..::::::..:.. :..: .. : : :.: .:: :: . :: :: :
CCDS45 TASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPSTSTTKRPKSIDDSEMESPVDDVFYP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 GGDYYTSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEMDKSPFNSP--SPQDSPRLSSFTQHH
: ::.. .:.: .: .:...: .: :. ..: : : : .:::.. ::.:
CCDS45 GTGR--SPAAGSSQSSGWPNDVDAGPASLKKSGKLD---FCSALSSQGSSPRMA-FTHHP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 RPVIA-VHSGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSL
::.: :. : :. .::::::.:::. :. : :: : .::: : . :: ::..:..
CCDS45 LPVLAGVRPGSPRAT--ASALHFPSTSIIQQS-SPYFTHPTIRYHHH-HGQDSLKEFVQF
360 370 380 390 400
420
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.:. .: :
CCDS45 VCSDGSGQATGQHSQRQAPPLPTGLSASDPGTATF
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