Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6233
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6233, 748 aa
1>>>pF1KB6233 748 - 748 aa - 748 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9223+/-0.00122; mu= 11.8617+/- 0.073
mean_var=97.0115+/-19.883, 0's: 0 Z-trim(103.5): 42 B-trim: 10 in 1/48
Lambda= 0.130215
statistics sampled from 7420 (7445) to 7420 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.229), width: 16
Scan time: 3.440
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2310.1 STAT4 gene_id:6775|Hs108|chr2 ( 748) 4944 940.0 0
CCDS2309.1 STAT1 gene_id:6772|Hs108|chr2 ( 750) 2569 493.8 4e-139
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CCDS32656.1 STAT3 gene_id:6774|Hs108|chr17 ( 770) 2354 453.5 5.9e-127
CCDS59288.1 STAT3 gene_id:6774|Hs108|chr17 ( 722) 2342 451.2 2.7e-126
CCDS8917.1 STAT2 gene_id:6773|Hs108|chr12 ( 851) 1767 343.2 1e-93
CCDS55836.1 STAT2 gene_id:6773|Hs108|chr12 ( 847) 1755 340.9 4.8e-93
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CCDS74067.1 STAT5A gene_id:6776|Hs108|chr17 ( 764) 766 155.1 3.7e-37
CCDS11424.1 STAT5A gene_id:6776|Hs108|chr17 ( 794) 766 155.1 3.9e-37
CCDS53804.1 STAT6 gene_id:6778|Hs108|chr12 ( 737) 563 117.0 1.1e-25
CCDS8931.1 STAT6 gene_id:6778|Hs108|chr12 ( 847) 563 117.0 1.2e-25
CCDS74066.1 STAT5A gene_id:6776|Hs108|chr17 ( 763) 429 91.8 4.3e-18
>>CCDS2310.1 STAT4 gene_id:6775|Hs108|chr2 (748 aa)
initn: 4944 init1: 4944 opt: 4944 Z-score: 5022.5 bits: 940.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4944; 100.0% identity (100.0% similar) in 748 aa overlap (1-748:1-748)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
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CCDS23 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
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CCDS23 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRILAAAN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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CCDS23 MDQSDKNSAMVNQEVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEELQDWKR
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CCDS23 RQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRTHM
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CCDS23 LERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNYQVKVK
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370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ASIDKNVSTLSNRRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGKGNEGCH
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CCDS23 ASIDKNVSTLSNRRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGKGNEGCH
370 380 390 400 410 420
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pF1KB6 MVTEELHSITFETQICLYGLTIDLETSSLPVVMISNVSQLPNAWASIIWYNVSTNDSQNL
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CCDS23 MVTEELHSITFETQICLYGLTIDLETSSLPVVMISNVSQLPNAWASIIWYNVSTNDSQNL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 VFFNNPPPATLSQLLEVMSWQFSSYVGRGLNSDQLHMLAEKLTVQSSYSDGHLTWAKFCK
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CCDS23 VFFNNPPPATLSQLLEVMSWQFSSYVGRGLNSDQLHMLAEKLTVQSSYSDGHLTWAKFCK
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pF1KB6 EHLPGKSFTFWTWLEAILDLIKKHILPLWIDGYVMGFVSKEKERLLLKDKMPGTFLLRFS
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CCDS23 EHLPGKSFTFWTWLEAILDLIKKHILPLWIDGYVMGFVSKEKERLLLKDKMPGTFLLRFS
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pF1KB6 ESHLGGITFTWVDHSESGEVRFHSVEPYNKGRLSALPFADILRDYKVIMAENIPENPLKY
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CCDS23 ESHLGGITFTWVDHSESGEVRFHSVEPYNKGRLSALPFADILRDYKVIMAENIPENPLKY
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pF1KB6 LYPDIPKDKAFGKHYSSQPCEVSRPTERGDKGYVPSVFIPISTIRSDSTEPHSPSDLLPM
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CCDS23 LYPDIPKDKAFGKHYSSQPCEVSRPTERGDKGYVPSVFIPISTIRSDSTEPHSPSDLLPM
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB6 SPSVYAVLRENLSPTTIETAMKSPYSAE
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CCDS23 SPSVYAVLRENLSPTTIETAMKSPYSAE
730 740
>>CCDS2309.1 STAT1 gene_id:6772|Hs108|chr2 (750 aa)
initn: 2356 init1: 850 opt: 2569 Z-score: 2611.2 bits: 493.8 E(32554): 4e-139
Smith-Waterman score: 2569; 52.9% identity (79.2% similar) in 754 aa overlap (1-743:1-749)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
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CCDS23 MSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFHDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRILAAAN
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CCDS23 LSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILENAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQT
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CCDS23 RFNQAQ-SGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQN
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB6 MDQSDKNSAMVNQ--EVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEELQDW
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CCDS23 REHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVEW
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240 250 260 270 280 290
pF1KB6 KRRQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRT
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CCDS23 KRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNKQ
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pF1KB6 HMLERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNYQVK
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CCDS23 VLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNLK
300 310 320 330 340 350
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pF1KB6 VKASIDKNVSTLSN----RRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGK
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CCDS23 VKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKN-AGTR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 GNEGCHMVTEELHSITFETQICLYGLTIDLETSSLPVVMISNVSQLPNAWASIIWYNVST
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CCDS23 TNEGPLIVTEELHSLSFETQLCQPGLVIDLETTSLPVVVISNVSQLPSGWASILWYNMLV
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pF1KB6 NDSQNLVFFNNPPPATLSQLLEVMSWQFSSYVGRGLNSDQLHMLAEKLTVQSSYSDGHLT
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CCDS23 AEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNASPDGLIP
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pF1KB6 WAKFCKEHLPGKSFTFWTWLEAILDLIKKHILPLWIDGYVMGFVSKEKERLLLKDKMPGT
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CCDS23 WTRFCKENINDKNFPFWLWIESILELIKKHLLPLWNDGCIMGFISKERERALLKDQQPGT
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pF1KB6 FLLRFSES-HLGGITFTWVDHSESG-EVRFHSVEPYNKGRLSALPFADILRDYKVIMAEN
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CCDS23 FLLRFSESSREGAITFTWVERSQNGGEPDFHAVEPYTKKELSAVTFPDIIRNYKVMAAEN
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660 670 680 690 700
pF1KB6 IPENPLKYLYPDIPKDKAFGKHYSSQPCEVSRPTE-RGDKG--YVPSVFIPISTIRSDST
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CCDS23 IPENPLKYLYPNIDKDHAFGKYYS-RPKEAPEPMELDGPKGTGYIKTELISVSEVHPSRL
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710 720 730 740
pF1KB6 EPHSPSDLLPMSPSVYAVLRENLSPTTIETAMKSPYSAE
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CCDS23 Q--TTDNLLPMSPEEFDEVSRIVGSVEFDSMMNTV
720 730 740 750
>>CCDS42793.1 STAT1 gene_id:6772|Hs108|chr2 (712 aa)
initn: 2336 init1: 850 opt: 2536 Z-score: 2578.1 bits: 487.6 E(32554): 2.8e-137
Smith-Waterman score: 2536; 54.8% identity (80.1% similar) in 715 aa overlap (1-704:1-712)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
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CCDS42 MSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFHDL
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pF1KB6 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRILAAAN
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pF1KB6 MPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQT
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CCDS42 RFNQAQ-SGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQN
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190 200 210 220 230
pF1KB6 MDQSDKNSAMVNQ--EVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEELQDW
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CCDS42 REHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVEW
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240 250 260 270 280 290
pF1KB6 KRRQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRT
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CCDS42 KRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNKQ
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pF1KB6 HMLERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNYQVK
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CCDS42 VLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNLK
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pF1KB6 VKASIDKNVSTLSN----RRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGK
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CCDS42 VKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKN-AGTR
360 370 380 390 400 410
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pF1KB6 GNEGCHMVTEELHSITFETQICLYGLTIDLETSSLPVVMISNVSQLPNAWASIIWYNVST
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CCDS42 TNEGPLIVTEELHSLSFETQLCQPGLVIDLETTSLPVVVISNVSQLPSGWASILWYNMLV
420 430 440 450 460 470
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pF1KB6 NDSQNLVFFNNPPPATLSQLLEVMSWQFSSYVGRGLNSDQLHMLAEKLTVQSSYSDGHLT
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CCDS42 AEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNASPDGLIP
480 490 500 510 520 530
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pF1KB6 WAKFCKEHLPGKSFTFWTWLEAILDLIKKHILPLWIDGYVMGFVSKEKERLLLKDKMPGT
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CCDS42 WTRFCKENINDKNFPFWLWIESILELIKKHLLPLWNDGCIMGFISKERERALLKDQQPGT
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pF1KB6 FLLRFSES-HLGGITFTWVDHSESG-EVRFHSVEPYNKGRLSALPFADILRDYKVIMAEN
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CCDS42 FLLRFSESSREGAITFTWVERSQNGGEPDFHAVEPYTKKELSAVTFPDIIRNYKVMAAEN
600 610 620 630 640 650
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pF1KB6 IPENPLKYLYPDIPKDKAFGKHYSSQPCEVSRPTE-RGDKG--YVPSVFIPISTIRSDST
:::::::::::.: ::.::::.:: .: :. .: : : :: :. . .: .: .
CCDS42 IPENPLKYLYPNIDKDHAFGKYYS-RPKEAPEPMELDGPKGTGYIKTELISVSEV
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740
pF1KB6 EPHSPSDLLPMSPSVYAVLRENLSPTTIETAMKSPYSAE
>>CCDS32657.1 STAT3 gene_id:6774|Hs108|chr17 (769 aa)
initn: 2082 init1: 642 opt: 2360 Z-score: 2398.8 bits: 454.6 E(32554): 2.7e-127
Smith-Waterman score: 2360; 49.3% identity (78.6% similar) in 732 aa overlap (1-717:1-730)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
:.::::.:::. ..:::. :.:.:.::::.:..:: :::.::: :...:. ::....::
CCDS32 MAQWNQLQQLDTRYLEQLHQLYSDSFPMELRQFLAPWIESQDWAYAASKESHATLVFHNL
10 20 30 40 50 60
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pF1KB6 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRIL-AAA
: ..:.: .: .:.:.: :::.::.. ::... .::..: ... :: :: :.: .::
CCDS32 LGEIDQQYSRFLQESNVLYQHNLRRIKQFLQSRYLEKPMEIARIVARCLWEESRLLQTAA
70 80 90 100 110 120
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pF1KB6 NMPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQ
. :: . .. :.:.:. .:... ... :: :: : .:.:::.::. :::..
CCDS32 TAAQQGGQANHPTAAVVTEKQQMLEQHLQDVRKRVQDLEQKMKVVENLQDDFDFNYKTLK
130 140 150 160 170 180
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pF1KB6 TM-DQSD---KNSAMVNQEVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEEL
.. :..: .:.... :.. :..::..:: :. .:... .. . ...:. :::
CCDS32 SQGDMQDLNGNNQSVTRQKMQQLEQMLTALDQMRRSIVSELAGLLSAMEYVQKTLTDEEL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 QDWKRRQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPM
:::::::::::::: . ::.:.: .: :::: .: :.:..:::: . :..:.:::: .
CCDS32 ADWKRRQQIACIGGPPNICLDRLENWITSLAESQLQTRQQIKKLEELQQKVSYKGDPIVQ
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 QRTHMLERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNY
.: . ::.. :. ::.:..:::::::::: ::.::::.:: .:::.:.:::.:.:::::
CCDS32 HRPMLEERIVELFRNLMKSAFVVERQPCMPMHPDRPLVIKTGVQFTTKVRLLVKFPELNY
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 QVKVKASIDKN---VSTL-SNRRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSA
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: .: :
CCDS55 PLELKPEPELESLELELGLVPEPELSLDLEPLLKAGLDLGPELESVLESTLEPVIEPTLC
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CCDS74 LEGLVQELQKKAEHQVGEDGFLL--------KIKLG-------HYATQLQ-CS-------
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]