Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5875
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5875, 465 aa
1>>>pF1KB5875 465 - 465 aa - 465 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7451+/-0.000862; mu= 3.6350+/- 0.052
mean_var=191.8067+/-39.269, 0's: 0 Z-trim(113.7): 20 B-trim: 92 in 1/50
Lambda= 0.092607
statistics sampled from 14312 (14325) to 14312 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.765), E-opt: 0.2 (0.44), width: 16
Scan time: 3.480
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 ( 465) 3015 414.9 9e-116
CCDS58999.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 ( 334) 2108 293.6 2.1e-79
CCDS236.1 E2F2 gene_id:1870|Hs108|chr1 ( 437) 961 140.5 3.5e-33
CCDS13224.1 E2F1 gene_id:1869|Hs108|chr20 ( 437) 797 118.5 1.4e-26
CCDS62859.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 ( 249) 612 93.7 2.4e-19
CCDS1680.2 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 ( 281) 612 93.7 2.6e-19
CCDS62858.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 ( 206) 558 86.4 3e-17
CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs108|chr16 ( 413) 514 80.7 3.1e-15
CCDS47886.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 ( 345) 484 76.7 4.4e-14
CCDS47885.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 ( 346) 481 76.3 5.8e-14
>>CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 (465 aa)
initn: 3015 init1: 3015 opt: 3015 Z-score: 2192.0 bits: 414.9 E(32554): 9e-116
Smith-Waterman score: 3015; 100.0% identity (100.0% similar) in 465 aa overlap (1-465:1-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRKGIQPALEQYLVTAGGGEGAAVVAAAAAASMDKRALLASPGFAAAAAAAAAPGAYIQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MRKGIQPALEQYLVTAGGGEGAAVVAAAAAASMDKRALLASPGFAAAAAAAAAPGAYIQI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LTTNTSTTSCSSSLQSGAVAAGPLLPSAPGAEQTAGSLLYTTPHGPSSRAGLLQQPPALG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LTTNTSTTSCSSSLQSGAVAAGPLLPSAPGAEQTAGSLLYTTPHGPSSRAGLLQQPPALG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RGGSGGGGGPPAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RGGSGGGGGPPAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 TSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 WMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 YQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIESLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETHSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIESLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETHSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 MKTNNQDHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVSMGNLSPLASPANLLQQTEDQIPSNLEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MKTNNQDHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVSMGNLSPLASPANLLQQTEDQIPSNLEG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB5 PFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLPLVEDFMCS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLPLVEDFMCS
430 440 450 460
>>CCDS58999.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 (334 aa)
initn: 1913 init1: 1913 opt: 2108 Z-score: 1539.2 bits: 293.6 E(32554): 2.1e-79
Smith-Waterman score: 2108; 97.9% identity (98.2% similar) in 334 aa overlap (132-465:7-334)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 TPHGPSSRAGLLQQPPALGRGGSGGGGGPPAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAAL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MPLQQQAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAAL
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 RSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDI
::::::: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RSPDSPK------KKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDI
40 50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 TNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCT
100 110 120 130 140 150
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIESLQIHLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIESLQIHLAS
160 170 180 190 200 210
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 TQGPIEVYLCPEETETHSPMKTNNQDHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVSMGNLSPLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TQGPIEVYLCPEETETHSPMKTNNQDHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVSMGNLSPLA
220 230 240 250 260 270
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 SPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLPLVED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLPLVED
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 FMCS
::::
CCDS58 FMCS
>>CCDS236.1 E2F2 gene_id:1870|Hs108|chr1 (437 aa)
initn: 994 init1: 746 opt: 961 Z-score: 709.3 bits: 140.5 E(32554): 3.5e-33
Smith-Waterman score: 1084; 48.8% identity (67.3% similar) in 449 aa overlap (38-456:1-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 ALEQYLVTAGGGEGAAVVAAAAAASMDKRALLASPGFAAAAAAAAAPGAYIQILTTNTST
.: .: : :.::. .: . . :.
CCDS23 MLQGPR-ALASAAGQTPKVVPAMSPTELWP
10 20
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TSCSSSLQSGAVAA--GPLLP-SAPGAEQTAGSLLYTTPHGPSSRAGLLQQPPALGRGGS
.. :: :.:. :: : .:: : . :. : .::::: .. ... ::
CCDS23 SGLSSPQLCPATATYYTPLYPQTAPPAA-APGTCLDATPHGPEGQ--VVRCLPA------
30 40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GGGGGPPAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLG
: ::::.:.: :. . . . ::::: . : ::::::::.::::::::::
CCDS23 ---GRLPAKRKLDLEGIGRPVVPE-FPTPKGKCIRVDGLP-SPKTPKSPGEKTRYDTSLG
90 100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGC
::::::: :::.: ::::::: ::::: ::::::::::::::::.::.::.:::.::.:
CCDS23 LLTKKFIYLLSESEDGVLDLNWAAEVLDVQKRRIYDITNVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGR
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDI
.. :: .. : :..:. :: . :. ::.:::::.:..: ::::. :.::::::::::
CCDS23 GMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQSCSLSFKHLTEDKANKRLAYVTYQDI
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 RKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIE-SLQIHLASTQGPIEVYLCPEET-ETHSPMK
: ....:.::::.:::::.::::::: : .:::.: ::::::::::::::. : :: .
CCDS23 RAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQIYLKSTQGPIEVYLCPEEVQEPDSPSE
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400
pF1KB5 TNNQDHNGNIPKPAS-KDLASTNSGHSDCSVSM--------------GNLSPLAS-----
. . :.: : . .::. . . ..: .: :: .
CCDS23 EPLPSTSTLCPSPDSAQPSSSTDPSIMEPTASSVPAPAPTPQQAPPPPSLVPLEATDSLL
320 330 340 350 360 370
410 420 430 440 450
pF1KB5 --PANLLQQTEDQI--PS-NLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLP
: ::::::::. :. .:.... : : :.::: .: ::::::::.::: :
CCDS23 ELPHPLLQQTEDQFLSPTLACSSPLISFSPSLDQDDYLWGLEAGEGISDLFDSYDLGDLL
380 390 400 410 420 430
460
pF1KB5 LVEDFMCS
CCDS23 IN
>>CCDS13224.1 E2F1 gene_id:1869|Hs108|chr20 (437 aa)
initn: 875 init1: 369 opt: 797 Z-score: 590.9 bits: 118.5 E(32554): 1.4e-26
Smith-Waterman score: 948; 43.3% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (37-462:2-437)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 PALEQYLVTAGGGEGAAVVAAAAAASMDKRALLASP-GFAAAAAAAAAPGAYIQILTTNT
:: ..: : : : : :: : ..
CCDS13 MALAGAPAGGPCAPALEALLGAGALRLL-DS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 STTSCSSSLQSGAVAAGPLLPSAPGAEQTAGSLL-YTTPHGPSSRAGLLQQPPALGRGGS
: :. :.... .: :.::.: .:: ..::..: : :::::
CCDS13 SQIVIISAAQDASAPPAPTGPAAPAAGPCDPDLLLFATPQAP--RPTPSAPRPALGR---
40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GGGGGPPAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLG
::.::::.: :. ::::... .:.: : : : :::.::.::.:::.
CCDS13 -----PPVKRRLDL-ETDHQYLAESSGPARGRG----RHPG--KGVKSPGEKSRYETSLN
90 100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGC
: ::.:..:::.: :::.::: ::::::::::::::::::::::.:: :::::..::.:
CCDS13 LTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIQLIAKKSKNHIQWLGS
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SLSED-GGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQD
. :: : .::.... .:.. :..::.:.. :: .:.::.::...::::::: ::
CCDS13 HTTVGVGGRL---EGLTQDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQD
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIESLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETH-SPMK
.:.:. .: :.:.::::::.:.. :: :..:: : : ::::.:.:::::: :: :
CCDS13 LRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSENFQISLKSKQGPIDVFLCPEETVGGISPGK
260 270 280 290 300 310
370 380 390
pF1KB5 TNNQ-----------DHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVS---------MGNL-----
: .: : . : :. .: .. :. .: ::.:
CCDS13 TPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLEQEPLLSRMGSLRAPVD
320 330 340 350 360 370
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 ----SPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDL
:::.. .::....... . : :..: :: :: ..: : ::: :::: :.
CCDS13 EDRLSPLVAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEGIRDLFDC-DF
380 390 400 410 420
460
pF1KB5 EKL-PLVEDFMCS
: :: ::
CCDS13 GDLTPL--DF
430
>>CCDS62859.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 (249 aa)
initn: 533 init1: 281 opt: 612 Z-score: 460.8 bits: 93.7 E(32554): 2.4e-19
Smith-Waterman score: 612; 53.6% identity (81.8% similar) in 181 aa overlap (175-354:28-207)
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 YLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDL
.. :.:.:: ::.::..:. ..: :.:::
CCDS62 MNPSPSKIRINLEDNVQYVSMRKALKVKRPRFDVSLVYLTRKFMDLVRSAPGGILDL
10 20 30 40 50
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 NKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVT
::.: : :.:::.:::::::.:: :..:::::...:.: .:: . : . : . :..:..
CCDS62 NKVATKLGVRKRRVYDITNVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLS-NFGAVPQQKKLQEELS
60 70 80 90 100 110
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 ELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPET
.:: : :::::..:. .: ::.:.::.::::::::::..:.....: ::.:::: ::
CCDS62 DLSAMEDALDELIKDCAQQLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAET
120 130 140 150 160 170
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 RLEVPDSIE-SLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETHSPMKTNNQDHNGNIPKPASKDLAST
::.:: : :. .:. ::.:::.:::: :
CCDS62 RLDVPAPREDSITVHIRSTNGPIDVYLCEVEQGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEGPEEEE
180 190 200 210 220 230
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 NSGHSDCSVSMGNLSPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEG
CCDS62 NPQQSEELLEVSN
240
>>CCDS1680.2 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 (281 aa)
initn: 533 init1: 281 opt: 612 Z-score: 460.1 bits: 93.7 E(32554): 2.6e-19
Smith-Waterman score: 612; 53.6% identity (81.8% similar) in 181 aa overlap (175-354:60-239)
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 YLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDL
.. :.:.:: ::.::..:. ..: :.:::
CCDS16 INVEGLLPSKIRINLEDNVQYVSMRKALKVKRPRFDVSLVYLTRKFMDLVRSAPGGILDL
30 40 50 60 70 80
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 NKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVT
::.: : :.:::.:::::::.:: :..:::::...:.: .:: . : . : . :..:..
CCDS16 NKVATKLGVRKRRVYDITNVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLS-NFGAVPQQKKLQEELS
90 100 110 120 130 140
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 ELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPET
.:: : :::::..:. .: ::.:.::.::::::::::..:.....: ::.:::: ::
CCDS16 DLSAMEDALDELIKDCAQQLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAET
150 160 170 180 190 200
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 RLEVPDSIE-SLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETHSPMKTNNQDHNGNIPKPASKDLAST
::.:: : :. .:. ::.:::.:::: :
CCDS16 RLDVPAPREDSITVHIRSTNGPIDVYLCEVEQGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEGPEEEE
210 220 230 240 250 260
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 NSGHSDCSVSMGNLSPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEG
CCDS16 NPQQSEELLEVSN
270 280
>>CCDS62858.1 E2F6 gene_id:1876|Hs108|chr2 (206 aa)
initn: 472 init1: 266 opt: 558 Z-score: 423.0 bits: 86.4 E(32554): 3e-17
Smith-Waterman score: 558; 53.9% identity (81.8% similar) in 165 aa overlap (191-354:1-164)
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 LRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYD
..:. ..: :.:::::.: : :.:::.::
CCDS62 MDLVRSAPGGILDLNKVATKLGVRKRRVYD
10 20 30
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 ITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMGCSLSEDGGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSC
:::::.:: :..:::::...:.: .:: . : . : . :..:...:: : :::::..:
CCDS62 ITNVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLS-NFGAVPQQKKLQEELSDLSAMEDALDELIKDC
40 50 60 70 80
290 300 310 320 330
pF1KB5 TLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIE-SLQIHL
. .: ::.:.::.::::::::::..:.....: ::.:::: ::::.:: : :. .:.
CCDS62 AQQLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAETRLDVPAPREDSITVHI
90 100 110 120 130 140
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 ASTQGPIEVYLCPEETETHSPMKTNNQDHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVSMGNLSP
::.:::.:::: :
CCDS62 RSTNGPIDVYLCEVEQGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEGPEEEENPQQSEELLEVSN
150 160 170 180 190 200
>>CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs108|chr16 (413 aa)
initn: 578 init1: 172 opt: 514 Z-score: 386.9 bits: 80.7 E(32554): 3.1e-15
Smith-Waterman score: 522; 40.8% identity (66.0% similar) in 262 aa overlap (167-417:6-244)
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 ELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQ
:..: :. .:.. :::::: ::..::..
CCDS32 MAEAGPQAPPPPGTPSRHEKSLGLLTTKFVSLLQE
10 20 30
200 210 220 230 240 250
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. ::::::. ::..: : ::::::::::::::: ::.:::::..:: : :. : .
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