Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5806
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5806, 452 aa
1>>>pF1KB5806 452 - 452 aa - 452 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2066+/-0.000819; mu= 12.8892+/- 0.049
mean_var=74.5473+/-15.318, 0's: 0 Z-trim(107.6): 22 B-trim: 47 in 1/49
Lambda= 0.148545
statistics sampled from 9681 (9692) to 9681 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.68), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16
Scan time: 3.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4933.1 TFAP2D gene_id:83741|Hs108|chr6 ( 452) 3014 655.2 3.8e-188
CCDS4510.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 ( 437) 1185 263.3 3.6e-70
CCDS34337.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 ( 431) 1181 262.4 6.4e-70
CCDS43422.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 ( 433) 1179 262.0 8.7e-70
CCDS4934.2 TFAP2B gene_id:7021|Hs108|chr6 ( 460) 1105 246.1 5.4e-65
CCDS393.2 TFAP2E gene_id:339488|Hs108|chr1 ( 442) 1069 238.4 1.1e-62
CCDS13454.1 TFAP2C gene_id:7022|Hs108|chr20 ( 450) 1008 225.3 9.7e-59
>>CCDS4933.1 TFAP2D gene_id:83741|Hs108|chr6 (452 aa)
initn: 3014 init1: 3014 opt: 3014 Z-score: 3491.4 bits: 655.2 E(32554): 3.8e-188
Smith-Waterman score: 3014; 100.0% identity (100.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSTTFPGLVHDAEIRHDGSNSYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYSTTGTEFASPYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 MSTTFPGLVHDAEIRHDGSNSYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYSTTGTEFASPYF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 STNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFINLHNAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 STNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFINLHNAR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ALKSSCLDEQRRELGCLDAYRRHDLSLMSHGSQYGMHPDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 ALKSSCLDEQRRELGCLDAYRRHDLSLMSHGSQYGMHPDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SVEAQCGLVLNGQGGVIRRGGTCVVNPTDLFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 SVEAQCGLVLNGQGGVIRRGGTCVVNPTDLFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRLGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 PECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRLGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQTARKKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 ARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQTARKKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 SSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAICAALSTFQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 SSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAICAALSTFQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGA
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB5 ADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 ADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD
430 440 450
>>CCDS4510.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 (437 aa)
initn: 1150 init1: 1098 opt: 1185 Z-score: 1373.3 bits: 263.3 E(32554): 3.6e-70
Smith-Waterman score: 1218; 50.3% identity (70.2% similar) in 453 aa overlap (11-437:13-437)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSTTFPGLVHDAEIRHDGSN--SYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYSTTGTEFA
: : ::::.. . :: ::: .:..: :.:. ::.. : ...:
CCDS45 MLWKLTDNIKYEDCEDRHDGTSNGTARLPQLG---TVGQSP--YTSAPPLSH-TPNADFQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SPYFSTNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFIN-
::: .: :.. :: . .:: . : :::: :: . : : : : . .
CCDS45 PPYFPPPYQ--PIYPQS---QDPYSH---VNDPYSLNPLHAQPQPQ---HPGWPGQRQSQ
60 70 80 90 100
120 130 140 150
pF1KB5 ----LHNARAL--KSSCLDEQRRELGCLDAYRRH---------------DLSLMS--HGS
::. :.: . : :: ::. :::: :::. : :.
CCDS45 ESGLLHTHRGLPHQLSGLDP-RRD------YRRHEDLLHGPHALSSGLGDLSIHSLPHAI
110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 QYGMHPDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQGSVEAQCGLVLNGQGGVIRRGGTCVVNPTDLFC
. : .. . :. . : .:. : . . .. ... :: ::::...::
CCDS45 EEVPHVEDPGINIPDQTVIKKGPVSLSKSNSNAVSAIPINKDNLF--GG--VVNPNEVFC
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 SVPGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSPPECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRL
::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::.::::::::::: ::::::..
CCDS45 SVPGRLSLLSSTSKYKVTVAEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRSLREKLDKI
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 GLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHLARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQT
:::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::::.: : ::: . .::.
CCDS45 GLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAVAEFLNRQHSDPNEQV
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 ARKKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLGSSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAIC
.::.:.:::::::::: :::.:::::::.:::.:::. :: ::::.::.::::.::.:
CCDS45 TRKNMLLATKQICKEFTDLLAQDRSPLGNSRPNPILEPGIQSCLTHFNLISHGFGSPAVC
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 AALSTFQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGAADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD
::....:. :.: :. ..: .: .. .......... ::
CCDS45 AAVTALQNYLTEALKAMDKMYLSNNPNSHTDNNAKSSDKEEKHRK
400 410 420 430
>>CCDS34337.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 (431 aa)
initn: 1150 init1: 1098 opt: 1181 Z-score: 1368.7 bits: 262.4 E(32554): 6.4e-70
Smith-Waterman score: 1214; 50.2% identity (70.1% similar) in 458 aa overlap (8-437:2-431)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSTTFPGLVHD--AEIRHDGSN--SYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYSTTGTEFA
:::. : ::::.. . :: ::: .:..: :.:. ::.. : ...:
CCDS34 MLVHSFSAMDRHDGTSNGTARLPQLG---TVGQSP--YTSAPPLSH-TPNADFQ
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SPYFSTNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFIN-
::: .: :.. :: . .:: . : :::: :: . : : : : . .
CCDS34 PPYFPPPYQ--PIYPQS---QDPYSH---VNDPYSLNPLHAQPQ---PQHPGWPGQRQSQ
50 60 70 80 90
120 130 140 150
pF1KB5 ----LHNARAL--KSSCLDEQRRELGCLDAYRRH---------------DLSLMS--HGS
::. :.: . : :: ::. :::: :::. : :.
CCDS34 ESGLLHTHRGLPHQLSGLDP-RRD------YRRHEDLLHGPHALSSGLGDLSIHSLPHAI
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 QYGMHPDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQGSVEAQCGLVLNGQGGVIRRGGTCVVNPTDLFC
. : .. . :. . : .:. : . . .. ... :: ::::...::
CCDS34 EEVPHVEDPGINIPDQTVIKKGPVSLSKSNSNAVSAIPINKDNLF--GG--VVNPNEVFC
160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 SVPGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSPPECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRL
::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::.::::::::::: ::::::..
CCDS34 SVPGRLSLLSSTSKYKVTVAEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRSLREKLDKI
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 GLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHLARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQT
:::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::::.: : ::: . .::.
CCDS34 GLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAVAEFLNRQHSDPNEQV
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 ARKKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLGSSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAIC
.::.:.:::::::::: :::.:::::::.:::.:::. :: ::::.::.::::.::.:
CCDS34 TRKNMLLATKQICKEFTDLLAQDRSPLGNSRPNPILEPGIQSCLTHFNLISHGFGSPAVC
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 AALSTFQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGAADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD
::....:. :.: :. ..: .: .. .......... ::
CCDS34 AAVTALQNYLTEALKAMDKMYLSNNPNSHTDNNAKSSDKEEKHRK
390 400 410 420 430
>>CCDS43422.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 (433 aa)
initn: 1150 init1: 1098 opt: 1179 Z-score: 1366.4 bits: 262.0 E(32554): 8.7e-70
Smith-Waterman score: 1212; 50.1% identity (70.2% similar) in 453 aa overlap (11-437:9-433)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSTTFPGLVHDAEIRHDGSN--SYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYSTTGTEFASP
: . ::::.. . :: ::: .:..: :.:. ::.. : ...: :
CCDS43 MSILAKMGDWQDRHDGTSNGTARLPQLG---TVGQSP--YTSAPPLSH-TPNADFQPP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 YFSTNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFIN---
:: .: :.. :: . .:: . : :::: :: . : : : : . .
CCDS43 YFPPPYQ--PIYPQS---QDPYSH---VNDPYSLNPLHAQPQPQ---HPGWPGQRQSQES
60 70 80 90 100
120 130 140 150
pF1KB5 --LHNARAL--KSSCLDEQRRELGCLDAYRRH---------------DLSLMS--HGSQY
::. :.: . : :: ::. :::: :::. : :. .
CCDS43 GLLHTHRGLPHQLSGLDP-RRD------YRRHEDLLHGPHALSSGLGDLSIHSLPHAIEE
110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 GMHPDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQGSVEAQCGLVLNGQGGVIRRGGTCVVNPTDLFCSV
: .. . :. . : .:. : . . .. ... :: ::::...::::
CCDS43 VPHVEDPGINIPDQTVIKKGPVSLSKSNSNAVSAIPINKDNLF--GG--VVNPNEVFCSV
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 PGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSPPECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRLGL
::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::.::::::::::: ::::::..::
CCDS43 PGRLSLLSSTSKYKVTVAEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRSLREKLDKIGL
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 NLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHLARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQTAR
:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::::.: : ::: . .::..:
CCDS43 NLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAVAEFLNRQHSDPNEQVTR
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 KKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLGSSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAICAA
:.:.:::::::::: :::.:::::::.:::.:::. :: ::::.::.::::.::.:::
CCDS43 KNMLLATKQICKEFTDLLAQDRSPLGNSRPNPILEPGIQSCLTHFNLISHGFGSPAVCAA
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 LSTFQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGAADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD
....:. :.: :. ..: .: .. .......... ::
CCDS43 VTALQNYLTEALKAMDKMYLSNNPNSHTDNNAKSSDKEEKHRK
400 410 420 430
>>CCDS4934.2 TFAP2B gene_id:7021|Hs108|chr6 (460 aa)
initn: 1239 init1: 1049 opt: 1105 Z-score: 1280.3 bits: 246.1 E(32554): 5.4e-65
Smith-Waterman score: 1212; 51.4% identity (69.2% similar) in 451 aa overlap (13-432:27-454)
10 20 30 40
pF1KB5 MSTTFPGLVHDAEIRHDG--SNSYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSS
: :::: :.: :: ::: ::... :::.
CCDS49 MHSPPRDQAAIMLWKLVENVKYEDIYEDRHDGVPSHSSRLSQLG---SVSQG--PYSSAP
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 PLTYSTTGTEFASPYFSTNHQYTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYSLNSLHHSQQY---
::.. : ...: ::: .: : .::: . .:: . : :::: ::. ::.
CCDS49 PLSH-TPSSDFQPPYFPPPYQPLP-YHQS---QDPYSH---VNDPYSLNPLHQPQQHPWG
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150
pF1KB5 -YQQIHHG-EPTDFINLHNARALKSSCLDEQRRELGCLDAYRRHDLSLMS--HGSQYGMH
:. . : : ... : . : :: ::. . :: :. : : :: . ::
CCDS49 QRQRQEVGSEAGSLLPQPRAALPQLSGLDP-RRD---YHSVRRPDVLLHSAHHGLDAGMG
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200
pF1KB5 PDQRLLPGPSLGLAAAGADDLQGSVEAQ-CGLVLNGQGGVIRR----------------G
. : ::. : .:.:. .:. :. : :. ::.. :
CCDS49 DSLSLH-----GLGHPGMEDVQSVEDANNSGMNLLDQS-VIKKVPVPPKSVTSLMMNKDG
170 180 190 200 210
210 220 230 240 250
pF1KB5 --GTCVVNPTDLFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSPPECLNASLLGGILRRAKS
: :: ..::::::::::::::::::::..::.::::::::::::::::.::::::
CCDS49 FLGGMSVNTGEVFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKS
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 KNGGRCLREKLDRLGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEALHLARDFGYTCETEFPAKAVG
::::: :::.:...:::::::::::::::::::::::::.:::::::: ::::::::::.
CCDS49 KNGGRSLRERLEKIGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYICETEFPAKAVS
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 EHLARQHMEQKEQTARKKMILATKQICKEFQDLLSQDRSPLGSSRPTPILDLDIQRHLTH
:.: ::: . .. .::.:.:::::.:::: :::.:::.:.:.:::.:::. :: :::
CCDS49 EYLNRQHTDPSDLHSRKNMLLATKQLCKEFTDLLAQDRTPIGNSRPSPILEPGIQSCLTH
340 350 360 370 380 390
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 FSLITHGFGTPAICAALSTFQTVLSEMLNYLEK---HTTHKNGGAADSGQGHANSEKAPL
:::::::::.:::::::...:. :.: :. ..: ..: : .. : : ...:
CCDS49 FSLITHGFGAPAICAALTALQNYLTEALKGMDKMFLNNTTTNRHTSGEGPGSKTGDKEEK
400 410 420 430 440 450
440 450
pF1KB5 RKTSEAAVKEGKTEKTD
CCDS49 HRK
460
>>CCDS393.2 TFAP2E gene_id:339488|Hs108|chr1 (442 aa)
initn: 1152 init1: 1051 opt: 1069 Z-score: 1238.8 bits: 238.4 E(32554): 1.1e-62
Smith-Waterman score: 1122; 50.2% identity (66.0% similar) in 430 aa overlap (39-437:31-442)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 VHDAEIRHDGSNSYRLMQLGCLESVANSTVAYSSSSPLTYS---TTGTEFASPYFSTNHQ
::. . :: .. :...:: ::: .
CCDS39 MLVHTYSAMERPDGLGAAAGGARLSSLPQAAYGPAPPLCHTPAATAAAEFQPPYFPPPYP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 YTPLHHQSFHYEFQHSHPAVTPDAYS-LNSLHHSQQYYQQIHHGEPTDFINLHNARALKS
:: . . . . : .. : :. : : . : : . : :.
CCDS39 QPPLPYGQ-APDAAAAFPHLAGDPYGGLAPLAQPQP--PQAAWAAPRAAARAHEE---PP
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB5 SCLDEQRRELGCLDAYRRHDLSL--MSHGSQYGMH--PDQRL-LPGPSLGLAAA-GADDL
. : : :: :: : . .. . :: : : : : :: ::::: : .::
CCDS39 GLLAPPARALG-LDPRRDYATAVPRLLHGLADGAHGLADAPLGLP----GLAAAPGLEDL
120 130 140 150 160
180 190 200 210
pF1KB5 QGSVEAQCGLVLNGQGGVIRR---------------------GGTCVVNPTDLFCSVPGR
:. : :. : :. ::.. :: ..:: ..:::::::
CCDS39 QAMDEP--GMSLLDQS-VIKKVPIPSKASSLSALSLAKDSLVGG--ITNPGEVFCSVPGR
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 LSLLSSTSKYKVTIAEVKRRLSPPECLNASLLGGILRRAKSKNGGRCLREKLDRLGLNLP
:::::::::::::..::.::::::::::::::::.:::::::::::::::.:...:::::
CCDS39 LSLLSSTSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRCLRERLEKIGLNLP
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 AGRRKAANVTLLTSLVEGEALHLARDFGYTCETEFPAKAVGEHLARQHMEQKEQTARKKM
::::::::::::::::::::.::::::::.:::::::::..:.: ::: . : .::.:
CCDS39 AGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAAAEYLCRQHADPGELHSRKSM
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 ILATKQICKEFQDLLSQDRSPLGSSRPTPILDLDIQRHLTHFSLITHGFGTPAICAALST
.::.::::::: ::..:::::::.:::. ::. .: :::::::::::: :::::::..
CCDS39 LLAAKQICKEFADLMAQDRSPLGNSRPALILEPGVQSCLTHFSLITHGFGGPAICAALTA
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 FQTVLSEMLNYLEKHTTHKNGGAADSGQGHANSEKAPLRKTSEAAVKEGKTEKTD
::. : : :. :.: . : . :. .:. . : ::
CCDS39 FQNYLLESLKGLDKMFLSSVG--SGHGETKASEKDAKHRK
410 420 430 440
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