Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6296
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6296, 792 aa
1>>>pF1KB6296 792 - 792 aa - 792 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2696+/-0.000375; mu= 9.8050+/- 0.023
mean_var=112.1834+/-22.227, 0's: 0 Z-trim(116.0): 128 B-trim: 320 in 3/56
Lambda= 0.121090
statistics sampled from 26710 (26861) to 26710 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.315), width: 16
Scan time: 8.630
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_037452 (OMIM: 607926) host cell factor 2 [Homo ( 792) 5379 951.3 0
XP_016874731 (OMIM: 607926) PREDICTED: host cell f ( 636) 3950 701.6 2.7e-201
XP_016874730 (OMIM: 607926) PREDICTED: host cell f ( 736) 2546 456.3 2.1e-127
NP_005325 (OMIM: 300019,309541) host cell factor 1 (2035) 2005 362.0 1.5e-98
XP_011529450 (OMIM: 300019,309541) PREDICTED: host (2038) 2005 362.0 1.5e-98
XP_011529449 (OMIM: 300019,309541) PREDICTED: host (2039) 2005 362.0 1.5e-98
XP_006724879 (OMIM: 300019,309541) PREDICTED: host (2079) 2005 362.0 1.5e-98
XP_006724878 (OMIM: 300019,309541) PREDICTED: host (2080) 2005 362.0 1.5e-98
XP_016884960 (OMIM: 300019,309541) PREDICTED: host (2013) 2001 361.3 2.4e-98
XP_016884961 (OMIM: 300019,309541) PREDICTED: host (1776) 822 155.3 2.1e-36
XP_016869672 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 241) 213 48.6 3.9e-05
NP_001167624 (OMIM: 605962) rab9 effector protein ( 321) 213 48.6 5e-05
XP_005251698 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 329) 213 48.6 5.1e-05
NP_001401 (OMIM: 604267,614976) multiple epidermal (2778) 227 51.4 6.1e-05
NP_001258867 (OMIM: 604267,614976) multiple epider (2845) 227 51.4 6.3e-05
NP_061867 (OMIM: 609109) F-box only protein 42 [Ho ( 717) 202 46.8 0.00038
XP_006710761 (OMIM: 609109) PREDICTED: F-box only ( 717) 202 46.8 0.00038
XP_016869667 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 318) 190 44.6 0.0008
NP_006758 (OMIM: 600574,615670,616564) leucine-zip ( 840) 197 46.0 0.00081
XP_005251699 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 326) 190 44.6 0.00082
XP_011516422 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 300) 181 43.0 0.0023
XP_016869668 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 305) 181 43.0 0.0023
XP_016869666 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 372) 181 43.1 0.0027
NP_005824 (OMIM: 605962) rab9 effector protein wit ( 372) 181 43.1 0.0027
NP_001167623 (OMIM: 605962) rab9 effector protein ( 372) 181 43.1 0.0027
XP_005251697 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 380) 181 43.1 0.0028
XP_016869669 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 267) 173 41.6 0.0054
XP_016869671 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 267) 173 41.6 0.0054
XP_016869670 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 267) 173 41.6 0.0054
XP_005251701 (OMIM: 605962) PREDICTED: rab9 effect ( 275) 173 41.6 0.0055
XP_016871525 (OMIM: 612869) PREDICTED: attractin-l (1113) 183 43.6 0.0057
XP_011537892 (OMIM: 612869) PREDICTED: attractin-l (1233) 183 43.6 0.0062
XP_011537893 (OMIM: 612869) PREDICTED: attractin-l (1233) 183 43.6 0.0062
XP_011537891 (OMIM: 612869) PREDICTED: attractin-l (1304) 183 43.6 0.0065
XP_011537890 (OMIM: 612869) PREDICTED: attractin-l (1312) 183 43.6 0.0065
XP_016871524 (OMIM: 612869) PREDICTED: attractin-l (1370) 183 43.6 0.0068
NP_997186 (OMIM: 612869) attractin-like protein 1 (1379) 183 43.6 0.0068
XP_016862552 (OMIM: 611909) PREDICTED: fibronectin ( 956) 178 42.7 0.0091
>>NP_037452 (OMIM: 607926) host cell factor 2 [Homo sapi (792 aa)
initn: 5379 init1: 5379 opt: 5379 Z-score: 5082.5 bits: 951.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5379; 100.0% identity (100.0% similar) in 792 aa overlap (1-792:1-792)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELHVYNTATNQWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELHVYNTATNQWF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLWKKVKPHPPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 LPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLWKKVKPHPPPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQHGSGVVGWSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 GLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQHGSGVVGWSIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETMSWSKPETKGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 VTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETMSWSKPETKGT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 VPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLNLDTTEWTTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 VPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLNLDTTEWTTLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLWYLDTEKPPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 SDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLWYLDTEKPPAP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SQVQLIKATTNSFHVKWDEVSTVEGYLLQLSTDLPYQAASSDSSAAPNMQGVRMDPHRQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 SQVQLIKATTNSFHVKWDEVSTVEGYLLQLSTDLPYQAASSDSSAAPNMQGVRMDPHRQG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDFKALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 SNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDFKALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 DMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVSSTVSSTQTMVTQQTIKTESSSTNGAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 DMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVSSTVSSTQTMVTQQTIKTESSSTNGAV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 VKDETSLTTFSTKSEVDETYALPATKISRVETHATATPFSKETPSNPVATVKAGERQWCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 VKDETSLTTFSTKSEVDETYALPATKISRVETHATATPFSKETPSNPVATVKAGERQWCD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 VGIFKNNTALVSQFYLLPKGKQSISKVGNADVPDYSLLKKQDLVPGTGYRFRVAAINGCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 VGIFKNNTALVSQFYLLPKGKQSISKVGNADVPDYSLLKKQDLVPGTGYRFRVAAINGCG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 IGPFSKISEFKTCIPGFPGAPSAVRISKNVEGIHLSWEPPTSPSGNILEYSAYLAIRTAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 IGPFSKISEFKTCIPGFPGAPSAVRISKNVEGIHLSWEPPTSPSGNILEYSAYLAIRTAQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 IQDNPSQLVFMRIYCGLKTSCIVTAGQLANAHIDYTSRPAIVFRISAKNEKGYGPATQVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 IQDNPSQLVFMRIYCGLKTSCIVTAGQLANAHIDYTSRPAIVFRISAKNEKGYGPATQVR
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB6 WLQGNNKKAPLN
::::::::::::
NP_037 WLQGNNKKAPLN
790
>>XP_016874731 (OMIM: 607926) PREDICTED: host cell facto (636 aa)
initn: 3950 init1: 3950 opt: 3950 Z-score: 3734.8 bits: 701.6 E(85289): 2.7e-201
Smith-Waterman score: 3950; 100.0% identity (100.0% similar) in 580 aa overlap (1-580:1-580)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELHVYNTATNQWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELHVYNTATNQWF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLWKKVKPHPPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLWKKVKPHPPPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQHGSGVVGWSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQHGSGVVGWSIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETMSWSKPETKGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETMSWSKPETKGT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 VPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLNLDTTEWTTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLNLDTTEWTTLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLWYLDTEKPPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLWYLDTEKPPAP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SQVQLIKATTNSFHVKWDEVSTVEGYLLQLSTDLPYQAASSDSSAAPNMQGVRMDPHRQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SQVQLIKATTNSFHVKWDEVSTVEGYLLQLSTDLPYQAASSDSSAAPNMQGVRMDPHRQG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDFKALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDFKALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 DMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVSSTVSSTQTMVTQQTIKTESSSTNGAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVSSTVSSTQTMVTQQTIKTESSSTNGAV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 VKDETSLTTFSTKSEVDETYALPATKISRVETHATATPFSKETPSNPVATVKAGERQWCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VKDETSLTTFSTKSEVDETYALPATKISRVETHATATPFSVWRITGISSAKITEFLLVVF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 VGIFKNNTALVSQFYLLPKGKQSISKVGNADVPDYSLLKKQDLVPGTGYRFRVAAINGCG
XP_016 GSRNEPAWNEFFCICSFGASCNVTLKELHFLRESLK
610 620 630
>>XP_016874730 (OMIM: 607926) PREDICTED: host cell facto (736 aa)
initn: 5002 init1: 2532 opt: 2546 Z-score: 2408.2 bits: 456.3 E(85289): 2.1e-127
Smith-Waterman score: 4894; 92.9% identity (92.9% similar) in 792 aa overlap (1-792:1-736)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELHVYNTATNQWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELHVYNTATNQWF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLWKKVKPHPPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLWKKVKPHPPPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQHGSGVVGWSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQHGSGVVGWSIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETMSWSKPETKGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETMSWSKPETKGT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 VPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLNLDTTEWTTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLNLDTTEWTTLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLWYLDTEKPPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLWYLDT------
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SQVQLIKATTNSFHVKWDEVSTVEGYLLQLSTDLPYQAASSDSSAAPNMQGVRMDPHRQG
::::::::::
XP_016 --------------------------------------------------GVRMDPHRQG
360
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDFKALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDFKALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVV
370 380 390 400 410 420
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 DMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVSSTVSSTQTMVTQQTIKTESSSTNGAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVSSTVSSTQTMVTQQTIKTESSSTNGAV
430 440 450 460 470 480
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 VKDETSLTTFSTKSEVDETYALPATKISRVETHATATPFSKETPSNPVATVKAGERQWCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VKDETSLTTFSTKSEVDETYALPATKISRVETHATATPFSKETPSNPVATVKAGERQWCD
490 500 510 520 530 540
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 VGIFKNNTALVSQFYLLPKGKQSISKVGNADVPDYSLLKKQDLVPGTGYRFRVAAINGCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VGIFKNNTALVSQFYLLPKGKQSISKVGNADVPDYSLLKKQDLVPGTGYRFRVAAINGCG
550 560 570 580 590 600
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 IGPFSKISEFKTCIPGFPGAPSAVRISKNVEGIHLSWEPPTSPSGNILEYSAYLAIRTAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IGPFSKISEFKTCIPGFPGAPSAVRISKNVEGIHLSWEPPTSPSGNILEYSAYLAIRTAQ
610 620 630 640 650 660
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 IQDNPSQLVFMRIYCGLKTSCIVTAGQLANAHIDYTSRPAIVFRISAKNEKGYGPATQVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IQDNPSQLVFMRIYCGLKTSCIVTAGQLANAHIDYTSRPAIVFRISAKNEKGYGPATQVR
670 680 690 700 710 720
790
pF1KB6 WLQGNNKKAPLN
::::::::::::
XP_016 WLQGNNKKAPLN
730
>>NP_005325 (OMIM: 300019,309541) host cell factor 1 [Ho (2035 aa)
initn: 2713 init1: 1559 opt: 2005 Z-score: 1890.5 bits: 362.0 E(85289): 1.5e-98
Smith-Waterman score: 2022; 45.1% identity (68.6% similar) in 749 aa overlap (9-705:19-743)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELH
:.:: ...::::: :::::::::.::...::::::::.::::
NP_005 MASAVSPANLPAVLLQPRWKRVVGWSGPVPRPRHGHRAVAIKELIVVFGGGNEGIVDELH
10 20 30 40 50 60
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2010
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