Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5918
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5918, 532 aa
1>>>pF1KB5918 532 - 532 aa - 532 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1175+/-0.000798; mu= 15.1229+/- 0.048
mean_var=92.7781+/-18.948, 0's: 0 Z-trim(109.6): 42 B-trim: 4 in 1/49
Lambda= 0.133153
statistics sampled from 10965 (11004) to 10965 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 3.680
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12231.1 ICAM1 gene_id:3383|Hs108|chr19 ( 532) 3549 692.0 4.5e-199
CCDS12235.1 ICAM3 gene_id:3385|Hs108|chr19 ( 547) 1577 313.2 5e-85
CCDS82290.1 ICAM3 gene_id:3385|Hs108|chr19 ( 470) 1464 291.4 1.5e-78
CCDS12233.1 ICAM5 gene_id:7087|Hs108|chr19 ( 924) 1458 290.5 5.9e-78
CCDS11657.1 ICAM2 gene_id:3384|Hs108|chr17 ( 275) 366 80.4 3.1e-15
>>CCDS12231.1 ICAM1 gene_id:3383|Hs108|chr19 (532 aa)
initn: 3549 init1: 3549 opt: 3549 Z-score: 3687.4 bits: 692.0 E(32554): 4.5e-199
Smith-Waterman score: 3549; 100.0% identity (100.0% similar) in 532 aa overlap (1-532:1-532)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAPSSPRPALPALLVLLGALFPGPGNAQTSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQPKLLGI
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CCDS12 MAPSSPRPALPALLVLLGALFPGPGNAQTSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQPKLLGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPERVELAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPERVELAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAEVTTTVLVRRDHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAEVTTTVLVRRDHH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 GANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLEVDTQGTVVCSLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLEVDTQGTVVCSLD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRLTCAVILGNQSQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRLTCAVILGNQSQE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPAQPLGPRAQLLLKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPAQPLGPRAQLLLKA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 TPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNWTWPENSQQTPMCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNWTWPENSQQTPMCQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 AWGNPLPELKCLKDGTFPLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEVTRKVTVNVLSPRYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AWGNPLPELKCLKDGTFPLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEVTRKVTVNVLSPRYE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB5 IVIITVVAAAVIMGTAGLSTYLYNRQRKIKKYRLQQAQKGTPMKPNTQATPP
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CCDS12 IVIITVVAAAVIMGTAGLSTYLYNRQRKIKKYRLQQAQKGTPMKPNTQATPP
490 500 510 520 530
>>CCDS12235.1 ICAM3 gene_id:3385|Hs108|chr19 (547 aa)
initn: 1403 init1: 1403 opt: 1577 Z-score: 1639.9 bits: 313.2 E(32554): 5e-85
Smith-Waterman score: 1577; 47.3% identity (74.3% similar) in 529 aa overlap (1-523:4-530)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAPSSPRPALPALLVLLGALFPGPGNAQ--TSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQP
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CCDS12 MATMVPSVLWPRACWTLLVCCLLTPGVQGQEFLLRVEPQNPVLSAGGSLFVNCSTDCPSS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 KLLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPER
. ...:: : .:::. : . ...:::: .:. .: : .: :... .::: :::
CCDS12 EKIALETSL-SKELVASGMGWAAFNLSNVTGNSRILCSVYCNGSQITGSSNITVYRLPER
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 VELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAEVTTTVLV
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CCDS12 VELAPLPPWQPVGQNFTLRCQVEDGSPRTSLTVVLLRWEEELSRQPAVEEPAEVTATVLA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLEVDTQGTV
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CCDS12 SRDDHGAPFSCRTELDMQPQGLGLFVNTSAPRQLRTFVLPVTPPRLVAPRFLEVETSWPV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 VCSLDGLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRLTCAVILG
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CCDS12 DCTLDGLFPASEAQVYLALGDQMLNATVMNHGDTLTATATATARADQEGAREIVCNVTLG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 NQSQETLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPAQPLGPRAQ
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CCDS12 GERREARENLTVFSFLGPIVNLSEPTAHEGSTVTVSCMAGARVQVTLDGVPAAAPGQPAQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 LLLKATPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNWTWPENSQQ
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CCDS12 LQLNATESDDGRSFFCSATLEVDGEFLHRNSSVQLRVLYGPKIDRATCPQHLKWKDKTRH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 TPMCQAWGNPLPELKCLKDGTF-PLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEVTRKVTVNV
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CCDS12 VLQCQARGNPYPELRCLKEGSSREVPVGIPFFVNVTHNGTYQCQASSSRGKYTLVVVMDI
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 LSPRYEIVIITVVAAAVIMGTAGLST---YLYNRQRKIKKYRLQQAQKGTPMKPNTQATP
. ..: . ::. . .:.. . :.. .... .:.... . :.
CCDS12 EAGSSHFVPV-FVAVLLTLGVVTIVLALMYVFREHQRSGSYHVREESTYLPLTSMQPTEA
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 P
CCDS12 MGEEPSRAE
540
>>CCDS82290.1 ICAM3 gene_id:3385|Hs108|chr19 (470 aa)
initn: 1386 init1: 1386 opt: 1464 Z-score: 1523.6 bits: 291.4 E(32554): 1.5e-78
Smith-Waterman score: 1464; 49.3% identity (76.8% similar) in 452 aa overlap (79-523:6-453)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 STSCDQPKLLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLT
..:::: .:. .: : .: :... .:
CCDS82 MGWAAFNLSNVTGNSRILCSVYCNGSQITGSSNIT
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 VYWTPERVELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAE
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CCDS82 VYRLPERVELAPLPPWQPVGQNFTLRCQVEDGSPRTSLTVVLLRWEEELSRQPAVEEPAE
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 VTTTVLVRRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLE
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CCDS82 VTATVLASRDDHGAPFSCRTELDMQPQGLGLFVNTSAPRQLRTFVLPVTPPRLVAPRFLE
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 VDTQGTVVCSLDGLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRL
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CCDS82 VETSWPVDCTLDGLFPASEAQVYLALGDQMLNATVMNHGDTLTATATATARADQEGAREI
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 TCAVILGNQSQETLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPAQ
.: : ::.. .:. ...:..:: .: : :..: . ::. :::.: : :..:::.::::
CCDS82 VCNVTLGGERREARENLTVFSFLGPIVNLSEPTAHEGSTVTVSCMAGARVQVTLDGVPAA
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 PLGPRAQLLLKATPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNWT
: ::: :.:: :.:::: ::::::: :...:.:.. .:::::::..:. :: .
CCDS82 APGQPAQLQLNATESDDGRSFFCSATLEVDGEFLHRNSSVQLRVLYGPKIDRATCPQHLK
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 WPENSQQTPMCQAWGNPLPELKCLKDGTF-PLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEVT
: ...... .::: ::: :::.:::.:. .:.: :. .::: :.: :..:. :
CCDS82 WKDKTRHVLQCQARGNPYPELRCLKEGSSREVPVGIPFFVNVTHNGTYQCQASSSRGKYT
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 RKVTVNV------LSPRYEIVIITVVAAAVIMGTAGLSTYLYNRQRKIKKYRLQQAQKGT
:.... . : . :..:. ....... :.. .... .:.... .
CCDS82 LVVVMDIEAGSSHFVPVFVAVLLTLGVVTIVLALM----YVFREHQRSGSYHVREESTYL
400 410 420 430 440 450
530
pF1KB5 PMKPNTQATPP
:.
CCDS82 PLTSMQPTEAMGEEPSRAE
460 470
>>CCDS12233.1 ICAM5 gene_id:7087|Hs108|chr19 (924 aa)
initn: 1562 init1: 1018 opt: 1458 Z-score: 1513.1 bits: 290.5 E(32554): 5.9e-78
Smith-Waterman score: 1467; 49.0% identity (73.0% similar) in 488 aa overlap (1-474:1-487)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAPSSP--RPALPALLVLLG-ALFPGPGNAQ----TSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCD
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CCDS12 MPGPSPGLRRALLGLWAALGLGLFGLSAVSQEPFWADLQPRVAFVERGGSLWLNCSTNCP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 QPKLLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQE-DSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWT
.:. :.:: : ... : . .: ...: ..::.:. : :. .. ..
CCDS12 RPERGGLETSL-RRNGTQRGLRWLARQLVDIREPETQPVCFFRCARRTLQARGLIRTFQR
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB5 PERVELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEP-----A
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CCDS12 PDRVELMPLPPWQPVGENFTLSCRVPGAGPRASLTLTLLRGAQELIRRSFAGEPPRARGA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 EVTTTVLVRRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVL
.:.:::.::. ::::::::.::::::.:: ::::.::: .:.:: : :.:..::.:
CCDS12 VLTATVLARREDHGANFSCRAELDLRPHGLGLFENSSAPRELRTFSLSPDAPRLAAPRLL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 EVDTQGTVVCSLDGLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQR
:: .. : :.::::::.:::.:.:::::: :.: :: .:.: : :.....::.::...
CCDS12 EVGSERPVSCTLDGLFPASEARVYLALGDQNLSPDVTLEGDAFVATATATASAEQEGARQ
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LTCAVILGNQSQETLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPA
:.: : ::....:: ..::::::::: . :..: :::: ::: : : .: :::.::::
CCDS12 LVCNVTLGGENRETRENVTIYSFPAPLLTLSEPSVSEGQMVTVTCAAGAQALVTLEGVPA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 QPLGPRAQLLLKATPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNW
: ::: :.:: .:. ::: :.:::.: :. . ::.. ::::::.::::. ::: .:
CCDS12 AVPGQPAQLQLNATENDDRRSFFCDATLDVDGETLIKNRSAELRVLYAPRLDDSDCPRSW
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 TWPENSQQTPMCQAWGNPLPELKCLK-DGTFPLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEV
::::. .:: :.: ::: : ..: . :: : .: ::: : ::: :.: . :::.
CCDS12 TWPEGPEQTLRCEARGNPEPSVHCARSDGGAVLALGLLGPVTRALSGTYRCKAANDQGEA
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 TRKVTVNVLSPRYEIVIITVVAAAVIMGTAGLSTYLYNRQRKIKKYRLQQAQKGTPMKPN
.. ::..:
CCDS12 VKDVTLTVEYAPALDSVGCPERITWLEGTEASLSCVAHGVPPPDVICVRSGELGAVIEGL
480 490 500 510 520 530
>>CCDS11657.1 ICAM2 gene_id:3384|Hs108|chr17 (275 aa)
initn: 326 init1: 170 opt: 366 Z-score: 387.1 bits: 80.4 E(32554): 3.1e-15
Smith-Waterman score: 366; 35.0% identity (62.7% similar) in 220 aa overlap (13-222:9-225)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAPSSPRPALPALLVLLGALFPGPGNAQ----TSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQPK
: : : .:. ::. . . : :.:. . ::. :.:::.:.::.
CCDS11 MSSFGYRTLTVALFTLICCPGSDEKVFEVHVRPKKLAVEPKGSLEVNCSTTCNQPE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPERV
. :.:: : : :: . : : .::...:. .:. .: : . .. ..:: :..:
CCDS11 VGGLETSLDKI-LLDEQAQWKHYLVSNISHDTVLQCHFTCSGKQESMNSNVSVYQPPRQV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREP---AVGEPAEVTTT-
:. :. :::..:..:.: : .::. :.::.. :. : :. : :.:.:
CCDS11 ILTLQPTLVAVGKSFTIECRVPTVEPLDSLTLFLFRGNETLHYETFGKAAPAPQEATATF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 --VLVRRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLEVD
. :.: : :::: . ::: .: ..:.. ::: .:. . :.. :.:
CCDS11 NSTADREDGH-RNFSCLAVLDLMSRGGNIFHKHSAPKMLEIYE-PVSDSQMVIIVTVVSV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 TQGTVVCSLDGLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRLTC
CCDS11 LLSLFVTSVLLCFIFGQHLRQQRMGTYGVRAAWRRLPQAFRP
240 250 260 270
532 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 22:50:42 2016 done: Sun Nov 6 22:50:43 2016
Total Scan time: 3.680 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]