FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8524, 837 aa
1>>>pF1KB8524 837 - 837 aa - 837 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5906+/-0.0011; mu= 13.7689+/- 0.066
mean_var=82.7746+/-16.697, 0's: 0 Z-trim(103.9): 44 B-trim: 44 in 1/50
Lambda= 0.140970
statistics sampled from 7574 (7613) to 7574 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.234), width: 16
Scan time: 3.980
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31771.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12 ( 837) 5440 1116.9 0
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CCDS75227.1 CTNND2 gene_id:1501|Hs108|chr5 ( 888) 873 188.1 5.8e-47
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CCDS33305.1 PKP4 gene_id:8502|Hs108|chr2 (1192) 803 173.9 1.5e-42
CCDS13771.1 ARVCF gene_id:421|Hs108|chr22 ( 962) 643 141.3 7.6e-33
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CCDS55763.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 914) 617 136.0 2.8e-31
CCDS73290.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 939) 617 136.0 2.9e-31
CCDS44604.1 CTNND1 gene_id:1500|Hs108|chr11 ( 968) 617 136.0 3e-31
CCDS30966.1 PKP1 gene_id:5317|Hs108|chr1 ( 747) 496 111.4 6e-24
>>CCDS31771.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12 (837 aa)
initn: 5440 init1: 5440 opt: 5440 Z-score: 5976.7 bits: 1116.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5440; 100.0% identity (100.0% similar) in 837 aa overlap (1-837:1-837)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDKLKNLMITEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDKLKNLMITEAL
430 440 450 460 470 480
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pF1KB8 LTLTENIIIPFSGWPEGDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LTLTENIIIPFSGWPEGDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLID
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 SLVHYVRGTIADYQPDDKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SLVHYVRGTIADYQPDDKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 IGCFGSRSRKVKEQYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEASLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IGCFGSRSRKVKEQYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEASLG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 ALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 EIAKETLPDLVSIIPDTVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EIAKETLPDLVSIIPDTVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KB8 ISAGDAYASNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ISAGDAYASNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
790 800 810 820 830
>>CCDS8731.1 PKP2 gene_id:5318|Hs108|chr12 (881 aa)
initn: 3026 init1: 2983 opt: 2983 Z-score: 3275.8 bits: 617.2 E(32554): 3.8e-176
Smith-Waterman score: 5267; 94.9% identity (94.9% similar) in 869 aa overlap (1-825:1-869)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
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pF1KB8 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADMEMTLERAVSML
310 320 330 340 350 360
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pF1KB8 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 EADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCGALR
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB8 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQIT---------------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 NLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITDHTVNLRSRNGWPGAVAHACN
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460 470 480 490
pF1KB8 -----------------------GLLWNLSSNDKLKNLMITEALLTLTENIIIPFSGWPE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 PSTLGGQGGRITRSGVRDQPDQHGLLWNLSSNDKLKNLMITEALLTLTENIIIPFSGWPE
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pF1KB8 GDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLIDSLVHYVRGTIADYQPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 GDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDGLIDSLVHYVRGTIADYQPD
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560 570 580 590 600 610
pF1KB8 DKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKSIGCFGSRSRKVKEQYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 DKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDNNKSIGCFGSRSRKVKEQYQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 DVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEASLGALQNLTAGSGPMPTSV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLSLQNEIAKETLPDLVSIIPD
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pF1KB8 TVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMAISAGDAYASNKASKAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQKIMAISAGDAYASNKASKAA
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800 810 820 830
pF1KB8 SVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 SVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
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>>CCDS30967.1 PKP1 gene_id:5317|Hs108|chr1 (726 aa)
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Smith-Waterman score: 1237; 32.9% identity (62.1% similar) in 811 aa overlap (13-820:6-707)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAPGAPAEYGYIRTVLGQQILGQLDSSSLALPSEAKLKLAGSSGRGGQTVKSLRIQEQV
..:.:. . . . :.:.:::::. :.: .:.::: :.::::
CCDS30 MNHSPLKTALAYECFQDQDNSTLALPSDQKMK-TGTSGRQ-------RVQEQV
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QQTLARKGRSSVGNGNLHRTSSVPEYVYNLHLVENDFVGGRSPVPKTYDMLKAGTTATYE
..:. :. .: ...: ... : . ... : . . :. ..::.
CCDS30 MMTVKRQKSKSSQSSTLSHSNRGSMY----DGLADNYNYGTTSRSSYYSKFQAGN-----
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pF1KB8 GRWGRGTAQYSSQKSVEERSLRHPLRRLEISPDSSPERAHYTHSDYQYSQRSQAGHTLHH
: :: :.. :.: :: . ..:. :: . .:
CCDS30 GSWGYPI--YNGT-----------LKR---EPD-----------NRRFSSYSQMENWSRH
100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QESRRAALLVPPRYARSEIVGVSRAGTTSRQRHFDTYHRQYQHGSVSDTVFDSIPANPAL
:: . ... ::. : : ..: :. : :
CCDS30 Y----------PRGS----CNTTGAGS-------DICFMQKIKASRSE---------PDL
130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LTYPRPGTSRSMGNLLEKENYLTAGLTVGQVRPLVPLQPVTQNRASRSSWHQSSFHSTRT
:: :: :. :.: : : : .:::: : :. . ..
CCDS30 YCDPR-GTLRK-GTLGSK------G------------QKTTQNRYS----FYSTCSGQKA
160 170 180 190
310 320 330 340 350
pF1KB8 LREAGPSVAVDSSGRRAHLTVGQAAAGGSGNLLTERSTFTDSQLGNADME---MTLERAV
... : . .... . . . . . .. :.. :.. . :.: .:. .::
CCDS30 IKKC-PVRPPSCASKQDPVYIPPISCNKDLSFGHSRAS---SKICSEDIECSGLTIPKAV
200 210 220 230 240 250
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 SMLEADHMLPSRISAAATFIQHECFQKSEARKRVNQLRGILKLLQLLKVQNEDVQRAVCG
..: .. . :.: .::: ::: :...: :: :: ::..::. :..::.:. :
CCDS30 QYLSSQDEKYQAIGA--YYIQHTCFQDESAKQQVYQLGGICKLVDLLRSPNQNVQQAAAG
260 270 280 290 300
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pF1KB8 ALRNLVFEDNDNKLEVAELNGVPRLLQVLKQTRDLETKKQITGLLWNLSSNDKLKNLMIT
:::::::... ::::. . ::. . ...:..: . : .::.:::::::::.:.::. .:.
CCDS30 ALRNLVFRSTTNKLETRRQNGIREAVSLLRRTGNAEIQKQLTGLLWNLSSTDELKEELIA
310 320 330 340 350 360
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 EALLTLTENIIIPFSGWPEGDYPKANGLLDFDIFYNVTGCLRNMSSAGADGRKAMRRCDG
.:: .:.. .::::::: .:. . ..: ..:.:.::::::.::: : ::..:: .:
CCDS30 DALPVLADRVIIPFSGWCDGNSNMSREVVDPEVFFNATGCLRNLSSADA-GRQTMRNYSG
370 380 390 400 410 420
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pF1KB8 LIDSLVHYVRGTIADYQPDDKATENCVCILHNLSYQLEAELPEKYSQNIYIQNRNIQTDN
:::::. ::.. .: . :::..:::.:.::::::.:.::.: .: : : . :: :..
CCDS30 LIDSLMAYVQNCVAASRCDDKSVENCMCVLHNLSYRLDAEVPTRYRQLEY-NARNAYTEK
430 440 450 460 470 480
600 610 620 630 640 650
pF1KB8 NKSIGCFGSRSRKVKEQYQDVPMPEEKSNPKGVEWLWHSIVIRMYLSLIAKSVRNYTQEA
. : :::...: :. .. : :.:::..:::: ::.:: .:: ::.:..:: .. : ::
CCDS30 S-STGCFSNKSDKMMNNNYDCPLPEEETNPKGSGWLYHSDAIRTYLNLMGKSKKDATLEA
490 500 510 520 530 540
660 670 680 690 700 710
pF1KB8 SLGALQNLTAGSGPMPTSVAQTVVQKESGLQHTRKMLHVGDPSVKKTAISLLRNLSRNLS
::::::::..: : ....: . ::.:: . ..:. :. .: ... ::: :.::.
CCDS30 CAGALQNLTASKGLMSSGMSQLIGLKEKGLPQIARLLQSGNSDVVRSGASLLSNMSRHPL
550 560 570 580 590 600
720 730 740 750 760 770
pF1KB8 LQNEIAKETLPDLVSIIPDTVPSTDLLIETTASACYTLNNIIQNSYQNARDLLNTGGIQK
:. ......:... .. . . .:. . .:::::. :.. .. : :.. .... ...
CCDS30 LHRVMGNQVFPEVTRLLTSHTGNTSNSEDILSSACYTVRNLMASQPQLAKQYFSSSMLNN
610 620 630 640 650 660
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pF1KB8 IMAISAGDAYASNKASKAASVLLYSLWAHTELHHAYKKAQFKKTDFVNSRTAKAYHSLKD
:. . .. :: ::..:: .:: ..:. ::. . .. : .
CCDS30 IINLCRSS--ASPKAAEAARLLLSDMWSSKELQGVLRQQGFDRNMLGTLAGANSLRNFTS
670 680 690 700 710 720
CCDS30 RF
>>CCDS7695.1 PKP3 gene_id:11187|Hs108|chr11 (797 aa)
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