Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5793
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5793, 831 aa
1>>>pF1KB5793 831 - 831 aa - 831 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3552+/-0.000862; mu= 16.3513+/- 0.052
mean_var=93.5096+/-19.292, 0's: 0 Z-trim(109.4): 14 B-trim: 476 in 1/50
Lambda= 0.132631
statistics sampled from 10830 (10839) to 10830 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.333), width: 16
Scan time: 4.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 ( 831) 5664 1094.3 0
CCDS55618.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 ( 694) 4678 905.6 0
CCDS47008.1 SORCS2 gene_id:57537|Hs108|chr4 (1159) 872 177.4 1.2e-43
CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10 (1222) 826 168.7 5.6e-41
CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10 (1168) 801 163.9 1.5e-39
CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11 (2214) 697 144.1 2.5e-33
>>CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 (831 aa)
initn: 5664 init1: 5664 opt: 5664 Z-score: 5854.8 bits: 1094.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5664; 100.0% identity (100.0% similar) in 831 aa overlap (1-831:1-831)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MERPWGAADGLSRWPHGLGLLLLLQLLPPSTLSQDRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 MERPWGAADGLSRWPHGLGLLLLLQLLPPSTLSQDRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECGRVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 RAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECGRVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 TGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 KVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLW
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 VSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 VKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTNVTSLRGVYITSVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 VFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTNVTSLRGVYITSVLS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 EDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 EPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 EPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 SRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 SRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 TIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 TIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 KQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYRKIPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 KQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYRKIPG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 DKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVLIVKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 DKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVLIVKK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KB5 YVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSDEDLLE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 YVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSDEDLLE
790 800 810 820 830
>>CCDS55618.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1 (694 aa)
initn: 4676 init1: 3736 opt: 4678 Z-score: 4836.3 bits: 905.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4678; 99.7% identity (99.9% similar) in 695 aa overlap (137-831:1-694)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 DLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFI
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFI
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 RTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQN
40 50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 SDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:::::::
CCDS55 SDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSC-TDLGALEL
100 110 120 130 140
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 WRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 WRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVG
150 160 170 180 190 200
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 QEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTN
210 220 230 240 250 260
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 VTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASY
270 280 290 300 310 320
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 SISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYT
330 340 350 360 370 380
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 ILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIW
390 400 410 420 430 440
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 GFTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GFTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLR
450 460 470 480 490 500
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 KSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGR
510 520 530 540 550 560
710 720 730 740 750 760
pF1KB5 EEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGL
570 580 590 600 610 620
770 780 790 800 810 820
pF1KB5 MLVTVVAGVLIVKKYVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MLVTVVAGVLIVKKYVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSD
630 640 650 660 670 680
830
pF1KB5 EDLLE
:::::
CCDS55 EDLLE
690
>>CCDS47008.1 SORCS2 gene_id:57537|Hs108|chr4 (1159 aa)
initn: 619 init1: 267 opt: 872 Z-score: 897.1 bits: 177.4 E(32554): 1.2e-43
Smith-Waterman score: 913; 26.9% identity (57.3% similar) in 762 aa overlap (6-728:47-765)
10 20 30
pF1KB5 MERPWGAADGLSRWPHGLG---LLLLLQLLPPSTL
::: : : : :: : . ::.
CCDS47 ARAPSPGAPPPPRSPRSRPLLLLLLLLGACGAA-GRSPEPGRLGPHAQLTRVPRSPPAGR
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80
pF1KB5 SQ-----DRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGLRAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECG
.. :: :.:: : :: . : .: :.: ::.:.:: :
CCDS47 AEPGGGEDRQARGTEPGAPGPS-PGPAP-GPGEDGAPAAGY----RRWERAAP----LAG
80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 RVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTF-HVPLVIMTFGQSKLYR
. ..: ... : .... . :.:....:::.:: . :. . . .:.:.:
CCDS47 VASRAQVSLISTSFVLKGDATHNQAMVHWTGENSSVILILTKYYHADMGKVL--ESSLWR
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 SEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKN
: :.: .. .: . : . .: : : :. ::.:.. : ..: .: :.: . .
CCDS47 SSDFGTSYTKLTLQPGVTTVIDNF--YICPTNKRKVILVSS-SLSDRDQSLFLSADEGAT
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 FVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNT
: . .:: : ... :.. : .:: . :. :.::...: :: ... : . .
CCDS47 FQKQPIPFFVET-LIFHPKEEDKVLAYTKESKLYVSSDLGKKWTLLQERV------TKDH
250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KB5 IFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVKIYSFG-------LGGRFLFASVMA
.:... .. . :: .: ..::: .:. . :.. . ..: . .:. .
CCDS47 VFWSV-SGVDADPDLVHVE---AQDLGGDFRYVTCAIHNCSEKMLTAPFAGPIDHGSLTV
300 310 320 330 340
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 DKDTTRRIHVSTDQG--------DTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDT
. : .:..: . . . .::. . . .:.......::. :.: .
CCDS47 QDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFVLMKLPKYALPKDLQIISTDESQVFVAVQEWYQM
350 360 370 380 390 400
380 390 400 410 420
pF1KB5 GFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGET---DFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTM
... :: ::. :. :. . . :. :. .: ...::.... . :....:.
CCDS47 DTYNLYQSDPRGVRYALVLQDVRSSRQAEESVLIDILEVRGVKGVFLAN-QKIDGKVMTL
410 420 430 440 450 460
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 ITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKN----ECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPNA
::...: : .:: : : ..: : .: ::.: .. . .. . .. .:
CCDS47 ITYNKGRDWDYLRPPS---MDMNGKPTNCKPPDCHLHLHLRWADNPYVSGTVH--TKDTA
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 VGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPI
:.... :..:. . . ..::..: :..: ...: :. :: ::.::::. .: :.
CCDS47 PGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQVFEEEHHILYLDHGGVIVAIKDTSIPL
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 NVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSYTIDF
...:::.::: :.:..:: .. :: :::: ... ....: :: :.: .::
CCDS47 KILKFSVDEGLTWSTHNFTSTSVFVDGLLSEPGDETLVMTVFGHI-SF-RSDWELVKVDF
590 600 610 620 630 640
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 KDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVTKQPS
. . :.: :.::. : . . : ::.: ...: . ...: : .::... .
CCDS47 RPSFSRQCGEEDYSSWELSNLQG----DRCIMGQQRSFRKRKSTSWCIKGRSFTSALTSR
650 660 670 680 690
670 680 690 700 710
pF1KB5 ICLCSLEDFLCDFGYYRPEND----SKCVEQ----PELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYR
.: : :::::.:. : .. .:: . : : : : . . .. :::
CCDS47 VCECRDSDFLCDYGFERSSSSESSTNKCSANFWFNPLSPPDD---CALG-QTYTSSLGYR
700 710 720 730 740 750
720 730 740 750 760 770
pF1KB5 KIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVL
:. .. :.:::.
CCDS47 KVVSNVCEGGVDMQQSQVQLQCPLTPPRGLQVSIQGEAVAVRPGEDVLFVVRQEQGDVLT
760 770 780 790 800 810
>>CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10 (1222 aa)
initn: 387 init1: 168 opt: 826 Z-score: 849.1 bits: 168.7 E(32554): 5.6e-41
Smith-Waterman score: 833; 25.6% identity (59.7% similar) in 702 aa overlap (55-727:143-805)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 QLLPPSTLSQDRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGLRAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDE
: .:. .: : :. ::.: .. :.
CCDS75 ERRGRGIPAPAKLGGARRSRRAQPPITQERGDAWA--TAPADGS--RGSRPLAKGSREEV
120 130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 ECGRVRDFVA---KLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQ
. :. .: .: ... . :. .... . : : ...:::.:: .. . . . .
CCDS75 KAPRAGGSAAEDLRLPSTSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLY-DFNLGSVTE
170 180 190 200 210 220
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 SKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSS
:.:.:: ::: ... ..: .. . . . ..: :. :..: .: . :. ::
CCDS75 SSLWRSTDYGTTYEKLNDKVGLKTVLSY--LYVNPTNKRKIML---LSDPEMESSILISS
230 240 250 260 270 280
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 DFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKW
: . .. . : :. . .... :.. :..:: : .. :. : .:: .:. .:. .
CCDS75 DEGATYQKYRLTFY-IQSLLFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERI-----
290 300 310 320 330
270 280 290 300 310
pF1KB5 GSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVK----IYSFGLGGRFLFASV
. : :. . :. . .::: .:. ::.: . : .. : .: . :
CCDS75 -TPNR-FYWSVAGLDKEADLVHMEV-RTTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDISS
340 350 360 370 380 390
320 330 340 350 360
pF1KB5 MADKDTTRRIHVSTD---------QGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEP
.. .: :.:.:. . ..... .::. . . . :.......:: :.:
CCDS75 LVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYRREAFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQEW
400 410 420 430 440 450
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTG--GET--DFTNVTSLRGVYITSVLSEDNS
... ... :: ::: .. ... .. .. : :. .. .:....:..... . :..
CCDS75 NQNDTYNLYISDTRGIYFTLAME-NIKSSRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANK-KVDDQ
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 IQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNE-CSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPN
..:.::...: : :. :. . . .. ::::.: . : . . .. :. .
CCDS75 VKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVHCLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRIS--SKET
520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 AVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRP
: :.:.: :..: .: :.::.::: .: .... . .:: :: .::..:. :
CCDS75 APGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGNTWRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLP
570 580 590 600 610 620
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 INVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWG-FTESFLTSQWVSYTI
. . : :::. :. : :: :.. : : : .. ....: :. : :.: .
CCDS75 VRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGALVEAGMETHIMTVFGHFS---LRSEWQLVKV
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610 620 630 640 650
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