Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8024
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8024, 205 aa
1>>>pF1KB8024 205 - 205 aa - 205 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2620+/-0.00102; mu= 13.7294+/- 0.062
mean_var=74.0485+/-15.628, 0's: 0 Z-trim(105.3): 225 B-trim: 536 in 3/48
Lambda= 0.149045
statistics sampled from 8093 (8340) to 8093 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.256), width: 16
Scan time: 1.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 1330 295.2 1.9e-80
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 1215 270.4 5.2e-73
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 753 171.1 4.3e-43
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 743 168.9 1.9e-42
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 713 162.5 1.6e-40
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 708 161.4 3.4e-40
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 699 159.5 1.3e-39
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 643 147.5 6e-36
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 640 146.8 9.6e-36
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 635 145.7 2e-35
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 618 142.1 2.5e-34
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 615 141.4 3.8e-34
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 609 140.2 1.1e-33
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 605 139.3 1.7e-33
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 604 139.1 1.9e-33
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 602 138.6 2.6e-33
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 601 138.4 3.1e-33
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 599 138.0 4.1e-33
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 597 137.6 5.5e-33
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 587 135.4 2.5e-32
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 587 135.5 2.7e-32
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 585 135.0 3.1e-32
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 585 135.0 3.5e-32
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 584 134.8 3.7e-32
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 581 134.1 5.5e-32
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 575 132.8 1.5e-31
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 559 129.3 1.2e-30
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 557 129.0 2.1e-30
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 554 128.3 3.4e-30
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 549 127.2 7.1e-30
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 549 127.2 7.1e-30
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 544 126.2 1.5e-29
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 544 126.2 1.7e-29
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 540 125.3 2.8e-29
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 537 124.7 4.3e-29
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 521 121.2 4.9e-28
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 520 121.0 5.8e-28
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 511 119.0 1.6e-27
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 509 118.6 2.8e-27
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 508 118.4 3.2e-27
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 507 118.2 3.7e-27
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 497 116.0 1.5e-26
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 486 113.7 7.9e-26
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 482 112.9 1.9e-25
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 476 111.6 3.9e-25
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 471 110.5 7.8e-25
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 477 112.1 8.6e-25
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 468 109.7 9.6e-25
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 466 109.4 1.6e-24
CCDS9768.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 208) 465 109.2 1.9e-24
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 1330 init1: 1330 opt: 1330 Z-score: 1557.7 bits: 295.2 E(32554): 1.9e-80
Smith-Waterman score: 1330; 100.0% identity (100.0% similar) in 205 aa overlap (1-205:1-205)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
:::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 1119 init1: 1119 opt: 1215 Z-score: 1424.2 bits: 270.4 E(32554): 5.2e-73
Smith-Waterman score: 1215; 93.1% identity (97.0% similar) in 202 aa overlap (4-205:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::::::::::::::::::::
CCDS31 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
::::: ::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
CCDS31 LVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGA
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB8 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
..:: :. :.::.::::: .:::::
CCDS31 ASGG-ERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 749 init1: 749 opt: 753 Z-score: 887.1 bits: 171.1 E(32554): 4.3e-43
Smith-Waterman score: 753; 55.1% identity (84.2% similar) in 196 aa overlap (4-199:1-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
: :::::::::::::::::.:.:.::..:... ..:::::.:::::::::::: :
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
:::::::::::::::::..::::: ::..:::.:...::.:...:...:...:: .:.:.
CCDS12 KLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
..:::::.. :. :. ....: . :: :.::::: :::..:.:.: .:: .:
CCDS12 ILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKL
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB8 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
... . :: .. :: .:
CCDS12 EGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 730 init1: 730 opt: 743 Z-score: 875.5 bits: 168.9 E(32554): 1.9e-42
Smith-Waterman score: 743; 53.9% identity (84.5% similar) in 206 aa overlap (4-205:1-204)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
: :::::::::::::::::.:::.::..:... ..:::::.:::::::::::: :
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
:::::::::::::::::..::::: ::..:::.:...::.:.:.:...:...:: .:...
CCDS10 KLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB8 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEI----KKRM
..:::::.. :. :. ....: . :: :::::::...:::..:.:.: .: ...:
CCDS10 ILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKM
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 GPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
. . .::.. . ::: . :... :
CCDS10 NDSNSAGAG--GPVKITENRSKKTSFFRCSLL
180 190 200
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 695 init1: 695 opt: 713 Z-score: 840.7 bits: 162.5 E(32554): 1.6e-40
Smith-Waterman score: 713; 52.2% identity (81.1% similar) in 201 aa overlap (4-204:1-200)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
: ::.::::::::::::::.::..:::.:.....::::::.::::::....:: :
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
:::.:::::::::.:::..::::: :::.:::.::..::.:...:.. : . :: .:..:
CCDS10 KLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
:.:::::. .:. :. : ..: :: :.:::::.. ::...: ..: .: . : :
CCDS10 LLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSG-GR
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB8 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
.:...: .: :.. . :
CCDS10 RSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
180 190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 723 init1: 708 opt: 708 Z-score: 835.0 bits: 161.4 E(32554): 3.4e-40
Smith-Waterman score: 708; 58.9% identity (88.1% similar) in 168 aa overlap (8-175:6-173)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
:: ::::::::::::::.:.:.::.::... ..:::::.::::.:.::.:: :
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
:::::::::::::.:::.:::::: ::..:::.:. .::.:...::..::..:.:.:...
CCDS17 KLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
:.:::::. :.:: ....: :: :.::::: :.:..:.:.: .: ..
CCDS17 LLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKE
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB8 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
CCDS17 PNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
180 190 200
>>CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 (201 aa)
initn: 694 init1: 551 opt: 699 Z-score: 824.5 bits: 159.5 E(32554): 1.3e-39
Smith-Waterman score: 699; 54.0% identity (77.2% similar) in 202 aa overlap (4-205:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
: .::.:::::.::::::::: :::::::.:.. :::.::::::::::.:..:. .
CCDS41 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
::::::::::::::::::.::::.::.:::::::. ::: :::.::.::.. ..: ..
CCDS41 KLQIWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQ-NCDDVCRI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
::::: : .:::. : .:: ..:: ..:::::. .:::. : .. . . .
CCDS41 LVGNKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNL
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB8 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
. ...: .. : .. ::
CCDS41 AKQQQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
180 190 200
>>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa)
initn: 641 init1: 621 opt: 643 Z-score: 758.9 bits: 147.5 E(32554): 6e-36
Smith-Waterman score: 643; 45.8% identity (79.3% similar) in 203 aa overlap (3-199:14-216)
10 20 30 40
pF1KB8 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFK
: . ..::.::.:.::.:.:::. .:.:.:::..: ...::.:.:::
CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 IRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEI
..:: . : :::::::::::::.::::..::::: :.:..::.:..:::: :..: .:
CCDS12 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 DRYASENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMA
:. .:.. ::::::::. ..::. ....:: ::. :.:.:::. ::.:.: ..
CCDS12 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KB8 AEIKKRMGPG------ATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]