Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1139
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1139, 397 aa
1>>>pF1KE1139 397 - 397 aa - 397 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0843+/-0.00108; mu= 8.4540+/- 0.065
mean_var=109.6557+/-21.937, 0's: 0 Z-trim(106.0): 106 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.122478
statistics sampled from 8649 (8757) to 8649 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.636), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 2.160
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 397) 2670 482.8 2.4e-136
CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 398) 2658 480.7 1e-135
CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 ( 399) 2279 413.7 1.5e-115
CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 ( 399) 2275 413.0 2.4e-115
CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 ( 394) 1927 351.5 7.8e-97
CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849) 655 127.0 1.4e-28
CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785) 639 124.2 9.4e-28
CCDS33703.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 ( 963) 542 106.9 7.9e-23
CCDS74902.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 (1114) 542 107.0 9e-23
CCDS31725.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 ( 759) 526 104.1 4.6e-22
CCDS53728.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 (1182) 526 104.2 6.7e-22
CCDS35298.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX ( 949) 496 98.8 2.2e-20
CCDS7533.1 GBF1 gene_id:8729|Hs108|chr10 (1859) 498 99.3 3.1e-20
CCDS48130.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX (1488) 496 98.9 3.2e-20
CCDS33276.1 PSD4 gene_id:23550|Hs108|chr2 (1056) 389 79.9 1.2e-14
CCDS73187.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 ( 645) 382 78.6 1.8e-14
CCDS31272.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 (1024) 382 78.7 2.7e-14
CCDS4216.1 PSD2 gene_id:84249|Hs108|chr5 ( 771) 370 76.5 9.2e-14
CCDS34854.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 ( 513) 363 75.2 1.5e-13
CCDS43720.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 (1047) 363 75.3 2.8e-13
>>CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (397 aa)
initn: 2670 init1: 2670 opt: 2670 Z-score: 2561.4 bits: 482.8 E(32554): 2.4e-136
Smith-Waterman score: 2670; 100.0% identity (100.0% similar) in 397 aa overlap (1-397:1-397)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
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CCDS32 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 RGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAPT
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE1 PEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
370 380 390
>>CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (398 aa)
initn: 1817 init1: 1817 opt: 2658 Z-score: 2549.9 bits: 480.7 E(32554): 1e-135
Smith-Waterman score: 2658; 99.7% identity (99.7% similar) in 398 aa overlap (1-397:1-398)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KE1 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGG-RVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKE
:::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 PRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAP
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE1 TPEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TPEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
370 380 390
>>CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 (399 aa)
initn: 2330 init1: 2278 opt: 2279 Z-score: 2188.0 bits: 413.7 E(32554): 1.5e-115
Smith-Waterman score: 2279; 84.2% identity (94.0% similar) in 399 aa overlap (1-395:1-399)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MEEDDSY----VPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEE
:.:: . :: ::. :::.:: .:::::.::. ::.::: ::::: .::.:: :.::
CCDS53 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 RKNMQRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYL
:. :::::.::::::::::::::::::::::::... ::.:::::::::::::.:::::
CCDS53 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 GERDEFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCN
::::::::.::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::: ::
CCDS53 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 NGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLY
::::::::::::::::::::::::: ::.::::.:::::::::::.:::::::::::::
CCDS53 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 DKEPRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRI
:::::::::::::::::::: .:::::::: :..: :::::::::::::::::::.::::
CCDS53 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE1 SAPTPEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
:::.:::::::.: :::.:::::::.:::.::..... :
CCDS53 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK
370 380 390
>>CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 (399 aa)
initn: 2300 init1: 2275 opt: 2275 Z-score: 2184.2 bits: 413.0 E(32554): 2.4e-115
Smith-Waterman score: 2275; 83.0% identity (94.4% similar) in 395 aa overlap (3-397:2-396)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
:: : : ::: :::.:::::::::::::..::::..:..:. .:.:.: ..: :..
CCDS12 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
:::...::::::::::::::::::.::.::.:: :.::.::::::::::::::::::::.
CCDS12 QRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGERE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
:.:. ::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: :::
CCDS12 ELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
::::::::::::.::::::::::::.::: .:::.:::::::.:::::::::::::.::.
CCDS12 QSTDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 RGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAPT
::::::::::::::.: .::::::::::.:: :.::::::::::::::::: ::::::::
CCDS12 RGIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPT
300 310 320 330 340 350
370 380 390
pF1KE1 PEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
:::.:::: :.::.: ::::::::::::..: :..
CCDS12 QEEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP
360 370 380 390
>>CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 (394 aa)
initn: 1925 init1: 1902 opt: 1927 Z-score: 1851.9 bits: 351.5 E(32554): 7.8e-97
Smith-Waterman score: 1927; 70.5% identity (89.4% similar) in 387 aa overlap (9-395:8-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM
:..:.. : .::. :. ....:: :::.::::::.: .:. . :.:: .
CCDS13 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD
:..:.. .::::::::: ::::..::. :: .:::.:::::::::::::: ::::::
CCDS13 QKEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF
.:.:::.:::. :::..::::::::::::::::::::::::::::::: ::: :: :::
CCDS13 PINLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPGVF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 QSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIK
:::::::::::.:::::::::::::.:.: :::..::::::.:.::::. ::::..:::
CCDS13 QSTDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 NEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEP
.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS13 SEPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 RGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRISAPT
::::::::::...:.: ::: :.::: :. . : ::::::..:::::::.: ::::: .
CCDS13 RGIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGRVVEGKHESYRISATS
300 310 320 330 340 350
370 380 390
pF1KE1 PEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
::...::. :.:.:.: :::.....::::..: .
CCDS13 AEERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ
360 370 380 390
>>CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849 aa)
initn: 624 init1: 412 opt: 655 Z-score: 626.8 bits: 127.0 E(32554): 1.4e-28
Smith-Waterman score: 655; 43.9% identity (74.6% similar) in 244 aa overlap (9-248:645-886)
10 20 30
pF1KE1 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLK
::. : .. :.: : . : ... .
CCDS61 CLVSILKCMVEWSKDQYVNPNSQTTLGQEKPSEQEMSEIKHPETINRYGS--LNSLESTS
620 630 640 650 660 670
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 DE-IAEVANEIENLGSTEERKNMQRNKQVA-MGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCED
. :. .... . . :. . ....:.. .: :: ::.:::.: :. .: .: ::
CCDS61 SSGIGSYSTQMSGTDNPEQFEVLKQQKEIIEQGIDLFNKKPKRGIQYLQEQGMLGTTPED
680 690 700 710 720 730
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 IAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERDEFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPG
:::::.. : :..: .:..::. :.:: .:..:.:. :.:. ..:.:::.:: .:::::
CCDS61 IAQFLHQEERLDSTQVGEFLGDNDKFNKEVMYAYVDQHDFSGKDFVSALRMFLEGFRLPG
740 750 760 770 780 790
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 EAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNG--VFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERF
:::::::.:: :: :: .::.: .: :.:: :::...::::.:.::.:.::.: : :..
CCDS61 EAQKIDRLMEKFAARYLECNQGQTLFASADTAYVLAYSIIMLTTDLHSPQVKNKMTKEQY
800 810 820 830 840 850
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 IAMNRGINDGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRV
: :::::::. ::::: : .:. : .. ... :
CCDS61 IKMNRGINDSKDLPEEYLSAIYNEIAGKKISMKETKELTIPTKSSKQNVASEKQRRLLYN
860 870 880 890 900 910
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 KTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQV
CCDS61 LEMEQMAKTAKALMEAVSHVQAPFTSATHLEHVRPMFKLAWTPFLAAFSVGLQDCDDTEV
920 930 940 950 960 970
>>CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785 aa)
initn: 616 init1: 395 opt: 639 Z-score: 611.7 bits: 124.2 E(32554): 9.4e-28
Smith-Waterman score: 639; 51.6% identity (78.9% similar) in 190 aa overlap (61-248:642-831)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 LADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNMQRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLL
:... . : . :: ::.::::: :. .:
CCDS13 RCSVTSMESTVSSGTQTTVQDDPEQFEVIKQQKEIIEHGIELFNKKPKRGIQFLQEQGML
620 630 640 650 660 670
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 KNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERDEFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLW
.. :::::::.. : :..: .::.::. .:: .:..:.:. .: . ..:.::: ::
CCDS13 GTSVEDIAQFLHQEERLDSTQVGDFLGDSARFNKEVMYAYVDQLDFCEKEFVSALRTFLE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]