Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8981
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8981, 377 aa
1>>>pF1KB8981 377 - 377 aa - 377 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 21.9051+/-0.00055; mu= -61.8393+/- 0.035
mean_var=1042.7466+/-217.337, 0's: 0 Z-trim(124.8): 40 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.039718
statistics sampled from 47077 (47139) to 47077 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.553), width: 16
Scan time: 10.910
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001138478 (OMIM: 158375,600807) mucin-7 precurs ( 377) 2534 160.1 7.7e-39
NP_001138479 (OMIM: 158375,600807) mucin-7 precurs ( 377) 2534 160.1 7.7e-39
NP_689504 (OMIM: 158375,600807) mucin-7 precursor ( 377) 2534 160.1 7.7e-39
NP_002448 (OMIM: 158370) mucin-2 precursor [Homo s (5289) 567 47.9 0.00065
XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078) 500 43.9 0.0041
XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 500 43.9 0.0042
XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 500 43.9 0.0042
XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 500 43.9 0.0042
>>NP_001138478 (OMIM: 158375,600807) mucin-7 precursor [ (377 aa)
initn: 2534 init1: 2534 opt: 2534 Z-score: 818.3 bits: 160.1 E(85289): 7.7e-39
Smith-Waterman score: 2534; 99.7% identity (99.7% similar) in 377 aa overlap (1-377:1-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKTLPLFVCICALSACFSFSEGRERDHELRHRRHHHQSPKSHFELPHYPGLLAHQKPFIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKTLPLFVCICALSACFSFSEGRERDHELRHRRHHHQSPKSHFELPHYPGLLAHQKPFIR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHPDKNSSVVNPTLVATTQIPSVTFPSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHPDKNSSVVNPTLVATTQIPSVTFPSAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 TKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATLAPVNSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATLAPVNSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SSSAPPETTAAPPTPSATTQAPPSSSAPPETTAAPPTPPATTPAPPSSSAPPETTAAPPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSSAPPETTAAPPTPSATTQAPPSSSAPPETTAAPPTPPATTPAPPSSSAPPETTAAPPT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 PSATTPAPLSSSAPPETTAVPPTPSATTLDPSSASAPPETTAAPPTPSATTPAPPSSPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSATTPAPLSSSAPPETTAVPPTPSATTLDPSSASAPPETTAAPPTPSATTPAPPSSPAP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 QETTAAPITTPNSSPTTLAPDTSETSAAPTHQTITSVTTQTTTTKQPTSAPGQNKISRFL
::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QETTAAPITTPNSSPTTLAPDTSETSAAPTHQTTTSVTTQTTTTKQPTSAPGQNKISRFL
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB8 LYMKNLLNRIIDDMVEQ
:::::::::::::::::
NP_001 LYMKNLLNRIIDDMVEQ
370
>>NP_001138479 (OMIM: 158375,600807) mucin-7 precursor [ (377 aa)
initn: 2534 init1: 2534 opt: 2534 Z-score: 818.3 bits: 160.1 E(85289): 7.7e-39
Smith-Waterman score: 2534; 99.7% identity (99.7% similar) in 377 aa overlap (1-377:1-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKTLPLFVCICALSACFSFSEGRERDHELRHRRHHHQSPKSHFELPHYPGLLAHQKPFIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKTLPLFVCICALSACFSFSEGRERDHELRHRRHHHQSPKSHFELPHYPGLLAHQKPFIR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHPDKNSSVVNPTLVATTQIPSVTFPSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHPDKNSSVVNPTLVATTQIPSVTFPSAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 TKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATLAPVNSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATLAPVNSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SSSAPPETTAAPPTPSATTQAPPSSSAPPETTAAPPTPPATTPAPPSSSAPPETTAAPPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSSAPPETTAAPPTPSATTQAPPSSSAPPETTAAPPTPPATTPAPPSSSAPPETTAAPPT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 PSATTPAPLSSSAPPETTAVPPTPSATTLDPSSASAPPETTAAPPTPSATTPAPPSSPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSATTPAPLSSSAPPETTAVPPTPSATTLDPSSASAPPETTAAPPTPSATTPAPPSSPAP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 QETTAAPITTPNSSPTTLAPDTSETSAAPTHQTITSVTTQTTTTKQPTSAPGQNKISRFL
::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QETTAAPITTPNSSPTTLAPDTSETSAAPTHQTTTSVTTQTTTTKQPTSAPGQNKISRFL
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB8 LYMKNLLNRIIDDMVEQ
:::::::::::::::::
NP_001 LYMKNLLNRIIDDMVEQ
370
>>NP_689504 (OMIM: 158375,600807) mucin-7 precursor [Hom (377 aa)
initn: 2534 init1: 2534 opt: 2534 Z-score: 818.3 bits: 160.1 E(85289): 7.7e-39
Smith-Waterman score: 2534; 99.7% identity (99.7% similar) in 377 aa overlap (1-377:1-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKTLPLFVCICALSACFSFSEGRERDHELRHRRHHHQSPKSHFELPHYPGLLAHQKPFIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 MKTLPLFVCICALSACFSFSEGRERDHELRHRRHHHQSPKSHFELPHYPGLLAHQKPFIR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHPDKNSSVVNPTLVATTQIPSVTFPSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 KSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHPDKNSSVVNPTLVATTQIPSVTFPSAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 TKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATLAPVNSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 TKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATLAPVNSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 SSSAPPETTAAPPTPSATTQAPPSSSAPPETTAAPPTPPATTPAPPSSSAPPETTAAPPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 SSSAPPETTAAPPTPSATTQAPPSSSAPPETTAAPPTPPATTPAPPSSSAPPETTAAPPT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 PSATTPAPLSSSAPPETTAVPPTPSATTLDPSSASAPPETTAAPPTPSATTPAPPSSPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 PSATTPAPLSSSAPPETTAVPPTPSATTLDPSSASAPPETTAAPPTPSATTPAPPSSPAP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 QETTAAPITTPNSSPTTLAPDTSETSAAPTHQTITSVTTQTTTTKQPTSAPGQNKISRFL
::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::
NP_689 QETTAAPITTPNSSPTTLAPDTSETSAAPTHQTTTSVTTQTTTTKQPTSAPGQNKISRFL
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB8 LYMKNLLNRIIDDMVEQ
:::::::::::::::::
NP_689 LYMKNLLNRIIDDMVEQ
370
>>NP_002448 (OMIM: 158370) mucin-2 precursor [Homo sapie (5289 aa)
initn: 1880 init1: 432 opt: 567 Z-score: 191.2 bits: 47.9 E(85289): 0.00065
Smith-Waterman score: 597; 37.9% identity (57.3% similar) in 309 aa overlap (57-351:1375-1657)
30 40 50 60 70 80
pF1KB8 HELRHRRHHHQSPKSHFELPHYPGLLAHQKPF-IRKSYKCLHKRCRP--KLPPSPNNPPK
:: . .:: . : : : .:. :
NP_002 HLSLEQLGQKVQCDVSVGFICKNEDQFGNGPFGLCYDYKIRVNCCWPMDKCITTPSPPTT
1350 1360 1370 1380 1390 1400
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 FPNPHQPPKHPDK--NSSVVNPTLVATTQIPSVTFPSASTKITTLPNVTFLPQNATTISS
:.: :: ... .: ..:: : .: :: :: : : :. . ..
NP_002 TPSP--PPTSTTTLPPTTTPSPPTTTTTTPPPTTTPSPPITTTTTPPPTTTPSPPISTTT
1410 1420 1430 1440 1450 1460
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 RENVNTSSSVATLAPVNSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPPSSSAPPETTAAPPTPSATTQA
.:. : :...:.: :: .::: ..::: : .. .:: :: : :.::
NP_002 TPPPTTTPS----PPTTTPSPPTTTPSPPTTTTTTPPPTTTPSPPTTTPITPPASTTTLP
1470 1480 1490 1500 1510
210 220 230 240 250
pF1KB8 PPSSSAPPETTAA--PPT----PPATTP-APPSSSA--PPETTAAPPTPSATTPAPLSSS
: .. .:: ::.. ::: ::.::: .::.:.. :: :: .:: ..::: : ..
NP_002 PTTTPSPPTTTTTTPPPTTTPSPPTTTPITPPTSTTTLPPTTTPSPPPTTTTTPPPTTTP
1520 1530 1540 1550 1560 1570
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 APPETTAVPPTPSATTLDPSSASAPPETTAAPPTPSATTPAPPSSPAPQETTAAPITTPN
.:: ::..: :. :: : :: :: .::: ..::: : ..:.: :: ::: :.
NP_002 SPP-TTTTPSPPTITTTTP-----PPTTTPSPPTTTTTTPPPTTTPSPPTTT--PITPPT
1580 1590 1600 1610 1620 1630
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 SSPTTLAPDTSETSAAPTHQTITSVTTQTTTTKQPTSAPGQNKISRFLLYMKNLLNRIID
:. ::: : :. : :: :::: ::..:
NP_002 ST-TTLPP-TTTPSPPPT----------TTTTPPPTTTPSPPTTTTPSPPITTTTTPPPT
1640 1650 1660 1670
pF1KB8 DMVEQ
NP_002 TTPSSPITTTPSPPTTTMTTPSPTTTPSSPITTTTTPSSTTTPSPPPTTMTTPSPTTTPS
1680 1690 1700 1710 1720 1730
>>XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2078 aa)
initn: 424 init1: 424 opt: 500 Z-score: 176.8 bits: 43.9 E(85289): 0.0041
Smith-Waterman score: 500; 34.0% identity (57.6% similar) in 288 aa overlap (75-351:993-1264)
50 60 70 80 90
pF1KB8 LPHYPGLLAHQKPFIRKSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHP------DKNS
::::.. : :.:. : : :.:
XP_011 PTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPPAVTPPSPKGS
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100 110 120 130 140 150
pF1KB8 SVVNPTLVATTQIPSVTFPSASTKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATL-APV
...: ... :..: :: . . : .: ::..: : . .::: .:
XP_011 PAATPFPKGASTPPAATPPSPKGS----PAATPLPKGAPT----------TPAATLPSPK
1030 1040 1050 1060
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 NSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPPSSSAPPETTAAPPTPSATTQAPPSSSAPPETTAAPPT
..:: . .:: :.:: :.: .. : : .:: :.:: .: .. : : .:: :
XP_011 GGPATPSLKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPMPPAATPPSPKGGLATPPHKGAPTT
1070 1080 1090 1100 1110 1120
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 PPATTPAPPSSSAPPETTAAPPTPSATTPAPLSSSAPPETTAVPPTPSATTLDPSSASAP
: :: :.: .. : : .:: ::.:: :.: .. : : ..: ::.:: .:... :
XP_011 PAATPPSPKGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGLAT
1130 1140 1150 1160 1170 1180
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 PETTAAPPTPSATTPAPP---SSPAPQETTAAPITTPNSSPTTLAPDTSETSAAPTHQTI
: .:: ::.:: :.: ..:.:. . ..: .:: : :: : ..::: .
XP_011 PSPKGAPTTPAATPPSPKGGLATPSPKGAPTTPAATPPSPKGGLA--TPSPKGAPTTPAA
1190 1200 1210 1220 1230 1240
340 350 360 370
pF1KB8 TSVTTQT-TTTKQPTSAPGQNKISRFLLYMKNLLNRIIDDMVEQ
: . . .: : .::
XP_011 TPPSPKGGPATPPPKGAPTPPAATPPSLKGGLATPPHKGAPNPAVVTPPSPKGGPATSPP
1250 1260 1270 1280 1290 1300
>>XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2082 aa)
initn: 424 init1: 424 opt: 500 Z-score: 176.8 bits: 43.9 E(85289): 0.0042
Smith-Waterman score: 500; 34.0% identity (57.6% similar) in 288 aa overlap (75-351:993-1264)
50 60 70 80 90
pF1KB8 LPHYPGLLAHQKPFIRKSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHP------DKNS
::::.. : :.:. : : :.:
XP_006 PTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPPAVTPPSPKGS
970 980 990 1000 1010 1020
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 SVVNPTLVATTQIPSVTFPSASTKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATL-APV
...: ... :..: :: . . : .: ::..: : . .::: .:
XP_006 PAATPFPKGASTPPAATPPSPKGS----PAATPLPKGAPT----------TPAATLPSPK
1030 1040 1050 1060
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 NSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPPSSSAPPETTAAPPTPSATTQAPPSSSAPPETTAAPPT
..:: . .:: :.:: :.: .. : : .:: :.:: .: .. : : .:: :
XP_006 GGPATPSLKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPMPPAATPPSPKGGLATPPHKGAPTT
1070 1080 1090 1100 1110 1120
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 PPATTPAPPSSSAPPETTAAPPTPSATTPAPLSSSAPPETTAVPPTPSATTLDPSSASAP
: :: :.: .. : : .:: ::.:: :.: .. : : ..: ::.:: .:... :
XP_006 PAATPPSPKGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGLAT
1130 1140 1150 1160 1170 1180
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 PETTAAPPTPSATTPAPP---SSPAPQETTAAPITTPNSSPTTLAPDTSETSAAPTHQTI
: .:: ::.:: :.: ..:.:. . ..: .:: : :: : ..::: .
XP_006 PSPKGAPTTPAATPPSPKGGLATPSPKGAPTTPAATPPSPKGGLA--TPSPKGAPTTPAA
1190 1200 1210 1220 1230 1240
340 350 360 370
pF1KB8 TSVTTQT-TTTKQPTSAPGQNKISRFLLYMKNLLNRIIDDMVEQ
: . . .: : .::
XP_006 TPPSPKGGPATPPPKGAPTPPAATPPSLKGGLATPPHKGAPNPAVVTPPSPKGGPATSPP
1250 1260 1270 1280 1290 1300
>>XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2082 aa)
initn: 424 init1: 424 opt: 500 Z-score: 176.8 bits: 43.9 E(85289): 0.0042
Smith-Waterman score: 500; 34.0% identity (57.6% similar) in 288 aa overlap (75-351:993-1264)
50 60 70 80 90
pF1KB8 LPHYPGLLAHQKPFIRKSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHP------DKNS
::::.. : :.:. : : :.:
XP_006 PTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPPAVTPPSPKGS
970 980 990 1000 1010 1020
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 SVVNPTLVATTQIPSVTFPSASTKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATL-APV
...: ... :..: :: . . : .: ::..: : . .::: .:
XP_006 PAATPFPKGASTPPAATPPSPKGS----PAATPLPKGAPT----------TPAATLPSPK
1030 1040 1050 1060
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 NSPAPQDTTAAPPTPSATTPAPPSSSAPPETTAAPPTPSATTQAPPSSSAPPETTAAPPT
..:: . .:: :.:: :.: .. : : .:: :.:: .: .. : : .:: :
XP_006 GGPATPSLKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPMPPAATPPSPKGGLATPPHKGAPTT
1070 1080 1090 1100 1110 1120
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 PPATTPAPPSSSAPPETTAAPPTPSATTPAPLSSSAPPETTAVPPTPSATTLDPSSASAP
: :: :.: .. : : .:: ::.:: :.: .. : : ..: ::.:: .:... :
XP_006 PAATPPSPKGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGLAT
1130 1140 1150 1160 1170 1180
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 PETTAAPPTPSATTPAPP---SSPAPQETTAAPITTPNSSPTTLAPDTSETSAAPTHQTI
: .:: ::.:: :.: ..:.:. . ..: .:: : :: : ..::: .
XP_006 PSPKGAPTTPAATPPSPKGGLATPSPKGAPTTPAATPPSPKGGLA--TPSPKGAPTTPAA
1190 1200 1210 1220 1230 1240
340 350 360 370
pF1KB8 TSVTTQT-TTTKQPTSAPGQNKISRFLLYMKNLLNRIIDDMVEQ
: . . .: : .::
XP_006 TPPSPKGGPATPPPKGAPTPPAATPPSLKGGLATPPHKGAPNPAVVTPPSPKGGPATSPP
1250 1260 1270 1280 1290 1300
>>XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2082 aa)
initn: 424 init1: 424 opt: 500 Z-score: 176.8 bits: 43.9 E(85289): 0.0042
Smith-Waterman score: 500; 34.0% identity (57.6% similar) in 288 aa overlap (75-351:993-1264)
50 60 70 80 90
pF1KB8 LPHYPGLLAHQKPFIRKSYKCLHKRCRPKLPPSPNNPPKFPNPHQPPKHP------DKNS
::::.. : :.:. : : :.:
XP_006 PTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPPAATPPSPKGGPATPSPKGAPTPPAVTPPSPKGS
970 980 990 1000 1010 1020
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 SVVNPTLVATTQIPSVTFPSASTKITTLPNVTFLPQNATTISSRENVNTSSSVATL-APV
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