Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6993
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6993, 221 aa
1>>>pF1KB6993 221 - 221 aa - 221 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2271+/-0.000907; mu= 13.7605+/- 0.055
mean_var=69.6624+/-14.493, 0's: 0 Z-trim(106.2): 188 B-trim: 265 in 1/47
Lambda= 0.153665
statistics sampled from 8671 (8876) to 8671 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16
Scan time: 1.830
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 1476 336.2 9.9e-93
CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 ( 218) 1064 244.9 3.1e-65
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 437 105.9 2.1e-23
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 435 105.4 2.9e-23
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 431 104.5 5.4e-23
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 425 103.2 1.4e-22
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 422 102.5 2.2e-22
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 403 98.3 3.8e-21
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 403 98.3 3.9e-21
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 398 97.2 8.2e-21
CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 379 92.9 1.4e-19
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 379 93.0 1.5e-19
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 379 93.0 1.6e-19
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 379 93.0 1.6e-19
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 379 93.0 1.6e-19
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 374 91.9 3.2e-19
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 371 91.2 5.1e-19
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 364 89.7 1.5e-18
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 362 89.2 1.9e-18
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 361 89.0 2.4e-18
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 362 89.3 2.5e-18
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 342 84.8 4.7e-17
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 341 84.6 5.4e-17
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 338 83.9 7.7e-17
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 338 83.9 8.5e-17
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 344 85.6 9.2e-17
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 334 83.0 1.5e-16
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 334 83.0 1.6e-16
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 332 82.6 2.1e-16
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 332 82.6 2.2e-16
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 328 81.7 4e-16
CCDS81812.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 166) 326 81.2 4.4e-16
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 325 81.0 6.3e-16
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 316 79.0 2.6e-15
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 314 78.6 3.4e-15
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 312 78.2 5.2e-15
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 310 77.7 6e-15
CCDS1716.1 DNAJC27 gene_id:51277|Hs108|chr2 ( 273) 309 77.5 8.9e-15
CCDS74493.1 DNAJC27 gene_id:51277|Hs108|chr2 ( 177) 306 76.8 1e-14
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 299 75.2 3.2e-14
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 295 74.4 6.1e-14
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 295 74.4 6.4e-14
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 294 74.2 9.1e-14
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 289 73.0 1.5e-13
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 295 74.7 1.7e-13
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 288 72.8 1.8e-13
CCDS58155.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 175) 286 72.3 2.1e-13
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 286 72.4 2.5e-13
CCDS77710.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 201) 285 72.1 2.8e-13
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 285 72.2 2.9e-13
>>CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 (221 aa)
initn: 1476 init1: 1476 opt: 1476 Z-score: 1778.3 bits: 336.2 E(32554): 9.9e-93
Smith-Waterman score: 1476; 100.0% identity (100.0% similar) in 221 aa overlap (1-221:1-221)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQLQMH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQLQMH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 AYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEMLLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEMLLDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB6 IMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC
190 200 210 220
>>CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 (218 aa)
initn: 1067 init1: 1038 opt: 1064 Z-score: 1284.7 bits: 244.9 E(32554): 3.1e-65
Smith-Waterman score: 1064; 71.5% identity (87.3% similar) in 221 aa overlap (1-221:1-218)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDG
:.:::::::::.:::::::::::. ::.:::.::: ::::::::::::::::: :.::.:
CCDS11 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFITTVGIDFREKRVVYNAQGPNG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQLQMH
..:.. ..:::::::::::::::::::::::::::::.::::..:::::::::.:::: .
CCDS11 SSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSFLNVRNWMSQLQAN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 AYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEMLLDL
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CCDS11 AYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATGQNVEKAVETLLDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB6 IMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC
::::::.::.:. ::. : :: : . .:. . : :
CCDS11 IMKRMEQCVEKTQIPDTV---NGGNSGNLDGEKPPEKKCIC
190 200 210
>>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa)
initn: 585 init1: 246 opt: 437 Z-score: 533.5 bits: 105.9 E(32554): 2.1e-23
Smith-Waterman score: 593; 41.4% identity (74.5% similar) in 220 aa overlap (2-221:15-219)
10 20 30 40
pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFR
.: ..::..:.: .:.:.::::: :..:.: .:. :..::::::.
CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 EKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSF
: .::: . .::.::.::::::::.:..:::..: ::::::..:..:..::
CCDS12 VK-TVYR---------HDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESF
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 LNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANG
:..: .:.. ... .: ...: ::: ::::.::: :.. ::. :. .::.:: ..
CCDS12 AAVQDWATQIKTYSW-DNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKEN
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 TNISQAIEMLLDLIMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC
:..:..: :.:.: ..: ..: : . :::.. . . . ..:.:
CCDS12 INVKQVFERLVDVICEKM----NESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
170 180 190 200 210
>>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa)
initn: 542 init1: 218 opt: 435 Z-score: 531.1 bits: 105.4 E(32554): 2.9e-23
Smith-Waterman score: 594; 41.7% identity (75.2% similar) in 218 aa overlap (2-219:15-220)
10 20 30 40
pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFR
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CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 EKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSF
: ..:: . .::.::.::::::::.:..:::..: ::::.:..:.:::.::
CCDS12 VK-TIYRND---------KRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESF
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 LNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANG
:..: .:.. ... .: ...: ::: :.::.:::. :.. ::.. :. .::.:: ..
CCDS12 NAVQDWSTQIKTYSW-DNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDN
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 TNISQAIEMLLDLIMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC
:..:..: :.:.: ..: . .: . : . ..: .:: .. ::
CCDS12 INVKQTFERLVDVICEKMSESLDTA-DPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
170 180 190 200 210 220
>>CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 (217 aa)
initn: 430 init1: 344 opt: 431 Z-score: 526.3 bits: 104.5 E(32554): 5.4e-23
Smith-Waterman score: 463; 36.3% identity (67.7% similar) in 223 aa overlap (8-221:7-217)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKF----NSKFITTVGIDFREKRVVYRAS
: ......::: :::. .:...:.:.: . :::.:: . . .
CCDS83 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIE--
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 GPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQ
: :.::.::::::::::::::.: ...:...: .:.::.::..:: .:..:. .
CCDS83 -P------GKRIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEM
.:.. ..: :.: :: .:: : .::: :. :. :.:::: ..::. ... .
CCDS83 AKMYVQPFRIVFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB6 LL-DL--IMKRMERCVDKSW--IPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC
: :. ..:. : :.. .: . : : .. :.: . .. .:: : :
CCDS83 LTRDIYELIKKGEICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAVKPRKE---CFC
180 190 200 210
>>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa)
initn: 548 init1: 218 opt: 425 Z-score: 518.9 bits: 103.2 E(32554): 1.4e-22
Smith-Waterman score: 583; 39.5% identity (74.1% similar) in 220 aa overlap (2-221:23-227)
10 20 30
pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFI
:: ..::..:.: .:.:.::::: :..:.: .:.: :.
CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 TTVGIDFREKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLF
.::::::. : .:.. .::.::.::::::::.:..:::..: ::::.:..
CCDS39 STVGIDFKVK-TVFKNE---------KRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMY
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 DLTNEQSFLNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPY
:.:::.:: :..: .:.. ... .: ...: ::: :.::.::.. :.. :.:. :. .
CCDS39 DITNEESFNAVQDWSTQIKTYSW-DNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEF
120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 FETSAANGTNISQAIEMLLDLIMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGAC
::::: .. :..:..: :.:.: .: . .. . : .. . . . . . . :
CCDS39 FETSAKDNINVKQTFERLVDIICDKMSESLETD--P--AITAAKQNTRLKETPPPPQPNC
170 180 190 200 210 220
220
pF1KB6 GC
.:
CCDS39 AC
>>CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 531 init1: 217 opt: 422 Z-score: 515.5 bits: 102.5 E(32554): 2.2e-22
Smith-Waterman score: 580; 40.9% identity (72.3% similar) in 220 aa overlap (2-221:15-219)
10 20 30 40
pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFR
:: ..::..:.: .:.:.::::: :..:.: :. :..::::::.
CCDS56 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 EKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSF
: .::: .:..::.::::::::.:..:::..: ::::.:..:.:::.::
CCDS56 VK-TVYRHE---------KRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESF
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 LNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANG
:..: .:.. ... .: ...: ::: :.:..::: :.. :::. :. .::.:: ..
CCDS56 NAVQDWATQIKTYSW-DNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKEN
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 TNISQAIEMLLDLIMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC
.. ::.: :.: : .: .: . : ... ..: : ... :.:
CCDS56 ISVRQAFERLVDAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQN----CSC
170 180 190 200 210
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 575 init1: 278 opt: 403 Z-score: 493.1 bits: 98.3 E(32554): 3.8e-21
Smith-Waterman score: 551; 44.9% identity (75.4% similar) in 187 aa overlap (6-192:5-180)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDG
::::.:.: .:::::::: .:..... ::. ::.:.::::. . . ::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIEL-----DG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
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:: ...: .. :
CCDS10 IMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
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CCDS14 ----GKRIKLQIWDTAGQERFRSITRAYYRNSVGGLLLFDITNRRSFQNVHEWLEETKVH
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CCDS14 VQPYQIVFVLVGHKCDLDTQRQVTRHEAEKLAAAYGMKYIETSARDAINVEKAFTDLTRD
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CCDS14 IYELVKRGEITIQEGWEGVKSGFVPNVVHSSEEVVKSERR---CLC
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>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
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CCDS12 ASADVEKMIL-GNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]