Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8524
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8524, 837 aa
1>>>pF1KB8524 837 - 837 aa - 837 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4800+/-0.000426; mu= 14.7334+/- 0.026
mean_var=88.1658+/-18.420, 0's: 0 Z-trim(111.3): 128 B-trim: 181 in 1/56
Lambda= 0.136592
statistics sampled from 19702 (19830) to 19702 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 12.820
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001005242 (OMIM: 602861,609040) plakophilin-2 i ( 837) 5440 1082.9 0
NP_004563 (OMIM: 602861,609040) plakophilin-2 isof ( 881) 2983 598.7 3.7e-170
NP_001005337 (OMIM: 601975,604536) plakophilin-1 i ( 726) 1219 251.1 1.4e-65
NP_001289958 (OMIM: 605561) plakophilin-3 isoform ( 812) 974 202.8 5.2e-51
NP_009114 (OMIM: 605561) plakophilin-3 isoform PKP ( 797) 971 202.2 7.7e-51
NP_001078938 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 832) 915 191.2 1.7e-47
NP_001193819 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 832) 915 191.2 1.7e-47
NP_001078937 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 832) 915 191.2 1.7e-47
NP_001078936 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 832) 915 191.2 1.7e-47
NP_001078934 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 840) 915 191.2 1.7e-47
NP_001078933 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 861) 915 191.2 1.7e-47
NP_001193817 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 879) 915 191.2 1.8e-47
NP_001193818 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 879) 915 191.2 1.8e-47
NP_001193820 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 879) 915 191.2 1.8e-47
NP_001193816 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 887) 915 191.2 1.8e-47
NP_001193815 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 908) 915 191.2 1.8e-47
NP_001078929 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 933) 915 191.2 1.9e-47
NP_001078931 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 933) 915 191.2 1.9e-47
NP_001078930 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 933) 915 191.2 1.9e-47
NP_001322 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isoform 1 ( 941) 915 191.2 1.9e-47
NP_001078928 (OMIM: 601045) catenin delta-1 isofor ( 962) 915 191.2 1.9e-47
NP_001275644 (OMIM: 604275) catenin delta-2 isofor (1134) 889 186.1 7.7e-46
NP_001323 (OMIM: 604275) catenin delta-2 isoform 1 (1225) 889 186.1 8.3e-46
NP_001275646 (OMIM: 604275) catenin delta-2 isofor ( 792) 873 182.9 5e-45
NP_001275645 (OMIM: 604275) catenin delta-2 isofor ( 888) 873 182.9 5.5e-45
XP_016864563 (OMIM: 604275) PREDICTED: catenin del ( 979) 873 182.9 6e-45
XP_011528481 (OMIM: 602269) PREDICTED: armadillo r ( 993) 857 179.8 5.4e-44
XP_005248310 (OMIM: 604275) PREDICTED: catenin del (1159) 821 172.7 8.5e-42
XP_011512269 (OMIM: 604275) PREDICTED: catenin del (1159) 821 172.7 8.5e-42
XP_005248309 (OMIM: 604275) PREDICTED: catenin del (1236) 821 172.7 9e-42
XP_005248308 (OMIM: 604275) PREDICTED: catenin del (1250) 821 172.7 9.1e-42
XP_016864564 (OMIM: 604275) PREDICTED: catenin del ( 913) 805 169.5 6.1e-41
XP_016864565 (OMIM: 604275) PREDICTED: catenin del ( 913) 805 169.5 6.1e-41
XP_016864562 (OMIM: 604275) PREDICTED: catenin del ( 990) 805 169.5 6.6e-41
XP_016864561 (OMIM: 604275) PREDICTED: catenin del (1004) 805 169.5 6.7e-41
XP_011510324 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1044) 803 169.1 9.1e-41
XP_016860618 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1044) 803 169.1 9.1e-41
XP_011510323 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1048) 803 169.1 9.1e-41
XP_016860616 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1048) 803 169.1 9.1e-41
XP_011510322 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1133) 803 169.1 9.8e-41
XP_016860615 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1147) 803 169.2 9.9e-41
NP_001005476 (OMIM: 604276) plakophilin-4 isoform (1149) 803 169.2 9.9e-41
XP_011510319 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1190) 803 169.2 1e-40
XP_011510320 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1190) 803 169.2 1e-40
XP_011510318 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1192) 803 169.2 1e-40
NP_003619 (OMIM: 604276) plakophilin-4 isoform a [ (1192) 803 169.2 1e-40
XP_016860621 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin ( 791) 799 168.3 1.2e-40
XP_011510327 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin ( 850) 799 168.3 1.3e-40
XP_016860619 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1043) 796 167.8 2.4e-40
XP_016860617 (OMIM: 604276) PREDICTED: plakophilin (1047) 796 167.8 2.4e-40
>>NP_001005242 (OMIM: 602861,609040) plakophilin-2 isofo (837 aa)
initn: 5440 init1: 5440 opt: 5440 Z-score: 5792.8 bits: 1082.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5440; 100.0% identity (100.0% similar) in 837 aa overlap (1-837:1-837)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDKLKNLMITEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDKLKNLMITEAL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 LTLTENIIIPFSGWPEGDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTLTENIIIPFSGWPEGDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLID
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 SLVHYVRGTIADYQPDDKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLVHYVRGTIADYQPDDKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 IGCFGSRSRKVKEQYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEASLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGCFGSRSRKVKEQYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEASLG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 ALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 EIAKETLPDLVSIIPDTVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EIAKETLPDLVSIIPDTVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KB8 ISAGDAYASNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ISAGDAYASNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
790 800 810 820 830
>>NP_004563 (OMIM: 602861,609040) plakophilin-2 isoform (881 aa)
initn: 3026 init1: 2983 opt: 2983 Z-score: 3175.8 bits: 598.7 E(85289): 3.7e-170
Smith-Waterman score: 5267; 94.9% identity (94.9% similar) in 869 aa overlap (1-825:1-869)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB8 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQIT---------------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITDHTVNLRSRNGWPGAVAHACN
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490
pF1KB8 -----------------------GLLWNLSSNDKLKNLMITEALLTLTENIIIPFSGWPE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PSTLGGQGGRITRSGVRDQPDQHGLLWNLSSNDKLKNLMITEALLTLTENIIIPFSGWPE
490 500 510 520 530 540
500 510 520 530 540 550
pF1KB8 GDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLIDSLVHYVRGTIADYQPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLIDSLVHYVRGTIADYQPD
550 560 570 580 590 600
560 570 580 590 600 610
pF1KB8 DKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKSIGCFGSRSRKVKEQYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKSIGCFGSRSRKVKEQYQ
610 620 630 640 650 660
620 630 640 650 660 670
pF1KB8 DVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEASLGALQNLTAGSGPMPTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEASLGALQNLTAGSGPMPTSV
670 680 690 700 710 720
680 690 700 710 720 730
pF1KB8 AQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQNEIAKETLPDLVSIIPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQNEIAKETLPDLVSIIPD
730 740 750 760 770 780
740 750 760 770 780 790
pF1KB8 TVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMAISAGDAYASNKASKAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMAISAGDAYASNKASKAA
790 800 810 820 830 840
800 810 820 830
pF1KB8 SVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
:::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
850 860 870 880
>>NP_001005337 (OMIM: 601975,604536) plakophilin-1 isofo (726 aa)
initn: 1195 init1: 511 opt: 1219 Z-score: 1298.5 bits: 251.1 E(85289): 1.4e-65
Smith-Waterman score: 1237; 32.9% identity (62.1% similar) in 811 aa overlap (13-820:6-707)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
..:.:. . . . :.:.:::::. :.: .:.::: :.::::
NP_001 MNHSPLKTALAYECFQDQDNSTLALPSDQKMK-TGTSGRQ-------RVQEQV
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
..:. :. .: ...: ... : . ... : . . :. ..::.
NP_001 MMTVKRQKSKSSQSSTLSHSNRGSMY----DGLADNYNYGTTSRSSYYSKFQAGN-----
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
: :: :.. :.: :: . ..:. :: . .:
NP_001 GSWGYPI--YNGT-----------LKR---EPD-----------NRRFSSYSQMENWSRH
100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
:: . ... ::. : : ..: :. : :
NP_001 Y----------PRGS----CNTTGAGS-------DICFMQKIKASRSE---------PDL
130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
:: :: :. :.: : : : .:::: : :. . ..
NP_001 YCDPR-GTLRK-GTLGSK------G------------QKTTQNRYS----FYSTCSGQKA
160 170 180 190
310 320 330 340 350
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]