Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6296
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6296, 792 aa
1>>>pF1KB6296 792 - 792 aa - 792 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4359+/-0.000888; mu= 14.9009+/- 0.054
mean_var=92.5861+/-17.974, 0's: 0 Z-trim(108.6): 63 B-trim: 5 in 2/51
Lambda= 0.133291
statistics sampled from 10237 (10293) to 10237 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.316), width: 16
Scan time: 4.140
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9097.1 HCFC2 gene_id:29915|Hs108|chr12 ( 792) 5379 1045.0 0
CCDS44020.1 HCFC1 gene_id:3054|Hs108|chrX (2035) 2005 396.4 2.5e-109
>>CCDS9097.1 HCFC2 gene_id:29915|Hs108|chr12 (792 aa)
initn: 5379 init1: 5379 opt: 5379 Z-score: 5589.1 bits: 1045.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5379; 100.0% identity (100.0% similar) in 792 aa overlap (1-792:1-792)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELHVYNTATNQWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELHVYNTATNQWF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLWKKVKPHPPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 LPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLWKKVKPHPPPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQHGSGVVGWSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 GLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQHGSGVVGWSIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETMSWSKPETKGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 VTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETMSWSKPETKGT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 VPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLNLDTTEWTTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 VPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLNLDTTEWTTLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLWYLDTEKPPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 SDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLWYLDTEKPPAP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SQVQLIKATTNSFHVKWDEVSTVEGYLLQLSTDLPYQAASSDSSAAPNMQGVRMDPHRQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 SQVQLIKATTNSFHVKWDEVSTVEGYLLQLSTDLPYQAASSDSSAAPNMQGVRMDPHRQG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDFKALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 SNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDFKALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 DMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVSSTVSSTQTMVTQQTIKTESSSTNGAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 DMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVSSTVSSTQTMVTQQTIKTESSSTNGAV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 VKDETSLTTFSTKSEVDETYALPATKISRVETHATATPFSKETPSNPVATVKAGERQWCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 VKDETSLTTFSTKSEVDETYALPATKISRVETHATATPFSKETPSNPVATVKAGERQWCD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 VGIFKNNTALVSQFYLLPKGKQSISKVGNADVPDYSLLKKQDLVPGTGYRFRVAAINGCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 VGIFKNNTALVSQFYLLPKGKQSISKVGNADVPDYSLLKKQDLVPGTGYRFRVAAINGCG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 IGPFSKISEFKTCIPGFPGAPSAVRISKNVEGIHLSWEPPTSPSGNILEYSAYLAIRTAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 IGPFSKISEFKTCIPGFPGAPSAVRISKNVEGIHLSWEPPTSPSGNILEYSAYLAIRTAQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 IQDNPSQLVFMRIYCGLKTSCIVTAGQLANAHIDYTSRPAIVFRISAKNEKGYGPATQVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 IQDNPSQLVFMRIYCGLKTSCIVTAGQLANAHIDYTSRPAIVFRISAKNEKGYGPATQVR
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB6 WLQGNNKKAPLN
::::::::::::
CCDS90 WLQGNNKKAPLN
790
>>CCDS44020.1 HCFC1 gene_id:3054|Hs108|chrX (2035 aa)
initn: 2713 init1: 1559 opt: 2005 Z-score: 2076.3 bits: 396.4 E(32554): 2.5e-109
Smith-Waterman score: 2022; 45.1% identity (68.6% similar) in 749 aa overlap (9-705:19-743)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELH
:.:: ...::::: :::::::::.::...::::::::.::::
CCDS44 MASAVSPANLPAVLLQPRWKRVVGWSGPVPRPRHGHRAVAIKELIVVFGGGNEGIVDELH
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 VYNTATNQWFLPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLW
::::::::::.:::::::::::::.::::::::.::::::::::.:::.::::::::: :
CCDS44 VYNTATNQWFIPAVRGDIPPGCAAYGFVCDGTRLLVFGGMVEYGKYSNDLYELQASRWEW
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 KKVKPHPPPSGLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQH
:..: . : .: :::::::::::: ::::::::::::.::: .::.::::::.: :::.
CCDS44 KRLKAKTPKNGPPPCPRLGHSFSLVGNKCYLFGGLANDSEDPKNNIPRYLNDLYILELRP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GSGVVGWSIPVTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETM
:::::.:.::.: ::.: ::::::::.: .::. . :. ..::: : :: ::: ::..:.
CCDS44 GSGVVAWDIPITYGVLPPPRESHTAVVYTEKDNKKSKLVIYGGMSGCRLGDLWTLDIDTL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 SWSKPETKGTVPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLN
.:.:: .:..:::::::.:..::::::.:::::: ...... :. ::.::.... ::
CCDS44 TWNKPSLSGVAPLPRSLHSATTIGNKMYVFGGWVPLVMDDVKVATHEKEWKCTNTLACLN
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 LDTTEWTTLVSDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLW
::: : :.. :. :: . :: :::::::::.::::.:::::::.:: :.::::::::
CCDS44 LDTMAWETILMDTLED---NIPRARAGHCAVAINTRLYIWSGRDGYRKAWNNQVCCKDLW
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB6 YLDTEKPPAPSQVQLIKATTNSFHVKWDEVSTVEGYLLQLST-DLPYQAASSDS------
::.::::: :..:::..:.:::..:.: :.:...:::::. :.: ::.. :
CCDS44 YLETEKPPPPARVQLVRANTNSLEVSWGAVATADSYLLQLQKYDIPATAATATSPTPNPV
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KB6 ---------SAAPNMQGVRMDPHRQGSNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDF
: :: . ..: : . ...:.. ..: . : : . :
CCDS44 PSVPANPPKSPAPAAAAPAVQPLTQVGITLLPQAAPAPPTTTTIQVLPTVPGSSISVPTA
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 KALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVVDMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVS
:.: .... .. .. .: : . . .: : : : :: :.: :..
CCDS44 ARTQGVPAVL--KVTGPQATTGTPLVTM--RPASQAGKAPVTVTSLPAGVRMVVPTQSAQ
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550
pF1KB6 STV--SSTQ---------TMVTQQTIKTESSST------NGAVVKDET---SLTTFSTKS
.:: :: : . .. : : :. : . ..:: . . ::. .
CCDS44 GTVIGSSPQMSGMAALAAAAAATQKIPPSSAPTVLSVPAGTTIVKTMAVTPGTTTLPATV
540 550 560 570 580 590
560 570 580 590 600
pF1KB6 EVDETYAL---PATKISRVETHATATPFSKETPSN--PVATV-KAGE---RQWCDV----
.: . .. :::.. .. . ..: :. : .. :. :: :.: : .:
CCDS44 KVASSPVMVSNPATRMLKTAAAQVGTSVSSATNTSTRPIITVHKSGTVTVAQQAQVVTTV
600 610 620 630 640 650
610 620 630 640 650
pF1KB6 --GIFKNNTALVSQFYLLPKGKQSISKVGNADVPDYSLLKKQDLVPGTGYRFRVAAING-
:. :. : ::.. .: :. ::..:.. .:... . . ...:..:
CCDS44 VGGVTKTIT-LVKSPISVPGGSALISNLGKV----MSVVQTKPV--------QTSAVTGQ
660 670 680 690 700
660 670 680 690 700 710
pF1KB6 CGIGPFSKISEFKTCIPGFPGAPSAVRISKNVEGIHLSWEPPTSPSGNILEYSAYLAIRT
. :: ..: . : .: : . ... ...: . :. ::
CCDS44 ASTGPVTQIIQTKGPLP----AGTILKLVTSADGKPTTIITTTQASGAGTKPTILGISSV
710 720 730 740 750
720 730 740 750 760 770
pF1KB6 AQIQDNPSQLVFMRIYCGLKTSCIVTAGQLANAHIDYTSRPAIVFRISAKNEKGYGPATQ
CCDS44 SPSTTKPGTTTIIKTIPMSAIITQAGATGVTSSPGIKSPITIITTKVMTSGTGAPAKIIT
760 770 780 790 800 810
>--
initn: 832 init1: 444 opt: 822 Z-score: 846.8 bits: 168.9 E(32554): 7.6e-41
Smith-Waterman score: 824; 43.8% identity (71.2% similar) in 306 aa overlap (489-787:1719-2005)
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 DSNAILYPSLASNASNHNSHVVDMLRKNEGPHTSAN-VGVLSSCLDVRTVIPETSVSSTV
: : : .. :.::. ...::
CCDS44 QELAALVQQQQLQEAQAQQQHHHLPTEALAPADSLNDPAIESNCLN--------ELAGTV
1690 1700 1710 1720 1730 1740
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 SSTQTMVTQQTIKTESSSTNGAVVKDETSLTTFSTKSEVDETYALPATKISRVETHATAT
:: ... . ::: . ... : . ... .: .. :. ...: . .
CCDS44 PSTVALL--PSTATESLAPSNTFVAPQPVVVASPAKLQA-------AATLTEVANGIESL
1750 1760 1770 1780 1790
580 590 600 610 620 630
pF1KB6 PFSKETPSNPVATVKAGERQWCDVGIFKNNTALVSQFYLLPKGK-QSISKVGNADVPDYS
. . : : . : :: :::..:.....:....: : : . .:. ::::.
CCDS44 GVKPDLPPPPSKAPMKKENQWFDVGVIKGTNVMVTHYFLPPDDAVPSDDDLGT--VPDYN
1800 1810 1820 1830 1840
640 650 660 670 680 690
pF1KB6 LLKKQDLVPGTGYRFRVAAINGCGIGPFSKISEFKTCIPGFPGAPSAVRISKNVEGIHLS
::::.: :::.:.::::.::.:: ::::.:: ::::.::::::: :..:::. .: ::.
CCDS44 QLKKQELQPGTAYKFRVAGINACGRGPFSEISAFKTCLPGFPGAPCAIKISKSPDGAHLT
1850 1860 1870 1880 1890 1900
700 710 720 730 740 750
pF1KB6 WEPPTSPSGNILEYSAYLAIRTAQI-----QDNPSQLVFMRIYCGLKTSCIVTAGQLANA
::::. ::.:.:::.::::...: ...:.::.:::.::: . ::.: ...:.::
CCDS44 WEPPSVTSGKIIEYSVYLAIQSSQAGGELKSSTPAQLAFMRVYCGPSPSCLVQSSSLSNA
1910 1920 1930 1940 1950 1960
760 770 780 790
pF1KB6 HIDYTSRPAIVFRISAKNEKGYGPATQVRWLQGNNKKAPLN
:::::..:::.:::.:.::::::::::::::: ..:
CCDS44 HIDYTTKPAIIFRIAARNEKGYGPATQVRWLQETSKDSSGTKPANKRPMSSPEMKSAPKK
1970 1980 1990 2000 2010 2020
CCDS44 SKADGQ
2030
792 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 18:40:34 2016 done: Mon Nov 7 18:40:34 2016
Total Scan time: 4.140 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]