Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1232
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1232, 365 aa
1>>>pF1KE1232 365 - 365 aa - 365 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3645+/-0.00101; mu= 7.8908+/- 0.059
mean_var=270.9048+/-60.749, 0's: 0 Z-trim(111.7): 774 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.077923
statistics sampled from 11650 (12592) to 11650 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.734), E-opt: 0.2 (0.387), width: 16
Scan time: 1.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45019.1 GTF3A gene_id:2971|Hs108|chr13 ( 365) 2580 303.5 1.9e-82
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CCDS59418.1 ZNF615 gene_id:284370|Hs108|chr19 ( 742) 470 66.7 7.2e-11
CCDS46102.1 ZNF226 gene_id:7769|Hs108|chr19 ( 803) 470 66.8 7.5e-11
CCDS14279.1 ZNF41 gene_id:7592|Hs108|chrX ( 779) 469 66.6 8e-11
CCDS75077.1 ZNF595 gene_id:152687|Hs108|chr4 ( 465) 465 65.9 8.1e-11
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CCDS75075.1 ZNF595 gene_id:152687|Hs108|chr4 ( 648) 465 66.1 9.9e-11
>>CCDS45019.1 GTF3A gene_id:2971|Hs108|chr13 (365 aa)
initn: 2580 init1: 2580 opt: 2580 Z-score: 1593.7 bits: 303.5 E(32554): 1.9e-82
Smith-Waterman score: 2580; 100.0% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (1-365:1-365)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MDPPAVVAESVSSLTIADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAH
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CCDS45 MDPPAVVAESVSSLTIADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 LCKHTGERPFVCDYEGCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LCKHTGERPFVCDYEGCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 FERKHENQQKQYICSFEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FERKHENQQKQYICSFEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RHAKAHEGYVCQKGCSFVAKTWTELLKHVRETHKEEILCEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RHAKAHEGYVCQKGCSFVAKTWTELLKHVRETHKEEILCEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 PERDVCRCPREGCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PERDVCRCPREGCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 HDPDKKKMKLKVKKSREKRSLASHLSGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HDPDKKKMKLKVKKSREKRSLASHLSGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVA
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 VLTLG
:::::
CCDS45 VLTLG
>>CCDS44202.1 ZNF697 gene_id:90874|Hs108|chr1 (545 aa)
initn: 184 init1: 142 opt: 507 Z-score: 332.5 bits: 70.7 E(32554): 3.4e-12
Smith-Waterman score: 507; 30.3% identity (57.0% similar) in 337 aa overlap (1-324:222-539)
10 20 30
pF1KE1 MDPPAVVAESVSSLTIADAFIAAGESSAPT
..: ....: . . . . .:.: ...:
CCDS44 PDCGESFSPGAAFLQHQRIHRLAEAAAAASLEPFGLAGECDAMVGMMGVGVAGGFGAGPP
200 210 220 230 240 250
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 PPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAHLCKHTGERPFVCDYEGCGKAFIRDYHLSRH
:: . : :. .:. ..:. : :: :::::: .: :::.: : .:
CCDS44 LARPPREKPFRCG--ECGKGFSRNTYLTNHLRLHTGERPNLC--ADCGKSFSWRADLLKH
260 270 280 290 300
100 110 120 130 140
pF1KE1 ILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKHFERKHENQQ-------KQYICSFEDCKKTF
::::::. : : . :. .:.: .: .: : . . . :. .: : :
CCDS44 RRLHTGEKPYPCPE--CGEAFSLSSHLLSH-RRAHAAASGAGAAALRPFACG--ECGKGF
310 320 330 340 350 360
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 KKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLKRHAKAHEG---YVCQKGCSFVAK
....: :: ::.: : . :::.:. : : .: ..: : :.:.. :. . .
CCDS44 VRRSHLANHQRIHTGEKPHGCGE--CGKRFSWRSDLVKHQRVHTGEKPYMCSE-CGETFS
370 380 390 400 410
210 220 230 240 250
pF1KE1 TWTELLKHVRETHKEE--ILCEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHAPERDVCRCPREGCGRTYT
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CCDS44 VSSHLFTHKR-THSGERPYVCRECGKGFGRNSHLVNHLRVHTGEKPF-RCGQ--CEKRFS
420 430 440 450 460 470
260 270 280 290 300 310
pF1KE1 TVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVVHDPDKKKMKLKVKKS-RE
.: .: . : .:..: . :::.: ... : :: .: .: . :. :
CCDS44 DFSTLTQHQRT-HTGEKPYTCIE--CGKSFIQSSHLIRHRRIHTGNKPHKCAGCGKGFRY
480 490 500 510 520 530
320 330 340 350 360
pF1KE1 KRSLASHLSGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVAVLTLG
: ::.:
CCDS44 KTHLAQHQKLHLC
540
>>CCDS59418.1 ZNF615 gene_id:284370|Hs108|chr19 (742 aa)
initn: 205 init1: 125 opt: 470 Z-score: 308.6 bits: 66.7 E(32554): 7.2e-11
Smith-Waterman score: 542; 34.8% identity (57.4% similar) in 336 aa overlap (42-354:329-642)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 SSLTIADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAHLCKHTGERPFV
:: :. .: ..: .: ::::.:..
CCDS59 YTCSQCGKAFIKKCRLIYHQRTHTGEKPHGCSV--CGKAFSTKFSLTTHQKTHTGEKPYI
300 310 320 330 340 350
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 CDYEGCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKHFERKHENQQKQ
:. :::.::. .:. : ::::::::.: : : . :. :..: : .. : .. :
CCDS59 CSE--CGKGFIEKRRLTAHHRTHTGEKPFIC--NKCGKGFTLKNSLITH-QQTHTGE-KL
360 370 380 390 400 410
140 150 160 170 180
pF1KE1 YICSFEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLKRHAKAHEG---
: :: .: : :. .. : .:: ::.: .::.. ::: :: : : :: ..: :
CCDS59 YTCS--ECGKGFSMKHCLMVHQRTHTGEKPYKCNE--CGKGFALKSPLIRHQRTHTGEKP
420 430 440 450 460
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 YVCQKGC--SFVAKTWTELLKHVRETHKEE--ILCEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHAPERD
::: . : .:. :. .:. : : :: : .:. : : : :. : :..::. :.
CCDS59 YVCTE-CRKGFTMKS--DLIVHQR-THTAEKPYICNDCGKGFTVKSRLIVHQRTHTGEKP
470 480 490 500 510 520
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 VCRCPREGCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVVHDPD
: . ::. . . . :..: . : .:..:.. ::: :. :. :. : .: .
CCDS59 YV-CGE--CGKGFPAKIRLMGHQRT-HTGEKPYICNE--CGKGFTEKSHLNVHRRTHTGE
530 540 550 560 570
310 320 330 340
pF1KE1 KKKMKLKVKKSREKRS-LASHLSGYIPPK----RKQGQG------LSLCQN---GESP-N
: . . :. .: : .: . : . :.: ::. :. ::.: .
CCDS59 KPYVCSECGKGLTGKSMLIAHQRTHTGEKPYICNECGKGFTMKSTLSIHQQTHTGEKPYK
580 590 600 610 620 630
350 360
pF1KE1 CVE-DKMLSTVAVLTLG
: : ::
CCDS59 CNECDKTFRKKTCLIQHQRFHTGKTSFACTECGKFSLRKNDLITHQRIHTGEKPYKCSDC
640 650 660 670 680 690
>>CCDS46102.1 ZNF226 gene_id:7769|Hs108|chr19 (803 aa)
initn: 123 init1: 123 opt: 470 Z-score: 308.2 bits: 66.8 E(32554): 7.5e-11
Smith-Waterman score: 544; 35.9% identity (59.0% similar) in 295 aa overlap (46-332:367-644)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 IADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAHLCKHTGERPFVCDYE
.:. .:.: .:. : ::::.:: ::
CCDS46 CKQCGKGFSRRSALNVHCKVHTAEKPYNCEECGRAFSQASHLQDHQRLHTGEKPFKCD--
340 350 360 370 380 390
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 GCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKHFERKHENQQKQYICS
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CCDS46 ACGKSFSRNSHLQSHQRVHTGEKPYKCEE--CGKGFICSSNLYIH-QRVHTGE-KPYKC-
400 410 420 430 440
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 FEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLKRHAKAHEG---YVCQ
:.: : :.. ..:. :: ::.: . :: ::: :. :.:. : ..: : : :.
CCDS46 -EECGKGFSRPSSLQAHQGVHTGEKSYICTV--CGKGFTLSSNLQAHQRVHTGEKPYKCN
450 460 470 480 490 500
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 K-GCSFVAKTWTELLKHVRETHKEEILCEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHAPERDVCRCPRE
. : :: .. .. . : .: .. ::.: : :....::. :.:.:. :. .: :
CCDS46 ECGKSFRRNSHYQV-HLVVHTGEKPYKCEICGKGFSQSSYLQIHQKAHSIEKPF-KC--E
510 520 530 540 550 560
260 270 280 290 300 310
pF1KE1 GCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVVHDPDKKKMKLK
::. .. :: : : .: .:. ::. ::: :. . .: : .: .: .
CCDS46 ECGQGFNQSSRLQIHQL-IHTGEKPYKCEE--CGKGFSRRADLKIHCRIHTGEKPYNCEE
570 580 590 600 610
320 330 340 350 360
pF1KE1 VKKS-REKRSLASHL---SGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVAVLTLG
: :. .: .: :: : :
CCDS46 CGKVFRQASNLLAHQRVHSGEKPFKCEECGKSFGRSAHLQAHQKVHTGDKPYKCDECGKG
620 630 640 650 660 670
>>CCDS14279.1 ZNF41 gene_id:7592|Hs108|chrX (779 aa)
initn: 225 init1: 122 opt: 469 Z-score: 307.8 bits: 66.6 E(32554): 8e-11
Smith-Waterman score: 551; 34.7% identity (60.1% similar) in 288 aa overlap (42-323:469-735)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 SSLTIADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAHLCKHTGERPFV
:: ::. ...: .: .: ::::.:..
CCDS14 YVCADCGKAFIQKSHFNTHQRIHTGEKPYECS--DCGKSFTKKSQLHVHQRIHTGEKPYI
440 450 460 470 480 490
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 CDYEGCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKHFERKHENQQKQ
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CCDS14 CTE--CGKVFTHRTNLTTHQKTHTGEKPYMCAE--CGKAFTDQSNLIKH-QKTHTGE-KP
500 510 520 530 540 550
140 150 160 170 180
pF1KE1 YICSFEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLKRHAKAHEG---
: :. : :.: ...::::: .: .: ..: . ::: : . : :. : . : :
CCDS14 YKCN--GCGKAFIWKSRLKIHQKSHIGERHYEC--KDCGKAFIQKSTLSVHQRIHTGEKP
560 570 580 590 600
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 YVCQK-GCSFVAKTWTELLKHVR-ETHKEEILCEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHAPER-DV
::: . : .:. :. ... : : .: .. : : : : .:. :. :.: :. :. ..
CCDS14 YVCPECGKAFIQKS--HFIAHHRIHTGEKPYECSDCGKCFTKKSQLRVHQKIHTGEKPNI
610 620 630 640 650 660
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 CRCPREGCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVVHDPDK
: ::...: :: .: ..: . .:. : . :::::. :. :. : : ..
CCDS14 C----AECGKAFTDRSNLITH-QKIHTREKPYEC--GDCGKTFTWKSRLNIHQKSHTGER
670 680 690 700 710
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 KKMKLKVKKSREKRSLASHLSGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVAVLTLG
. : :. ... :
CCDS14 HYECSKCGKAFIQKATLSMHQIIHTGKKPYACTECQKAFTDRSNLIKHQKMHSGEKRYKA
720 730 740 750 760 770
>>CCDS75077.1 ZNF595 gene_id:152687|Hs108|chr4 (465 aa)
initn: 811 init1: 132 opt: 465 Z-score: 307.6 bits: 65.9 E(32554): 8.1e-11
Smith-Waterman score: 563; 37.4% identity (61.9% similar) in 265 aa overlap (46-305:189-435)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 IADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAHLCKHTGERPFVCDYE
.:. .. . .:. : ::::.:..: :
CCDS75 CEKCGKAFNQSSSLIIHRSIHSEQKLYKCEECGKAFTWSSSLNKHKRIHTGEKPYTC--E
160 170 180 190 200 210
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 GCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKHFERKHENQQKQYICS
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CCDS75 ECGKAFYRSSHLAKHKRIHTGEKPYTCEE--CGKAFNQSSTLILH-KRIH-SGQKPYKC-
220 230 240 250 260 270
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 FEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLKRHAKAHEG---YVCQ
:.: :.: . :. :. ::.: .:: : ::: : ..:..: . : : : :.
CCDS75 -EECGKAFTRSTTLNEHKKIHTGEKPYKC--EECGKAFIWSASLNEHKNIHTGEKPYKCK
280 290 300 310 320
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 KGCSFVAKTWTELLKHVRETHKEEIL--CEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHAPERDVCRCPR
. :. . . . :. : : :.:. : :: : :.: :. :..: : :. :. .: .
CCDS75 E-CGKAFNQSSGLIIH-RSIHSEQKLYKCEECGKAFTRSTALNEHKKIHSGEKPY-KCKE
330 340 350 360 370 380
260 270 280 290 300 310
pF1KE1 EGCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVVHDPDKKKMKL
::..:. .: .: .: .::.::. :::.: ..:::.: ..: .:
CCDS75 --CGKAYNLSSTLTKHK-RIHTGEKPFTCEE--CGKAFNWSSSLTKHKIIHTGEKSYKCE
390 400 410 420 430 440
320 330 340 350 360
pF1KE1 KVKKSREKRSLASHLSGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVAVLTLG
CCDS75 ECGKAFNRPSTLTVHKRIHTGKEHS
450 460
>>CCDS75076.1 ZNF595 gene_id:152687|Hs108|chr4 (616 aa)
initn: 911 init1: 132 opt: 465 Z-score: 306.4 bits: 66.1 E(32554): 9.6e-11
Smith-Waterman score: 563; 37.4% identity (61.9% similar) in 265 aa overlap (46-305:340-586)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 IADAFIAAGESSAPTPPRPALPRRFICSFPDCSANYSKAWKLDAHLCKHTGERPFVCDYE
.:. .. . .:. : ::::.:..: :
CCDS75 CEKCGKAFNQSSSLIIHRSIHSEQKLYKCEECGKAFTWSSSLNKHKRIHTGEKPYTC--E
310 320 330 340 350 360
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 GCGKAFIRDYHLSRHILTHTGEKPFVCAANGCDQKFNTKSNLKKHFERKHENQQKQYICS
::::: :. ::..: ::::::..: : . :: .:.: : .: : . :: : :
CCDS75 ECGKAFYRSSHLAKHKRIHTGEKPYTCEE--CGKAFNQSSTLILH-KRIH-SGQKPYKC-
370 380 390 400 410 420
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 FEDCKKTFKKHQQLKIHQCQHTNEPLFKCTQEGCGKHFASPSKLKRHAKAHEG---YVCQ
:.: :.: . :. :. ::.: .:: : ::: : ..:..: . : : : :.
CCDS75 -EECGKAFTRSTTLNEHKKIHTGEKPYKC--EECGKAFIWSASLNEHKNIHTGEKPYKCK
430 440 450 460 470
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 KGCSFVAKTWTELLKHVRETHKEEIL--CEVCRKTFKRKDYLKQHMKTHAPERDVCRCPR
. :. . . . :. : : :.:. : :: : :.: :. :..: : :. :. .: .
CCDS75 E-CGKAFNQSSGLIIH-RSIHSEQKLYKCEECGKAFTRSTALNEHKKIHSGEKPY-KCKE
480 490 500 510 520 530
260 270 280 290 300 310
pF1KE1 EGCGRTYTTVFNLQSHILSFHEESRPFVCEHAGCGKTFAMKQSLTRHAVVHDPDKKKMKL
::..:. .: .: .: .::.::. :::.: ..:::.: ..: .:
CCDS75 --CGKAYNLSSTLTKHK-RIHTGEKPFTCEE--CGKAFNWSSSLTKHKIIHTGEKSYKCE
540 550 560 570 580 590
320 330 340 350 360
pF1KE1 KVKKSREKRSLASHLSGYIPPKRKQGQGLSLCQNGESPNCVEDKMLSTVAVLTLG
CCDS75 ECGKAFNRPSTLTVHKRIHTGKEHS
600 610
>>CCDS75075.1 ZNF595 gene_id:152687|Hs108|chr4 (648 aa)
initn: 911 init1: 132 opt: 465 Z-score: 306.2 bits: 66.1 E(32554): 9.9e-11
Smith-Waterman score: 563; 37.4% identity (61.9% similar) in 265 aa overlap (46-305:372-618)
20 30 40 50 60 70
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