Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8900
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8900, 233 aa
1>>>pF1KB8900 233 - 233 aa - 233 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7083+/-0.000673; mu= 6.5856+/- 0.041
mean_var=179.6905+/-36.087, 0's: 0 Z-trim(117.8): 54 B-trim: 189 in 1/51
Lambda= 0.095678
statistics sampled from 18589 (18643) to 18589 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.854), E-opt: 0.2 (0.573), width: 16
Scan time: 2.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32549.1 SOX15 gene_id:6665|Hs108|chr17 ( 233) 1644 237.6 5.3e-63
CCDS14669.1 SOX3 gene_id:6658|Hs108|chrX ( 446) 508 81.0 1.4e-15
CCDS3239.1 SOX2 gene_id:6657|Hs108|chr3 ( 317) 499 79.7 2.5e-15
CCDS9523.1 SOX1 gene_id:6656|Hs108|chr13 ( 391) 485 77.8 1.1e-14
CCDS3094.1 SOX14 gene_id:8403|Hs108|chr3 ( 240) 474 76.1 2.3e-14
CCDS9473.1 SOX21 gene_id:11166|Hs108|chr13 ( 276) 471 75.7 3.3e-14
CCDS13552.1 SOX18 gene_id:54345|Hs108|chr20 ( 384) 430 70.2 2.1e-12
CCDS6159.1 SOX17 gene_id:64321|Hs108|chr8 ( 414) 430 70.2 2.3e-12
CCDS12995.1 SOX12 gene_id:6666|Hs108|chr20 ( 315) 424 69.3 3.3e-12
CCDS4547.1 SOX4 gene_id:6659|Hs108|chr6 ( 474) 426 69.7 3.7e-12
CCDS10428.1 SOX8 gene_id:30812|Hs108|chr16 ( 446) 413 67.9 1.2e-11
CCDS1654.1 SOX11 gene_id:6664|Hs108|chr2 ( 441) 412 67.8 1.3e-11
CCDS13964.1 SOX10 gene_id:6663|Hs108|chr22 ( 466) 408 67.2 2e-11
CCDS11689.1 SOX9 gene_id:6662|Hs108|chr17 ( 509) 408 67.3 2.2e-11
>>CCDS32549.1 SOX15 gene_id:6665|Hs108|chr17 (233 aa)
initn: 1644 init1: 1644 opt: 1644 Z-score: 1244.5 bits: 237.6 E(32554): 5.3e-63
Smith-Waterman score: 1644; 100.0% identity (100.0% similar) in 233 aa overlap (1-233:1-233)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MALPGSSQDQAWSLEPPAATAAASSSSGPQEREGAGSPAAPGTLPLEKVKRPMNAFMVWS
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CCDS32 MALPGSSQDQAWSLEPPAATAAASSSSGPQEREGAGSPAAPGTLPLEKVKRPMNAFMVWS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SAQRRQMAQQNPKMHNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRDYPDYKYRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SAQRRQMAQQNPKMHNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRDYPDYKYRP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRKAKSSGAGPSRCGQGRGNLASGGPLWGPGYATTQPSRGFGYRPPSYSTAYLPGSYGSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RRKAKSSGAGPSRCGQGRGNLASGGPLWGPGYATTQPSRGFGYRPPSYSTAYLPGSYGSS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KB8 HCKLEAPSPCSLPQSDPRLQGELLPTYTHYLPPGSPTPYNPPLAGAPMPLTHL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HCKLEAPSPCSLPQSDPRLQGELLPTYTHYLPPGSPTPYNPPLAGAPMPLTHL
190 200 210 220 230
>>CCDS14669.1 SOX3 gene_id:6658|Hs108|chrX (446 aa)
initn: 520 init1: 442 opt: 508 Z-score: 393.3 bits: 81.0 E(32554): 1.4e-15
Smith-Waterman score: 508; 41.4% identity (64.0% similar) in 239 aa overlap (4-228:87-321)
10 20
pF1KB8 MALPGSSQDQAWSLEPPAATAAASSSS----GP
: .. :: . ::: ..:..:: :
CCDS14 APGAPSPPATLAHLLPAPAMYSLLETELKNPVGTPTQAAGTGGPAAPGGAGKSSANAAGG
60 70 80 90 100 110
30 40 50 60 70 80
pF1KB8 QEREGAGSPAAPGT---LPLEKVKRPMNAFMVWSSAQRRQMAQQNPKMHNSEISKRLGAQ
. :..: .: : ..:::::::::::: .:::.:: .:::::::::::::::.
CCDS14 ANSGGGSSGGASGGGGGTDQDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMALENPKMHNSEISKRLGAD
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 WKLLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRDYPDYKYRPRRKAKS-----SGAGPSRCGQGRGNL
:::: . :::::..::::::: :...:::::::::::.:. . . :: :
CCDS14 WKLLTDAEKRPFIDEAKRLRAVHMKEYPDYKYRPRRKTKTLLKKDKYSLPSGL-LPPGAA
180 190 200 210 220 230
150 160 170 180 190
pF1KB8 ASGGPLWGPGYATTQPSRGFGYRPPSYS--TAYLPGSYGSSHCKLEAPSPCSLPQSDPRL
:... . . :...: : : : .:. ... :.:. . .: .: :. :.:
CCDS14 AAAAAAAAAAAAASSPV-GVGQRLDTYTHVNGWANGAYSLVQEQLGYAQPPSM--SSPPP
240 250 260 270 280 290
200 210 220 230
pF1KB8 QGELLPTYTHYLPPGSPTPYNPPLAGAPMPLTHL
: : . . . . .:. :: : . :
CCDS14 PPALPPMHRYDMAGLQYSPMMPPGAQSYMNVAAAAAAASGYGGMAPSATAAAAAAYGQQP
300 310 320 330 340 350
>>CCDS3239.1 SOX2 gene_id:6657|Hs108|chr3 (317 aa)
initn: 477 init1: 458 opt: 499 Z-score: 388.6 bits: 79.7 E(32554): 2.5e-15
Smith-Waterman score: 499; 43.9% identity (64.5% similar) in 214 aa overlap (28-227:13-221)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MALPGSSQDQAWSLEPPAATAAASSSSGPQEREGAG----SPAAPG----TLPLEKVKRP
:::. :.: . :: : . : ..::::
CCDS32 MYNMMETELKPPGPQQTSGGGGGNSTAAAAGGNQKNSP-DRVKRP
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 MNAFMVWSSAQRRQMAQQNPKMHNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRD
:::::::: .:::.:::.:::::::::::::::.::::.: :::::..::::::: :...
CCDS32 MNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKRLRALHMKE
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KB8 YPDYKYRPRRKAKSSGAGPSRCGQGRGNLASGGPLWGPGYATTQP-SRGFGYRPPSYS--
.::::::::::.:. . : : :: :: . : .. . : . : ::.
CCDS32 HPDYKYRPRRKTKTLMKKDKYTLPG-GLLAPGGNSMASGVGVGAGLGAGVNQRMDSYAHM
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 TAYLPGSYGSSHCKLEAPSPCSLPQSDPRLQGELLPTYTH---YLPPGSPTPYNPPLAGA
... :::. . .: :. : . . ... : . . : .: : . . :.
CCDS32 NGWSNGSYSMMQDQLGYPQH---PGLNAHGAAQMQPMHRYDVSALQYNSMTSSQTYMNGS
170 180 190 200 210 220
230
pF1KB8 PMPLTHL
:
CCDS32 PTYSMSYSQQGTPGMALGSMGSVVKSEASSSPPVVTSSSHSRAPCQAGDLRDMISMYLPG
230 240 250 260 270 280
>>CCDS9523.1 SOX1 gene_id:6656|Hs108|chr13 (391 aa)
initn: 476 init1: 446 opt: 485 Z-score: 376.9 bits: 77.8 E(32554): 1.1e-14
Smith-Waterman score: 495; 39.8% identity (59.8% similar) in 246 aa overlap (14-228:10-246)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MALPGSSQDQAWSLEPPAATAAASSSSGPQEREGAGSPAAPG------TLPLEKVKRPMN
:. :... : .. ::: :.:. .. : ..::::::
CCDS95 MYSMMMETDLHSPGGAQAPTNLSGPAGAGGGGGGGGGGGGGGGAKANQDRVKRPMN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 AFMVWSSAQRRQMAQQNPKMHNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRDYP
:::::: .:::.:::.:::::::::::::::.::...: :::::..::::::: :....:
CCDS95 AFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKVMSEAEKRPFIDEAKRLRALHMKEHP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150
pF1KB8 DYKYRPRRKAKS---------------SGAGPSRC------GQGRGNLASGGPLWGPGYA
:::::::::.:. .::: . : : : : : : .:: :
CCDS95 DYKYRPRRKTKTLLKKDKYSLAGGLLAAGAGGGGAAVAMGVGVGVGAAAVGQRLESPGGA
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 TTQPSRGFGY-RPPSYSTAYLPGSYGSSHCKLEAPSPCSLPQSDPRLQGELLPTYTHYLP
. : :: . ..... ::: ... . .: .. : : ..:
CCDS95 A-----GGGYAHVNGWANGAYPGSVAAAAAAAAMMQEAQLAYGQHPGAGGAHP-HAH---
180 190 200 210 220
220 230
pF1KB8 PGSPTPYNP---PLAGAPMPLTHL
:. : :..: : ::
CCDS95 PAHPHPHHPHAHPHNPQPMHRYDMGALQYSPISNSQGYMSASPSGYGGLPYGAAAAAAAA
230 240 250 260 270 280
>>CCDS3094.1 SOX14 gene_id:8403|Hs108|chr3 (240 aa)
initn: 465 init1: 445 opt: 474 Z-score: 371.5 bits: 76.1 E(32554): 2.3e-14
Smith-Waterman score: 474; 48.1% identity (71.2% similar) in 156 aa overlap (45-192:4-159)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 EPPAATAAASSSSGPQEREGAGSPAAPGTLPLEKVKRPMNAFMVWSSAQRRQMAQQNPKM
: ...::::::::::: .:::.:::.::::
CCDS30 MSKPSDHIKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKM
10 20 30
80 90 100 110 120
pF1KB8 HNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRDYPDYKYRPRRKAKS-----SGA
:::::::::::.::::.: ::::...:::::::.:....:::::::::: :. .
CCDS30 HNSEISKRLGAEWKLLSEAEKRPYIDEAKRLRAQHMKEHPDYKYRPRRKPKNLLKKDRYV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GP-SRCGQGRGNLASGGPLWGPGYATTQPSRGFGYRPPSYSTAYL--PGSYGSSHCKLEA
: :. :.: :. . . : .. .. ::. . : :....:: . .
CCDS30 FPLPYLGDTDPLKAAGLPVGASDGLLSAPEKARAFLPPASAPYSLLDPAQFSSSAIQKMG
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KB8 PSPCSLPQSDPRLQGELLPTYTHYLPPGSPTPYNPPLAGAPMPLTHL
: .:
CCDS30 EVPHTLATGALPYASTLGYQNGAFGSLSCPSQHTHTHPSPTNPGYVVPCNCTAWSASTLQ
160 170 180 190 200 210
>>CCDS9473.1 SOX21 gene_id:11166|Hs108|chr13 (276 aa)
initn: 476 init1: 458 opt: 471 Z-score: 368.5 bits: 75.7 E(32554): 3.3e-14
Smith-Waterman score: 474; 43.6% identity (62.7% similar) in 204 aa overlap (45-226:4-202)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 EPPAATAAASSSSGPQEREGAGSPAAPGTLPLEKVKRPMNAFMVWSSAQRRQMAQQNPKM
:...:::::::::::: ::::.:::.::::
CCDS94 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKM
10 20 30
80 90 100 110 120
pF1KB8 HNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRDYPDYKYRPRRKAKS--------
:::::::::::.:::: :.:::::..::::::: :....:::::::::: :.
CCDS94 HNSEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDEAKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFA
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB8 ----SGAG-------PS-RCGQGRGNLASGGPLWGPGYATTQPSRGFGYRPPSYSTAYLP
: : :. . : : :.:: . : ..: .. . . . ...:
CCDS94 FPVPYGLGGVADAEHPALKAGAGLHAGAGGGLV--PESLLANPEKAAAAAAAAAARVFFP
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 GSYGSSHCKLEAPSPCSLPQSDPRLQGEL--LPTYTHYLPPGSPTPYNPPLAGAPMPLTH
: ... : . : : : : ... . . . :: .: : : :::
CCDS94 QSAAAAAAAAAAAAAGS-PYSLLDLGSKMAEISSSSSGLPYASSLGY--PTAGAGAFHGA
160 170 180 190 200
pF1KB8 L
CCDS94 AAAAAAAAAAAGGHTHSHPSPGNPGYMIPCNCSAWPSPGLQPPLAYILLPGMGKPQLDPY
210 220 230 240 250 260
>>CCDS13552.1 SOX18 gene_id:54345|Hs108|chr20 (384 aa)
initn: 544 init1: 403 opt: 430 Z-score: 336.0 bits: 70.2 E(32554): 2.1e-12
Smith-Waterman score: 431; 37.7% identity (55.2% similar) in 239 aa overlap (2-231:37-255)
10 20 30
pF1KB8 MALPGSSQDQAWSLEPPAATAAASSSSGPQE
: :.. : ::. . : :
CCDS13 GYGAQDDPPARRDCAWAPGHGAAADTRGLAAGPAALAAPAAPASPPSPQRSPPRSPEPG-
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB8 REGAGSPAAPG---TLPLEKVKRPMNAFMVWSSAQRRQMAQQNPKMHNSEISKRLGAQWK
: : :::. : . ...:::::::::.. .:...::::: .::. .:: :: ::
CCDS13 RYGL-SPAGRGERQAADESRIRRPMNAFMVWAKDERKRLAQQNPDLHNAVLSKMLGKAWK
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 LLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRDYPDYKYRPRRKAKSSGAGPSRCGQGRGNLASGGPLW
:. :::::::::.:::..::::.:.:::::::: .. : . : .:: :
CCDS13 ELNAAEKRPFVEEAERLRVQHLRDHPNYKYRPRRKKQARKARRLEPGLLLPGLAPPQPPP
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 GPGYATTQPSRGFGYRPPSYSTAYLPGSYGSSHCKLEAPSPCSLPQSDPRLQGELLPTYT
: :.. .:.: :: :. : :.: : :.: : : .
CCDS13 EPFPAASGSARAFRELPP----------LGAEFDGLGLPTPERSP-----LDG-LEPGEA
190 200 210 220
210 220 230
pF1KB8 HYLPP-GSPT-----PYNPPLAGAPMPLTHL
..:: ..: :. : :: :.
CCDS13 AFFPPPAAPEDCALRPFRAPY--APTELSRDPGGCYGAPLAEALRTAPPAAPLAGLYYGT
230 240 250 260 270 280
>>CCDS6159.1 SOX17 gene_id:64321|Hs108|chr8 (414 aa)
initn: 515 init1: 378 opt: 430 Z-score: 335.6 bits: 70.2 E(32554): 2.3e-12
Smith-Waterman score: 433; 38.1% identity (59.3% similar) in 231 aa overlap (17-225:29-249)
10 20 30 40
pF1KB8 MALPGSSQDQAWSLEPPAATAAASSSSGPQEREG-----AGSPA-APG
: : . : : .. .: .:.:: : :
CCDS61 MSSPDAGYASDDQSQTQSALPAVMAGLGPCPWAESLSPIGDMKVKGEAPANSGAPAGAAG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 TLPLE-KVKRPMNAFMVWSSAQRRQMAQQNPKMHNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEE
: ...:::::::::.. .:...::::: .::.:.:: :: .:: : ::::::::
CCDS61 RAKGESRIRRPMNAFMVWAKDERKRLAQQNPDLHNAELSKMLGKSWKALTLAEKRPFVEE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150
pF1KB8 AKRLRARHLRDYPDYKYRPRRKAKSSG----AGPSRCGQGRGNLASGGPLWG----PGYA
:.:::..:..:.:.:::::::. . . : : .. . :. :: : : .
CCDS61 AERLRVQHMQDHPNYKYRPRRRKQVKRLKRVEGGFLHGLAEPQAAALGPEGGRVAMDGLG
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KB8 TTQPSRGFGYRPPSYSTAYLPGSYGSSH--CK-LEAPS----PCSLPQSDPRLQGELLPT
: .:: :: :: .:. . :. : :: : :...: :.: . :
CCDS61 LQFPEQGFPAGPP-----LLPPHMGGHYRDCQSLGAPPLDGYPLPTPDTSP-LDG-VDPD
190 200 210 220 230
210 220 230
pF1KB8 YTHYLPPGSPTPYNPPLAGAPMPLTHL
. . ..: : . : ::
CCDS61 PAFF---AAPMPGDCPAAGTYSYAQVSDYAGPPEPPAGPMHPRLGPEPAGPSIPGLLAPP
240 250 260 270 280 290
>>CCDS12995.1 SOX12 gene_id:6666|Hs108|chr20 (315 aa)
initn: 450 init1: 392 opt: 424 Z-score: 332.7 bits: 69.3 E(32554): 3.3e-12
Smith-Waterman score: 425; 50.7% identity (68.8% similar) in 144 aa overlap (28-153:21-161)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MALPGSSQDQAWSLEPPAATAAASSSSGPQEREGAGSPAAPGTLPLEKVKRPMNAFMVWS
:: : ::: :. : : ..:::::::::::
CCDS12 MVQQRGARAKRDGGPPPPGPGPAE-EGAREPGWCKT-PSGHIKRPMNAFMVWS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SAQRRQMAQQNPKMHNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRDYPDYKYRP
. .::.. .: : :::.::::::: .:.::...:: :::.::.::: .:. :::::::::
CCDS12 QHERRKIMDQWPDMHNAEISKRLGRRWQLLQDSEKIPFVREAERLRLKHMADYPDYKYRP
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KB8 RRKAKSSGA------------------GPSRCGQGRGNLASGGPLWGPGYATTQPSRGFG
:.:.:.. : ::. :.: : :.:::: : . :
CCDS12 RKKSKGAPAKARPRPPGGSGGGSRLKPGPQLPGRG-GRRAAGGPLGGGAAAPEDDDEDDD
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 YRPPSYSTAYLPGSYGSSHCKLEAPSPCSLPQSDPRLQGELLPTYTHYLPPGSPTPYNPP
CCDS12 EELLEVRLVETPGRELWRMVPAGRAARGQAERAQGPSGEGAAAAAAASPTPSEDEEPEEE
180 190 200 210 220 230
>>CCDS4547.1 SOX4 gene_id:6659|Hs108|chr6 (474 aa)
initn: 446 init1: 396 opt: 426 Z-score: 331.8 bits: 69.7 E(32554): 3.7e-12
Smith-Waterman score: 433; 43.0% identity (67.4% similar) in 172 aa overlap (3-162:15-182)
10 20 30 40
pF1KB8 MALPGSSQDQAWSLEPPAATAAASSSSGPQEREGAGSPAAPG--TLPL
: : :.:.. .:: :.: . : : :. :. :
CCDS45 MVQQTNNAENTEALLAGESSDSGAGLE---LGIASSPTPGSTASTG-GKADDPSWCKTPS
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 EKVKRPMNAFMVWSSAQRRQMAQQNPKMHNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEEAKRLR
..:::::::::::. .::.. .:.: :::.::::::: .:::: ...: ::..::.:::
CCDS45 GHIKRPMNAFMVWSQIERRKIMEQSPDMHNAEISKRLGKRWKLLKDSDKIPFIREAERLR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KB8 ARHLRDYPDYKYRPRRKAKSSGAG----------PSRCGQGRGNLASGGPLWGPGYATTQ
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