Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7609
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7609, 300 aa
1>>>pF1KB7609 300 - 300 aa - 300 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5945+/-0.000819; mu= 13.9620+/- 0.049
mean_var=68.8210+/-13.578, 0's: 0 Z-trim(107.7): 72 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.154601
statistics sampled from 9689 (9761) to 9689 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.3), width: 16
Scan time: 2.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7894.1 EHF gene_id:26298|Hs108|chr11 ( 300) 2109 479.2 1.6e-135
CCDS55752.1 EHF gene_id:26298|Hs108|chr11 ( 322) 2109 479.2 1.7e-135
CCDS55753.1 EHF gene_id:26298|Hs108|chr11 ( 277) 1141 263.3 1.5e-70
CCDS1419.1 ELF3 gene_id:1999|Hs108|chr1 ( 371) 581 138.4 7.7e-33
CCDS58129.1 ELF5 gene_id:2001|Hs108|chr11 ( 160) 482 116.2 1.7e-26
CCDS73273.1 ELF5 gene_id:2001|Hs108|chr11 ( 187) 482 116.2 1.9e-26
CCDS7893.1 ELF5 gene_id:2001|Hs108|chr11 ( 255) 479 115.6 3.9e-26
CCDS7892.1 ELF5 gene_id:2001|Hs108|chr11 ( 265) 479 115.6 4.1e-26
CCDS58789.1 ERG gene_id:2078|Hs108|chr21 ( 363) 346 86.0 4.6e-17
CCDS82674.1 ERG gene_id:2078|Hs108|chr21 ( 455) 346 86.1 5.5e-17
CCDS13657.1 ERG gene_id:2078|Hs108|chr21 ( 462) 346 86.1 5.6e-17
CCDS64063.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 504) 337 84.1 2.4e-16
CCDS64062.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 521) 326 81.6 1.4e-15
CCDS3745.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 533) 326 81.6 1.4e-15
CCDS3744.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 581) 326 81.6 1.5e-15
CCDS82954.1 ELF2 gene_id:1998|Hs108|chr4 ( 593) 326 81.6 1.5e-15
CCDS14617.1 ELF4 gene_id:2000|Hs108|chrX ( 663) 321 80.5 3.7e-15
CCDS45043.1 ELF1 gene_id:1997|Hs108|chr13 ( 595) 309 77.9 2.1e-14
CCDS9374.1 ELF1 gene_id:1997|Hs108|chr13 ( 619) 309 77.9 2.2e-14
CCDS59013.1 SPDEF gene_id:25803|Hs108|chr6 ( 319) 274 69.9 2.8e-12
CCDS4794.1 SPDEF gene_id:25803|Hs108|chr6 ( 335) 274 69.9 2.9e-12
CCDS59165.1 ELK1 gene_id:2002|Hs108|chrX ( 95) 265 67.7 3.9e-12
CCDS9060.1 ELK3 gene_id:2004|Hs108|chr12 ( 407) 270 69.1 6.4e-12
CCDS56422.1 ETV7 gene_id:51513|Hs108|chr6 ( 190) 263 67.4 9.7e-12
CCDS1457.1 ELK4 gene_id:2005|Hs108|chr1 ( 405) 267 68.4 1e-11
CCDS1456.1 ELK4 gene_id:2005|Hs108|chr1 ( 431) 267 68.4 1.1e-11
CCDS13659.1 ETS2 gene_id:2114|Hs108|chr21 ( 469) 267 68.4 1.1e-11
CCDS75441.1 ETV7 gene_id:51513|Hs108|chr6 ( 260) 263 67.4 1.3e-11
CCDS56424.1 ETV7 gene_id:51513|Hs108|chr6 ( 264) 263 67.4 1.3e-11
CCDS75440.1 ETV7 gene_id:51513|Hs108|chr6 ( 282) 263 67.4 1.4e-11
CCDS56423.1 ETV7 gene_id:51513|Hs108|chr6 ( 286) 263 67.4 1.4e-11
CCDS14283.1 ELK1 gene_id:2002|Hs108|chrX ( 428) 265 68.0 1.4e-11
CCDS4819.1 ETV7 gene_id:51513|Hs108|chr6 ( 341) 263 67.5 1.6e-11
CCDS74341.1 ETV2 gene_id:2116|Hs108|chr19 ( 249) 260 66.8 2e-11
CCDS32995.2 ETV2 gene_id:2116|Hs108|chr19 ( 342) 260 66.8 2.6e-11
CCDS8643.1 ETV6 gene_id:2120|Hs108|chr12 ( 452) 261 67.1 2.8e-11
CCDS78131.1 ETV7 gene_id:51513|Hs108|chr6 ( 262) 257 66.1 3.3e-11
CCDS56425.1 ETV7 gene_id:51513|Hs108|chr6 ( 317) 257 66.1 3.8e-11
CCDS55084.1 ETV1 gene_id:2115|Hs108|chr7 ( 374) 255 65.7 6e-11
CCDS55083.1 ETV1 gene_id:2115|Hs108|chr7 ( 419) 255 65.7 6.7e-11
CCDS33906.1 ETV5 gene_id:2119|Hs108|chr3 ( 510) 256 66.0 6.8e-11
CCDS55085.1 ETV1 gene_id:2115|Hs108|chr7 ( 437) 255 65.7 6.9e-11
CCDS55087.1 ETV1 gene_id:2115|Hs108|chr7 ( 454) 255 65.8 7.1e-11
CCDS55086.1 ETV1 gene_id:2115|Hs108|chr7 ( 459) 255 65.8 7.2e-11
CCDS55088.1 ETV1 gene_id:2115|Hs108|chr7 ( 477) 255 65.8 7.4e-11
CCDS13575.1 GABPA gene_id:2551|Hs108|chr21 ( 454) 253 65.3 9.7e-11
>>CCDS7894.1 EHF gene_id:26298|Hs108|chr11 (300 aa)
initn: 2109 init1: 2109 opt: 2109 Z-score: 2546.3 bits: 479.2 E(32554): 1.6e-135
Smith-Waterman score: 2109; 100.0% identity (100.0% similar) in 300 aa overlap (1-300:1-300)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MILEGGGVMNLNPGNNLLHQPPAWTDSYSTCNVSSGFFGGQWHEIHPQYWTKYQVWEWLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MILEGGGVMNLNPGNNLLHQPPAWTDSYSTCNVSSGFFGGQWHEIHPQYWTKYQVWEWLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 HLLDTNQLDANCIPFQEFDINGEHLCSMSLQEFTRAAGTAGQLLYSNLQHLKWNGQCSSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 HLLDTNQLDANCIPFQEFDINGEHLCSMSLQEFTRAAGTAGQLLYSNLQHLKWNGQCSSD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LFQSTHNVIVKTEQTEPSIMNTWKDENYLYDTNYGSTVDLLDSKTFCRAQISMTTTSHLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 LFQSTHNVIVKTEQTEPSIMNTWKDENYLYDTNYGSTVDLLDSKTFCRAQISMTTTSHLP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VAESPDMKKEQDPPAKCHTKKHNPRGTHLWEFIRDILLNPDKNPGLIKWEDRSEGVFRFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 VAESPDMKKEQDPPAKCHTKKHNPRGTHLWEFIRDILLNPDKNPGLIKWEDRSEGVFRFL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 KSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYKFGKNARGWRENEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 KSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYKFGKNARGWRENEN
250 260 270 280 290 300
>>CCDS55752.1 EHF gene_id:26298|Hs108|chr11 (322 aa)
initn: 2109 init1: 2109 opt: 2109 Z-score: 2545.9 bits: 479.2 E(32554): 1.7e-135
Smith-Waterman score: 2109; 100.0% identity (100.0% similar) in 300 aa overlap (1-300:23-322)
10 20 30
pF1KB7 MILEGGGVMNLNPGNNLLHQPPAWTDSYSTCNVSSGFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MGLPERRGLVLLLSLAEILFKIMILEGGGVMNLNPGNNLLHQPPAWTDSYSTCNVSSGFF
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 GGQWHEIHPQYWTKYQVWEWLQHLLDTNQLDANCIPFQEFDINGEHLCSMSLQEFTRAAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GGQWHEIHPQYWTKYQVWEWLQHLLDTNQLDANCIPFQEFDINGEHLCSMSLQEFTRAAG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 TAGQLLYSNLQHLKWNGQCSSDLFQSTHNVIVKTEQTEPSIMNTWKDENYLYDTNYGSTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TAGQLLYSNLQHLKWNGQCSSDLFQSTHNVIVKTEQTEPSIMNTWKDENYLYDTNYGSTV
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 DLLDSKTFCRAQISMTTTSHLPVAESPDMKKEQDPPAKCHTKKHNPRGTHLWEFIRDILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DLLDSKTFCRAQISMTTTSHLPVAESPDMKKEQDPPAKCHTKKHNPRGTHLWEFIRDILL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 NPDKNPGLIKWEDRSEGVFRFLKSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NPDKNPGLIKWEDRSEGVFRFLKSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILER
250 260 270 280 290 300
280 290 300
pF1KB7 VDGRRLVYKFGKNARGWRENEN
::::::::::::::::::::::
CCDS55 VDGRRLVYKFGKNARGWRENEN
310 320
>>CCDS55753.1 EHF gene_id:26298|Hs108|chr11 (277 aa)
initn: 1130 init1: 1130 opt: 1141 Z-score: 1380.0 bits: 263.3 E(32554): 1.5e-70
Smith-Waterman score: 1904; 92.3% identity (92.3% similar) in 300 aa overlap (1-300:1-277)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MILEGGGVMNLNPGNNLLHQPPAWTDSYSTCNVSSGFFGGQWHEIHPQYWTKYQVWEWLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MILEGGGVMNLNPGNNLLHQPPAWTDSYSTCNVSSGFFGGQWHEIHPQYWTKYQVWEWLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 HLLDTNQLDANCIPFQEFDINGEHLCSMSLQEFTRAAGTAGQLLYSNLQHLKWNGQCSSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HLLDTNQLDANCIPFQEFDINGEHLCSMSLQEFTRAAGTAGQLLYSNLQHLKWNGQCSSD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LFQSTHNVIVKTEQTEPSIMNTWKDENYLYDTNYGSTVDLLDSKTFCRAQISMTTTSHLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LFQSTHNVIVKTEQTEPSIMNTWKDENYLYDTNYGSTV----------------------
130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VAESPDMKKEQDPPAKCHTKKHNPRGTHLWEFIRDILLNPDKNPGLIKWEDRSEGVFRFL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 -AESPDMKKEQDPPAKCHTKKHNPRGTHLWEFIRDILLNPDKNPGLIKWEDRSEGVFRFL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 KSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYKFGKNARGWRENEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYKFGKNARGWRENEN
220 230 240 250 260 270
>>CCDS1419.1 ELF3 gene_id:1999|Hs108|chr1 (371 aa)
initn: 720 init1: 581 opt: 581 Z-score: 703.0 bits: 138.4 E(32554): 7.7e-33
Smith-Waterman score: 671; 39.2% identity (60.8% similar) in 316 aa overlap (36-299:53-365)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 GGVMNLNPGNNLLHQPPAWTDSYSTCNVSSGFFGGQWHEIHPQYWTKYQVWEWLQHLLDT
: ..: .::.:.: :: .:... ..
CCDS14 DSTLASVPPAATFGADDLVLTLSNPQMSLEGTEKASWLGEQPQFWSKTQVLDWISYQVEK
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 NQLDANCIPFQEFDINGEHLCSMSLQEFTRAAGTAGQLLYSNLQHLKWNGQCSSDLFQST
:. ::. : :.. :..: ::. .:.:. . : :. :...:. : . ::: ..
CCDS14 NKYDASAIDFSRCDMDGATLCNCALEELRLVFGPLGDQLHAQLRDLT---SSSSDELSWI
90 100 110 120 130
130 140 150 160
pF1KB7 HNVIVKT-----EQTEPS-----------IMNTWKDENYLYDTNYGSTVDLLDSKTFCRA
... : : .:. ... .. . . . :. . :. :
CCDS14 IELLEKDGMAFQEALDPGPFDQGSPFAQELLDDGQQASPYHPGSCGAGAPSPGSSDVSTA
140 150 160 170 180 190
170 180 190
pF1KB7 QISMTTTSHLPVAESPDMK-----------------KEQDP---------PAK-------
. . .:: . . :. :. :: : :
CCDS14 GTGASRSSHSSDSGGSDVDLDPTDGKLFPSDGFRDCKKGDPKHGKRKRGRPRKLSKEYWD
200 210 220 230 240 250
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 C---HTKKHNPRGTHLWEFIRDILLNPDKNPGLIKWEDRSEGVFRFLKSEAVAQLWGKKK
: . .:: ::::::::::::::..:. : ::.:::.: ::::.::.:::::::::.::
CCDS14 CLEGKKSKHAPRGTHLWEFIRDILIHPELNEGLMKWENRHEGVFKFLRSEAVAQLWGQKK
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300
pF1KB7 NNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYKFGKNARGWRENEN
.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::.:.:
CCDS14 KNSNMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYKFGKNSSGWKEEEVLQSRN
320 330 340 350 360 370
>>CCDS58129.1 ELF5 gene_id:2001|Hs108|chr11 (160 aa)
initn: 506 init1: 372 opt: 482 Z-score: 589.3 bits: 116.2 E(32554): 1.7e-26
Smith-Waterman score: 484; 46.9% identity (71.0% similar) in 162 aa overlap (149-299:1-159)
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 SDLFQSTHNVIVKTEQTEPSIMNTWKDENYLYDTNYGSTVDLLDSKTFCRAQISMTTT--
. :. :: .: . .:: .: :
CCDS58 MLDSVTHST--FLPNASFCDPLMSWTDLFS
10 20
180 190 200 210 220
pF1KB7 --------SHLPVAESPDMKKEQDPPAKCHTKKHNP-RGTHLWEFIRDILLNPDKNPGLI
: :.: .: ::..... ...:::::.::.::.:..: :..
CCDS58 NEEYYPAFEHQTDADSNCLKTSGIKSQDCHSHSRTSLQSSHLWEFVRDLLLSPEENCGIL
30 40 50 60 70 80
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 KWEDRSEGVFRFLKSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYK
.:::: .:.:: .::::.:..::..:.:. :::::::::.::::: :::::: ::::::
CCDS58 EWEDREQGIFRVVKSEALAKMWGQRKKNDRMTYEKLSRALRYYYKTGILERVD-RRLVYK
90 100 110 120 130 140
290 300
pF1KB7 FGKNARGWRENEN
:::::.::.:..
CCDS58 FGKNAHGWQEDKL
150 160
>>CCDS73273.1 ELF5 gene_id:2001|Hs108|chr11 (187 aa)
initn: 507 init1: 372 opt: 482 Z-score: 588.3 bits: 116.2 E(32554): 1.9e-26
Smith-Waterman score: 482; 43.8% identity (71.0% similar) in 176 aa overlap (125-299:16-186)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 RAAGTAGQLLYSNLQHLKWNGQCSSDLFQSTHNVIVKTEQTEPSIMNTWKDENYLYDTNY
::.... . . .: .: : . . :
CCDS73 MPSLPHSHRVMLDSVTHSTFLPNASFCDPLM-SWTDL-FSNEEYY
10 20 30 40
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 GSTVDLLDSKTFCRAQISMTTTSHLPVAESPDMKKEQDPPAKCHTKKHNP-RGTHLWEFI
. . : :. : .: . :.: .: ::..... ...:::::.
CCDS73 PAFEHQTGYSFFNDAEESKATIKD--YADSNCLKTSGIKSQDCHSHSRTSLQSSHLWEFV
50 60 70 80 90 100
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 RDILLNPDKNPGLIKWEDRSEGVFRFLKSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKR
::.::.:..: :...:::: .:.:: .::::.:..::..:.:. :::::::::.:::::
CCDS73 RDLLLSPEENCGILEWEDREQGIFRVVKSEALAKMWGQRKKNDRMTYEKLSRALRYYYKT
110 120 130 140 150 160
280 290 300
pF1KB7 EILERVDGRRLVYKFGKNARGWRENEN
:::::: :::::::::::.::.:..
CCDS73 GILERVD-RRLVYKFGKNAHGWQEDKL
170 180
>>CCDS7893.1 ELF5 gene_id:2001|Hs108|chr11 (255 aa)
initn: 748 init1: 372 opt: 479 Z-score: 582.6 bits: 115.6 E(32554): 3.9e-26
Smith-Waterman score: 696; 42.4% identity (65.7% similar) in 283 aa overlap (23-299:22-254)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MILEGGGVMNLNPGNNLLHQPPAWTDSYSTCNVSSGF-----FGGQWHEIHPQYWTKYQV
.::: .:. . .: . : .::.:::: .:
CCDS78 MLDSVTHSTFLPNASFCDPLMSWTDLFSNEEYYPAFEHQTACDSYWTSVHPEYWTKRHV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 WEWLQHLLDTNQLDANCIPFQEFDINGEHLCSMSLQEFTRAAGTAGQLLYSNLQHLKWNG
::::: : .::.::: : .:.:.: .::::. .::..::: :. :: ::... .:
CCDS78 WEWLQFCCDQYKLDTNCISFCNFNISGLQLCSMTQEEFVEAAGLCGEYLYFILQNIRTQG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 QCSSDLFQSTHNVIVKTEQTEPSIMNTWKDENYLYDTNYGSTVDLLDSKTFCRAQISMTT
..:... :... .: :: :.: :
CCDS78 Y---SFFNDA-------EESKATI----KDYA---DSN-------------C------LK
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 TSHLPVAESPDMKKEQDPPAKCHTKKHNP-RGTHLWEFIRDILLNPDKNPGLIKWEDRSE
:: . : :: ::..... ...:::::.::.::.:..: :...:::: .
CCDS78 TSGI---------KSQD----CHSHSRTSLQSSHLWEFVRDLLLSPEENCGILEWEDREQ
150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 GVFRFLKSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYKFGKNARG
:.:: .::::.:..::..:.:. :::::::::.::::: :::::: :::::::::::.:
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CCDS82 Q--NIDGKELCKMTKDDFQRLTPSYNADILLSHLHYLR-----ETPLPHLTSDDVDKALQ
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]