Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6526
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6526, 359 aa
1>>>pF1KB6526 359 - 359 aa - 359 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5459+/-0.00076; mu= 15.1364+/- 0.046
mean_var=68.1289+/-13.619, 0's: 0 Z-trim(108.6): 13 B-trim: 79 in 2/50
Lambda= 0.155385
statistics sampled from 10298 (10309) to 10298 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 2.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14399.1 ARR3 gene_id:407|Hs108|chrX ( 388) 2341 533.6 1.1e-151
CCDS44684.1 ARRB1 gene_id:408|Hs108|chr11 ( 418) 1539 353.8 1.5e-97
CCDS31640.1 ARRB1 gene_id:408|Hs108|chr11 ( 410) 1479 340.3 1.7e-93
CCDS11050.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17 ( 409) 1396 321.7 6.7e-88
CCDS46545.1 SAG gene_id:6295|Hs108|chr2 ( 405) 1257 290.6 1.6e-78
CCDS11051.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17 ( 394) 1159 268.6 6.4e-72
CCDS58505.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17 ( 406) 1159 268.6 6.6e-72
CCDS59276.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17 ( 330) 1044 242.8 3.2e-64
CCDS58504.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17 ( 430) 902 211.0 1.5e-54
CCDS82039.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17 ( 217) 550 132.0 4.8e-31
>>CCDS14399.1 ARR3 gene_id:407|Hs108|chrX (388 aa)
initn: 2341 init1: 2341 opt: 2341 Z-score: 2836.8 bits: 533.6 E(32554): 1.1e-151
Smith-Waterman score: 2341; 99.7% identity (100.0% similar) in 358 aa overlap (1-358:1-358)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSKVFKKTSSNGKLSIYLGKRDFVDHVDTVEPIDGVVLVDPEYFKCRKLFVMLTCAFRYG
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CCDS14 MSKVFKKTSSNGKLSIYLGKRDFVDHVDTVEPIDGVVLVDPEYLKCRKLFVMLTCAFRYG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RDDLEVIGLTFRKDLYVQTLQVVPAESSSPQGPLTVLQERLLHKLGDNAYPFTLQMVTNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RDDLEVIGLTFRKDLYVQTLQVVPAESSSPQGPLTVLQERLLHKLGDNAYPFTLQMVTNL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PCSVTLQPGPEDAGKPCGIDFEVKSFCAENPEETVSKRDYVRLVVRKVQFAPPEAGPGPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PCSVTLQPGPEDAGKPCGIDFEVKSFCAENPEETVSKRDYVRLVVRKVQFAPPEAGPGPS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 AQTIRRFLLSAQPLQLQAWMDREVHYHGEPISVNVSINNCTNKVIKKIKISVDQITDVVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AQTIRRFLLSAQPLQLQAWMDREVHYHGEPISVNVSINNCTNKVIKKIKISVDQITDVVL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 YSLDKYTKTVFIQEFTETVAANSSFSQSFAVTPILAASCQKRGLALDGKLKHEDTNLASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YSLDKYTKTVFIQEFTETVAANSSFSQSFAVTPILAASCQKRGLALDGKLKHEDTNLASS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB6 TIIRPGMDKELLGILVSYKVRVNLMVSCGGILGDLTASDVGVELPLVLIHPKPSHEAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TIIRPGMDKELLGILVSYKVRVNLMVSCGGILGDLTASDVGVELPLVLIHPKPSHEAASS
310 320 330 340 350 360
CCDS14 EDIVIEEFTRKGEEESQKAVEAEGDEGS
370 380
>>CCDS44684.1 ARRB1 gene_id:408|Hs108|chr11 (418 aa)
initn: 1540 init1: 1127 opt: 1539 Z-score: 1864.6 bits: 353.8 E(32554): 1.5e-97
Smith-Waterman score: 1539; 62.3% identity (86.5% similar) in 355 aa overlap (2-356:6-359)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSKVFKKTSSNGKLSIYLGKRDFVDHVDTVEPIDGVVLVDPEYFKCRKLFVMLTCA
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CCDS44 MGDKGTRVFKKASPNGKLTVYLGKRDFVDHIDLVDPVDGVVLVDPEYLKERRVYVTLTCA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 FRYGRDDLEVIGLTFRKDLYVQTLQVVPAESSSPQGPLTVLQERLLHKLGDNAYPFTLQM
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CCDS44 FRYGREDLDVLGLTFRKDLFVANVQSFPP-APEDKKPLTRLQERLIKKLGEHAYPFTFEI
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VTNLPCSVTLQPGPEDAGKPCGIDFEVKSFCAENPEETVSKRDYVRLVVRKVQFAPPEAG
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CCDS44 PPNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDYEVKAFCAENLEEKIHKRNSVRLVIRKVQYAPERPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 PGPSAQTIRRFLLSAQPLQLQAWMDREVHYHGEPISVNVSINNCTNKVIKKIKISVDQIT
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CCDS44 PQPTAETTRQFLMSDKPLHLEASLDKEIYYHGEPISVNVHVTNNTNKTVKKIKISVRQYA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DVVLYSLDKYTKTVFIQEFTETVAANSSFSQSFAVTPILAASCQKRGLALDGKLKHEDTN
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CCDS44 DICLFNTAQYKCPVAMEEADDTVAPSSTFCKVYTLTPFLANNREKRGLALDGKLKHEDTN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 LASSTIIRPGMDKELLGILVSYKVRVNLMVSCGGILGDLTASDVGVELPLVLIHPKPSHE
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CCDS44 LASSTLLREGANREILGIIVSYKVKVKLVVSRGGLLGDLASSDVAVELPFTLMHPKPKEE
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 AAR
CCDS44 PPHREVPENETPVDTNLIELDTNDDDIVFEDFARQRLKGMKDDKEEEEDGTGSPQLNNR
360 370 380 390 400 410
>>CCDS31640.1 ARRB1 gene_id:408|Hs108|chr11 (410 aa)
initn: 1492 init1: 1004 opt: 1479 Z-score: 1792.1 bits: 340.3 E(32554): 1.7e-93
Smith-Waterman score: 1479; 60.8% identity (84.2% similar) in 355 aa overlap (2-356:6-351)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSKVFKKTSSNGKLSIYLGKRDFVDHVDTVEPIDGVVLVDPEYFKCRKLFVMLTCA
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CCDS31 MGDKGTRVFKKASPNGKLTVYLGKRDFVDHIDLVDPVDGVVLVDPEYLKERRVYVTLTCA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 FRYGRDDLEVIGLTFRKDLYVQTLQVVPAESSSPQGPLTVLQERLLHKLGDNAYPFTLQM
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CCDS31 FRYGREDLDVLGLTFRKDLFVANVQSFPP-APEDKKPLTRLQERLIKKLGEHAYPFTFEI
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VTNLPCSVTLQPGPEDAGKPCGIDFEVKSFCAENPEETVSKRDYVRLVVRKVQFAPPEAG
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CCDS31 PPNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDYEVKAFCAENLEEKIHKRNSVRLVIRKVQYAPERPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 PGPSAQTIRRFLLSAQPLQLQAWMDREVHYHGEPISVNVSINNCTNKVIKKIKISVDQIT
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CCDS31 PQPTAETTRQFLMSDKPLHLEASLDKEIYYHGEPISVNVHVTNNTNKTVKKIKISVRQYA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DVVLYSLDKYTKTVFIQEFTETVAANSSFSQSFAVTPILAASCQKRGLALDGKLKHEDTN
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CCDS31 DICLFNTAQYKCPVAMEEADDTVAPSSTFCKVYTLTPFLANNREKRGLALDGKLKHEDTN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 LASSTIIRPGMDKELLGILVSYKVRVNLMVSCGGILGDLTASDVGVELPLVLIHPKPSHE
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CCDS31 LASSTLLREGANREILGIIVSYKVKVKLVVSRGG--------DVAVELPFTLMHPKPKEE
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 AAR
CCDS31 PPHREVPENETPVDTNLIELDTNDDDIVFEDFARQRLKGMKDDKEEEEDGTGSPQLNNR
360 370 380 390 400 410
>>CCDS11050.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17 (409 aa)
initn: 1001 init1: 927 opt: 1396 Z-score: 1691.5 bits: 321.7 E(32554): 6.7e-88
Smith-Waterman score: 1396; 58.2% identity (81.8% similar) in 352 aa overlap (2-353:7-349)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSKVFKKTSSNGKLSIYLGKRDFVDHVDTVEPIDGVVLVDPEYFKCRKLFVMLTC
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CCDS11 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AFRYGRDDLEVIGLTFRKDLYVQTLQVVPAESSSPQGPLTVLQERLLHKLGDNAYPFTLQ
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CCDS11 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPP-TRLQDRLLRKLGQHAHPFFFT
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 MVTNLPCSVTLQPGPEDAGKPCGIDFEVKSFCAENPEETVSKRDYVRLVVRKVQFAPPEA
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CCDS11 IPQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GPGPSAQTIRRFLLSAQPLQLQAWMDREVHYHGEPISVNVSINNCTNKVIKKIKISVDQI
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CCDS11 GPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 TDVVLYSLDKYTKTVFIQEFTETVAANSSFSQSFAVTPILAASCQKRGLALDGKLKHEDT
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CCDS11 ADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 NLASSTIIRPGMDKELLGILVSYKVRVNLMVSCGGILGDLTASDVGVELPLVLIHPKPSH
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CCDS11 NLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGG--------DVSVELPFVLMHPKPHD
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 EAAR
CCDS11 HIPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQLC
360 370 380 390 400
>>CCDS46545.1 SAG gene_id:6295|Hs108|chr2 (405 aa)
initn: 1027 init1: 603 opt: 1257 Z-score: 1523.2 bits: 290.6 E(32554): 1.6e-78
Smith-Waterman score: 1257; 51.8% identity (80.5% similar) in 359 aa overlap (4-357:16-368)
10 20 30 40
pF1KB6 MSKVFKKTSSNGKLSIYLGKRDFVDHVDTVEPIDGVVLVDPEYFKCRK
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CCDS46 MAASGKTSKSEPNHVIFKKISRDKSVTIYLGNRDYIDHVSQVQPVDGVVLVDPDLVKGKK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 LFVMLTCAFRYGRDDLEVIGLTFRKDLYVQTLQVVP--AESSSPQGPLTVLQERLLHKLG
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CCDS46 VYVTLTCAFRYGQEDIDVIGLTFRRDLYFSRVQVYPPVGAASTP----TKLQESLLKKLG
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 DNAYPFTLQMVTNLPCSVTLQPGPEDAGKPCGIDFEVKSFCAENP---EETVSKRDYVRL
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CCDS46 SNTYPFLLTFPDYLPCSVMLQPAPQDSGKSCGVDFEVKAFATDSTDAEEDKIPKKSSVRL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 VVRKVQFAPPEAGPGPSAQTIRRFLLSAQPLQLQAWMDREVHYHGEPISVNVSINNCTNK
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CCDS46 LIRKVQHAPLEMGPQPRAEAAWQFFMSDKPLHLAVSLNKEIYFHGEPIPVTVTVTNNTEK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 VIKKIKISVDQITDVVLYSLDKYTKTVFIQEFTETVAANSSFSQSFAVTPILAASCQKRG
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CCDS46 TVKKIKAFVEQVANVVLYSSDYYVKPVAMEEAQEKVPPNSTLTKTLTLLPLLANNRERRG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 LALDGKLKHEDTNLASSTIIRPGMDKELLGILVSYKVRVNLMVSCGGILGDLTASDVGVE
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CCDS46 IALDGKIKHEDTNLASSTIIKEGIDRTVLGILVSYQIKVKLTVS--GFLGELTSSEVATE
300 310 320 330 340 350
350
pF1KB6 LPLVLIHPKPSHEAAR
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CCDS46 VPFRLMHPQPEDPAKESYQDANLVFEEFARHNLKDAGEAEEGKRDKNDVDE
360 370 380 390 400
>>CCDS11051.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17 (394 aa)
initn: 1141 init1: 927 opt: 1159 Z-score: 1404.6 bits: 268.6 E(32554): 6.4e-72
Smith-Waterman score: 1276; 54.8% identity (77.8% similar) in 352 aa overlap (2-353:7-334)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSKVFKKTSSNGKLSIYLGKRDFVDHVDTVEPIDGVVLVDPEYFKCRKLFVMLTC
..::::.: : ::..::::::::::.: :.:. .:: :::
CCDS11 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPV---------------VFVTLTC
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AFRYGRDDLEVIGLTFRKDLYVQTLQVVPAESSSPQGPLTVLQERLLHKLGDNAYPFTLQ
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CCDS11 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPP-TRLQDRLLRKLGQHAHPFFFT
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 MVTNLPCSVTLQPGPEDAGKPCGIDFEVKSFCAENPEETVSKRDYVRLVVRKVQFAPPEA
. ::::::::::::::.:: ::.:::...:::.. :: ::. ::::.::::::: .
CCDS11 IPQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKP
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GPGPSAQTIRRFLLSAQPLQLQAWMDREVHYHGEPISVNVSINNCTNKVIKKIKISVDQI
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CCDS11 GPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQY
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 TDVVLYSLDKYTKTVFIQEFTETVAANSSFSQSFAVTPILAASCQKRGLALDGKLKHEDT
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CCDS11 ADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 NLASSTIIRPGMDKELLGILVSYKVRVNLMVSCGGILGDLTASDVGVELPLVLIHPKPSH
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CCDS11 NLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGG--------DVSVELPFVLMHPKPHD
290 300 310 320 330
pF1KB6 EAAR
CCDS11 HIPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQLC
340 350 360 370 380 390
>>CCDS58505.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 1141 init1: 927 opt: 1159 Z-score: 1404.4 bits: 268.6 E(32554): 6.6e-72
Smith-Waterman score: 1276; 54.8% identity (77.8% similar) in 352 aa overlap (2-353:7-334)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSKVFKKTSSNGKLSIYLGKRDFVDHVDTVEPIDGVVLVDPEYFKCRKLFVMLTC
..::::.: : ::..::::::::::.: :.:. .:: :::
CCDS58 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPV---------------VFVTLTC
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AFRYGRDDLEVIGLTFRKDLYVQTLQVVPAESSSPQGPLTVLQERLLHKLGDNAYPFTLQ
::::::.::.:.::.:::::.. : :. : . :. : : ::.:::.:::..:.:: .
CCDS58 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPP-TRLQDRLLRKLGQHAHPFFFT
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 MVTNLPCSVTLQPGPEDAGKPCGIDFEVKSFCAENPEETVSKRDYVRLVVRKVQFAPPEA
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CCDS58 IPQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKP
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GPGPSAQTIRRFLLSAQPLQLQAWMDREVHYHGEPISVNVSINNCTNKVIKKIKISVDQI
:: :::.: :.::.: . :.:.: .:.:..:::::..::: ..: ..:..::::.:: :
CCDS58 GPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQY
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 TDVVLYSLDKYTKTVFIQEFTETVAANSSFSQSFAVTPILAASCQKRGLALDGKLKHEDT
.:. :.: .: : : . :. .:.: . ...::.:. . .:::::::::::::::
CCDS58 ADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDT
230 240 250 260 270 280
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:::::::.. : .::.:::::::.:.:.:.:: :: ::.::::.::.::::
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290 300 310 320 330
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.:. :.: .:
CCDS59 ADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQREGGCQQGGAGNPGVLQGQGEAGGVSRRGCLCGAAFC
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::::::.::.:.::.:::::.. : :. : . :. : : ::.:::.:::..:.:: :
CCDS58 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPP-TRLQDRLLRKLGQHAHPFFFT
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CCDS58 SHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPGPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVN
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220 230 240 250 260 270
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CCDS58 VHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPL
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CCDS58 LSDNREKRGLALDGKLKHEDTNLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGG----
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340 350
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CCDS58 ----DVSVELPFVLMHPKPHDHIPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFED
360 370 380 390 400 410
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CCDS82 MSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVT
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CCDS82 NNSTKTVKKIKVSVRQYADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDN
40 50 60 70 80 90
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]