Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6641
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6641, 418 aa
1>>>pF1KB6641 418 - 418 aa - 418 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1576+/-0.00113; mu= 3.2698+/- 0.065
mean_var=256.8149+/-60.658, 0's: 0 Z-trim(109.2): 283 B-trim: 791 in 2/50
Lambda= 0.080032
statistics sampled from 10352 (10721) to 10352 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.329), width: 16
Scan time: 3.140
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2348.1 STRADB gene_id:55437|Hs108|chr2 ( 418) 2814 338.7 6.3e-93
CCDS56161.1 STRADB gene_id:55437|Hs108|chr2 ( 377) 2472 299.2 4.5e-81
CCDS42367.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 373) 1095 140.2 3.3e-33
CCDS32703.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 431) 1095 140.2 3.6e-33
CCDS11642.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 348) 995 128.6 9.3e-30
CCDS58585.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 314) 906 118.3 1.1e-26
CCDS54156.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 ( 299) 890 116.4 3.8e-26
>>CCDS2348.1 STRADB gene_id:55437|Hs108|chr2 (418 aa)
initn: 2814 init1: 2814 opt: 2814 Z-score: 1781.9 bits: 338.7 E(32554): 6.3e-93
Smith-Waterman score: 2814; 100.0% identity (100.0% similar) in 418 aa overlap (1-418:1-418)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSLLDCFCTSRTQVESLRPEKQSETSIHQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYEL
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CCDS23 MSLLDCFCTSRTQVESLRPEKQSETSIHQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 QVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVTIKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNIT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 TYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQLLRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 IHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLHSLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 DLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVPFQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESR
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNSDRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 SSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPAYNKPSISLPPVLPWTEPECDFPDEKDSYWEF
370 380 390 400 410
>>CCDS56161.1 STRADB gene_id:55437|Hs108|chr2 (377 aa)
initn: 2472 init1: 2472 opt: 2472 Z-score: 1569.0 bits: 299.2 E(32554): 4.5e-81
Smith-Waterman score: 2472; 100.0% identity (100.0% similar) in 371 aa overlap (1-371:1-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSLLDCFCTSRTQVESLRPEKQSETSIHQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MSLLDCFCTSRTQVESLRPEKQSETSIHQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVTIKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVTIKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNIT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQLLRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQLLRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 IHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLHSLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLHSLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVPFQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVPFQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 MKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNSDRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNSDRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB6 SSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPAYNKPSISLPPVLPWTEPECDFPDEKDSYWEF
:::::::::::
CCDS56 SSLLSHVFFKQPYFEFL
370
>>CCDS42367.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 (373 aa)
initn: 1077 init1: 906 opt: 1095 Z-score: 709.8 bits: 140.2 E(32554): 3.3e-33
Smith-Waterman score: 1095; 51.1% identity (77.5% similar) in 329 aa overlap (58-386:11-338)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 HQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYELQVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVT
::: . ::.::..: .:.:::. ::: ::
CCDS42 MSSFLPEGGCYELLTVIGKGFEDLMTVNLARYKPTGEYVT
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 IKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNITTYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQL
.. ::: :..: . :: . .:..: ::::. : ..: . . :::.. :::::::..:
CCDS42 VRRINLEACSNEMVTFLQGELHVSKLFNHPNIVPYRATFIADNELWVVTSFMAYGSAKDL
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGCIHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLH
. :.: .::.: : :: :....:.:.:. : .:::.:::::::: :: : ::::
CCDS42 ICTHFMDGMNELAIAYILQGVLKALDYIHHMGYVHRSVKASHILISVDGKVYLSGLRSNL
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 SLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQDLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVP
:...::::.:.:.:::..:..: ::::::.:.:.:.::..:::::::::::::::.:.::
CCDS42 SMISHGQRQRVVHDFPKYSVKVLPWLSPEVLQQNLQGYDAKSDIYSVGITACELANGHVP
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 FQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESRMKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNS
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CCDS42 FKDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEELTMSPSRSVANSGLSDS-LTTSTPRPSNG
230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 DRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPA
: : .:::: : .:. :::..:. :::::.::.: ::::.:....... :: :
CCDS42 DSPSHPYHRTFSPHFHHFVEQCLQRNPDARPSASTLLNHSFFKQIKRRASEALPELLRPV
280 290 300 310 320 330
390 400 410
pF1KB6 YNKPSISLPPVLPWTEPECDFPDEKDSYWEF
CCDS42 TPITNFEGSQSQDHSGIFGLVTNLEELEVDDWEF
340 350 360 370
>>CCDS32703.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 (431 aa)
initn: 1077 init1: 906 opt: 1095 Z-score: 709.0 bits: 140.2 E(32554): 3.6e-33
Smith-Waterman score: 1095; 51.1% identity (77.5% similar) in 329 aa overlap (58-386:69-396)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 HQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYELQVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVT
::: . ::.::..: .:.:::. ::: ::
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40 50 60 70 80 90
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 IKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNITTYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQL
.. ::: :..: . :: . .:..: ::::. : ..: . . :::.. :::::::..:
CCDS32 VRRINLEACSNEMVTFLQGELHVSKLFNHPNIVPYRATFIADNELWVVTSFMAYGSAKDL
100 110 120 130 140 150
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGCIHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLH
. :.: .::.: : :: :....:.:.:. : .:::.:::::::: :: : ::::
CCDS32 ICTHFMDGMNELAIAYILQGVLKALDYIHHMGYVHRSVKASHILISVDGKVYLSGLRSNL
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 SLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQDLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVP
:...::::.:.:.:::..:..: ::::::.:.:.:.::..:::::::::::::::.:.::
CCDS32 SMISHGQRQRVVHDFPKYSVKVLPWLSPEVLQQNLQGYDAKSDIYSVGITACELANGHVP
220 230 240 250 260 270
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 FQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESRMKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNS
:.:: :::::.::.: :: : .: : :. :.: ..::...: :..: . :.
CCDS32 FKDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEELTMSPSRSVANSGLSDS-LTTSTPRPSNG
280 290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 DRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPA
: : .:::: : .:. :::..:. :::::.::.: ::::.:....... :: :
CCDS32 DSPSHPYHRTFSPHFHHFVEQCLQRNPDARPSASTLLNHSFFKQIKRRASEALPELLRPV
340 350 360 370 380 390
390 400 410
pF1KB6 YNKPSISLPPVLPWTEPECDFPDEKDSYWEF
CCDS32 TPITNFEGSQSQDHSGIFGLVTNLEELEVDDWEF
400 410 420 430
>>CCDS11642.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 (348 aa)
initn: 1002 init1: 906 opt: 995 Z-score: 647.7 bits: 128.6 E(32554): 9.3e-30
Smith-Waterman score: 995; 48.5% identity (74.5% similar) in 330 aa overlap (30-357:3-330)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSLLDCFCTSRTQVESLRPEKQSETSIHQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCS--TNVSHY
.:... . : : : .::. : . . :
CCDS11 MSFLTNDAS-SESIASFSKQEVMSSFLPEGGCY
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ELQVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVTIKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPN
:: . ::.::..: .:.:::. ::: ::.. ::: :..: . :: . .:..: :::
CCDS11 ELLTVIGKGFEDLMTVNLARYKPTGEYVTVRRINLEACSNEMVTFLQGELHVSKLFNHPN
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ITTYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQLLRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQN
:. : ..: . . :::.. :::::::..:. :.: .::.: : :: :....:.:.:.
CCDS11 IVPYRATFIADNELWVVTSFMAYGSAKDLICTHFMDGMNELAIAYILQGVLKALDYIHHM
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GCIHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLHSLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELL
: .:::.:::::::: :: : :::: :...::::.:.:.:::..:..: ::::::.:
CCDS11 GYVHRSVKASHILISVDGKVYLSGLRSNLSMISHGQRQRVVHDFPKYSVKVLPWLSPEVL
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 RQDLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVPFQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSE
.:.:.::..:::::::::::::::.:.:::.:: :::::.::.: :: : .: :
CCDS11 QQNLQGYDAKSDIYSVGITACELANGHVPFKDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEE
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 SRMKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNSDRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRP
:. :.: ..::...: :..: . :.: : .:::: : .:. :::..:. :
CCDS11 LTMSPSRSVANSGLSDS-LTTSTPRPSNGDSPSHPYHRTFSPHFHHFVEQCLQRNPDARY
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 SASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPAYNKPSISLPPVLPWTEPECDFPDEKDSYWEF
CCDS11 PCWPGPGLRESRGCSGG
340
>>CCDS58585.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 (314 aa)
initn: 932 init1: 906 opt: 906 Z-score: 592.7 bits: 118.3 E(32554): 1.1e-26
Smith-Waterman score: 906; 52.5% identity (79.1% similar) in 263 aa overlap (58-320:40-302)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 HQYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYELQVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVT
::: . ::.::..: .:.:::. ::: ::
CCDS58 RIRTNDASSESIASFSKQEVMSSFLPEGGCYELLTVIGKGFEDLMTVNLARYKPTGEYVT
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 IKITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNITTYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQL
.. ::: :..: . :: . .:..: ::::. : ..: . . :::.. :::::::..:
CCDS58 VRRINLEACSNEMVTFLQGELHVSKLFNHPNIVPYRATFIADNELWVVTSFMAYGSAKDL
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LRTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGCIHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLH
. :.: .::.: : :: :....:.:.:. : .:::.:::::::: :: : ::::
CCDS58 ICTHFMDGMNELAIAYILQGVLKALDYIHHMGYVHRSVKASHILISVDGKVYLSGLRSNL
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 SLVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQDLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVP
:...::::.:.:.:::..:..: ::::::.:.:.:.::..:::::::::::::::.:.::
CCDS58 SMISHGQRQRVVHDFPKYSVKVLPWLSPEVLQQNLQGYDAKSDIYSVGITACELANGHVP
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 FQDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESRMKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNS
:.:: :::::.::.: :: : .: : :. :.: ..::...:. .:.
CCDS58 FKDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEELTMSPSRSVANSGLSDSLTTSTPRPSNGP
250 260 270 280 290 300
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 DRLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPA
CCDS58 VPAPS
310
>>CCDS54156.1 STRADA gene_id:92335|Hs108|chr17 (299 aa)
initn: 876 init1: 876 opt: 890 Z-score: 583.0 bits: 116.4 E(32554): 3.8e-26
Smith-Waterman score: 890; 51.5% identity (79.0% similar) in 262 aa overlap (59-320:26-287)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 QYLVDEPTLSWSRPSTRASEVLCSTNVSHYELQVEIGRGFDNLTSVHLARHTPTGTLVTI
.:.. :.::..: .:.:::. ::: ::.
CCDS54 MSFLVSKPERIRRWVSEKFIVEGLRDLELFGGKGFEDLMTVNLARYKPTGEYVTV
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 KITNLENCNEERLKALQKAVILSHFFRHPNITTYWTVFTVGSWLWVISPFMAYGSASQLL
. ::: :..: . :: . .:..: ::::. : ..: . . :::.. :::::::..:.
CCDS54 RRINLEACSNEMVTFLQGELHVSKLFNHPNIVPYRATFIADNELWVVTSFMAYGSAKDLI
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 RTYFPEGMSETLIRNILFGAVRGLNYLHQNGCIHRSIKASHILISGDGLVTLSGLSHLHS
:.: .::.: : :: :....:.:.:. : .:::.:::::::: :: : :::: :
CCDS54 CTHFMDGMNELAIAYILQGVLKALDYIHHMGYVHRSVKASHILISVDGKVYLSGLRSNLS
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 LVKHGQRHRAVYDFPQFSTSVQPWLSPELLRQDLHGYNVKSDIYSVGITACELASGQVPF
...::::.:.:.:::..:..: ::::::.:.:.:.::..:::::::::::::::.:.:::
CCDS54 MISHGQRQRVVHDFPKYSVKVLPWLSPEVLQQNLQGYDAKSDIYSVGITACELANGHVPF
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 QDMHRTQMLLQKLKGPPYSPLDISIFPQSESRMKNSQSGVDSGIGESVLVSSGTHTVNSD
.:: :::::.::.: :: : .: : :. :.: ..::...:. .:.
CCDS54 KDMPATQMLLEKLNGTVPCLLDTSTIPAEELTMSPSRSVANSGLSDSLTTSTPRPSNGPV
240 250 260 270 280 290
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 RLHTPSSKTFSPAFFSLVQLCLQQDPEKRPSASSLLSHVFFKQMKEESQDSILSLLPPAY
CCDS54 PAPS
418 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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