Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6931
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6931, 207 aa
1>>>pF1KB6931 207 - 207 aa - 207 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2304+/-0.00116; mu= 14.2044+/- 0.071
mean_var=77.4582+/-15.186, 0's: 0 Z-trim(102.9): 214 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.145727
statistics sampled from 6943 (7178) to 6943 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16
Scan time: 1.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 1346 292.5 1.2e-79
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 1144 250.1 7.4e-67
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 892 197.1 6.4e-51
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 857 189.7 1.1e-48
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 753 167.9 4.1e-42
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 720 160.9 4.9e-40
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 695 155.7 2e-38
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 694 155.5 2.3e-38
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 682 153.0 1.3e-37
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 675 151.5 3.8e-37
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 658 147.9 4.5e-36
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 657 147.8 5.7e-36
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 651 146.4 1.1e-35
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 650 146.2 1.4e-35
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 646 145.3 2.3e-35
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 646 145.4 2.6e-35
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 629 141.8 2.7e-34
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 628 141.6 3.5e-34
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 609 137.6 5.4e-33
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 606 137.0 8.5e-33
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 596 134.9 4e-32
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 584 132.3 2.1e-31
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 582 131.9 2.8e-31
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 580 131.5 3.8e-31
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 569 129.2 1.9e-30
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 567 128.7 2.4e-30
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 565 128.3 3.3e-30
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 547 124.6 4.6e-29
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 539 122.9 1.5e-28
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 537 122.5 2e-28
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 523 119.5 1.5e-27
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 519 118.7 2.7e-27
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 518 118.5 3.1e-27
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 520 119.3 6e-27
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 500 114.6 3.3e-26
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 503 115.4 3.4e-26
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 500 114.7 4.6e-26
CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 496 113.8 7e-26
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 495 113.5 7e-26
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 493 113.2 1.2e-25
CCDS9768.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 208) 492 113.0 1.4e-25
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 490 112.5 1.7e-25
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 490 112.6 1.9e-25
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 489 112.4 2.2e-25
CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 490 112.7 2.3e-25
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 488 112.1 2.4e-25
CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 485 111.6 4.7e-25
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 490 113.0 4.7e-25
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 482 110.9 5.5e-25
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 483 111.1 5.6e-25
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 1346 init1: 1346 opt: 1346 Z-score: 1543.3 bits: 292.5 E(32554): 1.2e-79
Smith-Waterman score: 1346; 100.0% identity (100.0% similar) in 207 aa overlap (1-207:1-207)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB6 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 1144 init1: 1144 opt: 1144 Z-score: 1313.8 bits: 250.1 E(32554): 7.4e-67
Smith-Waterman score: 1144; 82.6% identity (95.7% similar) in 207 aa overlap (1-207:1-207)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
:::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::::::::::::::::::.::::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.:::.::::
CCDS10 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN
::::.:::::::::::::::.::::::.:::::.. :::.::::::::: .:...:.. .
CCDS10 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB6 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
. :.. :::: ...:..::::: ::
CCDS10 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 886 init1: 886 opt: 892 Z-score: 1027.7 bits: 197.1 E(32554): 6.4e-51
Smith-Waterman score: 892; 76.0% identity (91.6% similar) in 179 aa overlap (3-181:4-181)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKL
:::: ::::::::::::::::::::::.::::.::::::::::::.:.::.::.:::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 QIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMIL
:::::::::::.::::.:::::::::::::::: :::.:: .:.:::.:::. :::.:.:
CCDS17 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEG
:::::..::: : : .::..: ..::.:.:::::::::.:.::.:::.:: : : :
CCDS17 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVK-EP
130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB6 NSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
::
CCDS17 NSENVDISSGGGVTGWKSKCC
180 190 200
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 853 init1: 853 opt: 857 Z-score: 987.8 bits: 189.7 E(32554): 1.1e-48
Smith-Waterman score: 857; 62.1% identity (88.3% similar) in 206 aa overlap (1-206:1-202)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
:::.::.::::::::::::::::...::.:: ::.:.::::::::::::....::.::::
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
.:::::::::.:::::::::::::.::::::.::::.::.::...:.:.::: ::...::
CCDS10 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN
::::.. ::.:.::...::: ..::.:.:::::...::..:: .::::: : . ::
CCDS10 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB6 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
. . . .: : :... . .: :
CCDS10 GNKPPSTDLK-TCDKKNTN---KCSLG
190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 766 init1: 749 opt: 753 Z-score: 869.6 bits: 167.9 E(32554): 4.1e-42
Smith-Waterman score: 753; 55.1% identity (84.2% similar) in 196 aa overlap (1-196:4-199)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRI
: :::::::::::::::::.:.:.::..:... ..:::::.:::::::::::: :
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKM
:::::::::::::::::..::::: ::..:::.:...::.:...:...:...:: .:.:.
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKL
..:::::.. :. :. ....: . :: :.::::: :::..:.:.: .:: .:
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB6 EGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
... . :: .. :: .:
CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 711 init1: 711 opt: 720 Z-score: 832.2 bits: 160.9 E(32554): 4.9e-40
Smith-Waterman score: 720; 55.4% identity (82.6% similar) in 195 aa overlap (1-193:1-192)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
: :::::::::::::::::.:.:.::..:... ..:::::.:::::::::::: ::::
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
::::::::::::::..::::: ::..:::.:...:. :...:...:...:: .:.:...:
CCDS31 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN
:: :.. :. :.. ....: . :: :.::::: :::.::.:.: .:: .: :
CCDS31 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMG---PGA
130 140 150 160 170
190 200
pF1KB6 SPQGSNQGVKI--TPDQQKRSSFFRCVLL
. : ..:: ::
CCDS31 ASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
180 190 200
>>CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 (212 aa)
initn: 695 init1: 695 opt: 695 Z-score: 803.5 bits: 155.7 E(32554): 2e-38
Smith-Waterman score: 695; 52.9% identity (84.0% similar) in 187 aa overlap (1-187:1-187)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
::: :: ::.:::::::::::::.: ::... :.:. :::::.:::..:::.:: ....:
CCDS76 MAKQYDVLFRLLLIGDSGVGKTCLLCRFTDNEFHSSHISTIGVDFKMKTIEVDGIKVRIQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
:::::::::..::: ::: :.::.:::::..:.:...: .:. ...:.: :.:...:
CCDS76 IWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERSYQHIMKWVSDVDEYAPEGVQKILIG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN
:: : ..::::..:.:..:: .::. :.:::: .:.:....: :.. . :.:::
CCDS76 NKADEEQKRQVGREQGQQLAKEYGMDFYETSACTNLNIKESFTRLTELVLQAHRKELEGL
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB6 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
..::.
CCDS76 RMRASNELALAELEEEEGKPEGPANSSKTCWC
190 200 210
>>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa)
initn: 686 init1: 666 opt: 694 Z-score: 802.1 bits: 155.5 E(32554): 2.3e-38
Smith-Waterman score: 694; 52.6% identity (84.2% similar) in 196 aa overlap (3-196:17-211)
10 20 30 40
pF1KB6 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFK
...::.::.:.::.:.:::: :::...:.:. .:.::.:::::
CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 IRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNI
..:: . :::::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::. ...: .:
CCDS12 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 EEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLA
. .. ... ...:::::..:.: ::.:::..:: :..:.:.::: ::::...: :.
CCDS12 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KB6 RDIKAKMDKKLEGNSPQ--GSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]