Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1150
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1150, 486 aa
1>>>pF1KE1150 486 - 486 aa - 486 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9837+/-0.000888; mu= 17.1156+/- 0.055
mean_var=315.5374+/-59.852, 0's: 0 Z-trim(110.8): 2068 B-trim: 68 in 1/49
Lambda= 0.072202
statistics sampled from 16848 (19175) to 16848 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.542), E-opt: 0.2 (0.225), width: 16
Scan time: 8.400
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011525949 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881656 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881655 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881652 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_005259773 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881654 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881653 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_006722693 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881651 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_011525952 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881647 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881648 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881650 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881649 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_011525950 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881646 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_006722690 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
NP_001258243 (OMIM: 604751) zinc finger protein 26 ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
NP_006622 (OMIM: 604751) zinc finger protein 266 [ ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_016881645 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 549) 1332 154.0 9.7e-37
XP_006722686 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1332 154.1 1e-36
XP_006722683 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1332 154.1 1e-36
XP_006722684 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1332 154.1 1e-36
XP_011525946 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1332 154.1 1e-36
XP_016881643 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1332 154.1 1e-36
XP_016881644 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1332 154.1 1e-36
XP_006722685 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1332 154.1 1e-36
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 1280 148.5 3.9e-35
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 1280 148.5 3.9e-35
NP_940937 (OMIM: 609571) zinc finger protein 699 [ ( 642) 1281 148.9 4.1e-35
NP_003437 (OMIM: 300024) zinc finger protein 157 [ ( 506) 1236 144.0 9.5e-34
XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 1233 143.6 1.1e-33
XP_016882723 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 518) 1231 143.5 1.4e-33
NP_001243102 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 531) 1231 143.5 1.4e-33
XP_011526566 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 536) 1231 143.5 1.4e-33
NP_001008727 (OMIM: 194628) zinc finger protein 12 ( 390) 1229 143.0 1.4e-33
XP_016882728 (OMIM: 194628) PREDICTED: zinc finger ( 390) 1229 143.0 1.4e-33
NP_001295198 (OMIM: 194628) zinc finger protein 12 ( 390) 1229 143.0 1.4e-33
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 1231 143.6 1.5e-33
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625) 1231 143.6 1.5e-33
XP_011526565 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 640) 1231 143.6 1.5e-33
XP_016881660 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 319) 1222 142.1 2.1e-33
XP_016881658 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 319) 1222 142.1 2.1e-33
XP_016881659 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 319) 1222 142.1 2.1e-33
XP_016881661 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 319) 1222 142.1 2.1e-33
XP_016881657 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 319) 1222 142.1 2.1e-33
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1224 143.4 3.2e-33
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1224 143.4 3.2e-33
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 1224 143.4 3.2e-33
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1224 143.4 3.2e-33
>>XP_011525949 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger pro (549 aa)
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Smith-Waterman score: 1434; 45.0% identity (66.3% similar) in 489 aa overlap (76-481:36-524)
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pF1KE1 TNFSQLYAPVKTHKGEKSFECKECGRSFRNSSCLNDHIQIHTGIKPHKCTYCGKAFTRST
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XP_011 RLSA
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pF1KE1 TNFSQLYAPVKTHKGEKSFECKECGRSFRNSSCLNDHIQIHTGIKPHKCTYCGKAFTRST
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XP_016 TRSSQLTEHLKTHTAKDPFECKICGKSFRNSSCLSDHFRIHTGIKPYKCKDCGKAFTQNS
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pF1KE1 QLTEHVRTHTGIKPYECKECGQAFAQYSGLSIHIRSHSGKKPYQCKECGKAFTTSTSLIQ
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XP_016 DLTKHARTHSGERPYECKECGKAFARSSRLSEHTRTHTGEKPFECVKCGKAFAISSNLSG
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390 400 410 420 430 440
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XP_016 RLSA
>>XP_016881655 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger pro (549 aa)
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pF1KE1 VAVDFTPEEWALLDTTEKYLYRDVMLENYMNLASVEWEIQPRTKRSSLQQGFLKNQIFSG
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XP_016 EQRSVFSQCGKAFSLNPDVVCQRTCTGEKAFDCSDSGKSFINHSHLQGHLRTHNGESLHE
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pF1KE1 TNFSQLYAPVKTHKGEKSFECKECGRSFRNSSCLNDHIQIHTGIKPHKCTYCGKAFTRST
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XP_016 TRSSQLTEHLKTHTAKDPFECKICGKSFRNSSCLSDHFRIHTGIKPYKCKDCGKAFTQNS
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pF1KE1 QLTEHVRTHTGIKPYECKECGQAFAQYSGLSIHIRSHSGKKPYQCKECGKAFTTSTSLIQ
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XP_016 DLTKHARTHSGERPYECKECGKAFARSSRLSEHTRTHTGEKPFECVKCGKAFAISSNLSG
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390 400 410 420 430 440
pF1KE1 HTRIHTGEKPYECVECGKTFITSSRRSKHLKTHSGEKPFVCKICGKAFLYSSRLNVHLRT
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XP_016 HLRIHTGEKPFECLECGKAFTHSSSLNNHMRTHSAKKPFTCMECGKAFKFPTCVNLHMRI
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450 460 470 480
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XP_016 RLSA
>>XP_016881652 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger pro (549 aa)
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pF1KE1 VAVDFTPEEWALLDTTEKYLYRDVMLENYMNLASVEWEIQPRTKRSSLQQGFLKNQIFSG
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