Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0293
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0293, 329 aa
1>>>pF1KE0293 329 - 329 aa - 329 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5217+/-0.000901; mu= 16.0386+/- 0.054
mean_var=84.9996+/-18.131, 0's: 0 Z-trim(107.3): 27 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.139112
statistics sampled from 9446 (9466) to 9446 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.291), width: 16
Scan time: 2.750
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS73691.1 NIPA1 gene_id:123606|Hs108|chr15 ( 329) 2092 429.6 1.7e-120
CCDS73692.1 NIPA1 gene_id:123606|Hs108|chr15 ( 254) 1633 337.3 7.6e-93
CCDS73693.1 NIPA2 gene_id:81614|Hs108|chr15 ( 360) 881 186.5 2.7e-47
CCDS3479.1 NIPAL1 gene_id:152519|Hs108|chr4 ( 410) 870 184.4 1.4e-46
CCDS47328.1 NIPAL4 gene_id:348938|Hs108|chr5 ( 466) 813 173.0 4.2e-43
CCDS73694.1 NIPA2 gene_id:81614|Hs108|chr15 ( 341) 736 157.4 1.5e-38
CCDS54944.1 NIPAL4 gene_id:348938|Hs108|chr5 ( 447) 689 148.1 1.3e-35
CCDS6278.1 NIPAL2 gene_id:79815|Hs108|chr8 ( 368) 359 81.8 9.5e-16
CCDS83310.1 NIPAL2 gene_id:79815|Hs108|chr8 ( 383) 359 81.8 9.8e-16
CCDS81281.1 NIPAL3 gene_id:57185|Hs108|chr1 ( 368) 354 80.8 1.9e-15
CCDS30631.1 NIPAL3 gene_id:57185|Hs108|chr1 ( 406) 354 80.8 2e-15
CCDS81282.1 NIPAL3 gene_id:57185|Hs108|chr1 ( 324) 298 69.5 4.2e-12
>>CCDS73691.1 NIPA1 gene_id:123606|Hs108|chr15 (329 aa)
initn: 2092 init1: 2092 opt: 2092 Z-score: 2276.6 bits: 429.6 E(32554): 1.7e-120
Smith-Waterman score: 2092; 100.0% identity (100.0% similar) in 329 aa overlap (1-329:1-329)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVRAKRRG
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CCDS73 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVRAKRRG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 TSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILASYLLKEKLNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILASYLLKEKLNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLMLLLLIFWIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLMLLLLIFWIA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCLVLLAVLGCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCLVLLAVLGCS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 IIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDFLGMACGFTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 IIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDFLGMACGFTT
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KE0 VSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD
310 320
>>CCDS73692.1 NIPA1 gene_id:123606|Hs108|chr15 (254 aa)
initn: 1633 init1: 1633 opt: 1633 Z-score: 1780.3 bits: 337.3 E(32554): 7.6e-93
Smith-Waterman score: 1633; 100.0% identity (100.0% similar) in 254 aa overlap (76-329:1-254)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 FVLQKKGIVRAKRRGTSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPF
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 GSILASYLLKEKLNILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GSILASYLLKEKLNILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYL
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 CIVLLMLLLLIFWIAPAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 CIVLLMLLLLIFWIAPAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQR
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ALCLCLVLLAVLGCSIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ALCLCLVLLAVLGCSIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSN
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320
pF1KE0 VGLVDFLGMACGFTTVSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VGLVDFLGMACGFTTVSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD
220 230 240 250
>>CCDS73693.1 NIPA2 gene_id:81614|Hs108|chr15 (360 aa)
initn: 914 init1: 579 opt: 881 Z-score: 962.6 bits: 186.5 E(32554): 2.7e-47
Smith-Waterman score: 881; 43.5% identity (75.3% similar) in 308 aa overlap (30-329:12-317)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVRAKRRG
.:::.:. ::. :..:.:.:::..: :.:
CCDS73 MSQGRGKYDFYIGLGLAMSSSIFIGGSFILKKKGLLRLARKG
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KE0 T--------SYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILASY
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CCDS73 SMRAGQGGHAYLKEWLWWAGLLSMGAGEVANFAAYAFAPATLVTPLGALSVLVSAILSSY
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LLKEKLNILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLML
.:.:.::. ::.::::: ::.:..::.:: : . : :. .:: .: :: . .:...
CCDS73 FLNERLNLHGKIGCLLSILGSTVMVIHAPKEEEIETLNEMSHKLGDPGFVVFATLVVIVA
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LLLIFWIAPAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCLV
:.::: ..: :: :::.:::.:::..:.:.: .::.:.: .... ..: .. : ..
CCDS73 LILIFVVGPRHGQTNILVYITICSVIGAFSVSCVKGLGIAIKELFAGKPVLRHPLAW-IL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 LLAVLGCSIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDFL
::... : . .:. :.:.::. :..:. :::: ::: :: :::::.::... . : .
CCDS73 LLSLIVC-VSTQINYLNRALDIFNTSIVTPIYYVFFTTSVLTCSAILFKEWQDMPVDDVI
230 240 250 260 270 280
300 310 320
pF1KE0 GMACGFTTVSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD
: :: :. ::: :...::. .:.:. . : : .
CCDS73 GTLSGFFTIIVGIFLLHAFKDVSFSLASLPVSFRKDEKAMNGNLSNMYEVLNNNEESLTC
290 300 310 320 330 340
CCDS73 GIEQHTGENVSRRNGNLTAF
350 360
>>CCDS3479.1 NIPAL1 gene_id:152519|Hs108|chr4 (410 aa)
initn: 930 init1: 604 opt: 870 Z-score: 949.9 bits: 184.4 E(32554): 1.4e-46
Smith-Waterman score: 870; 44.8% identity (76.1% similar) in 306 aa overlap (30-327:70-373)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIV-----
.:: .:: ::. ::.:.:.:::..
CCDS34 LASPVLYTDLNYSINNLSISANVENKYSLYVGLVLAVSSSIFIGSSFILKKKGLLQLASK
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 ---RAKRRGTSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILAS
:: . : ::: . .::.: ..:..:. .:: ::. .:..::::::::.: ...::.:
CCDS34 GFTRAGQGGHSYLKEWLWWVGLLSMGAGEAANFAAYAFAPATLVTPLGALSVLISAILSS
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 YLLKEKLNILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLM
:.:.:.::: ::.::.:: ::.:..::.:. : ::. :.: :: .: :... :. ..
CCDS34 YFLNEHLNIHGKIGCILSILGSTVMVIHAPQEEEVTSLHEMEMKLRDPGFISFAVIITVI
160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LLLLIFWIAPAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCL
:.::. .:: .: :::.::::::::.:.:.: :.::.:.: ..... .: .. : .
CCDS34 SLVLILIVAPKKGQTNILVYISICSLIGAFSVSSVKGLGIAIKELIEWKPVYKHPLV--F
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 VLLAVLGCSIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDF
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CCDS34 VLLAVLVLSVTTQINYLNKALDTFNTSLVTPIYYVFFTSMVVTCSAILFQEWYGMTAGDI
280 290 300 310 320 330
300 310 320
pF1KE0 LGMACGFTTVSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD
.: :: :. .:: :...::. ... .:.... :
CCDS34 IGTLSGFFTIIIGIFLLHAFKNTDITWSELTSTAKKEAVSLNVNENNYVLLENLECSAPG
340 350 360 370 380 390
CCDS34 YNDDVTLFSRTDD
400 410
>>CCDS47328.1 NIPAL4 gene_id:348938|Hs108|chr5 (466 aa)
initn: 838 init1: 539 opt: 813 Z-score: 887.3 bits: 173.0 E(32554): 4.2e-43
Smith-Waterman score: 813; 41.5% identity (75.5% similar) in 306 aa overlap (30-324:120-423)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVR----
.:::.: .::.. ::. .:.:::..:
CCDS47 QIVNDLSPEVPSNATFHSWQERIRQNYGFYIGLGLAFLSSFLIGSSVILKKKGLLRLVAT
90 100 110 120 130 140
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 -AKRR---GTSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILAS
: : : .:: : .:::: ..::.:...:: ::. .:...:::::::.: ...::.:
CCDS47 GATRAVDGGFGYLKDAMWWAGFLTMAAGEVANFGAYAFAPATVVTPLGALSVLISAILSS
150 160 170 180 190 200
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 YLLKEKLNILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLM
:.:.:.::.::::::.. :::.:..::.:. :.::: :. :. . :. . ..:.
CCDS47 YFLRESLNLLGKLGCVICVAGSTVMVIHAPEEEKVTTIMEMASKMKDTGFIVFAVLLLVS
210 220 230 240 250 260
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LLLLIFWIAPAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCL
:.::: ::: .: ::..:: :::..:.:.: ..::.:.. ...... : .. : :
CCDS47 CLILIFVIAPRYGQRNILIYIIICSVIGAFSVAAVKGLGITIKNFFQGLPVVRHPLPYIL
270 280 290 300 310 320
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 VLLAVLGCSIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDF
: .:. :. .: ..:.::. :..:. :::: :::.:. .: :::.:: ... ::.
CCDS47 SL--ILALSLSTQVNFLNRALDIFNTSLVFPIYYVFFTTVVVTSSIILFKEWYSMSAVDI
330 340 350 360 370 380
300 310 320
pF1KE0 LGMACGFTTVSVGIVLIQVFKEFNFN---LGEMNKSNMKTD
: ::.:. .:. ....::..... : .:.:.
CCDS47 AGTLSGFVTIILGVFMLHAFKDLDISCASLPHMHKNPPPSPAPEPTVIRLEDKNVLVDNI
390 400 410 420 430 440
CCDS47 ELASTSSPEEKPKVFIIHS
450 460
>>CCDS73694.1 NIPA2 gene_id:81614|Hs108|chr15 (341 aa)
initn: 809 init1: 474 opt: 736 Z-score: 805.6 bits: 157.4 E(32554): 1.5e-38
Smith-Waterman score: 813; 42.7% identity (74.0% similar) in 300 aa overlap (30-329:12-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVRAKRRG
.:::.:. ::. :..:.:.:::..: :.:
CCDS73 MSQGRGKYDFYIGLGLAMSSSIFIGGSFILKKKGLLRLARKG
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 TSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILASYLLKEKLNI
. :...:...:: ::. .:..::::::::.: ..::.::.:.:.::.
CCDS73 SMR-----------AVGAGEVANFAAYAFAPATLVTPLGALSVLVSAILSSYFLNERLNL
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLMLLLLIFWIA
::.::::: ::.:..::.:: : . : :. .:: .: :: . .:... :.::: ..
CCDS73 HGKIGCLLSILGSTVMVIHAPKEEEIETLNEMSHKLGDPGFVVFATLVVIVALILIFVVG
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCLVLLAVLGCS
: :: :::.:::.:::..:.:.: .::.:.: .... ..: .. : ..::... :
CCDS73 PRHGQTNILVYITICSVIGAFSVSCVKGLGIAIKELFAGKPVLRHPLAW-ILLLSLIVC-
160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 IIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDFLGMACGFTT
. .:. :.:.::. :..:. :::: ::: :: :::::.::... . : .: :: :
CCDS73 VSTQINYLNRALDIFNTSIVTPIYYVFFTTSVLTCSAILFKEWQDMPVDDVIGTLSGFFT
210 220 230 240 250 260
310 320
pF1KE0 VSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD
. ::: :...::. .:.:. . : : .
CCDS73 IIVGIFLLHAFKDVSFSLASLPVSFRKDEKAMNGNLSNMYEVLNNNEESLTCGIEQHTGE
270 280 290 300 310 320
>>CCDS54944.1 NIPAL4 gene_id:348938|Hs108|chr5 (447 aa)
initn: 730 init1: 440 opt: 689 Z-score: 753.0 bits: 148.1 E(32554): 1.3e-35
Smith-Waterman score: 740; 39.9% identity (74.8% similar) in 298 aa overlap (30-324:120-404)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVRAKRR
.:::.: .::.. ::. .:.:::..:
CCDS54 QIVNDLSPEVPSNATFHSWQERIRQNYGFYIGLGLAFLSSFLIGSSVILKKKGLLR----
90 100 110 120 130 140
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 GTSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILASYLLKEKLN
.: ..: :.:.:...:: ::. .:...:::::::.: ...::.::.:.:.::
CCDS54 -------LVATGATRAVAAGEVANFGAYAFAPATVVTPLGALSVLISAILSSYFLRESLN
150 160 170 180 190
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 ILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLMLLLLIFWI
.::::::.. :::.:..::.:. :.::: :. :. . :. . ..:. :.::: :
CCDS54 LLGKLGCVICVAGSTVMVIHAPEEEKVTTIMEMASKMKDTGFIVFAVLLLVSCLILIFVI
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 APAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCLVLLAVLGC
:: .: ::..:: :::..:.:.: ..::.:.. ...... : .. : : : .:.
CCDS54 APRYGQRNILIYIIICSVIGAFSVAAVKGLGITIKNFFQGLPVVRHPLPYILSL--ILAL
260 270 280 290 300 310
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 SIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDFLGMACGFT
:. .: ..:.::. :..:. :::: :::.:. .: :::.:: ... ::. : ::.
CCDS54 SLSTQVNFLNRALDIFNTSLVFPIYYVFFTTVVVTSSIILFKEWYSMSAVDIAGTLSGFV
320 330 340 350 360 370
300 310 320
pF1KE0 TVSVGIVLIQVFKEFNFN---LGEMNKSNMKTD
:. .:. ....::..... : .:.:.
CCDS54 TIILGVFMLHAFKDLDISCASLPHMHKNPPPSPAPEPTVIRLEDKNVLVDNIELASTSSP
380 390 400 410 420 430
>>CCDS6278.1 NIPAL2 gene_id:79815|Hs108|chr8 (368 aa)
initn: 243 init1: 195 opt: 359 Z-score: 396.2 bits: 81.8 E(32554): 9.5e-16
Smith-Waterman score: 359; 22.0% identity (64.1% similar) in 287 aa overlap (30-313:49-331)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVR--AK
.:. .:....:: . .. .:: . .. .
CCDS62 ELSLNFTYGAPGAGNGSLSGDWYRRNQIHLFGVLLAILGNLVISISLNIQKYSHLQLAQQ
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 RRGTSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILASYLLKEK
.. :. ...::.:.. ::::. ::: :: .: .:..::: ..: ..:.. .::..
CCDS62 EHPRPYFKSVLWWGGVLLMAVGETGNFAAYGFAPITLIAPLGCVSVTGSAIISVTFLKDN
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LNILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLMLLLLIF
: :: :. ::. .:. .:. .. . .. :.. :. :. . .:.. .:..
CCDS62 LRASDLLGTTLAFAGTYLLVNFAPNITQAISARTVQYYLVGWQFLIYVILEILIFCILLY
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