Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6288
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6288, 784 aa
1>>>pF1KB6288 784 - 784 aa - 784 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.2643+/-0.000539; mu= -15.7608+/- 0.034
mean_var=721.7074+/-163.001, 0's: 0 Z-trim(119.8): 965 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.047741
statistics sampled from 32830 (34191) to 32830 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.401), width: 16
Scan time: 14.730
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003103 (OMIM: 600540) transcription factor Sp4 ( 784) 5031 362.9 3e-99
NP_001313471 (OMIM: 600540) transcription factor S ( 767) 4932 356.1 3.3e-97
XP_005249885 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 767) 4932 356.1 3.3e-97
XP_011513788 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 711) 4529 328.3 7.2e-89
XP_005249886 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 706) 4500 326.3 2.9e-88
XP_016868046 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 661) 3998 291.7 7.1e-78
XP_011513791 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 562) 3486 256.3 2.6e-67
XP_011513789 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 572) 3478 255.8 3.9e-67
NP_001313472 (OMIM: 600540) transcription factor S ( 471) 3067 227.4 1.1e-58
NP_001238754 (OMIM: 189906) transcription factor S ( 737) 1120 93.5 3.6e-18
XP_011536998 (OMIM: 189906) PREDICTED: transcripti ( 778) 1117 93.3 4.2e-18
NP_003100 (OMIM: 189906) transcription factor Sp1 ( 778) 1117 93.3 4.2e-18
NP_612482 (OMIM: 189906) transcription factor Sp1 ( 785) 1117 93.3 4.3e-18
NP_001017371 (OMIM: 601804) transcription factor S ( 713) 1048 88.5 1.1e-16
NP_001166183 (OMIM: 601804) transcription factor S ( 778) 1048 88.6 1.1e-16
NP_003102 (OMIM: 601804) transcription factor Sp3 ( 781) 1048 88.6 1.1e-16
XP_011523441 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 727) 792 70.9 2.2e-11
XP_011523439 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 768) 787 70.6 2.9e-11
XP_006722086 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 667) 783 70.2 3.2e-11
XP_011523440 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 760) 784 70.4 3.4e-11
XP_006722090 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 782 70.1 3.4e-11
XP_016880458 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 782 70.1 3.4e-11
XP_006722089 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 782 70.1 3.4e-11
XP_006722088 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 782 70.1 3.4e-11
XP_011523445 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 782 70.1 3.4e-11
XP_016880457 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 782 70.1 3.4e-11
XP_011523444 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 782 70.1 3.4e-11
NP_003101 (OMIM: 601801) transcription factor Sp2 ( 613) 781 70.0 3.4e-11
XP_011523438 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 771) 784 70.4 3.4e-11
XP_011523442 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 717) 782 70.2 3.6e-11
XP_011509461 (OMIM: 609391) PREDICTED: transcripti ( 454) 767 68.9 5.4e-11
NP_001003845 (OMIM: 609391) transcription factor S ( 398) 746 67.4 1.4e-10
XP_005246599 (OMIM: 609391) PREDICTED: transcripti ( 442) 746 67.5 1.5e-10
NP_945194 (OMIM: 608306) transcription factor Sp8 ( 490) 663 61.8 8.2e-09
NP_874359 (OMIM: 608306) transcription factor Sp8 ( 508) 663 61.8 8.4e-09
XP_011536202 (OMIM: 606633,613849) PREDICTED: tran ( 413) 618 58.6 6.3e-08
NP_001287766 (OMIM: 606633,613849) transcription f ( 413) 618 58.6 6.3e-08
NP_001166938 (OMIM: 606633,613849) transcription f ( 431) 618 58.6 6.5e-08
NP_690599 (OMIM: 606633,613849) transcription fact ( 431) 618 58.6 6.5e-08
NP_954871 (OMIM: 608613) transcription factor Sp6 ( 376) 582 56.1 3.3e-07
XP_006722178 (OMIM: 608613) PREDICTED: transcripti ( 376) 582 56.1 3.3e-07
NP_001245177 (OMIM: 608613) transcription factor S ( 376) 582 56.1 3.3e-07
NP_057079 (OMIM: 605328,612001) Krueppel-like fact ( 288) 496 50.0 1.7e-05
NP_001027453 (OMIM: 601878) Krueppel-like factor 1 ( 469) 471 48.5 7.6e-05
NP_005646 (OMIM: 601878) Krueppel-like factor 10 i ( 480) 471 48.6 7.7e-05
NP_001197 (OMIM: 602902) Krueppel-like factor 9 [H ( 244) 458 47.3 9.4e-05
NP_114124 (OMIM: 606139) Krueppel-like factor 16 [ ( 252) 451 46.8 0.00013
NP_001171189 (OMIM: 603301,610508) Krueppel-like f ( 495) 452 47.3 0.0002
NP_001171187 (OMIM: 603301,610508) Krueppel-like f ( 495) 452 47.3 0.0002
NP_003588 (OMIM: 603301,610508) Krueppel-like fact ( 512) 452 47.3 0.0002
>>NP_003103 (OMIM: 600540) transcription factor Sp4 isof (784 aa)
initn: 5031 init1: 5031 opt: 5031 Z-score: 1902.8 bits: 362.9 E(85289): 3e-99
Smith-Waterman score: 5031; 100.0% identity (100.0% similar) in 784 aa overlap (1-784:1-784)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSDQKKEEEEEAAAAAAMATEGGKTSEPENNNKKPKTSGSQDSQPSPLALLAATCSKIGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSDQKKEEEEEAAAAAAMATEGGKTSEPENNNKKPKTSGSQDSQPSPLALLAATCSKIGT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PGENQATGQQQIIIDPSQGLVQLQNQPQQLELVTTQLAGNAWQLVASTPPASKENNVSQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PGENQATGQQQIIIDPSQGLVQLQNQPQQLELVTTQLAGNAWQLVASTPPASKENNVSQP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 ASSSSSSSSSNNGSASPTKTKSGNSSTPGQFQVIQVQNPSGSVQYQVIPQLQTVEGQQIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ASSSSSSSSSNNGSASPTKTKSGNSSTPGQFQVIQVQNPSGSVQYQVIPQLQTVEGQQIQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 INPTSSSSLQDLQGQIQLISAGNNQAILTAANRTASGNILAQNLANQTVPVQIRPGVSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 INPTSSSSLQDLQGQIQLISAGNNQAILTAANRTASGNILAQNLANQTVPVQIRPGVSIP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LQLQTLPGTQAQVVTTLPINIGGVTLALPVINNVAAGGGTGQVGQPAATADSGTSNGNQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LQLQTLPGTQAQVVTTLPINIGGVTLALPVINNVAAGGGTGQVGQPAATADSGTSNGNQL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 VSTPTNTTTSASTMPESPSSSTTCTTTASTSLTSSDTLVSSADTGQYASTSASSSERTIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VSTPTNTTTSASTMPESPSSSTTCTTTASTSLTSSDTLVSSADTGQYASTSASSSERTIE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ESQTPAATESEAQSSSQLQPNGMQNAQDQSNSLQQVQIVGQPILQQIQIQQPQQQIIQAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ESQTPAATESEAQSSSQLQPNGMQNAQDQSNSLQQVQIVGQPILQQIQIQQPQQQIIQAI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PPQSFQLQSGQTIQTIQQQPLQNVQLQAVNPTQVLIRAPTLTPSGQISWQTVQVQNIQSL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 SNLQVQNAGLSQQLTITPVSSSGGTTLAQIAPVAVAGAPITLNTAQLASVPNLQTVSVAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SNLQVQNAGLSQQLTITPVSSSGGTTLAQIAPVAVAGAPITLNTAQLASVPNLQTVSVAN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 LGAAGVQVQGVPVTITSVAGQQQGQDGVKVQQATIAPVTVAVGGIANATIGAVSPDQLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LGAAGVQVQGVPVTITSVAGQQQGQDGVKVQQATIAPVTVAVGGIANATIGAVSPDQLTQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 VHLQQGQQTSDQEVQPGKRLRRVACSCPNCREGEGRGSNEPGKKKQHICHIEGCGKVYGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VHLQQGQQTSDQEVQPGKRLRRVACSCPNCREGEGRGSNEPGKKKQHICHIEGCGKVYGK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 TSHLRAHLRWHTGERPFICNWMFCGKRFTRSDELQRHRRTHTGEKRFECPECSKRFMRSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TSHLRAHLRWHTGERPFICNWMFCGKRFTRSDELQRHRRTHTGEKRFECPECSKRFMRSD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 HLSKHVKTHQNKKGGGTALAIVTSGELDSSVTEVLGSPRIVTVAAISQDSNPATPNVSTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HLSKHVKTHQNKKGGGTALAIVTSGELDSSVTEVLGSPRIVTVAAISQDSNPATPNVSTN
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 MEEF
::::
NP_003 MEEF
>>NP_001313471 (OMIM: 600540) transcription factor Sp4 i (767 aa)
initn: 4932 init1: 4932 opt: 4932 Z-score: 1866.1 bits: 356.1 E(85289): 3.3e-97
Smith-Waterman score: 4932; 100.0% identity (100.0% similar) in 767 aa overlap (18-784:1-767)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSDQKKEEEEEAAAAAAMATEGGKTSEPENNNKKPKTSGSQDSQPSPLALLAATCSKIGT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MATEGGKTSEPENNNKKPKTSGSQDSQPSPLALLAATCSKIGT
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70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGENQATGQQQIIIDPSQGLVQLQNQPQQLELVTTQLAGNAWQLVASTPPASKENNVSQP
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pF1KB6 ASSSSSSSSSNNGSASPTKTKSGNSSTPGQFQVIQVQNPSGSVQYQVIPQLQTVEGQQIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASSSSSSSSSNNGSASPTKTKSGNSSTPGQFQVIQVQNPSGSVQYQVIPQLQTVEGQQIQ
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pF1KB6 INPTSSSSLQDLQGQIQLISAGNNQAILTAANRTASGNILAQNLANQTVPVQIRPGVSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 INPTSSSSLQDLQGQIQLISAGNNQAILTAANRTASGNILAQNLANQTVPVQIRPGVSIP
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pF1KB6 LQLQTLPGTQAQVVTTLPINIGGVTLALPVINNVAAGGGTGQVGQPAATADSGTSNGNQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LQLQTLPGTQAQVVTTLPINIGGVTLALPVINNVAAGGGTGQVGQPAATADSGTSNGNQL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 VSTPTNTTTSASTMPESPSSSTTCTTTASTSLTSSDTLVSSADTGQYASTSASSSERTIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSTPTNTTTSASTMPESPSSSTTCTTTASTSLTSSDTLVSSADTGQYASTSASSSERTIE
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pF1KB6 ESQTPAATESEAQSSSQLQPNGMQNAQDQSNSLQQVQIVGQPILQQIQIQQPQQQIIQAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ESQTPAATESEAQSSSQLQPNGMQNAQDQSNSLQQVQIVGQPILQQIQIQQPQQQIIQAI
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pF1KB6 PPQSFQLQSGQTIQTIQQQPLQNVQLQAVNPTQVLIRAPTLTPSGQISWQTVQVQNIQSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPQSFQLQSGQTIQTIQQQPLQNVQLQAVNPTQVLIRAPTLTPSGQISWQTVQVQNIQSL
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pF1KB6 SNLQVQNAGLSQQLTITPVSSSGGTTLAQIAPVAVAGAPITLNTAQLASVPNLQTVSVAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SNLQVQNAGLSQQLTITPVSSSGGTTLAQIAPVAVAGAPITLNTAQLASVPNLQTVSVAN
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pF1KB6 LGAAGVQVQGVPVTITSVAGQQQGQDGVKVQQATIAPVTVAVGGIANATIGAVSPDQLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LGAAGVQVQGVPVTITSVAGQQQGQDGVKVQQATIAPVTVAVGGIANATIGAVSPDQLTQ
530 540 550 560 570 580
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pF1KB6 VHLQQGQQTSDQEVQPGKRLRRVACSCPNCREGEGRGSNEPGKKKQHICHIEGCGKVYGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VHLQQGQQTSDQEVQPGKRLRRVACSCPNCREGEGRGSNEPGKKKQHICHIEGCGKVYGK
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 TSHLRAHLRWHTGERPFICNWMFCGKRFTRSDELQRHRRTHTGEKRFECPECSKRFMRSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSHLRAHLRWHTGERPFICNWMFCGKRFTRSDELQRHRRTHTGEKRFECPECSKRFMRSD
650 660 670 680 690 700
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 HLSKHVKTHQNKKGGGTALAIVTSGELDSSVTEVLGSPRIVTVAAISQDSNPATPNVSTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLSKHVKTHQNKKGGGTALAIVTSGELDSSVTEVLGSPRIVTVAAISQDSNPATPNVSTN
710 720 730 740 750 760
pF1KB6 MEEF
::::
NP_001 MEEF
>>XP_005249885 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcription f (767 aa)
initn: 4932 init1: 4932 opt: 4932 Z-score: 1866.1 bits: 356.1 E(85289): 3.3e-97
Smith-Waterman score: 4932; 100.0% identity (100.0% similar) in 767 aa overlap (18-784:1-767)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSDQKKEEEEEAAAAAAMATEGGKTSEPENNNKKPKTSGSQDSQPSPLALLAATCSKIGT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MATEGGKTSEPENNNKKPKTSGSQDSQPSPLALLAATCSKIGT
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PGENQATGQQQIIIDPSQGLVQLQNQPQQLELVTTQLAGNAWQLVASTPPASKENNVSQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PGENQATGQQQIIIDPSQGLVQLQNQPQQLELVTTQLAGNAWQLVASTPPASKENNVSQP
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 ASSSSSSSSSNNGSASPTKTKSGNSSTPGQFQVIQVQNPSGSVQYQVIPQLQTVEGQQIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ASSSSSSSSSNNGSASPTKTKSGNSSTPGQFQVIQVQNPSGSVQYQVIPQLQTVEGQQIQ
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pF1KB6 INPTSSSSLQDLQGQIQLISAGNNQAILTAANRTASGNILAQNLANQTVPVQIRPGVSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 INPTSSSSLQDLQGQIQLISAGNNQAILTAANRTASGNILAQNLANQTVPVQIRPGVSIP
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pF1KB6 LQLQTLPGTQAQVVTTLPINIGGVTLALPVINNVAAGGGTGQVGQPAATADSGTSNGNQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LQLQTLPGTQAQVVTTLPINIGGVTLALPVINNVAAGGGTGQVGQPAATADSGTSNGNQL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 VSTPTNTTTSASTMPESPSSSTTCTTTASTSLTSSDTLVSSADTGQYASTSASSSERTIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VSTPTNTTTSASTMPESPSSSTTCTTTASTSLTSSDTLVSSADTGQYASTSASSSERTIE
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ESQTPAATESEAQSSSQLQPNGMQNAQDQSNSLQQVQIVGQPILQQIQIQQPQQQIIQAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ESQTPAATESEAQSSSQLQPNGMQNAQDQSNSLQQVQIVGQPILQQIQIQQPQQQIIQAI
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 PPQSFQLQSGQTIQTIQQQPLQNVQLQAVNPTQVLIRAPTLTPSGQISWQTVQVQNIQSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PPQSFQLQSGQTIQTIQQQPLQNVQLQAVNPTQVLIRAPTLTPSGQISWQTVQVQNIQSL
410 420 430 440 450 460
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XP_016 F
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VSTPTNTTTSASTMPESPSSSTTCTTTASTSLTSSDTLVSSADTGQYASTSASSSERTIE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ESQTPAATESEAQSSSQLQPNGMQNAQDQSNSLQQVQIVGQPILQQIQIQQPQQQIIQAI
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XP_011 PPQSFQLQSGQTIQTIQQQPLQNVQLQAVNPTQVLIRAPTLTPSGQISWQTVQVQNIQSL
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pF1KB6 SNLQVQNAGLSQQLTITPVSSSGGTTLAQIAPVAVAGAPITLNTAQLASVPNLQTVSVAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SNLQVQNAGLSQQLTITPVSSSGGTTLAQIAPVAVAGAPITLNTAQLASVPNLQTVSVAN
490 500 510 520 530 540
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XP_011 LGAAGVQVQGVPVTITSVAGLT
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pF1KB6 MSDQKKEEEEEAAAAAAMATEGGKTSEPENNNKKPKTSGSQDSQPSPLALLAATCSKIGT
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XP_011 MSDQKKEEEEEAAAAAAMATEGGKTSEPENNNKKPKTSGSQDSQPSPLALLAATCSKIGT
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pF1KB6 PGENQATGQQQIIIDPSQGLVQLQNQPQQLELVTTQLAGNAWQLVASTPPASKENNVSQP
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XP_011 PGENQATGQQQIIIDPSQGLVQLQNQPQQLELVTTQLAGNAWQLVASTPPASKENNVSQP
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XP_011 ASSSSSSSSSNNGSASPTKTKSGNSSTPGQFQVIQVQNPSGSVQYQVIPQLQTVEGQQIQ
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pF1KB6 INPTSSSSLQDLQGQIQLISAGNNQAILTAANRTASGNILAQNLANQTVPVQIRPGVSIP
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XP_011 INPTSSSSLQDLQGQIQLISAGNNQAILTAANRTASGNILAQNLANQTVPVQIRPGVSIP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VSTPTNTTTSASTMPESPSSSTTCTTTASTSLTSSDTLVSSADTGQYASTSASSSERTIE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ESQTPAATESEAQSSSQLQPNGMQNAQDQSNSLQQVQIVGQPILQQIQIQQPQQQIIQAI
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XP_011 PPQSFQLQSGQTIQTIQQQPLQNVQLQAVNPTQVLIRAPTLTPSGQISWQTVQVQNIQSL
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NP_001 TNGSNGSESSKNRTVSGGQYVVAAAPNLQNQQVLTGLPGVMPNIQYQVIPQFQTVDGQQL
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NP_001 QFAATGAQVQQDGSGQIQIIP-GANQQIIT--NRGSGGNIIAAMPNLLQQAVPLQ---G-
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]