FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6104, 614 aa 1>>>pF1KB6104 614 - 614 aa - 614 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6451+/-0.00108; mu= 13.1395+/- 0.065 mean_var=105.6240+/-20.743, 0's: 0 Z-trim(105.8): 73 B-trim: 16 in 2/50 Lambda= 0.124794 statistics sampled from 8529 (8600) to 8529 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16 Scan time: 3.310 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS9704.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 ( 614) 4116 752.3 4.3e-217 CCDS58318.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 ( 622) 4090 747.6 1.1e-215 CCDS58319.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 ( 264) 1740 324.3 1.3e-88 CCDS5306.1 FRMD1 gene_id:79981|Hs108|chr6 ( 549) 889 171.3 3.1e-42 CCDS47518.1 FRMD1 gene_id:79981|Hs108|chr6 ( 481) 845 163.3 6.7e-40 CCDS47096.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2294) 502 101.9 9.5e-21 CCDS47095.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2466) 501 101.8 1.1e-20 CCDS47094.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2485) 501 101.8 1.1e-20 CCDS47093.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2490) 501 101.8 1.1e-20 CCDS81460.1 FRMPD2 gene_id:143162|Hs108|chr10 (1284) 428 88.5 6e-17 CCDS31195.1 FRMPD2 gene_id:143162|Hs108|chr10 (1309) 426 88.1 7.8e-17 >>CCDS9704.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 (614 aa) initn: 4116 init1: 4116 opt: 4116 Z-score: 4011.0 bits: 752.3 E(32554): 4.3e-217 Smith-Waterman score: 4116; 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CCDS53 PSGARCMEPSPERPACSQQEPTLGMDAMASEHRDVLVLLPSREQLRLAVGVKATGRELFQ 30 40 50 60 70 80 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 QVCDLLRLKDCHLFGLSVIQNNEHVYMELSQKLYKYCPKEWKKEASKGIDQFGPPMIIHF :::.. ..: ..::: :..:::...:.: ::: :: :.:::: ..: .. :.. . CCDS53 QVCNVASIRDAQFFGLCVVRNNEYIFMDLEQKLSKYFSKDWKKERNEGNEKPRAPFVAFL 90 100 110 120 130 140 110 120 130 140 150 160 pF1KB6 RVQYYVENGRLISDRAARYYYYWHLRKQVLHSQCVLREEAYFLLAAFALQADLGNFKRNK :::.::::::.:::. ::. :: ::...::.:::. :::::::::: :::::::. ... 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CCDS47 RNNEYIFMDLEQKLSKYFSKDWKKERNEGNEKPRAPFVAFLRVQHYVENGRVISDHRARH 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 YYYWHLRKQVLHSQCVLREEAYFLLAAFALQADLGNFKRNKHYGKYFEPEAYFPSWVVSK :: ::...::.:::. :::::::::: :::::::. ... : :.::::..:::.:...: CCDS47 LYYCHLKERVLRSQCAHREEAYFLLAACALQADLGEHRESAHAGRYFEPHSYFPQWIITK 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KB6 RGKDYILKHIPNMHKDQFALTASEAHLKYIKEAVRLDDVAVHYYRLYKDKREIEASLTLG :: ::::.:.:..:... .:. .:: : .:.:: ::.:: ::..::.:::.: . .. :: CCDS47 RGIDYILRHMPTLHRERQGLSPKEAMLCFIQEACRLEDVPVHFFRLHKDKKEGRPTVILG 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KB6 LTMRGIQIFQNLDEEKQLLYDFPWTNVGKLVFVGKKFEILPDGLPSARKLIYYTGCPMRS :..::..:.: :::.:: ::::.:.::.::::: :: CCDS47 LALRGVHIYQ-----------------------GKKLEIQLDGLPAAQKLVYYTGCTWRS 220 230 240 310 320 330 340 350 360 pF1KB6 RHLLQLLSNSHRLYMNLQPVLRHIRKLEENEEKKQYRESYISDNLDLDMDQLEKRSR-AS ::::.:: ::.:.. ..:.:...:. :: :::..::::::::.:.:: : .:: .: CCDS47 RHLLHLLRASHQLHLRVRPTLQQLRQREEAEEKQHYRESYISDELELD---LASRSFPGS 250 260 270 280 290 300 370 380 390 400 410 420 pF1KB6 GSSAGSMKHKRLSRHSTASHSSSHTSGIEADTKPRDTGPEDSYSSSAIHRKLKTCSSMTS : :. : :::::. ::.::.::::.:.. :.. CCDS47 GVSSQHCPHC-LSRHSADSHGSSYTSGIKANSWLRESR---------------------- 310 320 330 340 430 440 450 460 470 480 pF1KB6 HGSSHTSGVESGGKDRLEEDLQDDEIEMLVDDPRDLEQMNEESLEVSPDMCIYITEDMLM :: :: : ... ..:. :: CCDS47 --------------------------EMSVDVPLEVHGLHEKEPSSSP------------ 350 360 490 500 510 520 530 pF1KB6 SRKLNGHSGLIVKEIGSSTSSSSE--TVVKLRGQSTDSLPQTICRKPKTSTDRHSLSLDD : .: . :.: .. .: : :. ::::.... : .: ..:: .::: CCDS47 -RTSRSHPST----RGDSQATRQEPCTQVRTRGQSAEAVHQIQEMTAGVSEEQHSHGLDD 370 380 390 400 410 420 540 550 560 570 580 590 pF1KB6 IRLYQKDFLRIAGLCQDTAQSYTFGCGHELDEEGLYCNSCLAQQCINIQDAFPVKRTSKY ..:.: .: :. :.:: :. .: : :: : . . ..: ::.:. 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