Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7802
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7802, 590 aa
1>>>pF1KB7802 590 - 590 aa - 590 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5946+/-0.000824; mu= 6.2239+/- 0.050
mean_var=212.9657+/-42.808, 0's: 0 Z-trim(116.1): 53 B-trim: 298 in 2/51
Lambda= 0.087886
statistics sampled from 16586 (16640) to 16586 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.511), width: 16
Scan time: 4.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12694.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 ( 590) 4026 522.9 4.3e-148
CCDS82371.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 ( 234) 1186 162.5 5.4e-40
CCDS9645.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 901) 579 86.0 2.2e-16
CCDS55912.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 903) 579 86.0 2.2e-16
CCDS53892.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 920) 579 86.0 2.2e-16
CCDS53891.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 933) 579 86.0 2.2e-16
>>CCDS12694.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 (590 aa)
initn: 4026 init1: 4026 opt: 4026 Z-score: 2772.2 bits: 522.9 E(32554): 4.3e-148
Smith-Waterman score: 4026; 100.0% identity (100.0% similar) in 590 aa overlap (1-590:1-590)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAAPYPGSGGGSEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGK
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CCDS12 MAAPYPGSGGGSEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 ENLEFFELAKLLPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPAGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ENLEFFELAKLLPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPAGLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PGRRGPAALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PGRRGPAALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 SVFDYIHPGDHSEVLEQLGLRTPTPGPPTPPSVSSSSSSSSSLADTPEIEASLTKVPPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SVFDYIHPGDHSEVLEQLGLRTPTPGPPTPPSVSSSSSSSSSLADTPEIEASLTKVPPSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLRAHALGLVALGHTLPPAPLAELPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLRAHALGLVALGHTLPPAPLAELPL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 HGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGRSCYQFVHGQDATRIRQSHVDLLDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGRSCYQFVHGQDATRIRQSHVDLLDK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 GQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGKSPGEHHVLWVSHVLSQAEGGQTPLDAFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGKSPGEHHVLWVSHVLSQAEGGQTPLDAFQL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 PASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPAENEAPQTQGKRIKVEPGPRETKGSEDSGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPAENEAPQTQGKRIKVEPGPRETKGSEDSGD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 EDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPWGLAPPGDPPPTLLHAGFLPPVVRGLCTPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPWGLAPPGDPPPTLLHAGFLPPVVRGLCTPG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB7 TIRYGPAELGLVYPHLQRLGPGPALPEAFYPPLGLPYPGPAGTRLPRKGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TIRYGPAELGLVYPHLQRLGPGPALPEAFYPPLGLPYPGPAGTRLPRKGD
550 560 570 580 590
>>CCDS82371.1 NPAS1 gene_id:4861|Hs108|chr19 (234 aa)
initn: 1186 init1: 1186 opt: 1186 Z-score: 831.5 bits: 162.5 E(32554): 5.4e-40
Smith-Waterman score: 1186; 100.0% identity (100.0% similar) in 180 aa overlap (177-356:1-180)
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 DGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGSSVFDYIHPGDHSEVLEQLGLRTPTPG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MTGSSVFDYIHPGDHSEVLEQLGLRTPTPG
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 PPTPPSVSSSSSSSSSLADTPEIEASLTKVPPSSLVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PPTPPSVSSSSSSSSSLADTPEIEASLTKVPPSSLVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASG
40 50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 YKVIHVTGRLRAHALGLVALGHTLPPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 YKVIHVTGRLRAHALGLVALGHTLPPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHM
100 110 120 130 140 150
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 DLGPSELVGRSCYQFVHGQDATRIRQSHVDLLDKGQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATV
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DLGPSELVGRSCYQFVHGQDATRIRQSHVDSCRGLRVAAVCGHSGWEREEPRGAPCALGQ
160 170 180 190 200 210
>>CCDS9645.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 (901 aa)
initn: 1443 init1: 528 opt: 579 Z-score: 407.7 bits: 86.0 E(32554): 2.2e-16
Smith-Waterman score: 1572; 52.9% identity (76.7% similar) in 463 aa overlap (42-483:18-464)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 SEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKL
::: ::::::.::::::::::.::.:::::
CCDS96 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKL
10 20 30 40
80 90 100 110 120
pF1KB7 LPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPAGL----APGRRGPA
::::.::.::::::::.::...::..: :: : :::.:: ::: . : ::.:.
CCDS96 LPLPAAITSQLDKASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKGAQRRRSPS
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGSSVFDYIH
::. :::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.:
CCDS96 ALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDYVH
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PGDHSEVLEQLGLRTPTPG----PPTPPSVSSSSSSSSSLADTPE-IEASLTKVPPSSLV
:::: :. ::::.. : :: ..::.:::: ..::: .:.. .. .. .
CCDS96 PGDHVEMAEQLGMKLP-PGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTDNT
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KB7 QERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLR-----AHA-------LGLVALGHTL
:::::.::::::::::.:.:.:::::::.::::: .:. .:::...:.:
CCDS96 LERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAHAL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 PPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGRSCYQFVHGQDATRI
:: . :. . ::.: :... :.:. ::.:.::.::: : ..::. ::.:.:..:. :
CCDS96 PPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVEGI
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 RQSHVDLLDKGQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGKSPGEHHVLWVSHVLSQAEG
:.::.:::.::: .: ::::.:. ::..:.:: ::.: ..:. .:....::...::. :
CCDS96 RHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNPEY
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 GQTPLDAFQLPASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPAENEAPQTQGKRIKVEPGPR
.::.: ::: :: .:..... .:... .:.: : .
CCDS96 KDTPMDIAQLPHL---------------PEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENSKS
410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 ETKGSEDSGDEDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPWGLAPPGDPPPTLLHAGFLP
. ::... ..:::
CCDS96 DEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPKAG
460 470 480 490 500 510
>>CCDS55912.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 (903 aa)
initn: 1443 init1: 528 opt: 579 Z-score: 407.6 bits: 86.0 E(32554): 2.2e-16
Smith-Waterman score: 1568; 52.7% identity (76.3% similar) in 465 aa overlap (42-483:18-466)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 SEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKL
::: ::::::.::::::::::.::.:::::
CCDS55 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKL
10 20 30 40
80 90 100 110 120
pF1KB7 LPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPAGL------APGRRG
::::.::.::::::::.::...::..: :: : :::.:: ::: . : ::.
CCDS55 LPLPAAITSQLDKASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRS
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PAALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGSSVFDY
:.::. :::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS55 PSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDY
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IHPGDHSEVLEQLGLRTPTPG----PPTPPSVSSSSSSSSSLADTPE-IEASLTKVPPSS
.::::: :. ::::.. : :: ..::.:::: ..::: .:.. .. ..
CCDS55 VHPGDHVEMAEQLGMKLP-PGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTD
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280
pF1KB7 LVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLR-----AHA-------LGLVALGH
. :::::.::::::::::.:.:.:::::::.::::: .:. .:::...:
CCDS55 NTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAH
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 TLPPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGRSCYQFVHGQDAT
.::: . :. . ::.: :... :.:. ::.:.::.::: : ..::. ::.:.:..:.
CCDS55 ALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVE
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 RIRQSHVDLLDKGQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGKSPGEHHVLWVSHVLSQA
::.::.:::.::: .: ::::.:. ::..:.:: ::.: ..:. .:....::...::.
CCDS55 GIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAKNANEKNIIWVNYLLSNP
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 EGGQTPLDAFQLPASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPAENEAPQTQGKRIKVEPG
: .::.: ::: :: .:..... .:... .:.: : .
CCDS55 EYKDTPMDIAQLPHL---------------PEKTSESSETSDSESDSKDTSGITEDNENS
410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 PRETKGSEDSGDEDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPWGLAPPGDPPPTLLHAGF
. ::... ..:::
CCDS55 KSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPDSRDSDDSFEHSDFENPK
460 470 480 490 500 510
>>CCDS53892.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 (920 aa)
initn: 1443 init1: 528 opt: 579 Z-score: 407.5 bits: 86.0 E(32554): 2.2e-16
Smith-Waterman score: 1535; 51.0% identity (73.9% similar) in 482 aa overlap (42-483:18-483)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 SEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKL
::: ::::::.::::::::::.::.:::::
CCDS53 MAPTKPSFQQDPSRRERLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKL
10 20 30 40
80 90 100 110
pF1KB7 LPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPA-----GL-------
::::.::.::::::::.::...::..: :: : :::.:: ::: :.
CCDS53 LPLPAAITSQLDKASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKGIQMWKSEL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KB7 -----------APGRRGPAALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSI
: ::.:.::. :::: :::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CMRKTPCEVIGAQRRRSPSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSI
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 YLGLSQVEMTGSSVFDYIHPGDHSEVLEQLGLRTPTPG----PPTPPSVSSSSSSSSSLA
::::::::.::::::::.::::: :. ::::.. : :: ..::.:::: .
CCDS53 YLGLSQVELTGSSVFDYVHPGDHVEMAEQLGMKLP-PGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQS
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270
pF1KB7 DTPE-IEASLTKVPPSSLVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLR-----A
.::: .:.. .. .. . :::::.::::::::::.:.:.:::::::.::::: .
CCDS53 ETPEPVESTSPSLLTTDNTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLS
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 HA-------LGLVALGHTLPPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPS
:. .:::...:.::: . :. . ::.: :... :.:. ::.:.::.::: :
CCDS53 HGRTVPSQIMGLVVVAHALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPV
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 ELVGRSCYQFVHGQDATRIRQSHVDLLDKGQVMTGYYRWLQRAGGFVWLQSVATVAGSGK
..::. ::.:.:..:. ::.::.:::.::: .: ::::.:. ::..:.:: ::.: ..:
CCDS53 DIVGKRCYHFIHAEDVEGIRHSHLDLLNKGQCVTKYYRWMQKNGGYIWIQSSATIAINAK
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 SPGEHHVLWVSHVLSQAEGGQTPLDAFQLPASVACEEASSPGPEPTEPEPPTEGKQAAPA
. .:....::...::. : .::.: ::: :: .:..... .
CCDS53 NANEKNIIWVNYLLSNPEYKDTPMDIAQLPHL---------------PEKTSESSETSDS
410 420 430 440 450
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 ENEAPQTQGKRIKVEPGPRETKGSEDSGDEDPSSHPATPRPEFTSVIRAGVLKQDPVRPW
:... .:.: : . . ::... ..:::
CCDS53 ESDSKDTSGITEDNENSKSDEKGNQSENSEDPEPDRKKSGNACDNDMNCNDDGHSSSNPD
460 470 480 490 500 510
520 530 540 550 560 570
pF1KB7 GLAPPGDPPPTLLHAGFLPPVVRGLCTPGTIRYGPAELGLVYPHLQRLGPGPALPEAFYP
CCDS53 SRDSDDSFEHSDFENPKAGEDGFGALGAMQIKVERYVESESDLRLQNCESLTSDSAKDSD
520 530 540 550 560 570
>>CCDS53891.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 (933 aa)
initn: 1443 init1: 528 opt: 579 Z-score: 407.4 bits: 86.0 E(32554): 2.2e-16
Smith-Waterman score: 1568; 52.7% identity (76.3% similar) in 465 aa overlap (42-483:48-496)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 SEVKCVGGRGASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKL
::: ::::::.::::::::::.::.:::::
CCDS53 ITAQHPLPNQSECRKIYRYDGIYCESTYQNLQALRKEKSRDAARSRRGKENFEFYELAKL
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120
pF1KB7 LPLPGAISSQLDKASIVRLSVTYLRLRRFAALGAPPWGLRAAGPPAGL------APGRRG
::::.::.::::::::.::...::..: :: : :::.:: ::: . : ::.
CCDS53 LPLPAAITSQLDKASIIRLTISYLKMRDFANQGDPPWNLRMEGPPPNTSVKVIGAQRRRS
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PAALVSEVFEQHLGGHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGSSVFDY
:.::. :::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS53 PSALAIEVFEAHLGSHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVELTGSSVFDY
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IHPGDHSEVLEQLGLRTPTPG----PPTPPSVSSSSSSSSSLADTPE-IEASLTKVPPSS
.::::: :. ::::.. : :: ..::.:::: ..::: .:.. .. ..
CCDS53 VHPGDHVEMAEQLGMKLP-PGRGLLSQGTAEDGASSASSSSQSETPEPVESTSPSLLTTD
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280
pF1KB7 LVQERSFFVRMKSTLTKRGLHVKASGYKVIHVTGRLR-----AHA-------LGLVALGH
. :::::.::::::::::.:.:.:::::::.::::: .:. .:::...:
CCDS53 NTLERSFFIRMKSTLTKRGVHIKSSGYKVIHITGRLRLRVSLSHGRTVPSQIMGLVVVAH
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 TLPPAPLAELPLHGHMIVFRLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGRSCYQFVHGQDAT
.::: . :. . ::.: :... :.:. ::.:.::.::: : ..::. ::.:.:..:.
CCDS53 ALPPPTINEVRIDCHMFVTRVNMDLNIIYCENRISDYMDLTPVDIVGKRCYHFIHAEDVE
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350 360 370 380 390 400
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