Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5838
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5838, 481 aa
1>>>pF1KB5838 481 - 481 aa - 481 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7047+/-0.0012; mu= 15.3432+/- 0.071
mean_var=158.2242+/-66.145, 0's: 0 Z-trim(102.9): 302 B-trim: 917 in 2/47
Lambda= 0.101962
statistics sampled from 6590 (7156) to 6590 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.562), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16
Scan time: 3.140
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2483.1 HTR2B gene_id:3357|Hs108|chr2 ( 481) 3109 470.7 1.5e-132
CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 458) 790 129.6 7.1e-30
CCDS9405.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 471) 782 128.4 1.6e-29
CCDS2920.1 HTR1F gene_id:3355|Hs108|chr3 ( 366) 571 97.2 3.1e-20
CCDS231.1 HTR1D gene_id:3352|Hs108|chr1 ( 377) 566 96.5 5.2e-20
CCDS4986.1 HTR1B gene_id:3351|Hs108|chr6 ( 390) 566 96.5 5.3e-20
CCDS33829.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 367) 562 95.9 7.7e-20
CCDS5006.1 HTR1E gene_id:3354|Hs108|chr6 ( 365) 553 94.6 1.9e-19
CCDS7586.1 ADRB1 gene_id:153|Hs108|chr10 ( 477) 512 88.7 1.5e-17
CCDS53867.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 387) 510 88.3 1.6e-17
CCDS59174.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 248) 486 84.5 1.4e-16
CCDS8362.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 414) 415 74.4 2.7e-13
CCDS8361.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 443) 415 74.4 2.8e-13
CCDS7710.1 DRD4 gene_id:1815|Hs108|chr11 ( 419) 407 73.2 6.1e-13
CCDS34168.1 HTR1A gene_id:3350|Hs108|chr5 ( 422) 406 73.0 6.8e-13
CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 432) 396 71.6 1.9e-12
CCDS4347.1 ADRA1B gene_id:147|Hs108|chr5 ( 520) 397 71.8 1.9e-12
CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 445) 396 71.6 1.9e-12
CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 479) 396 71.6 2e-12
CCDS3438.1 CCKAR gene_id:886|Hs108|chr4 ( 428) 388 70.4 4.3e-12
CCDS6099.1 ADRB3 gene_id:155|Hs108|chr8 ( 408) 375 68.5 1.6e-11
CCDS2978.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 400) 373 68.2 1.9e-11
CCDS56129.1 ADRA2B gene_id:151|Hs108|chr2 ( 450) 371 67.9 2.5e-11
CCDS3405.1 DRD5 gene_id:1816|Hs108|chr4 ( 477) 370 67.8 2.9e-11
CCDS13079.1 ADRA1D gene_id:146|Hs108|chr20 ( 572) 371 68.1 2.9e-11
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 ( 462) 369 67.7 3.1e-11
CCDS4292.1 ADRB2 gene_id:154|Hs108|chr5 ( 413) 368 67.4 3.2e-11
CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11 ( 479) 358 66.1 9.8e-11
CCDS83269.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 342) 356 65.6 9.8e-11
>>CCDS2483.1 HTR2B gene_id:3357|Hs108|chr2 (481 aa)
initn: 3109 init1: 3109 opt: 3109 Z-score: 2493.2 bits: 470.7 E(32554): 1.5e-132
Smith-Waterman score: 3109; 100.0% identity (100.0% similar) in 481 aa overlap (1-481:1-481)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MALSYRVSELQSTIPEHILQSTFVHVISSNWSGLQTESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALL
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CCDS24 MALSYRVSELQSTIPEHILQSTFVHVISSNWSGLQTESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ILMVIIPTIGGNTLVILAVSLEKKLQYATNYFLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAM
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CCDS24 ILMVIIPTIGGNTLVILAVSLEKKLQYATNYFLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 WPLPLVLCPAWLFLDVLFSTASIMHLCAISVDRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVW
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CCDS24 WPLPLVLCPAWLFLDVLFSTASIMHLCAISVDRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LISIGIAIPVPIKGIETDVDNPNNITCVLTKERFGDFMLFGSLAAFFTPLAIMIVTYFLT
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CCDS24 LISIGIAIPVPIKGIETDVDNPNNITCVLTKERFGDFMLFGSLAAFFTPLAIMIVTYFLT
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250 260 270 280 290 300
pF1KB5 IHALQKKAYLVKNKPPQRLTWLTVSTVFQRDETPCSSPEKVAMLDGSRKDKALPNSGDET
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CCDS24 IHALQKKAYLVKNKPPQRLTWLTVSTVFQRDETPCSSPEKVAMLDGSRKDKALPNSGDET
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LMRRTSTIGKKSVQTISNEQRASKVLGIVFFLFLLMWCPFFITNITLVLCDSCNQTTLQM
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CCDS24 LMRRTSTIGKKSVQTISNEQRASKVLGIVFFLFLLMWCPFFITNITLVLCDSCNQTTLQM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LLEIFVWIGYVSSGVNPLVYTLFNKTFRDAFGRYITCNYRATKSVKTLRKRSSKIYFRNP
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CCDS24 LLEIFVWIGYVSSGVNPLVYTLFNKTFRDAFGRYITCNYRATKSVKTLRKRSSKIYFRNP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 MAENSKFFKKHGIRNGINPAMYQSPMRLRSSTIQSSSIILLDTLLLTENEGDKTEEQVSY
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CCDS24 MAENSKFFKKHGIRNGINPAMYQSPMRLRSSTIQSSSIILLDTLLLTENEGDKTEEQVSY
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 V
:
CCDS24 V
>>CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX (458 aa)
initn: 1204 init1: 640 opt: 790 Z-score: 649.9 bits: 129.6 E(32554): 7.1e-30
Smith-Waterman score: 1208; 52.4% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (55-403:54-391)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 HVISSNWSGLQTESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALLILMVIIPTIGGNTLVILAVSLEKK
.: :: :...:: ::::: :::.:::.:::
CCDS14 DISVSPVAAIVTDIFNTSDGGRFKFPDGVQNWPALSIVIIIIMTIGGNILVIMAVSMEKK
30 40 50 60 70 80
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 LQYATNYFLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAMWPLPLVLCPAWLFLDVLFSTASIM
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CCDS14 LHNATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVWPLPRYLCPVWISLDVLFSTASIM
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 HLCAISVDRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVWLISIGIAIPVPIKGIETDVDN-PN
::::::.:::.::..::. ...:::. :..::..:: ::::...:.:. :.. . :
CCDS14 HLCAISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWAISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFVN
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 NITCVLTKERFGDFMLFGSLAAFFTPLAIMIVTYFLTIHALQKKAYLVKNKPPQRLTWLT
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CCDS14 NTTCVLNDP---NFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYCLTIYVLRRQALMLLHGHTEEPPGLS
210 220 230 240 250 260
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 VSTVFQRDETPCSSPEKVAMLDGSRKDKALPNSGDETLMRRTSTIGKK--SVQTISNEQR
. : : . . . ....: ::. :.. :: . . ..:.:.::..
CCDS14 L------DFLKCCKRNTAE-----EENSANPNQ-DQNARRRKKKERRPRGTMQAINNERK
270 280 290 300
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 ASKVLGIVFFLFLLMWCPFFITNITLVLCD-SCNQTTLQMLLEIFVWIGYVSSGVNPLVY
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CCDS14 ASKVLGIVFFVFLIMWCPFFITNILSVLCEKSCNQKLMEKLLNVFVWIGYVCSGINPLVY
310 320 330 340 350 360
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 TLFNKTFRDAFGRYITCNYRATKSVKTLRKRSSKIYFRNPMAENSKFFKKHGIRNGINPA
::::: .: ::. :. :::.. :
CCDS14 TLFNKIYRRAFSNYLRCNYKVEKKPPVRQIPRVAATALSGRELNVNIYRHTNEPVIEKAS
370 380 390 400 410 420
>>CCDS9405.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 (471 aa)
initn: 1182 init1: 628 opt: 782 Z-score: 643.4 bits: 128.4 E(32554): 1.6e-29
Smith-Waterman score: 1200; 53.4% identity (78.0% similar) in 350 aa overlap (55-403:75-403)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 HVISSNWSGLQTESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALLILMVIIPTIGGNTLVILAVSLEKK
.:.::: .::: ::.:: :::.:::::::
CCDS94 WTVDSENRTNLSCEGCLSPSCLSLLHLQEKNWSALLTAVVIILTIAGNILVIMAVSLEKK
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90 100 110 120 130 140
pF1KB5 LQYATNYFLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAMWPLPLVLCPAWLFLDVLFSTASIM
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CCDS94 LQNATNYFLMSLAIADMLLGFLVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASIM
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 HLCAISVDRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVWLISIGIAIPVPIKGIETDVDNPNN
::::::.:::.::..::. ...:::. ::.:: .:: ::.::..:.:. :.. : ..
CCDS94 HLCAISLDRYVAIQNPIHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVFKE
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 ITCVLTKERFGDFMLFGSLAAFFTPLAIMIVTYFLTIHALQKKAYLVKNKPPQRLTWLTV
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CCDS94 GSCLLADD---NFVLIGSFVSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASF
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 STVFQRDETPCSSPEKVAMLDGSRKDKALPNSGDETLMRRTSTIGKKSVQTISNEQRASK
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CCDS94 SFLPQSSL----SSEKLFQRSIHRE----PGS----------YTGRRTMQSISNEQKACK
290 300 310 320
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 VLGIVFFLFLLMWCPFFITNITLVLC-DSCNQTTLQMLLEIFVWIGYVSSGVNPLVYTLF
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CCDS94 VLGIVFFLFVVMWCPFFITNIMAVICKESCNEDVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLF
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pF1KB5 NKTFRDAFGRYITCNYRATKSVKTLRKRSSKIYFRNPMAENSKFFKKHGIRNGINPAMYQ
:::.:.::.::: :.:. .:
CCDS94 NKTYRSAFSRYIQCQYKENKKPLQLILVNTIPALAYKSSQLQMGQKKNSKQDAKTTDNDC
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>>CCDS2920.1 HTR1F gene_id:3355|Hs108|chr3 (366 aa)
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Smith-Waterman score: 571; 30.3% identity (65.0% similar) in 346 aa overlap (62-397:33-364)
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 SGLQTESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALLILMVIIPTIGGNTLVILAVSLEKKLQYATNY
: .. :: :.::: :. . .::.. .::
CCDS29 FLNSSDQNLTSEELLNRMPSKILVSLTLSGLALMTTTI--NSLVIAAIIVTRKLHHPANY
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pF1KB5 FLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAMWPLPLVLCPAWLFLDVLFSTASIMHLCAISV
.. ::::.:.::...:::.... :. :. : . :.: :: .:. : ::.:: ::..
CCDS29 LICSLAVTDFLVAVLVMPFSIVYIVRES-WIMGQVVCDIWLSVDITCCTCSILHLSAIAL
70 80 90 100 110
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pF1KB5 DRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVWLISIGIAIPVPI--KGIETDVDNPNNITCVL
::: :: .. . . : : ::.::.::. :..: :. . :. :. :..
CCDS29 DRYRAITDAVEYARKRTPKHAGIMITIVWIISVFISMP-PLFWRHQGTSRDDE----CII
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pF1KB5 TKERFGDFMLFGSLAAFFTPLAIMIVTYFLTIHALQKKAYLVKNKPPQRLTWLTVS--TV
.... . ......::. :::.... :. .: . : ... .:.. :. ..
CCDS29 KHDHIVS-TIYSTFGAFYIPLALILILYYKIYRAAKT---LYHKRQASRIAKEEVNGQVL
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pF1KB5 FQRDETPCSSPEKVAMLDGSRKDKALPNSGDETLMR--RTSTIGKKSV--QTISN--EQR
.. : .: .:. : .: . . .. .: :. .:: : ::. :..
CCDS29 LESGEKSTKSVSTSYVLEKSLSDPSTDFDKIHSTVRSLRSEFKHEKSWRRQKISGTRERK
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pF1KB5 ASKVLGIVFFLFLLMWCPFFITNITLVLCDSCNQTTLQMLLEIFVWIGYVSSGVNPLVYT
:. .::... :.. : :::. .... .::.:. . . . ....:.::..: .:::.::
CCDS29 AATTLGLILGAFVICWLPFFVKELVVNVCDKCKIS--EEMSNFLAWLGYLNSLINPLIYT
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pF1KB5 LFNKTFRDAFGRYITCNYRATKSVKTLRKRSSKIYFRNPMAENSKFFKKHGIRNGINPAM
.::. :. :: . . :
CCDS29 IFNEDFKKAFQKLVRCRC
350 360
>>CCDS231.1 HTR1D gene_id:3352|Hs108|chr1 (377 aa)
initn: 437 init1: 187 opt: 566 Z-score: 472.7 bits: 96.5 E(32554): 5.2e-20
Smith-Waterman score: 566; 27.7% identity (65.5% similar) in 339 aa overlap (58-395:42-371)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 SSNWSGLQTESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALLILMVIIPTIGGNTLVILAVSLEKKLQY
:... .. . :. .:..:. .. : .::.
CCDS23 PQEASNRSLNATETSEAWDPRTLQALKISLAVVLSVITLATVLSNAFVLTTILLTRKLHT
20 30 40 50 60 70
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pF1KB5 ATNYFLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAMWPLPLVLCPAWLFLDVLFSTASIMHLC
.::.. :::..::::...::::.. . .. : . .:: :: :. ::::.:::
CCDS23 PANYLIGSLATTDLLVSILVMPISIAYTITHT-WNFGQILCDIWLSSDITCCTASILHLC
80 90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 AISVDRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVWLISIGIAIPVPIKGIETDVDNPNNITC
.:..::: :: .. .. . . : :..:: ::: :.:: :. .. ... . :
CCDS23 VIALDRYWAITDALEYSKRRTAGHAATMIAIVWAISICISIP-PLFWRQAKAQEEMS-DC
140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 VLTKERFGDFMLFGSLAAFFTPLAIMIVTYFLTIHALQKKAYLVKNKPPQRLTWLTVSTV
... ... . .... .::. : ...:. : .: ... . : : .:.. .
CCDS23 LVNTSQIS-YTIYSTCGAFYIPSVLLIILYGRIYRAARNR---ILNPPSLYGKRFTTAHL
190 200 210 220 230 240
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pF1KB5 FQRDETPCSSPEKVAMLDGSRKDKALPNSGDETLMRRTSTIGKKSVQTISNEQRASKVLG
. . . .. .: .. . : ... .. ... ... . . :..:.:.::
CCDS23 ITGSAGSSLCSLNSSLHEGHSHSAGSPLFFNHVKIKLADSALERKRISAARERKATKILG
250 260 270 280 290 300
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pF1KB5 IVFFLFLLMWCPFFITNITLVLC-DSCNQTTLQMLLEIFVWIGYVSSGVNPLVYTLFNKT
:.. :.. : :::.....: .: ::: :...:.:.::..: .::..::.::.
CCDS23 IILGAFIICWLPFFVVSLVLPICRDSC--WIHPALFDFFTWLGYLNSLINPIIYTVFNEE
310 320 330 340 350 360
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pF1KB5 FRDAFGRYITCNYRATKSVKTLRKRSSKIYFRNPMAENSKFFKKHGIRNGINPAMYQSPM
::.:: . .
CCDS23 FRQAFQKIVPFRKAS
370
>>CCDS4986.1 HTR1B gene_id:3351|Hs108|chr6 (390 aa)
initn: 446 init1: 194 opt: 566 Z-score: 472.5 bits: 96.5 E(32554): 5.3e-20
Smith-Waterman score: 568; 29.0% identity (65.2% similar) in 362 aa overlap (44-395:36-384)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 IPEHILQSTFVHVISSNWSGLQTESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALLILMVIIPTIG---
:. . ... .: : .::.... . :..
CCDS49 AQCAPPPPAGSETWVPQANLSSAPSQNCSAKDYIYQDSISLPWKVLLVMLLALITLATTL
10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 GNTLVILAVSLEKKLQYATNYFLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAMWPLPLVLCPA
.:..:: .: .::. .::.. ::::.::::...::::. . . . : : :.:
CCDS49 SNAFVIATVYRTRKLHTPANYLIASLAVTDLLVSILVMPISTMYTV-TGRWTLGQVVCDF
70 80 90 100 110 120
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pF1KB5 WLFLDVLFSTASIMHLCAISVDRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVWLISIGIAIPV
:: :. ::::.:::.:..::: :: .. . . : . :..::..::.:..:
CCDS49 WLSSDITCCTASILHLCVIALDRYWAITDAVEYSAKRTPKRAAVMIALVWVFSISISLP-
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CCDS49 PFFWRQAKAEEEVS-ECVVNTDHIL-YTVYSTVGAFYFPTLLLIALYGRIYVEARSRILK
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CCDS49 SDALLEKKKLMAARERKATKTLGIILGAFIVCWLPFFIISLVMPICKDAC--WFHLAIFD
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CCDS50 QNSFASCKLTQTFCVSDFSTSDPTTEFEKFHASIRIPPFDNDLDHPGERQQISSTRERKA
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CCDS50 ARILGLILGAFILSWLPFFIKELIVGLS---IYTVSSEVADFLTWLGYVNSLINPLLYTS
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CCDS50 FNEDFKLAFKKLIRCREHT
350 360
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CCDS53 FLFVVMWCPFFITNIMAVICKESCNEDVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRS
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]