Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9713
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9713, 374 aa
1>>>pF1KB9713 374 - 374 aa - 374 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1930+/-0.000712; mu= 15.7092+/- 0.044
mean_var=150.9820+/-31.913, 0's: 0 Z-trim(115.1): 82 B-trim: 651 in 1/52
Lambda= 0.104379
statistics sampled from 15545 (15641) to 15545 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.792), E-opt: 0.2 (0.48), width: 16
Scan time: 3.270
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12406.1 PBX4 gene_id:80714|Hs108|chr19 ( 374) 2504 388.2 6.5e-108
CCDS6865.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 434) 1589 250.5 2.1e-66
CCDS1246.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 430) 1580 249.1 5.4e-66
CCDS55653.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 420) 1578 248.8 6.6e-66
CCDS55654.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 347) 1526 240.9 1.3e-63
CCDS83416.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 351) 1508 238.1 8.7e-63
CCDS4748.1 PBX2 gene_id:5089|Hs108|chr6 ( 430) 1497 236.6 3.1e-62
CCDS48021.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 359) 1388 220.1 2.4e-57
>>CCDS12406.1 PBX4 gene_id:80714|Hs108|chr19 (374 aa)
initn: 2504 init1: 2504 opt: 2504 Z-score: 2050.9 bits: 388.2 E(32554): 6.5e-108
Smith-Waterman score: 2504; 100.0% identity (100.0% similar) in 374 aa overlap (1-374:1-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAPRRLDTSDVLQQIMAITDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFSVLCEI
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CCDS12 MAAPPRPAPSPPAPRRLDTSDVLQQIMAITDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFSVLCEI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 KEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGVCRPEKRGRGGAVARAGTATPGGCPNDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGVCRPEKRGRGGAVARAGTATPGGCPNDN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 SIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFTTHVTNLLQEQSRMRPVSPKEIERMVGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFTTHVTNLLQEQSRMRPVSPKEIERMVGA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 IHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRKRRNFSKQATEVLNEYFYSHLNNPYPSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 IHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRKRRNFSKQATEVLNEYFYSHLNNPYPSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 EAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMGKFQEEATIYTGKTAVDTTEVGVPGNHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMGKFQEEATIYTGKTAVDTTEVGVPGNHA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SCLSTPSSGSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLASLQPPPGGGCLQSQAQGSWQGATPQPATAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SCLSTPSSGSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLASLQPPPGGGCLQSQAQGSWQGATPQPATAS
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB9 PAGDPGSINSSTSN
::::::::::::::
CCDS12 PAGDPGSINSSTSN
370
>>CCDS6865.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (434 aa)
initn: 1251 init1: 1029 opt: 1589 Z-score: 1305.5 bits: 250.5 E(32554): 2.1e-66
Smith-Waterman score: 1605; 64.2% identity (78.9% similar) in 408 aa overlap (1-370:25-430)
10 20 30
pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAP---RRLDTSDVLQQIMAITDQS
:: :: : : :. : .:.:.:::.:::::
CCDS68 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGDGRKQDIGDILHQIMTITDQS
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 LDEAQARKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGV
::::::.:::::::::::::::::::::::: .:::: :.::::: ::.:::::::::::
CCDS68 LDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLLAEGV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 CRPEKRGRGGAVARAGTATPGGCPNDNSIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFT
::: : :.:.: :..:. :: .:::::::::::::.:::::::.::::::::: :::
CCDS68 SGPEKGG-GSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACNEFT
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 THVTNLLQEQSRMRPVSPKEIERMVGAIHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRK
::: :::.:::: ::.:::::::::: :: :::.:::::::::::::: ::::.::::::
CCDS68 THVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRK
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 RRNFSKQATEVLNEYFYSHLNNPYPSEEAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMG
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CCDS68 RRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 KFQEEATIYTGKTAVDTTEV---GVPGNHASCLSTPSSGSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLA
::::::..:..:::: .... .: .:... .::.::::: : ::..:: :.....:
CCDS68 KFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNSGSSGSFNLPNSGDMFMNMQSLN
300 310 320 330 340 350
340 350
pF1KB9 --SLQPPPGGGCLQSQ------------------------------AQGSWQGATPQPAT
: : :. .::: :.:.:: :: ..
CCDS68 GDSYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNANGGWQDATTPSSV
360 370 380 390 400 410
360 370
pF1KB9 ASPAGDPGSINSSTSN
.::. :::..:
CCDS68 TSPTEGPGSVHSDTSN
420 430
>>CCDS1246.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (430 aa)
initn: 1603 init1: 1042 opt: 1580 Z-score: 1298.2 bits: 249.1 E(32554): 5.4e-66
Smith-Waterman score: 1610; 65.9% identity (81.2% similar) in 393 aa overlap (15-374:39-430)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAPRRLDTSDVLQQIMAITDQSLDEAQARKHAL
:. : .:.:::::.::::::::::::::::
CCDS12 HSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDEAQARKHAL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 NCHRMKPALFSVLCEIKEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGVCRPEKRGRGGA
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CCDS12 NCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGPEK-GGGSA
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 VARAGTATPGGCPNDNSIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFTTHVTNLLQEQS
.: :..:. :: .:::.:::::::::::::::::.::::::::: :::::: :::.:::
CCDS12 AAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVMNLLREQS
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 RMRPVSPKEIERMVGAIHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRKRRNFSKQATEV
: ::.:::::::::. :: :::.:::::::::::::: ::::.::::::::::.:::::.
CCDS12 RTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNFNKQATEI
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 LNEYFYSHLNNPYPSEEAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMGKFQEEATIYTG
:::::::::.:::::::::::::.: :.:.:::::::::::::::::.:::::::.::..
CCDS12 LNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQEEANIYAA
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 KTAVDTTEVGVPGNHASCLSTPSS-GSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLA--SLQPPPGGGCL
:::: .:.:.. :..:. :::.: :::. : . ..:: :.....: : : :. .
CCDS12 KTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSVQSLNGDSYQGAQVGANV
310 320 330 340 350 360
350 360 370
pF1KB9 QSQ------------------------------AQGSWQGATPQPATASPAGDPGSINSS
::: :.:.:: :: ...::. :::..:.
CCDS12 QSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISANGGWQDATTPSSVTSPTEGPGSVHSD
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 TSN
:::
CCDS12 TSN
430
>>CCDS55653.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (420 aa)
initn: 1514 init1: 1042 opt: 1578 Z-score: 1296.7 bits: 248.8 E(32554): 6.6e-66
Smith-Waterman score: 1578; 68.9% identity (85.1% similar) in 363 aa overlap (15-369:39-400)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAPRRLDTSDVLQQIMAITDQSLDEAQARKHAL
:. : .:.:::::.::::::::::::::::
CCDS55 HSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDEAQARKHAL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 NCHRMKPALFSVLCEIKEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGVCRPEKRGRGGA
::::::::::.::::::::::.:::: :.:.: : ::.::::::::::: ::: : :.:
CCDS55 NCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGPEK-GGGSA
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 VARAGTATPGGCPNDNSIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFTTHVTNLLQEQS
.: :..:. :: .:::.:::::::::::::::::.::::::::: :::::: :::.:::
CCDS55 AAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVMNLLREQS
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 RMRPVSPKEIERMVGAIHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRKRRNFSKQATEV
: ::.:::::::::. :: :::.:::::::::::::: ::::.::::::::::.:::::.
CCDS55 RTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNFNKQATEI
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 LNEYFYSHLNNPYPSEEAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMGKFQEEATIYTG
:::::::::.:::::::::::::.: :.:.:::::::::::::::::.:::::::.::..
CCDS55 LNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQEEANIYAA
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 KTAVDTTEVGVPGNHASCLSTPSS-GSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLA--SLQPPPGGGCL
:::: .:.:.. :..:. :::.: :::. : . ..:: :.....: : : :. .
CCDS55 KTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSVQSLNGDSYQGAQVGANV
310 320 330 340 350 360
350 360 370
pF1KB9 QSQAQG-----SWQGATPQPATASPAGDPGSINSSTSN
:::.. : :. . .:: .: .:.
CCDS55 QSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISHLPRHPRQAHYHFRLPTWHP
370 380 390 400 410 420
>>CCDS55654.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (347 aa)
initn: 1496 init1: 1051 opt: 1526 Z-score: 1255.4 bits: 240.9 E(32554): 1.3e-63
Smith-Waterman score: 1526; 77.1% identity (91.4% similar) in 301 aa overlap (15-315:39-338)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAPRRLDTSDVLQQIMAITDQSLDEAQARKHAL
:. : .:.:::::.::::::::::::::::
CCDS55 HSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDEAQARKHAL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 NCHRMKPALFSVLCEIKEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGVCRPEKRGRGGA
::::::::::.::::::::::.:::: :.:.: : ::.::::::::::: ::: : :.:
CCDS55 NCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGPEKGG-GSA
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 VARAGTATPGGCPNDNSIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFTTHVTNLLQEQS
.: :..:. :: .:::.:::::::::::::::::.::::::::: :::::: :::.:::
CCDS55 AAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVMNLLREQS
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 RMRPVSPKEIERMVGAIHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRKRRNFSKQATEV
: ::.:::::::::. :: :::.:::::::::::::: ::::.::::::::::.:::::.
CCDS55 RTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNFNKQATEI
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 LNEYFYSHLNNPYPSEEAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMGKFQEEATIYTG
:::::::::.:::::::::::::.: :.:.:::::::::::::::::.:::::::.::..
CCDS55 LNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQEEANIYAA
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 KTAVDTTEVGVPGNHASCLSTPSSGSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLASLQPPPGGGCLQSQ
:::: .:.:.. :..:. :::.:... : :
CCDS55 KTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGGYPSPCYQPDRRIQ
310 320 330 340
350 360 370
pF1KB9 AQGSWQGATPQPATASPAGDPGSINSSTSN
>>CCDS83416.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (351 aa)
initn: 1548 init1: 1041 opt: 1508 Z-score: 1240.7 bits: 238.1 E(32554): 8.7e-63
Smith-Waterman score: 1508; 72.9% identity (87.2% similar) in 321 aa overlap (1-318:25-342)
10 20 30
pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAP---RRLDTSDVLQQIMAITDQS
:: :: : : :. : .:.:.:::.:::::
CCDS83 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGDGRKQDIGDILHQIMTITDQS
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 LDEAQARKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGV
::::::.:::::::::::::::::::::::: .:::: :.::::: ::.:::::::::::
CCDS83 LDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLLAEGV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 CRPEKRGRGGAVARAGTATPGGCPNDNSIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFT
::: : :.:.: :..:. :: .:::::::::::::.:::::::.::::::::: :::
CCDS83 SGPEK-GGGSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACNEFT
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 THVTNLLQEQSRMRPVSPKEIERMVGAIHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRK
::: :::.:::: ::.:::::::::: :: :::.:::::::::::::: ::::.::::::
CCDS83 THVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRK
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 RRNFSKQATEVLNEYFYSHLNNPYPSEEAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMG
::::::::::.:::::::::.:::::::::::::.: ..:.:::::::::::::::::.:
CCDS83 RRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 KFQEEATIYTGKTAVDTTEVGVPGNHASCLSTPSSGSSGPFPLPSAGDAFLTLRTLASLQ
::::::..:..:::: .... . . . . ..:.. .:: .: ::
CCDS83 KFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNSGGYP-PSCYQSDGRLQ
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370
pF1KB9 PPPGGGCLQSQAQGSWQGATPQPATASPAGDPGSINSSTSN
>>CCDS4748.1 PBX2 gene_id:5089|Hs108|chr6 (430 aa)
initn: 1554 init1: 1420 opt: 1497 Z-score: 1230.7 bits: 236.6 E(32554): 3.1e-62
Smith-Waterman score: 1562; 66.5% identity (80.7% similar) in 388 aa overlap (12-374:45-430)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPPRPAPSPPAPR-RLDTSDVLQQIMAITDQSLDEAQAR
:. : . : .:.:::::.:::::::::::.
CCDS47 RGGLGLVSGEPGGPGEPPGGGDPGGGSGGVPGGRGKQDIGDILQQIMTITDQSLDEAQAK
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 KHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTVVSIRGIQDEDPPDAQLLRLDNMLLAEGVCRPEKRG
:::::::::::::::::::::::: .:::. :.:.: : ::.::::::::::: ::: :
CCDS47 KHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRSSQEEEPVDPQLMRLDNMLLAEGVAGPEKGG
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 RGGAVARAGTATPGGCPNDNSIEHSDYRAKLSQIRQIYHSELEKYEQACREFTTHVTNLL
..:.: :..:. :: ::::::::::.::.:::.::::::::::::: :::::: :::
CCDS47 GSAAAAAAAAASGGGVSPDNSIEHSDYRSKLAQIRHIYHSELEKYEQACNEFTTHVMNLL
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 QEQSRMRPVSPKEIERMVGAIHGKFSAIQMQLKQSTCEAVMTLRSRLLDARRKRRNFSKQ
.:::: :::.:::.::::. :: :::::::::::::::::: ::::.:::::::::::::
CCDS47 REQSRTRPVAPKEMERMVSIIHRKFSAIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNFSKQ
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 ATEVLNEYFYSHLNNPYPSEEAKEELARKGGLTISQVSNWFGNKRIRYKKNMGKFQEEAT
:::::::::::::.:::::::::::::.: :.:.:::::::::::::::::.:::::::.
CCDS47 ATEVLNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQEEAN
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330
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