Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1017
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1017, 473 aa
1>>>pF1KE1017 473 - 473 aa - 473 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0436+/-0.000386; mu= 0.8346+/- 0.024
mean_var=566.4633+/-140.361, 0's: 0 Z-trim(124.7): 59 B-trim: 5290 in 2/60
Lambda= 0.053888
statistics sampled from 46770 (46871) to 46770 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.827), E-opt: 0.2 (0.55), width: 16
Scan time: 10.260
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005444 (OMIM: 611439) zinc finger and BTB domai ( 634) 471 51.4 8.6e-06
NP_001138810 (OMIM: 611439) zinc finger and BTB do ( 634) 471 51.4 8.6e-06
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>>NP_005444 (OMIM: 611439) zinc finger and BTB domain-co (634 aa)
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Smith-Waterman score: 632; 33.6% identity (52.9% similar) in 503 aa overlap (4-411:14-513)
10 20 30 40 50
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10 20 30 40 50
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120 130 140 150
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160 170 180 190 200
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. : .... : . . :: . .: .:. .:. . : . : :: :: :
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180 190 200 210 220 230
210 220 230 240
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240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290
pF1KE1 FPRPHG--PHPLPMTAT-PRKLPEGESAPLELPAPPALPPKIFYIKQEPFE--PKEEISG
. . : : : :.. : : : : : .. .. : :. .:
NP_005 YVKRGGNCPAPTPLVPQDPDLEEEEEEEDLVLTCEDDEDEELGGSSRVPVGGGPEATLSI
300 310 320 330 340 350
300 310 320 330 340
pF1KE1 SG----TQPGGAKEETKVFSG-----GDTEGNGELGFLLPSGPGPTSGGGGPSWKP----
: ..: :: : : ::.: .. : :: ::: .. .:: :
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350 360 370
pF1KE1 -VDLHGNEIL--------SGGGGPGG--AGQAVHGPVKLGGT-------P------PA--
.:..::.:: :.. .:: ..:: :: : .::: : :.
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380 390 400 410 420 430
pF1KE1 ---DGKR-FGCLCGKRFAVKPKRDRHIMLTFSLRPFGCGICNKRFKLKHHLTEHMKTHAG
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>>NP_001138810 (OMIM: 611439) zinc finger and BTB domain (634 aa)
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Smith-Waterman score: 632; 33.6% identity (52.9% similar) in 503 aa overlap (4-411:14-513)
10 20 30 40 50
pF1KE1 METPTPLPPVPASPTCNPAPRTIQIEFPQHSSSLLESLNRHRLEGKFCDV
: :: .: : :: .... ::. .:.::::::..::.:..:::
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10 20 30 40 50
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pF1KE1 SLLVQGRELRAHKAVLAAASPYFHDKLLLGDAPRLTLPSVIEADAFEGLLQLIYSGRLRL
:. :::::.:::.:::::.::::::..:: ..::::.. ::: .: :.::: .
NP_001 SIRVQGREFRAHRAVLAASSPYFHDQVLLKGMTSISLPSVMDPGAFETVLASAYTGRLSM
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pF1KE1 PLDALPAHLLVASGLQMWQVVDQCSEILRELETS----------------GGGI-SARGG
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160 170 180 190 200
pF1KE1 NSYHALLSTTSS------TGGWCIRSSPFQTPVQSS--ASTESPASTESPVG-GEGSELG
. : .... : . . :: . .: .:. .:. . : . : :: :: :
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210 220 230 240
pF1KE1 EVLQIQVEE-----------EEEEEEDDDDEDQGS----ATL---SQTP---QPQRVSGV
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NP_001 PVFPAPVVGSGGATSGKLLLEADELCDDGGDGRGAVVPGAGLRRPTYTPPSIMPQK-HWV
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290
pF1KE1 FPRPHG--PHPLPMTAT-PRKLPEGESAPLELPAPPALPPKIFYIKQEPFE--PKEEISG
. . : : : :.. : : : : : .. .. : :. .:
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300 310 320 330 340 350
300 310 320 330 340
pF1KE1 SG----TQPGGAKEETKVFSG-----GDTEGNGELGFLLPSGPGPTSGGGGPSWKP----
: ..: :: : : ::.: .. : :: ::: .. .:: :
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350 360 370
pF1KE1 -VDLHGNEIL--------SGGGGPGG--AGQAVHGPVKLGGT-------P------PA--
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380 390 400 410 420 430
pF1KE1 ---DGKR-FGCLCGKRFAVKPKRDRHIMLTFSLRPFGCGICNKRFKLKHHLTEHMKTHAG
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pF1KE1 ALHACPHCGRRFRVHACFLRHRDLCKGQGWATAHWTYK
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>>NP_001092740 (OMIM: 611692) zinc finger and BTB domain (500 aa)
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10 20 30 40 50 60
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::.. :..::..: .::. ::.::.::. . .::. .:
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::::::::.::::.:. :. :.. . . ..:: ::.. :.::. : : . . :
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.:: ::: :.:.:..::. ... : : ... :.: .:. : .
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170 180 190 200 210
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. :.: . . . . .: : : . .. .::.. ... . .
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. . . .: .: . : :: .. . .. . : :: .. . :. : :
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.: ..:.. . ..:: .. . .. : : . .:. :. ::: :
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: . :::. : ... :: : .:.:.. : .: :.. :. : ::. : .. .
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460 470
pF1KE1 LRHRDLCKGQGWATAHWTYK
.:
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pF1KE1 STTSSTGGWCIRSSPFQTPVQSSASTESPASTE--SPVGGEGSELGEVLQIQVEEEEEEE
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pF1KE1 EDDDDEDQGSATLSQTPQPQRVSGVFPRPHGPHPLPMTATPRKLPEGESA-PLELPAPPA
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XP_011 DLLVRESQITEVKVKMEKSDR-----PSCSDSSSLGDDGYHTEMVDGEQVVAVNVGSYGS
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pF1KE1 LPPKIFYIKQEPFEPKE--EISGSGTQPGGAKEETKVFSGGDTEGNGELGFLLPSGPGPT
. . . .: .: . : :: .. . .. . : :: .. . :. : :
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pF1KE1 SGGGGPSWKPVDLHGNEILSGGGGPGGAGQAVHGPVKLGGTPPADGKRFGCL-CGKRFAV
.: ..:.. . ..:: .. . .. : : . .:. :. ::: :
XP_011 QGL---------VQGSDSEAMMNNPGYESSPRERSAR-GHWYPYN-ERLICIYCGKSFNQ
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pF1KE1 KPKRDRHIMLTFSLRPFGCGICNKRFKLKHHLTEHMKTHAGAL-HACPHCGRRFRVHACF
: . :::. : ... :: : .:.:.. : .: :.. :. : ::. : .. .
XP_011 KGSLDRHMRLHMGITPFVCKFCGKKYTRKDQLEYHIRGHTDDKPFRCEICGKCFPFQGTL
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460 470
pF1KE1 LRHRDLCKGQGWATAHWTYK
.:
XP_011 NQHLRKNHPGVAEVRSRIESPERTDVYVEQKLENDASASEMGLDSRMEIHTVSDAPD
450 460 470 480 490 500
>>XP_005252046 (OMIM: 611692) PREDICTED: zinc finger and (514 aa)
initn: 567 init1: 343 opt: 429 Z-score: 208.2 bits: 48.0 E(85289): 7.4e-05
Smith-Waterman score: 456; 26.7% identity (54.9% similar) in 461 aa overlap (23-456:21-460)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 METPTPLPPVPASPTCNPAPRTIQIEFPQHSSSLLESLNRHRLEGKFCDVSLLVQGRELR
::.. :..::..: .::. ::.::.::. . .::. .:
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pF1KE1 AHKAVLAAASPYFHDKLLLGDAPRLTLPSVIEADAFEGLLQLIYSGRLRLPLDALPAHLL
::::::::.::::.:. :. :.. . . ..:: ::.. :.::. : : . . :
XP_005 AHKAVLAASSPYFRDHSALSTMSGLSISVIKNPNVFEQLLSFCYTGRMSLQLKDVVSFLT
60 70 80 90 100 110
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pF1KE1 VASGLQMWQVVDQCSEILRELET--SGGGISA-----------RGG---NSYHA----LL
.:: ::: :.:.:..::. ... : : ... :.: .:. : .
XP_005 AASFLQMQCVIDKCTQILESIHSKISVGDVDSVTVGAEENPESRNGVKDSSFFANPVEIS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KE1 STTSSTGGWCIRSSPFQTPVQSSASTESPASTE--SPVGGEGSELGEVLQIQVEEEEEEE
: : :: .. . : . .: . : : :. :: ..: .::.: ..:.
XP_005 PPYCSQGRQPTASSDLRMETTPSKALRSRLQEEGHSDRGSSGS-VSEY-EIQIEGDHEQG
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 EDDDDEDQGSATLSQTPQPQRVSGVFPRPHGPHPLPMTATPRKLPEGESA-PLELPAPPA
. :.: . . . . .: : : . .. .::.. ... . .
XP_005 DLLVRESQITEVKVKMEKSDR-----PSCSDSSSLGDDGYHTEMVDGEQVVAVNVGSYGS
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XP_005 VLQHAYSYSQAASQPTNVSEAFGSLSNSSPSRSMLSCFRGGRARQKRALSVHLHS---DL
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pF1KE1 SGGGGPSWKPVDLHGNEILSGGGGPGGAGQAVHGPVKLGGTPPADGKRFGCL-CGKRFAV
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XP_005 QGL---------VQGSDSEAMMNNPGYESSPRERSAR-GHWYPYN-ERLICIYCGKSFNQ
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pF1KE1 KPKRDRHIMLTFSLRPFGCGICNKRFKLKHHLTEHMKTHAGAL-HACPHCGRRFRVHACF
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XP_005 KGSLDRHMRLHMGITPFVCKFCGKKYTRKDQLEYHIRGHTDDKPFRCEICGKCFPFQGTL
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pF1KE1 LRHRDLCKGQGWATAHWTYK
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XP_005 NQHLRKNHPGVAEVRSRIESPERTDVYVEQKLENDASASEMGLDSRMEIHTVSDAPD
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473 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 20:17:38 2016 done: Sun Nov 6 20:17:40 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]