Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6282
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6282, 781 aa
1>>>pF1KB6282 781 - 781 aa - 781 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6049+/-0.00106; mu= 12.3281+/- 0.064
mean_var=175.9497+/-34.899, 0's: 0 Z-trim(110.0): 28 B-trim: 62 in 1/51
Lambda= 0.096690
statistics sampled from 11296 (11309) to 11296 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.693), E-opt: 0.2 (0.347), width: 16
Scan time: 4.550
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1961.1 GCFC2 gene_id:6936|Hs108|chr2 ( 781) 5083 721.8 1e-207
CCDS62943.1 GCFC2 gene_id:6936|Hs108|chr2 ( 215) 1358 201.7 1e-51
CCDS13619.1 PAXBP1 gene_id:94104|Hs108|chr21 ( 917) 1169 175.9 2.6e-43
CCDS33541.1 PAXBP1 gene_id:94104|Hs108|chr21 ( 815) 925 141.8 4.2e-33
>>CCDS1961.1 GCFC2 gene_id:6936|Hs108|chr2 (781 aa)
initn: 5083 init1: 5083 opt: 5083 Z-score: 3842.8 bits: 721.8 E(32554): 1e-207
Smith-Waterman score: 5083; 99.6% identity (100.0% similar) in 781 aa overlap (1-781:1-781)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAHRPKRTFRQRAADSSDSDGAEESPAEPGAPRELPVPGSAEEEPPSGGGRAQVAGLPHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 MAHRPKRTFRQRAADSSDSDGAEESPAEPGAPRELPVPGSAEEEPPSGGGRAQVAGLPHR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 IRGPRGRGRVWASSRRATKAAPRADEGSESRTLDVSTDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDSS
.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 VRGPRGRGRVWASSRRATKAAPRADEGSESRTLDVSTDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDSS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SSLGEKELSSTVKIPDAAFIQAARRKRELARAQDDYISLDVQHTSSISGMKRESEDDPES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 SSLGEKELSSTVKIPDAAFIQAARRKRELARAQDDYISLDVQHTSSISGMKRESEDDPES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 EPDDHEKRIPFTLRPQTLRQRMAEESISRNEETSEESQEDEKQDTWEQQQMRKAVKIIEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 EPDDHEKRIPFTLRPQTLRQRMAEESISRNEETSEESQEDEKQDTWEQQQMRKAVKIIEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RDIDLSCGSGSSKVKKFDTSISFPPVNLEIIKKQLNTRLTLLQETHRSHLREYEKYVQDV
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 RDIDLSCGNGSSKVKKFDTSISFPPVNLEIIKKQLNTRLTLLQETHRSHLREYEKYVQDV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 KSSKSTIQNLESSSNQALNCKFYKSMKIYVENLIDCLNEKIINIQEIESSMHALLLKQAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 KSSKSTIQNLESSSNQALNCKFYKSMKIYVENLIDCLNEKIINIQEIESSMHALLLKQAM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TFMKRRQDELKHESTYLQQLSRKDETSTSGNFSVDEKTQWILEEIESRRTKRRQARVLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 TFMKRRQDELKHESTYLQQLSRKDETSTSGNFSVDEKTQWILEEIESRRTKRRQARVLSG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 NCNHQEGTSSDDELPSAEMIDFQKSQGDILQKQKKVFEEVQDDFCNIQNILLKFQQWREK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 NCNHQEGTSSDDELPSAEMIDFQKSQGDILQKQKKVFEEVQDDFCNIQNILLKFQQWREK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 FPDSYYEAFISLCIPKLLNPLIRVQLIDWNPLKLESTGLKEMPWFKSVEEFMDSSVEDSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 FPDSYYEAFISLCIPKLLNPLIRVQLIDWNPLKLESTGLKEMPWFKSVEEFMDSSVEDSK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 KESSSDKKVLSAIINKTIIPRLTDFVEFLWDPLSTSQTTSLITHCRVILEEHSACENEVS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS19 KESSSDKKVLSAIINKTIIPRLTDFVEFLWDPLSTSQTTSLITHCRVILEEHSTCENEVS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 KSRQDLLKSIVSRMKKAVEDDVFIPLYPKSAVENKTSPHSKFQERQFWSGLKLFRNILLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 KSRQDLLKSIVSRMKKAVEDDVFIPLYPKSAVENKTSPHSKFQERQFWSGLKLFRNILLW
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 NGLLTDDTLQELGLGKLLNRYLIIALLNATPGPDVVKKCNQVAACLPEKWFENSAMRTSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 NGLLTDDTLQELGLGKLLNRYLIIALLNATPGPDVVKKCNQVAACLPEKWFENSAMRTSI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 PQLENFIQFLLQSAHKLSRSEFRDEVEEIILILVKIKALNQAESFIGEHHLDHLKSLIKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 PQLENFIQFLLQSAHKLSRSEFRDEVEEIILILVKIKALNQAESFIGEHHLDHLKSLIKE
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 D
:
CCDS19 D
>>CCDS62943.1 GCFC2 gene_id:6936|Hs108|chr2 (215 aa)
initn: 1358 init1: 1358 opt: 1358 Z-score: 1041.9 bits: 201.7 E(32554): 1e-51
Smith-Waterman score: 1358; 99.5% identity (100.0% similar) in 206 aa overlap (1-206:1-206)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAHRPKRTFRQRAADSSDSDGAEESPAEPGAPRELPVPGSAEEEPPSGGGRAQVAGLPHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 MAHRPKRTFRQRAADSSDSDGAEESPAEPGAPRELPVPGSAEEEPPSGGGRAQVAGLPHR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 IRGPRGRGRVWASSRRATKAAPRADEGSESRTLDVSTDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDSS
.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 VRGPRGRGRVWASSRRATKAAPRADEGSESRTLDVSTDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDSS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SSLGEKELSSTVKIPDAAFIQAARRKRELARAQDDYISLDVQHTSSISGMKRESEDDPES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 SSLGEKELSSTVKIPDAAFIQAARRKRELARAQDDYISLDVQHTSSISGMKRESEDDPES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 EPDDHEKRIPFTLRPQTLRQRMAEESISRNEETSEESQEDEKQDTWEQQQMRKAVKIIEE
::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 EPDDHEKRIPFTLRPQTLRQRMAEESSMDLPIYED
190 200 210
>>CCDS13619.1 PAXBP1 gene_id:94104|Hs108|chr21 (917 aa)
initn: 1482 init1: 549 opt: 1169 Z-score: 891.1 bits: 175.9 E(32554): 2.6e-43
Smith-Waterman score: 1450; 34.1% identity (68.2% similar) in 742 aa overlap (95-779:179-915)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RGRGRVWASSRRATKAAPRADEGSESRTLDVSTDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDS-SSSL
.: ::.. ::..... .. . :..:
CCDS13 KTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIISEHGEDEMDMESEKEEEKPKTGGAFSNAL
150 160 170 180 190 200
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GEKELSSTVKIPDAAFIQAARRKRELARAQDDYISLDVQHTSSISGMKRESEDDPESEPD
. .. .:::::::.:::.::..:: :. : . . . . ::.:.: .. :
CCDS13 SSLNVLRPGEIPDAAFIHAARKKRQMARELGDFTPHD--NEPGKGRLVREDENDASDDED
210 220 230 240 250 260
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DHEKR-IPFTLRPQTLRQRMAEE-SI-SRNEETSEESQEDEKQDTWEQQQMRKAVKIIEE
: ::: : :... .. ::..::: .: . .... ...::. . :::.:.::...: .
CCDS13 DDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDALVTGEQDEELSRWEQEQIRKGINIPQV
270 280 290 300 310 320
250 260
pF1KB6 R-----DIDL----------------------SCGSGSSKVKKFDTSISF--P-----PV
. .... . ::...: .: :... : : ::
CCDS13 QASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAYGSSDAKSQKTDNTVPFKTPSNEMTPV
330 340 350 360 370 380
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 NLEIIKKQLNTRLTLLQETHRSHLREYEKYVQDVKSSKSTIQNLESSSNQ-ALNCKFYKS
.....::::. :: ..: :... ...::..:. .: .:. ::.::. . :: .
CCDS13 TIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSRVDSTRAIERLEGSSGGIGERYKFLQE
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 MKIYVENLIDCLNEKIINIQEIESSMHALLLKQAMTFMKRRQDELKHESTYLQQLSRKDE
:. ::..:..:..::. :.:.::..: : ..: ...::::..: ::. ... : :
CCDS13 MRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRASRLVQRRQDDIKDESSEFSSHSNKAL
450 460 470 480 490 500
390 400 410 420 430
pF1KB6 TSTS-GNFSVD-----EKTQWILEEIESRRTKRRQARVLSGN-CNHQEGTSSDDELPSAE
. . .:. : :... . : :.:::.::::: .:. .: :: ::::: :..
CCDS13 MAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRRQAREQTGKMADHLEGLSSDDEETSTD
510 520 530 540 550 560
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 MIDFQKSQGDILQKQKKVFEEVQDDFCNIQNILLKFQQWREKFPDSYYEAFISLCIPKLL
. .:. . : ... ::::.: ..: .:. : .:. :: :. :: .:.:.::.:::.
CCDS13 ITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKSQFEAWRSKYYTSYKDAYIGLCLPKLF
570 580 590 600 610 620
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 NPLIRVQLIDWNPLKLESTGLKEMPWFKSVEEFMDSSVEDSKKESSS-DKKVLSAIINKT
:::::.::. :.::. . ...: ::.:. . . :. ..:... : .: .:..:.
CCDS13 NPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFY---GCEEREQEKDDVDVALLPTIVEKV
630 640 650 660 670 680
560 570 580 590 600 610
pF1KB6 IIPRLTDFVEFLWDPLSTSQTTSLITHCRVILEEHSACENEVSKSRQDLLKSIVSRMKKA
:.:.:: ..: .:::.::.::. .. ... . . : .:. : ::... ::...
CCDS13 ILPKLTVIAENMWDPFSTTQTSRMVGITLKLINGYPSVVNAENKNTQVYLKALLLRMRRT
690 700 710 720 730 740
620 630 640 650 660 670
pF1KB6 VEDDVFIPLYPKSAVENKTSPHSKFQERQFWSGLKLFRNILLWNGLLTDDTLQELGLGKL
..::::.:::::...:::.: : .:::::..::. :.: : :.... :::::.. :
CCDS13 LDDDVFMPLYPKNVLENKNSGPYLFFQRQFWSSVKLLGNFLQWYGIFSNKTLQELSIDGL
750 760 770 780 790 800
680 690 700 710 720 730
pF1KB6 LNRYLIIALLNATPGPDVVKKCNQVAACLPEKWFENSAMRTSIPQLENFIQFLLQSAHKL
::::...:. :. : : .:: ..: :.:..:: : . .: ::::: ..:.. : .
CCDS13 LNRYILMAFQNSEYGDDSIKKAQNVINCFPKQWFMNLKGERTISQLENFCRYLVHLADTI
810 820 830 840 850 860
740 750 760 770 780
pF1KB6 SRSEF----------RDEVEEIILILVKIKALNQAESFIGEHHLDHLKSLIKED
:. . :.....:. .:....::..: : ..:.. ..::::.
CCDS13 YRNSIGCSDVEKRNARENIKQIVKLLASVRALDHAMSVASDHNVKEFKSLIEGK
870 880 890 900 910
>>CCDS33541.1 PAXBP1 gene_id:94104|Hs108|chr21 (815 aa)
initn: 1189 init1: 324 opt: 925 Z-score: 707.9 bits: 141.8 E(32554): 4.2e-33
Smith-Waterman score: 1146; 33.7% identity (67.9% similar) in 608 aa overlap (95-655:179-781)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 RGRGRVWASSRRATKAAPRADEGSESRTLDVSTDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDS-SSSL
.: ::.. ::..... .. . :..:
CCDS33 KTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIISEHGEDEMDMESEKEEEKPKTGGAFSNAL
150 160 170 180 190 200
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GEKELSSTVKIPDAAFIQAARRKRELARAQDDYISLDVQHTSSISGMKRESEDDPESEPD
. .. .:::::::.:::.::..:: :. : . . . . ::.:.: .. :
CCDS33 SSLNVLRPGEIPDAAFIHAARKKRQMARELGDFTPHD--NEPGKGRLVREDENDASDDED
210 220 230 240 250 260
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DHEKR-IPFTLRPQTLRQRMAEE-SI-SRNEETSEESQEDEKQDTWEQQQMRKAVKIIEE
: ::: : :... .. ::..::: .: . .... ...::. . :::.:.::...: .
CCDS33 DDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDALVTGEQDEELSRWEQEQIRKGINIPQV
270 280 290 300 310 320
250 260
pF1KB6 R-----DIDL----------------------SCGSGSSKVKKFDTSISF--P-----PV
. .... . ::...: .: :... : : ::
CCDS33 QASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAYGSSDAKSQKTDNTVPFKTPSNEMTPV
330 340 350 360 370 380
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 NLEIIKKQLNTRLTLLQETHRSHLREYEKYVQDVKSSKSTIQNLESSSNQ-ALNCKFYKS
.....::::. :: ..: :... ...::..:. .: .:. ::.::. . :: .
CCDS33 TIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSRVDSTRAIERLEGSSGGIGERYKFLQE
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 MKIYVENLIDCLNEKIINIQEIESSMHALLLKQAMTFMKRRQDELKHESTYLQQLSRKDE
:. ::..:..:..::. :.:.::..: : ..: ...::::..: ::. ... : :
CCDS33 MRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRASRLVQRRQDDIKDESSEFSSHSNKAL
450 460 470 480 490 500
390 400 410 420 430
pF1KB6 TSTS-GNFSVD-----EKTQWILEEIESRRTKRRQARVLSGN-CNHQEGTSSDDELPSAE
. . .:. : :... . : :.:::.::::: .:. .: :: ::::: :..
CCDS33 MAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRRQAREQTGKMADHLEGLSSDDEETSTD
510 520 530 540 550 560
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 MIDFQKSQGDILQKQKKVFEEVQDDFCNIQNILLKFQQWREKFPDSYYEAFISLCIPKLL
. .:. . : ... ::::.: ..: .:. : .:. :: :. :: .:.:.::.:::.
CCDS33 ITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKSQFEAWRSKYYTSYKDAYIGLCLPKLF
570 580 590 600 610 620
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 NPLIRVQLIDWNPLKLESTGLKEMPWFKSVEEFMDSSVEDSKKESSS-DKKVLSAIINKT
:::::.::. :.::. . ...: ::.:. . . :. ..:... : .: .:..:.
CCDS33 NPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFY---GCEEREQEKDDVDVALLPTIVEKV
630 640 650 660 670 680
560 570 580 590 600 610
pF1KB6 IIPRLTDFVEFLWDPLSTSQTTSLITHCRVILEEHSACENEVSKSRQDLLKSIVSRMKKA
:.:.:: ..: .:::.::.::. .. ... . . : .:. : ::... ::...
CCDS33 ILPKLTVIAENMWDPFSTTQTSRMVGITLKLINGYPSVVNAENKNTQVYLKALLLRMRRT
690 700 710 720 730 740
620 630 640 650 660 670
pF1KB6 VEDDVFIPLYPKSAVENKTSPHSKFQERQFWSGLKLFRNILLWNGLLTDDTLQELGLGKL
..::::.:::::...:::.: : .:::::..:...
CCDS33 LDDDVFMPLYPKNVLENKNSGPYLFFQRQFWSSVKVIKPPFQRGSCPIPRRKECCSERPR
750 760 770 780 790 800
680 690 700 710 720 730
pF1KB6 LNRYLIIALLNATPGPDVVKKCNQVAACLPEKWFENSAMRTSIPQLENFIQFLLQSAHKL
CCDS33 RIWTDRPCVVFS
810
781 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 05:23:18 2016 done: Sun Nov 6 05:23:19 2016
Total Scan time: 4.550 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]