Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6601
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6601, 407 aa
1>>>pF1KB6601 407 - 407 aa - 407 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5114+/-0.000902; mu= 16.5387+/- 0.054
mean_var=152.4811+/-44.885, 0's: 0 Z-trim(109.0): 148 B-trim: 660 in 1/48
Lambda= 0.103864
statistics sampled from 10426 (10621) to 10426 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.326), width: 16
Scan time: 3.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS54198.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 407) 2731 421.6 6.7e-118
CCDS42467.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 343) 2213 343.8 1.4e-94
CCDS686.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 ( 359) 652 110.0 3.7e-24
CCDS30759.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 ( 297) 509 88.4 9.5e-18
CCDS12686.1 PTGIR gene_id:5739|Hs108|chr19 ( 386) 465 82.0 1.1e-15
CCDS12309.1 PTGER1 gene_id:5731|Hs108|chr19 ( 402) 428 76.5 5.1e-14
CCDS44160.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 365) 401 72.4 7.9e-13
CCDS652.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 374) 401 72.4 8.1e-13
CCDS658.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 388) 401 72.4 8.2e-13
CCDS656.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 401 72.4 8.3e-13
CCDS657.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 401 72.4 8.3e-13
CCDS655.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 418) 401 72.4 8.6e-13
CCDS9708.1 PTGER2 gene_id:5732|Hs108|chr14 ( 358) 366 67.1 3e-11
>>CCDS54198.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 (407 aa)
initn: 2731 init1: 2731 opt: 2731 Z-score: 2230.2 bits: 421.6 E(32554): 6.7e-118
Smith-Waterman score: 2731; 100.0% identity (100.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-407)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQGGSHTR
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CCDS54 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQGGSHTR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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CCDS54 SSFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFFGLSPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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CCDS54 LLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRYTVQYPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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CCDS54 SWCFLTLGAESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQEAAQQRPRDSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS54 VEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELLIYLRVATWN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 QILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISAHCNLRLPGSSDSRAS
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CCDS54 QILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISAHCNLRLPGSSDSRAS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB6 ASRAAGITGVSHCARPCMLFDPEFDLLAGVQLLPFEPPTGKALSRKD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ASRAAGITGVSHCARPCMLFDPEFDLLAGVQLLPFEPPTGKALSRKD
370 380 390 400
>>CCDS42467.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 (343 aa)
initn: 2192 init1: 2192 opt: 2213 Z-score: 1811.4 bits: 343.8 E(32554): 1.4e-94
Smith-Waterman score: 2213; 98.0% identity (98.8% similar) in 342 aa overlap (1-341:1-341)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQGGSHTR
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CCDS42 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQGGSHTR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SSFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFFGLSPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFFGLSPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRYTVQYPG
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CCDS42 LLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRYTVQYPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 SWCFLTLGAESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQEAAQQRPRDSE
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CCDS42 SWCFLTLGAESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQEAAQQRPRDSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 VEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELLIYLRVATWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELLIYLRVATWN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB6 QILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSL-EYSGTISAHCNLRLPGSSDSRA
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CCDS42 QILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPR-SLSLQPQLTQRSGLQ
310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB6 SASRAAGITGVSHCARPCMLFDPEFDLLAGVQLLPFEPPTGKALSRKD
>>CCDS686.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 (359 aa)
initn: 655 init1: 311 opt: 652 Z-score: 547.1 bits: 110.0 E(32554): 3.7e-24
Smith-Waterman score: 652; 39.9% identity (66.9% similar) in 311 aa overlap (15-319:18-315)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLE-ERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQG-
.: : . : :: : .:.. : .::. :: ::...: : :
CCDS68 MSMNNSKQLVSPAAALLSNTTCQTENRL--SVFFSVIFMTVGILSNSLAIAILMKAYQRF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 GSHTRSSFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFF
.....::: . :::.:::.: :..:.:.: .:. :: : . :: ..:. :.:
CCDS68 RQKSKASFLLLASGLVITDFFGHLINGAIAVFVYASDKEWIRFDQSNVLCSIFGICMVFS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GLSPLLLGAAMASERYLGITRP-FSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRY
:: :::::..:: :: .:.:.: : ..:.. :. :.. ..:::.:: :
CCDS68 GLCPLLLGSVMAIERCIGVTKPIFHSTKITSKHVKMMLSGVCLFAVF-IALLPILGHRDY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 TVQYPGSWCFLTLG--AESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHV-YHGQEA
.: .::: . . : . ::::.:: :..:.:.: :... :: .: ...:.
CCDS68 KIQASRTWCFYNTEDIKDWEDRFYLLLFSFLGLLALGVSLLCNAITGITLLRVKFKSQQ-
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 AQQRPRDSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELL
... :. ..::. :::.:: :. .:: :.:: .:. .. :. : : . :
CCDS68 -HRQGRSHHLEMVIQLLAIMCVSCICWSPFLVTMAN--------IGINGNHSLETCETTL
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 IYLRVATWNQILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISAHCNLRL
. ::.::::::::::::::.:.:::. :
CCDS68 FALRMATWNQILDPWVYILLRKAVLKNLYKLASQCCGVHVISLHIWELSSIKNSLKVAAI
290 300 310 320 330 340
>>CCDS30759.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 (297 aa)
initn: 522 init1: 311 opt: 509 Z-score: 432.1 bits: 88.4 E(32554): 9.5e-18
Smith-Waterman score: 509; 38.3% identity (65.6% similar) in 253 aa overlap (15-262:18-266)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLE-ERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQG-
.: : . : :: : .:.. : .::. :: ::...: : :
CCDS30 MSMNNSKQLVSPAAALLSNTTCQTENRL--SVFFSVIFMTVGILSNSLAIAILMKAYQRF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 GSHTRSSFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFF
.....::: . :::.:::.: :..:.:.: .:. :: : . :: ..:. :.:
CCDS30 RQKSKASFLLLASGLVITDFFGHLINGAIAVFVYASDKEWIRFDQSNVLCSIFGICMVFS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GLSPLLLGAAMASERYLGITRP-FSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRY
:: :::::..:: :: .:.:.: : ..:.. :. :.. ..:::.:: :
CCDS30 GLCPLLLGSVMAIERCIGVTKPIFHSTKITSKHVKMMLSGVCLFAVF-IALLPILGHRDY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 TVQYPGSWCFLTLG--AESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQEAA
.: .::: . . : . ::::.:: :..:.:.: :... :: .: ..
CCDS30 KIQASRTWCFYNTEDIKDWEDRFYLLLFSFLGLLALGVSLLCNAITGITLLRVKFKSQQH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 QQRPRDSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELLI
.: :. ..::. :::.:: :. .:: :.:
CCDS30 RQ-GRSHHLEMVIQLLAIMCVSCICWSPFLGYRIILNGKEKYKVYEEQSDFLHRLQWPTL
240 250 260 270 280 290
>>CCDS12686.1 PTGIR gene_id:5739|Hs108|chr19 (386 aa)
initn: 424 init1: 195 opt: 465 Z-score: 395.3 bits: 82.0 E(32554): 1.1e-15
Smith-Waterman score: 465; 33.6% identity (62.2% similar) in 304 aa overlap (28-320:17-304)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQGGSHTR
: .. . :.:...: :::..:.. : .
CCDS12 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGILSARRPA---RP
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 SSFLTFLCGLVLTDFLGL-LVTGTIVVS--QHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFFGL
:.: ... ::. ::.:: ... .. :. ....:. :. :: .. .: ::::
CCDS12 SAFAVLVTGLAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARGGPA--LCDAFAFAMTFFGL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SPLLLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRYTVQ
. .:. ::: :: :....:. . . : : .. ..: . . :::::.:..
CCDS12 ASMLILFAMAVERCLALSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQY
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 YPGSWCFLTLG-AESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQEAAQ---
::::::: . :. : .::.: .. : .: :. :: : . .::..:. :. :
CCDS12 CPGSWCFLRMRWAQPGGAAFSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQGSL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KB6 -QRPR--DSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLV-FIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKE
::: ..::. . : . :: .:: ::: . ..:.: : . : :.:
CCDS12 GPRPRTGEDEVDHLILLALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAV--APDSSSEMGDL-------
230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 LLIYLRVATWNQILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISAHCNL
. .: ..: ::::::.::::.::..::.
CCDS12 --LAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVFQRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLASGRRDP
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 RLPGSSDSRASASRAAGITGVSHCARPCMLFDPEFDLLAGVQLLPFEPPTGKALSRKD
CCDS12 RAPSAPVGKEGSCVPLSAWGEGQVEPLPPTQQSSGSAVGTSSKAEASVACSLC
340 350 360 370 380
>>CCDS12309.1 PTGER1 gene_id:5731|Hs108|chr19 (402 aa)
initn: 571 init1: 292 opt: 428 Z-score: 365.2 bits: 76.5 E(32554): 5.1e-14
Smith-Waterman score: 624; 35.4% identity (57.6% similar) in 384 aa overlap (8-326:1-369)
10 20 30 40
pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLE-ERRLIASPWFAASFCV---------------VGLASNLL
..:: : :..: : :.:: . : .: .::::
CCDS12 MSPC-GPLNLSLAGEATTCAAPWVPNTSAVPPSGASPALPIFSMTLGAVSNLL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 ALSVLAGARQGGSHTRS--SFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGC
::..:: : . :: .:: :. .:. ::. : .. :..:. ..: . :.
CCDS12 ALALLAQAAGRLRRRRSAATFLLFVASLLATDLAGHVIPGALVLRLYTA-----GRAPAG
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 RLCRFMGVVMIFFGLSPLLLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALA
:.:.: :.:::: ::::: .:: :: .:.:::. . : .: :: ... : :.:::
CCDS12 GACHFLGGCMVFFGLCPLLLGCGMAVERCVGVTRPLLHAARVSVARARLALAAVAAVALA
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 LGLLPLLGVGRYTVQYPGSWCFLTLGAESG--DVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVA
..:::: :::: .::::.:::. :: .: .. .. ::. :: ... ... ::.:
CCDS12 VALLPLARVGRYELQYPGTWCFIGLGPPGGWRQALLAGLFASLGLVALLAALVCNTLSGL
170 180 190 200 210 220
230
pF1KB6 TLCHVY----------------------HGQEAAQ-----------------------QR
.: .. :: ..:. .:
CCDS12 ALLRARWRRRSRRPPPASGPDSRRRWGAHGPRSASASSASSIASASTFFGGSRSSGSARR
230 240 250 260 270 280
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 PRDSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKELLIYLR
: .:::..::.:::::. .:: :.::..: .: .: : . .. :.. .:
CCDS12 ARAHDVEMVGQLVGIMVVSCICWSPMLVLVALAV---------GGWSSTSLQRPLFLAVR
290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 VATWNQILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISAHCNLRLPGSS
.:.::::::::::::.:.::::.: : :
CCDS12 LASWNQILDPWVYILLRQAVLRQLLRLLPPRAGAKGGPAGLGLTPSAWEASSLRSSRHSG
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400
pF1KB6 DSRASASRAAGITGVSHCARPCMLFDPEFDLLAGVQLLPFEPPTGKALSRKD
CCDS12 LSHF
400
>>CCDS44160.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 (365 aa)
initn: 571 init1: 371 opt: 401 Z-score: 343.7 bits: 72.4 E(32554): 7.9e-13
Smith-Waterman score: 614; 35.2% identity (66.1% similar) in 304 aa overlap (30-319:54-357)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGA-RQGGSH
: .. ..:...: ::. ... . :. :.
CCDS44 MWAPERSAEARGNLTRPPGSGEDCGSVSVAFPITMLLTGFVGNALAMLLVSRSYRRRESK
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 TRSSFLTFLCGLVLTDFLGLLVTGTIVVSQHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFFGLS
..::: . :.:::..: :.: .:. . . .:. .::. ::: :.:..: ::::
CCDS44 RKKSFLLCIGWLALTDLVGQLLTTPVVIVVYLSKQRWEHIDPSGRLCTFFGLTMTVFGLS
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 PLLLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRYTVQY
:....::: :: :.: : . . : . :.. :: :.::..:::.::::.::::.
CCDS44 SLFIASAMAVERALAIRAPHWYASHMKTRATRAVLLGVWLAVLAFALLPVLGVGQYTVQW
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210 220
pF1KB6 PGSWCFLTLGAES---------GDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQ
::.:::.. : . :.. :. :..:: :.. ..: : ... .: ...
CCDS44 PGTWCFISTGRGGNGTSSSHNWGNLFFASAFAFLGLLALTVTFSCNLATIKALVSRCRAK
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 EAAQQRPRD---SEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLVFIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTT
.:.: . .: ::.::: : :::: :::... . .. . . . .
CCDS44 ATASQSSAQWGRITTETAIQLMGIMCVLSVCWSPLLIMMLKMIFNQTSVEHCKTHTEKQK
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 EKEL-LIYLRVATWNQILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRRSLTLWPSLEYSGTISA
: .. :: .:.:. :::::::::.:.:. .::..
CCDS44 ECNFFLIAVRLASLNQILDPWVYLLLRKILLRKFCQEEFWGN
330 340 350 360
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CCDS65 WSDHLER
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]