Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5917
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5917, 505 aa
1>>>pF1KB5917 505 - 505 aa - 505 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1154+/-0.000372; mu= 6.2086+/- 0.023
mean_var=197.8805+/-41.622, 0's: 0 Z-trim(120.2): 289 B-trim: 1386 in 2/59
Lambda= 0.091174
statistics sampled from 34626 (35035) to 34626 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.411), width: 16
Scan time: 11.350
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003089 (OMIM: 601017,612955) alpha-1-syntrophin ( 505) 3322 449.6 1e-125
XP_005260574 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 504) 3303 447.1 5.6e-125
XP_011527310 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 495) 2695 367.1 6.6e-101
XP_011527309 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 496) 2695 367.1 6.6e-101
NP_066301 (OMIM: 600026) beta-1-syntrophin [Homo s ( 538) 1603 223.5 1.2e-57
NP_006741 (OMIM: 600027) beta-2-syntrophin [Homo s ( 540) 1432 201.0 7.2e-51
XP_011515541 (OMIM: 600026) PREDICTED: beta-1-synt ( 382) 933 135.2 3.2e-31
XP_016859863 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 270) 344 57.6 5.2e-08
XP_016859860 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 317) 344 57.7 5.9e-08
XP_016859861 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 317) 344 57.7 5.9e-08
XP_016859859 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 337) 344 57.7 6.1e-08
XP_016859858 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 345) 344 57.7 6.3e-08
XP_016859857 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 349) 344 57.7 6.3e-08
XP_016859855 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 436) 344 57.8 7.4e-08
XP_016859854 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 437) 344 57.8 7.5e-08
XP_016859851 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 537) 344 57.9 8.7e-08
NP_061841 (OMIM: 608715) gamma-2-syntrophin [Homo ( 539) 344 57.9 8.7e-08
XP_016859850 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 540) 344 57.9 8.7e-08
XP_016859852 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 480) 331 56.1 2.6e-07
XP_016869071 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 304) 282 49.5 1.6e-05
XP_016869070 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 316) 282 49.5 1.7e-05
XP_011515850 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 472) 284 49.9 1.9e-05
NP_001308707 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 282 49.7 2.1e-05
NP_001308704 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 282 49.7 2.1e-05
NP_001308706 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 282 49.7 2.1e-05
NP_001308705 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 282 49.7 2.1e-05
NP_001274743 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 480) 282 49.7 2.3e-05
NP_001308702 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 517) 282 49.7 2.4e-05
XP_016869069 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 517) 282 49.7 2.4e-05
NP_061840 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin isofor ( 517) 282 49.7 2.4e-05
XP_016869068 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 517) 282 49.7 2.4e-05
NP_001274742 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 517) 282 49.7 2.4e-05
NP_001017408 (OMIM: 606845) Golgi-associated PDZ a ( 454) 247 45.1 0.00053
NP_065132 (OMIM: 606845) Golgi-associated PDZ and ( 462) 247 45.1 0.00054
>>NP_003089 (OMIM: 601017,612955) alpha-1-syntrophin [Ho (505 aa)
initn: 3322 init1: 3322 opt: 3322 Z-score: 2378.2 bits: 449.6 E(85289): 1e-125
Smith-Waterman score: 3322; 100.0% identity (100.0% similar) in 505 aa overlap (1-505:1-505)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 CSLSVHIDKGFTLWAAEPGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CSLSVHIDKGFTLWAAEPGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLH
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB5 SCPKTIVFIIHSFLSAKVTRLGLLA
:::::::::::::::::::::::::
NP_003 SCPKTIVFIIHSFLSAKVTRLGLLA
490 500
>>XP_005260574 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alpha-1- (504 aa)
initn: 3301 init1: 3131 opt: 3303 Z-score: 2364.7 bits: 447.1 E(85289): 5.6e-125
Smith-Waterman score: 3303; 99.8% identity (99.8% similar) in 505 aa overlap (1-505:1-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 CSLSVHIDKGFTLWAAEPGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
XP_005 CSLSVHIDKGFTLWAAEPGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEI-LDLH
430 440 450 460 470
490 500
pF1KB5 SCPKTIVFIIHSFLSAKVTRLGLLA
:::::::::::::::::::::::::
XP_005 SCPKTIVFIIHSFLSAKVTRLGLLA
480 490 500
>>XP_011527310 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alpha-1- (495 aa)
initn: 2695 init1: 2695 opt: 2695 Z-score: 1932.6 bits: 367.1 E(85289): 6.6e-101
Smith-Waterman score: 2695; 100.0% identity (100.0% similar) in 412 aa overlap (1-412:1-412)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTGVLGGSGS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 CSLSVHIDKGFTLWAAEPGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLH
XP_011 VPLPARGMGVPAACLCTSTRASHCGRLSQVQPELCSCDSPSRSCRCLQMTVPVSFSWILE
430 440 450 460 470 480
>>XP_011527309 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alpha-1- (496 aa)
initn: 2695 init1: 2695 opt: 2695 Z-score: 1932.5 bits: 367.1 E(85289): 6.6e-101
Smith-Waterman score: 2695; 100.0% identity (100.0% similar) in 412 aa overlap (1-412:1-412)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTGVLGGSGS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 CSLSVHIDKGFTLWAAEPGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLH
XP_011 VPLPARGMGVPAACLCTSTRASHCGRLSQVQPELCSCDSPSRSCRCLQMTVPVSFSWILE
430 440 450 460 470 480
>>NP_066301 (OMIM: 600026) beta-1-syntrophin [Homo sapie (538 aa)
initn: 1690 init1: 541 opt: 1603 Z-score: 1155.8 bits: 223.5 E(85289): 1.2e-57
Smith-Waterman score: 1665; 50.8% identity (75.6% similar) in 532 aa overlap (2-505:15-538)
10 20 30 40
pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADG
:.: :: :.::::. . .::..::..:.::.:..: .:
NP_066 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLV-------RDRWHKVLVNLSEDALVLSSEEG
10 20 30 40 50
50 60 70 80
pF1KB5 DPGPEP-GAPREQEPAQLNGAAEPGAG---PP---------------QLPEALLLQRRRV
. . :. . . ::..:::: :: :.::.. :.: :
NP_066 AAAYNGIGTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGV
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 TVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATH
: : . ::::::::::.::::::::::::::::::::.::.:::::::::: :: .:::
NP_066 KVLKQELGGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATH
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 DEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNSTGGTSVGWDSPPA-SPLQRQPSSPGPTPR
:::::.::..::::.::::::....:: :... . .::..:: :: .: :. .
NP_066 DEAVQALKRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQ
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 NFS---EAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWATAI
.:: . : . ::: ::.. . ::: : ::: : :.. :..::.:: :.:..: .::
NP_066 SFSFHRDRKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAI
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 QAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWLTEQLPSGGTA---PTLALLTEKEL
...:: : :: :.. :. :. :::..:...:::.:..:. . :.:..::::.:
NP_066 HSNVNDLLTRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDL
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 LLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPYDAELSFALRTGTRHGVDTHLF
:.: :.:. .:: :..: ::.:::::::::.::: ..:::: :::::.:..::::
NP_066 LIYDSMPRRKEAWFSPVHTYPLLATRLVHSGPGKGSPQAGVDLSFATRTGTRQGIETHLF
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430
pF1KB5 SVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRPCSLSVHIDKGFTLWAAEP--G
.:. ..:. :::..:.::: .:: . :.:::::.... : :..: ..::.. ..:: :
NP_066 RAETSRDLSHWTRSIVQGCHNSAELIAEISTACTYKNQECRLTIHYENGFSI-TTEPQEG
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 AARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLHSCPKTIVFIIHSFLSAKVT
: .....:.:::.:::::: .:.::::: .:::::::::::: ::::::::::::.:
NP_066 AFPKTIIQSPYEKLKMSSDDGIRMLYLDFGGKDGEIQLDLHSCPKPIVFIIHSFLSAKIT
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500
pF1KB5 RLGLLA
::::.:
NP_066 RLGLVA
>>NP_006741 (OMIM: 600027) beta-2-syntrophin [Homo sapie (540 aa)
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Smith-Waterman score: 1458; 47.6% identity (71.4% similar) in 532 aa overlap (1-504:16-539)
10 20 30 40
pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVS--
:: :: ..::.:: ::: ::. :. . :...
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pF1KB5 --PADGDP--GPEP----GAPREQEPAQ-LNGAAEPGAGPPQLP--------EALLLQR-
:. .: :: : : .. : :. : :::. : ::
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::: : : .::::::::::::::.::::::::: ::::::..:: .::::::::: :: .
NP_006 RRVRVVKQEAGGLGISIKGGRENRMPILISKIFPGLAADQSRALRLGDAILSVNGTDLRQ
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150 160 170 180 190 200
pF1KB5 ATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNSTGGTSVGWD-SPPASP-LQRQPSSPG
::::.:::.::..::::.::::....:.::.:. . ... :. . : :: .. . .: .
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210 220 230 240 250 260
pF1KB5 PTPRNFSEAKHM-SLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWAT
: .: .. ... ::: .... . : : : .:. : :...::.:: :: :.:.:: .
NP_006 PKHQNSTKDRKIIPLKMCFAARNLSMPDLENRLIELHSPDSRNTLILRCKDTATAHSWFV
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270 280 290 300 310
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::.... .: :.: ::.:.:.:::::: :...:.:.::.:: .:: :.: .:
NP_006 AIHTNIMALLPQVLAELNAMLGATSTAGGSKEVKHIAWLAEQAKLDGGRQQWRPVLMAVT
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pF1KB5 EKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPYDAELSFALRTGTRHGVD
::.:::: .: ::.: . : .. ::.:::::::: . : ..:.:: :::.:.:..
NP_006 EKDLLLYDCMPWTRDAWASPCHSYPLVATRLVHSGSGCRSPSLGSDLTFATRTGSRQGIE
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pF1KB5 THLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRPCSLSVHIDKGFTLWAAE
::: ::. ..:..::: ::.::: ::: ..::: .: ::. :..: ..:::. . :
NP_006 MHLFRVETHRDLSSWTRILVQGCHAAAELIKEVSLGCMLNGQEVRLTIHYENGFTI-SRE
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440 450 460 470 480 490
pF1KB5 PGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLHSCPKTIVFIIHSFLSAK
:.. ..: : :::.:.::.::: :.::::: :::. .::::::: :::..:.:::::
NP_006 NGGSSSILYRYPFERLKMSADDGIRNLYLDFGGPEGELTMDLHSCPKPIVFVLHTFLSAK
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500
pF1KB5 VTRLGLLA
:::.:::
NP_006 VTRMGLLV
540
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10 20 30 40
pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADG
:.: :: :.::::. . .::..::..:.::.:..: .:
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pF1KB5 DPGPEP-GAPREQEPAQLNGAAEPGAG---PP---------------QLPEALLLQRRRV
. . :. . . ::..:::: :: :.::.. :.: :
XP_011 AAAYNGIGTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGV
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pF1KB5 TVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATH
: : . ::::::::::.::::::::::::::::::::.::.:::::::::: :: .:::
XP_011 KVLKQELGGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATH
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150 160 170 180 190 200
pF1KB5 DEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNSTGGTSVGWDSPPA-SPLQRQPSSPGPTPR
:::::.::..::::.::::::....:: :... . .::..:: :: .: :. .
XP_011 DEAVQALKRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQ
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210 220 230 240 250 260
pF1KB5 NFS---EAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWATAI
.:: . : . ::: ::.. . ::: : ::: : :.. :..::.:: :.:..: .::
XP_011 SFSFHRDRKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAI
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270 280 290 300 310 320
pF1KB5 QAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWLTEQLPSGGTA---PTLALLTEKEL
...:: : :: :.. :. :. :::..:...:::.:..:. . :.:..::::.:
XP_011 HSNVNDLLTRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDL
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pF1KB5 LLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPYDAELSFALRTGTRHGVDTHLF
:.: :.:. .:: :..: ::.::
XP_011 LIYDSMPRRKEAWFSPVHTYPLLATSPHP
360 370 380
>>XP_016859863 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syntrop (270 aa)
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pF1KB5 APREQEPAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILI
:: ::.:. .::::.::::: :...:..:
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::::. ::::: ::::::.:.::: . .:::.:.:..:...: ::.. :.:....
XP_016 SKIFEDQAADQTGMLFVGDAVLQVNGIHVENATHEEVVHLLRNAGDEVTITVEYLREAPA
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pF1KB5 YFKNSTG--GTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPE
..: : : : .: .:::
XP_016 FLKLPLGSPGPSSDHSSGASSPLFDSGLHLNGNSSTTVECVRGARPGRSQLWDPPVLHSP
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>>XP_016859860 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syntrop (317 aa)
initn: 372 init1: 327 opt: 344 Z-score: 263.8 bits: 57.7 E(85289): 5.9e-08
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60 70 80 90 100 110
pF1KB5 APREQEPAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILI
:: ::.:. .::::.::::: :...:..:
XP_016 YDIRLKLTKEVLTIQKQDVVCVGGSHQGRNRRTVTLRRQPVGGLGLSIKGGSEHNVPVVI
50 60 70 80 90 100
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pF1KB5 SKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSP
::::. ::::: ::::::.:.::: . .:::.:.:..:...: ::.. :.:....
XP_016 SKIFEDQAADQTGMLFVGDAVLQVNGIHVENATHEEVVHLLRNAGDEVTITVEYLREAPA
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..: : : : .: .::: ::::. : .. :.
XP_016 FLKLPLGSPGPSSDHSSGASSPLFDSGLHLNGNSSTTAPSSPSSPIAKDPRYEKRWLDTL
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. :.:: .: : . . :. .:. . :: .. .:: .. .: :..:.. :
XP_016 SVPLSMARIS-RYKAGTEKLRWNAFEVLALDGVSSGILRFYTAQDGTDWLRAVSANIREL
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: :: . .: . :...:. . .: :::
XP_016 T------LQNMKMANKCCSPSDQLKEK--TSCMLSSGGRLTNYLD
290 300 310
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>>XP_016859861 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syntrop (317 aa)
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Smith-Waterman score: 383; 34.7% identity (60.5% similar) in 248 aa overlap (85-308:72-310)
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 APREQEPAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILI
:: ::.:. .::::.::::: :...:..:
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. :.:: .: : . . :. .:. . :: .. .:: .. .: :..:.. :
XP_016 SVPLSMARIS-RYKAGTEKLRWNAFEVLALDGVSSGILRFYTAQDGTDWLRAVSANIREL
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: :: . .: . :...:. . .: :::
XP_016 T------LQNMKMANKCCSPSDQLKEK--TSCMLSSGGRLTNYLD
290 300 310
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]