Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6270
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6270, 772 aa
1>>>pF1KB6270 772 - 772 aa - 772 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5593+/-0.000321; mu= 6.3442+/- 0.020
mean_var=185.2493+/-36.957, 0's: 0 Z-trim(121.8): 168 B-trim: 14 in 1/55
Lambda= 0.094231
statistics sampled from 38824 (38997) to 38824 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.457), width: 16
Scan time: 12.750
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056293 (OMIM: 608802) lethal(3)malignant brain ( 772) 5496 759.7 1e-218
NP_115479 (OMIM: 608802) lethal(3)malignant brain ( 840) 5301 733.2 1e-210
NP_001317488 (OMIM: 617135) lethal(3)malignant bra ( 614) 1916 273.0 2.7e-72
XP_011524062 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 642) 1916 273.0 2.8e-72
XP_011524064 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 567) 1663 238.5 5.8e-62
XP_011524065 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 521) 1657 237.7 9.5e-62
NP_775735 (OMIM: 617135) lethal(3)malignant brain ( 623) 1658 237.9 1e-61
XP_011524063 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 623) 1658 237.9 1e-61
XP_011524060 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 651) 1658 237.9 1e-61
XP_011524059 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 651) 1658 237.9 1e-61
XP_011524061 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 651) 1658 237.9 1e-61
XP_006722427 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 485) 1655 237.4 1.1e-61
XP_011524067 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 497) 1655 237.4 1.1e-61
XP_016881565 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 488) 1653 237.1 1.3e-61
XP_016881564 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 488) 1653 237.1 1.3e-61
XP_016881563 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 574) 1653 237.2 1.5e-61
XP_016881566 (OMIM: 617135) PREDICTED: lethal(3)ma ( 370) 1594 229.0 2.7e-59
XP_016884468 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 495) 703 108.0 1e-22
XP_016884467 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 495) 703 108.0 1e-22
XP_016884466 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 595) 703 108.0 1.2e-22
XP_011528723 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 614) 703 108.1 1.2e-22
XP_016884465 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 621) 703 108.1 1.2e-22
XP_011528722 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 687) 703 108.1 1.3e-22
NP_113676 (OMIM: 611865) lethal(3)malignant brain ( 705) 703 108.1 1.3e-22
XP_016884469 (OMIM: 611865) PREDICTED: lethal(3)ma ( 408) 693 106.6 2.2e-22
XP_006724521 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 609) 611 95.5 6.9e-19
XP_016884710 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 609) 611 95.5 6.9e-19
XP_016884709 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 700) 611 95.6 7.8e-19
XP_016884708 (OMIM: 300208) PREDICTED: sex comb on ( 700) 611 95.6 7.8e-19
NP_006080 (OMIM: 300208) sex comb on midleg-like p ( 700) 611 95.6 7.8e-19
XP_011539335 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 660) 584 91.9 9.4e-18
NP_001026864 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 660) 584 91.9 9.4e-18
XP_011539342 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 523) 582 91.6 9.4e-18
XP_011539341 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 550) 582 91.6 9.8e-18
XP_016856187 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 618) 582 91.6 1.1e-17
XP_011539336 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 621) 582 91.6 1.1e-17
NP_001165690 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 648) 582 91.6 1.1e-17
XP_006710525 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 670) 582 91.6 1.2e-17
XP_011539334 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 670) 582 91.6 1.2e-17
XP_016856189 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 564) 529 84.4 1.5e-15
NP_036368 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 is ( 591) 529 84.4 1.5e-15
XP_011539337 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 613) 529 84.4 1.6e-15
XP_016856200 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 457) 501 80.5 1.7e-14
XP_016856201 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 457) 501 80.5 1.7e-14
XP_016856197 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 479) 501 80.5 1.8e-14
NP_001165691 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 577) 501 80.6 2.1e-14
NP_001165689 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 577) 501 80.6 2.1e-14
XP_011539338 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 599) 501 80.6 2.2e-14
NP_001165692 (OMIM: 616396) polycomb protein SCMH1 ( 599) 501 80.6 2.2e-14
XP_016856188 (OMIM: 616396) PREDICTED: polycomb pr ( 599) 501 80.6 2.2e-14
>>NP_056293 (OMIM: 608802) lethal(3)malignant brain tumo (772 aa)
initn: 5496 init1: 5496 opt: 5496 Z-score: 4047.6 bits: 759.7 E(85289): 1e-218
Smith-Waterman score: 5496; 99.9% identity (100.0% similar) in 772 aa overlap (1-772:1-772)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MRRREGHGTDSEMGQGPVRESQSSDPPALQFRISEYKPLNMAGVEQPPTPELRQEGVTEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
NP_056 MRRREGHGTDSEMGQGPVRESQSSDPPALQFRISEYKPLNMAGVEQPPSPELRQEGVTEY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EDGGAPAGDGEAGPQQAEDHPQNPPEDPNQDPPEDDSTCQCQACGPHQAAGPDLGSSNDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EDGGAPAGDGEAGPQQAEDHPQNPPEDPNQDPPEDDSTCQCQACGPHQAAGPDLGSSNDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CPQLFQERSVIVENSSGSTSASELLKPMKKRKRREYQSPSEEESEPEAMEKQEEGKDPEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 CPQLFQERSVIVENSSGSTSASELLKPMKKRKRREYQSPSEEESEPEAMEKQEEGKDPEG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 QPTASTPESEEWSSSQPATGEKKECWSWESYLEEQKAITAPVSLFQDSQAVTHNKNGFKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QPTASTPESEEWSSSQPATGEKKECWSWESYLEEQKAITAPVSLFQDSQAVTHNKNGFKL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 GMKLEGIDPQHPSMYFILTVAEVCGYRLRLHFDGYSECHDFWVNANSPDIHPAGWFEKTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GMKLEGIDPQHPSMYFILTVAEVCGYRLRLHFDGYSECHDFWVNANSPDIHPAGWFEKTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 HKLQPPKGYKEEEFSWSQYLRSTRAQAAPKHLFVSQSHSPPPLGFQVGMKLEAVDRMNPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HKLQPPKGYKEEEFSWSQYLRSTRAQAAPKHLFVSQSHSPPPLGFQVGMKLEAVDRMNPS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LVCVASVTDVVDSRFLVHFDNWDDTYDYWCDPSSPYIHPVGWCQKQGKPLTPPQDYPDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LVCVASVTDVVDSRFLVHFDNWDDTYDYWCDPSSPYIHPVGWCQKQGKPLTPPQDYPDPD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 NFCWEKYLEETGASAVPTWAFKVRPPHSFLVNMKLEAVDRRNPALIRVASVEDVEDHRIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 NFCWEKYLEETGASAVPTWAFKVRPPHSFLVNMKLEAVDRRNPALIRVASVEDVEDHRIK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 IHFDGWSHGYDFWIDADHPDIHPAGWCSKTGHPLQPPLGPREPSSASPGGCPPLSYRSLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 IHFDGWSHGYDFWIDADHPDIHPAGWCSKTGHPLQPPLGPREPSSASPGGCPPLSYRSLP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 HTRTSKYSFHHRKCPTPGCDGSGHVTGKFTAHHCLSGCPLAERNQSRLKAELSDSEASAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HTRTSKYSFHHRKCPTPGCDGSGHVTGKFTAHHCLSGCPLAERNQSRLKAELSDSEASAR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 KKNLSGFSPRKKPRHHGRIGRPPKYRKIPQEDFQTLTPDVVHQSLFMSALSAHPDRSLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KKNLSGFSPRKKPRHHGRIGRPPKYRKIPQEDFQTLTPDVVHQSLFMSALSAHPDRSLSV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 CWEQHCKLLPGVAGISASTVAKWTIDEVFGFVQTLTGCEDQARLFKDEARIVRVTHVSGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 CWEQHCKLLPGVAGISASTVAKWTIDEVFGFVQTLTGCEDQARLFKDEARIVRVTHVSGK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KB6 TLVWTVAQLGDLVCSDHLQEGKGILETGVHSLLCSLPTHLLAKLSFASDSQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TLVWTVAQLGDLVCSDHLQEGKGILETGVHSLLCSLPTHLLAKLSFASDSQY
730 740 750 760 770
>>NP_115479 (OMIM: 608802) lethal(3)malignant brain tumo (840 aa)
initn: 5293 init1: 5293 opt: 5301 Z-score: 3903.8 bits: 733.2 E(85289): 1e-210
Smith-Waterman score: 5301; 98.5% identity (99.5% similar) in 755 aa overlap (21-772:86-840)
10 20 30 40
pF1KB6 MRRREGHGTDSEMGQGPVRESQSSDPP---ALQFRISEYKPLNMAGVEQP
.... :: .:.:::::::::::::::::
NP_115 GCEPVSATVLPQLSAGPASSSTSTVRLLEWTEAAAPPPGGGLRFRISEYKPLNMAGVEQP
60 70 80 90 100 110
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 PTPELRQEGVTEYEDGGAPAGDGEAGPQQAEDHPQNPPEDPNQDPPEDDSTCQCQACGPH
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PSPELRQEGVTEYEDGGAPAGDGEAGPQQAEDHPQNPPEDPNQDPPEDDSTCQCQACGPH
120 130 140 150 160 170
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 QAAGPDLGSSNDGCPQLFQERSVIVENSSGSTSASELLKPMKKRKRREYQSPSEEESEPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 QAAGPDLGSSNDGCPQLFQERSVIVENSSGSTSASELLKPMKKRKRREYQSPSEEESEPE
180 190 200 210 220 230
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 AMEKQEEGKDPEGQPTASTPESEEWSSSQPATGEKKECWSWESYLEEQKAITAPVSLFQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 AMEKQEEGKDPEGQPTASTPESEEWSSSQPATGEKKECWSWESYLEEQKAITAPVSLFQD
240 250 260 270 280 290
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 SQAVTHNKNGFKLGMKLEGIDPQHPSMYFILTVAEVCGYRLRLHFDGYSECHDFWVNANS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 SQAVTHNKNGFKLGMKLEGIDPQHPSMYFILTVAEVCGYRLRLHFDGYSECHDFWVNANS
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 PDIHPAGWFEKTGHKLQPPKGYKEEEFSWSQYLRSTRAQAAPKHLFVSQSHSPPPLGFQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PDIHPAGWFEKTGHKLQPPKGYKEEEFSWSQYLRSTRAQAAPKHLFVSQSHSPPPLGFQV
360 370 380 390 400 410
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 GMKLEAVDRMNPSLVCVASVTDVVDSRFLVHFDNWDDTYDYWCDPSSPYIHPVGWCQKQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 GMKLEAVDRMNPSLVCVASVTDVVDSRFLVHFDNWDDTYDYWCDPSSPYIHPVGWCQKQG
420 430 440 450 460 470
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 KPLTPPQDYPDPDNFCWEKYLEETGASAVPTWAFKVRPPHSFLVNMKLEAVDRRNPALIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KPLTPPQDYPDPDNFCWEKYLEETGASAVPTWAFKVRPPHSFLVNMKLEAVDRRNPALIR
480 490 500 510 520 530
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 VASVEDVEDHRIKIHFDGWSHGYDFWIDADHPDIHPAGWCSKTGHPLQPPLGPREPSSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VASVEDVEDHRIKIHFDGWSHGYDFWIDADHPDIHPAGWCSKTGHPLQPPLGPREPSSAS
540 550 560 570 580 590
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 PGGCPPLSYRSLPHTRTSKYSFHHRKCPTPGCDGSGHVTGKFTAHHCLSGCPLAERNQSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PGGCPPLSYRSLPHTRTSKYSFHHRKCPTPGCDGSGHVTGKFTAHHCLSGCPLAERNQSR
600 610 620 630 640 650
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 LKAELSDSEASARKKNLSGFSPRKKPRHHGRIGRPPKYRKIPQEDFQTLTPDVVHQSLFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LKAELSDSEASARKKNLSGFSPRKKPRHHGRIGRPPKYRKIPQEDFQTLTPDVVHQSLFM
660 670 680 690 700 710
650 660 670 680 690 700
pF1KB6 SALSAHPDRSLSVCWEQHCKLLPGVAGISASTVAKWTIDEVFGFVQTLTGCEDQARLFKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 SALSAHPDRSLSVCWEQHCKLLPGVAGISASTVAKWTIDEVFGFVQTLTGCEDQARLFKD
720 730 740 750 760 770
710 720 730 740 750 760
pF1KB6 EARIVRVTHVSGKTLVWTVAQLGDLVCSDHLQEGKGILETGVHSLLCSLPTHLLAKLSFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 EARIVRVTHVSGKTLVWTVAQLGDLVCSDHLQEGKGILETGVHSLLCSLPTHLLAKLSFA
780 790 800 810 820 830
770
pF1KB6 SDSQY
:::::
NP_115 SDSQY
840
>>NP_001317488 (OMIM: 617135) lethal(3)malignant brain t (614 aa)
initn: 1917 init1: 937 opt: 1916 Z-score: 1418.8 bits: 273.0 E(85289): 2.7e-72
Smith-Waterman score: 1935; 49.4% identity (70.6% similar) in 591 aa overlap (148-708:1-559)
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 NDGCPQLFQERSVIVENSSGSTSASELLKPMKK--RKRREYQSPSEEESEPEAMEKQEEG
::. :::. .. .:. .. .:. ::
NP_001 MKQPNRKRKLNMDSKERLDQDGRLEQAEEE
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 KDPEGQPTASTPESEEWSSSQPATGEKKECWSWESYLEEQKAITAPVSLFQDSQAVTHNK
: :. ..:: :. : : : :::: ::.::::..::: ::. .:. ...
NP_001 KKPK---DSTTPLSH--VPSAAAQGA----WSWEWYLKEQKAVAAPVELFSKDQSFPEHE
40 50 60 70 80
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 NGFKLGMKLEGIDPQHPSMYFILTVAEVCGYRLRLHFDGYSECHDFWVNANSPDIHPAGW
:::..::.::::::.:::.. .:.:::::::::::::::: :.:::.::.::::::.::
NP_001 NGFQIGMRLEGIDPRHPSVFCVLSVAEVCGYRLRLHFDGYLSCYDFWTNAGSPDIHPVGW
90 100 110 120 130 140
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 FEKTGHKLQPPKGYKEEEFSWSQYLRSTRAQAAPKHLFVSQS-HSPPPLGFQVGMKLEAV
::: :.:. ::::....: : .::.. . : :::.:: ..: ..: ::::::::::
NP_001 CEKTKHELHIPKGYRKDKFVWMDYLKACKLQNAPKKLFRNRSPNGPMSKEFQVGMKLEAV
150 160 170 180 190 200
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 DRMNPSLVCVASVTDVVDSRFLVHFDNWDDTYDYWCDPSSPYIHPVGWCQKQGKPLTPPQ
:: ::::::::...:.:..:.:::::::::.:::::: .:::..::::::..:. : ::
NP_001 DRKNPSLVCVATIADIVEDRLLVHFDNWDDSYDYWCDVNSPYVQPVGWCQENGRTLIAPQ
210 220 230 240 250 260
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 DYPDPDNFCWEKYLEETGASAVPTWAFKVRPPHSFLVNMKLEAVDRRNPALIRVASVEDV
::.:.:: : .::: : ..:::. .::.: ::.:: :::::.::.::: :::::.. ::
NP_001 GYPNPENFSWTEYLEATQTNAVPAKVFKMRLPHGFLPNMKLEVVDKRNPRLIRVATIVDV
270 280 290 300 310 320
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 EDHRIKIHFDGWSHGYDFWIDADHPDIHPAGWCSKTGHPLQPPLGPREPSSASPGGCPPL
.:.:.:.:::::.: ::.:..:: ::::: :::. :::::. : .
NP_001 DDQRVKVHFDGWDHKYDYWVEADSPDIHPIGWCDVTGHPLEVPQRTND------------
330 340 350 360
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 SYRSLPHTRTSKYSFHHRKCPTPGCDGSGHVTG-KFTAHHCLSGCPLAERNQSRLKAELS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]