Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1314
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1314, 559 aa
1>>>pF1KE1314 559 - 559 aa - 559 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2159+/-0.000556; mu= 8.6652+/- 0.034
mean_var=126.7914+/-24.450, 0's: 0 Z-trim(111.2): 128 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.113901
statistics sampled from 19619 (19749) to 19619 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.232), width: 16
Scan time: 9.010
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001728 (OMIM: 120940,613825,615591) complement ( 559) 3796 636.0 9e-182
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XP_005248414 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 943) 453 86.8 3.2e-16
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XP_011512419 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16
XP_011512420 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16
XP_016865307 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16
XP_011512417 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 453 86.9 3.3e-16
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NP_000578 (OMIM: 217070,610102) complement compone ( 843) 423 81.9 9e-15
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XP_011512423 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 643) 380 74.8 9.6e-13
XP_016873223 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) P (1809) 220 48.7 0.00019
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XP_016874792 (OMIM: 107770) PREDICTED: prolow-dens (4561) 202 46.0 0.0031
NP_001018066 (OMIM: 192977,224050) very low-densit ( 845) 186 42.9 0.0048
NP_003374 (OMIM: 192977,224050) very low-density l ( 873) 186 43.0 0.0049
XP_016859830 (OMIM: 608766) PREDICTED: low-density (4469) 197 45.2 0.0054
NP_061027 (OMIM: 608766) low-density lipoprotein r (4599) 197 45.2 0.0055
>>NP_001728 (OMIM: 120940,613825,615591) complement comp (559 aa)
initn: 3796 init1: 3796 opt: 3796 Z-score: 3384.3 bits: 636.0 E(85289): 9e-182
Smith-Waterman score: 3796; 100.0% identity (100.0% similar) in 559 aa overlap (1-559:1-559)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSACRSFAVAICILEISILTAQYTTSYDPELTESSGSASHIDCRMSPWSEWSQCDPCLRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSACRSFAVAICILEISILTAQYTTSYDPELTESSGSASHIDCRMSPWSEWSQCDPCLRQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 MFRSRSIEVFGQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDCGNDFQCSTGRCIKMRLRCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MFRSRSIEVFGQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDCGNDFQCSTGRCIKMRLRCN
70 80 90 100 110 120
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pF1KE1 GDNDCGDFSDEDDCESEPRPPCRDRVVEESELARTAGYGINILGMDPLSTPFDNEFYNGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GDNDCGDFSDEDDCESEPRPPCRDRVVEESELARTAGYGINILGMDPLSTPFDNEFYNGL
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pF1KE1 CNRDRDGNTLTYYRRPWNVASLIYETKGEKNFRTEHYEEQIEAFKSIIQEKTSNFNAAIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CNRDRDGNTLTYYRRPWNVASLIYETKGEKNFRTEHYEEQIEAFKSIIQEKTSNFNAAIS
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pF1KE1 LKFTPTETNKAEQCCEETASSISLHGKGSFRFSYSKNETYQLFLSYSSKKEKMFLHVKGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKFTPTETNKAEQCCEETASSISLHGKGSFRFSYSKNETYQLFLSYSSKKEKMFLHVKGE
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pF1KE1 IHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAFLETYGTHYSSSGSLGGLYELIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAFLETYGTHYSSSGSLGGLYELIY
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pF1KE1 VLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGAEFNKDDCVKRGEGRAVNITSEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGAEFNKDDCVKRGEGRAVNITSEN
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pF1KE1 LIDDVVSLIRGGTRKYAFELKEKLLRGTVIDVTDFVNWASSINDAPVLISQKLSPIYNLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LIDDVVSLIRGGTRKYAFELKEKLLRGTVIDVTDFVNWASSINDAPVLISQKLSPIYNLV
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pF1KE1 PVKMKNAHLKKQNLERAIEDYINEFSVRKCHTCQNGGTVILMDGKCLCACPFKFEGIACE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PVKMKNAHLKKQNLERAIEDYINEFSVRKCHTCQNGGTVILMDGKCLCACPFKFEGIACE
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550
pF1KE1 ISKQKISEGLPALEFPNEK
:::::::::::::::::::
NP_001 ISKQKISEGLPALEFPNEK
550
>>NP_000553 (OMIM: 120950,613790) complement component C (584 aa)
initn: 695 init1: 327 opt: 906 Z-score: 817.5 bits: 161.2 E(85289): 8.5e-39
Smith-Waterman score: 939; 30.1% identity (60.5% similar) in 569 aa overlap (7-552:2-538)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSACRSFAVAICILEISILTAQYTTSYDPELTES---SGSASHIDCRMSPWSEWSQCDPC
:::.. :: :..: : .. . .... ... . . :..: ::::..: ::
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10 20 30 40 50
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. .: ::. ..:.: :. . :. .: . : . .::.::::. ::::.: .
NP_000 QDKKYRHRSLLQPNKFGGTICSGDIWDQASCSSSTTCVR-QAQCGQDFQCKETGRCLKRH
60 70 80 90 100 110
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pF1KE1 LRCNGDNDCGDFSDEDDCESEPRPPCRD-RVVEESELARTAGYGINILGMDPLSTPFDNE
: ::::.:: : ::::::: . : .: : .. :. : ::: .. .. .:
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.:.: :.: :. :.:.:.: . .:. .. .. .: :.
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pF1KE1 EQIEAFKSIIQEKTSNFNAAISLKFTPTETNKAEQCCEETASSISLHGKGSFRFSYSKNE
. . .... ..:...:...:.. : :.: : : : :.:..
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.. :. ..:. .: .. ... ..: ::. :..: ..... :: :. : : :
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pF1KE1 LETYGTHYSSSGSLGGLYELIYVLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGA
.. ::::: .:::.::.:: : :.:::.:. :. .:: :.: : .. ..:.::.
NP_000 INDYGTHYITSGSMGGIYEYILVIDKAKMESLGITSRDITTCFGGSLGIQYE-DKINVGG
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pF1KE1 EFNKDDCVKRGEGRAVNITSENLIDDVVSLIRGGTRKYAFELKEKLLRGTVIDVTDFVNW
.. : : : : :.. . ..:..: .:::. .. : .. :.:. . .:
NP_000 GLSGDHCKKFGGGKTERARKAMAVEDIISRVRGGSSGWSGGLAQN--RSTI----TYRSW
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pF1KE1 ASSINDAPVLISQKLSPIYNLV-PVKMKNAHLKKQNLERAIEDYINEFSVRKCHTCQNGG
. :.. ::.:. ...::.... ... . :.:::.::...:. ::.. .: : :.:
NP_000 GRSLKYNPVVIDFEMQPIHEVLRHTSLGPLEAKRQNLRRALDQYLMEFNACRCGPCFNNG
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pF1KE1 TVILMDGKCLCACPFKFEGIACEISKQKISEGLPALEFPNEK
. :: .: : : . : ::: : .:: :
NP_000 VPILEGTSCRCQCRLGSLGAACE---QTQTEGAKADGSWSCWSSWSVCRAGIQERRRECD
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NP_000 NPAPQNGGASCPGRKVQTQAC
570 580
>>XP_011540381 (OMIM: 120950,613790) PREDICTED: compleme (375 aa)
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Smith-Waterman score: 633; 30.2% identity (59.9% similar) in 387 aa overlap (7-371:2-366)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSACRSFAVAICILEISILTAQYTTSYDPELTES---SGSASHIDCRMSPWSEWSQCDPC
:::.. :: :..: : .. . .... ... . . :..: ::::..: ::
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pF1KE1 LRQMFRSRSIEVFGQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDCGNDFQCS-TGRCIKMR
. .: ::. ..:.: :. . :. .: . : . .::.::::. ::::.: .
XP_011 QDKKYRHRSLLQPNKFGGTICSGDIWDQASCSSSTTCVR-QAQCGQDFQCKETGRCLKRH
60 70 80 90 100 110
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pF1KE1 LRCNGDNDCGDFSDEDDCESEPRPPCRD-RVVEESELARTAGYGINILGMDPLSTPFDNE
: ::::.:: : ::::::: . : .: : .. :. : ::: .. .. .:
XP_011 LVCNGDQDCLDGSDEDDCE-DVRAIDEDCSQYEPIPGSQKAALGYNILTQEDAQSVYDAS
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pF1KE1 FYNG-----------------LCNRDRDGNTLTYYRRPWNVASLIYETKGEKNFRTEHYE
.:.: :.: :. :.:.:.: . .:. .. .. .: :.
XP_011 YYGGQCETVYNGEWRELRYDSTCERLYYGDDEKYFRKPYNFLKYHFEALADTGISSEFYD
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220 230 240 250 260 270
pF1KE1 EQIEAFKSIIQEKTSNFNAAISLKFTPTETNKAEQCCEETASSISLHGKGSFRFSYSKNE
. . .... ..:...:...:.. : :.: : : : :.:..
XP_011 NANDLLSKVKKDKSDSFGVTIGIG--P-------------AGSPLLVGVG---VSHSQDT
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pF1KE1 TYQLFLSYSSKKEKMFLHVKGEIHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAF
.. :. ..:. .: .. ... ..: ::. :..: ..... :: :. : : :
XP_011 SFLNELNKYNEKKFIFTRIFTKVQTAHFKMRKDDIMLDEGMLQSLMELPDQYNYGMYAKF
280 290 300 310 320 330
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pF1KE1 LETYGTHYSSSGSLGGLYELIYVLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGA
.. ::::: .:::.::.:: : :.:::.:. :
XP_011 INDYGTHYITSGSMGGIYEYILVIDKAKMESLGSLQPSRHAE
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pF1KE1 EFNKDDCVKRGEGRAVNITSENLIDDVVSLIRGGTRKYAFELKEKLLRGTVIDVTDFVNW
>>XP_016857723 (OMIM: 120950,613790) PREDICTED: compleme (381 aa)
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Smith-Waterman score: 629; 30.2% identity (60.2% similar) in 384 aa overlap (7-368:2-363)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSACRSFAVAICILEISILTAQYTTSYDPELTES---SGSASHIDCRMSPWSEWSQCDPC
:::.. :: :..: : .. . .... ... . . :..: ::::..: ::
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pF1KE1 LRQMFRSRSIEVFGQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDCGNDFQCS-TGRCIKMR
. .: ::. ..:.: :. . :. .: . : . .::.::::. ::::.: .
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60 70 80 90 100 110
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pF1KE1 LRCNGDNDCGDFSDEDDCESEPRPPCRD-RVVEESELARTAGYGINILGMDPLSTPFDNE
: ::::.:: : ::::::: . : .: : .. :. : ::: .. .. .:
XP_016 LVCNGDQDCLDGSDEDDCE-DVRAIDEDCSQYEPIPGSQKAALGYNILTQEDAQSVYDAS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KE1 FYNG-----------------LCNRDRDGNTLTYYRRPWNVASLIYETKGEKNFRTEHYE
.:.: :.: :. :.:.:.: . .:. .. .. .: :.
XP_016 YYGGQCETVYNGEWRELRYDSTCERLYYGDDEKYFRKPYNFLKYHFEALADTGISSEFYD
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 EQIEAFKSIIQEKTSNFNAAISLKFTPTETNKAEQCCEETASSISLHGKGSFRFSYSKNE
. . .... ..:...:...:.. : :.: : : : :.:..
XP_016 NANDLLSKVKKDKSDSFGVTIGIG--P-------------AGSPLLVGVG---VSHSQDT
240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 TYQLFLSYSSKKEKMFLHVKGEIHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAF
.. :. ..:. .: .. ... ..: ::. :..: ..... :: :. : : :
XP_016 SFLNELNKYNEKKFIFTRIFTKVQTAHFKMRKDDIMLDEGMLQSLMELPDQYNYGMYAKF
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 LETYGTHYSSSGSLGGLYELIYVLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGA
.. ::::: .:::.::.:: : :.:::.:.
XP_016 INDYGTHYITSGSMGGIYEYILVIDKAKMESLVINSGMLTVLSSVKWG
340 350 360 370 380
>>NP_001265473 (OMIM: 120960,613789) complement componen (529 aa)
initn: 595 init1: 250 opt: 488 Z-score: 446.9 bits: 92.4 E(85289): 3.7e-18
Smith-Waterman score: 723; 29.0% identity (61.0% similar) in 479 aa overlap (72-545:32-478)
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pF1KE1 DCRMSPWSEWSQCDPCLRQMFRSRSIEVFGQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDC
::.:. :. . . ..:: ..::. .. :
NP_001 DTCMTLAFTLSGRFFMLLSQYRYAYLLQPSQFHGEPCNFSDKEVEDCVTNRPCR-SQVRC
10 20 30 40 50 60
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pF1KE1 GNDFQCS-TGRCIKMRLRCNGDNDCGDFSDEDDCESEPRPPCRDRVVEESELARTAGYGI
. : :. ::::.. :: ::::::::: ::: .:. . :. .. . .. :. ::
NP_001 -EGFVCAQTGRCVNRRLLCNGDNDCGDQSDEANCR-RIYKKCQHEMDQYWGIGSLAS-GI
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170 180 190 200 210 220
pF1KE1 NILGMDPLSTPFDNEFYNGLCNRDRDGNTLTYYRRPWNVASLIYETKGEKNFRTEHYEEQ
:.. . . .:...: : :. :: .:.:.:: : .:.:. .: ..::
NP_001 NLFTNSFEGPVLDHRYYAGGCSPHYILNT--RFRKPYNVESYTPQTQGKYEFILKEYESY
120 130 140 150 160 170
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 IEAFKSIIQEKTSNFNAAISLKFTPTETNKAEQCCEETASSISLHGKGSFRFSYSKNETY
. :. . :: .. ....:. : : : :: : .:: .: ... .
NP_001 SD-FERNVTEKMAS-KSGFSFGF------KIPGIFELGISSQSDRGKHYIR----RTKRF
180 190 200 210 220
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 QLFLSYSSKKEKMFLHVKGEIHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAFLE
:. ...:::.......... .. :...: :.. .: :: : ::: ...
NP_001 -------SHTKSVFLHARSDLEVAHYKLKPRSLMLHYEFLQRVKRLPLEYSYGEYRDLFR
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pF1KE1 TYGTHYSSSGSLGGLYELIYVLDKASMKRKGVELKDIKRCLGYHLDVSLAFSEISVGAEF
.:::: . . :::.:: :..: .:.: :.... : . .. :. :. :.
NP_001 DFGTHYITEAVLGGIYEYTLVMNKEAMERGDYTLNNVHACAKNDFKIGGAIEEVYVSLGV
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. : :: : . : .....:.: :.:::. .. : . : . :. . .
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:..... :..:. :. :.:.:: . . . .::...:.:.. .: : .: ::..
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:. .: ..: : :: .:.:::.: .:
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:::..: :: :. :::: .. .: .
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.::.:. :. . . ..:: ..::. .. : . : :. ::::.. :: ::::::::: :
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:: .:. . :. .. . .. :. :::.. . . .:...: : :. ::
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.:.:.:: : .:.:. .: ..:: . :. . :: .. ....:. :
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: : :: : .:: .: ... . :. ...:::.......... ..
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:...: :.. .: :: : ::: ... .:::: . . :::.:: :..: .:.:
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:.... : . .. :. :. :. . : :: : . : .....:.:
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:.:::. .. : . : . :. . .:..... :..:. :. :.:.:: . .
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. .::...:.:.. .: : .: ::..:. .: ..: : :: .:.:::.: .:
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550
pF1KE1 ISEGLPALEFPNEK
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:::..: :: :. :::: .. .: .
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130 140 150 160 170 180
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:: .:. . :. .. . .. :. :::.. . . .:...: : :. ::
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.:.:.:: : .:.:. .: ..:: . :. . :: .. ....:. :
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: : :: : .:: .: ... . :. ...:::.......... ..
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:...: :.. .: :: : ::: ... .:::: . . :::.:: :..: .:.:
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:.... : . .. :. :. :. . : :: : . : .....:.:
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. .::...:.:.. .: : .: ::..:. .: ..: : :: .:.:::.: .:
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pF1KE1 ISEGLPALEFPNEK
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:: .:. . :. .. . .. :. :::.. . . .:...: : :. ::
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: : :: : .:: .: ... . :. ...:::.......... ..
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:.... : . .. :. :. :. . : :: : . : .....:.:
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. .::...:.:.. .: : .: ::..:. .: ..: : :: .:.:::.: .:
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pF1KE1 ISEGLPALEFPNEK
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... :. . .:. :. .:. .. :: :... : ... .:::: .::::::.:.:
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.: ... .: .:. .. :.:. . . :.. . : . . . .. :: .. .
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.. .:::::: .:. : :: : .. : .: :... :..:. .:.::
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::
NP_000 ENCEKQSPDYKSNAVDGQWGCWSSWSTCDATYKRSRTRECNNPAPQRGGKRCEGEKRQEE
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pF1KE1 QMFRSRSIEVFGQFNGKRCTDAVGDRRQCVPTEPCEDAEDDCGNDFQCSTGRCIKMRLRC
.. . ::. .::.:. :: . . :.:.. :. : :: : :.:..:::: .:.:
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::.::::: ::: :: .. . : : . .. : :...:. .: . .:: : .:
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.:. ... : . :: : :. .. .:.. .: ...:. :.. .. ... ..:..
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. .: :. . ... . ..: ... .. : ::.. :....
NP_001 GGSSF-----------------SVPIFYSSKRSENINHNSAFKQAIQASHKKDSSFIRIH
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pF1KE1 GEIHLGRFVMRNRDVVLTTTFVDDIKALPTTYEKGEYFAFLETYGTHYSSSGSLGGLYEL
... :. . .:. :. .:. .. :: :... : ... .:::: .::::::.:.:
NP_001 KVMKVLNFTTKAKDLHLSDVFLKALNHLPLEYNSALYSRIFDDFGTHYFTSGSLGGVYDL
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.: ... .: .:. .. :.:. . . :.. . : . . . .. :: .. .
NP_001 LYQFSSEELKNSGLTEEEAKHCVRIETKKRVLFAKKTKVEHRCTTNKLSEKHEGSFIQGA
380 390 400 410 420 430
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.. .:::::: .:. : :: : .. : .: :... :..:. .:.::
NP_001 EKS-----ISLIRGGRSEYGAALAWEKGSSG--LEEKTFSEWLESVKENPAVIDFELAPI
440 450 460 470 480 490
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