FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5690, 518 aa
1>>>pF1KB5690 518 - 518 aa - 518 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3596+/-0.00091; mu= 13.5679+/- 0.055
mean_var=91.4788+/-18.286, 0's: 0 Z-trim(107.8): 22 B-trim: 3 in 1/50
Lambda= 0.134095
statistics sampled from 9804 (9823) to 9804 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.302), width: 16
Scan time: 3.270
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13668.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 518) 3437 675.2 4.9e-194
CCDS13670.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 396) 2503 494.5 9.6e-140
CCDS13669.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 ( 468) 2149 426.0 4.5e-119
CCDS8383.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 501) 1535 307.2 2.8e-83
CCDS55787.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 401) 1288 259.4 5.5e-69
CCDS44740.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 457) 1043 212.0 1.1e-54
CCDS55786.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 376) 914 187.0 3.2e-47
CCDS44739.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 476) 914 187.1 3.9e-47
CCDS44741.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 432) 913 186.9 4.1e-47
CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 396) 359 79.7 6.9e-15
CCDS4859.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6 ( 388) 332 74.4 2.5e-13
CCDS30981.1 REN gene_id:5972|Hs108|chr1 ( 406) 318 71.7 1.7e-12
CCDS73012.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 363) 309 70.0 5.2e-12
CCDS12794.1 NAPSA gene_id:9476|Hs108|chr19 ( 420) 296 67.5 3.4e-11
>>CCDS13668.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 (518 aa)
initn: 3437 init1: 3437 opt: 3437 Z-score: 3597.1 bits: 675.2 E(32554): 4.9e-194
Smith-Waterman score: 3437; 100.0% identity (100.0% similar) in 518 aa overlap (1-518:1-518)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB5 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
490 500 510
>>CCDS13670.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 (396 aa)
initn: 2503 init1: 2503 opt: 2503 Z-score: 2622.4 bits: 494.5 E(32554): 9.6e-140
Smith-Waterman score: 2503; 100.0% identity (100.0% similar) in 378 aa overlap (1-378:1-378)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
::::::::::::::::::
CCDS13 YLRDENSSRSFRITILPQKLQVLQCLKFPGLSQQRM
370 380 390
>>CCDS13669.1 BACE2 gene_id:25825|Hs108|chr21 (468 aa)
initn: 2149 init1: 2149 opt: 2149 Z-score: 2251.1 bits: 426.0 E(32554): 4.5e-119
Smith-Waterman score: 2971; 90.3% identity (90.3% similar) in 518 aa overlap (1-518:1-468)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASL--------------------------------
310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ------------------LYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
380 390 400 410 420 430
490 500 510
pF1KB5 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
440 450 460
>>CCDS8383.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 (501 aa)
initn: 1512 init1: 668 opt: 1535 Z-score: 1608.7 bits: 307.2 E(32554): 2.8e-83
Smith-Waterman score: 1535; 49.6% identity (77.0% similar) in 448 aa overlap (71-512:54-500)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 RVVAPTPGPGTPAERHADGLALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGT
:. ..:. :::::.: ::.:::.:: .:.
CCDS83 HGIRLPLRSGLGGAPLGLRLPRETDEEPEEPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGS
30 40 50 60 70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 PPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGE
::: :.::::::::::::...:: .. :.. . :::::. : : ::::.: : .:
CCDS83 PPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGT
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT
:::.::.: :.. .:::.: ::..::. : .:.:::::::: .:.:..::: ::::::
CCDS83 DLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVK
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270
pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE
:...::.::.:.::::.:. : .. :::...:::. ::: :..:::::..::::..
CCDS83 QTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVI
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 ILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFW
:...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:... :: .: ::::
CCDS83 IVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFW
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 TGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYE-CYRF
: ::.:: . :::. :: ::.:: : ...::::::::: :..:. .. . . ::.:
CCDS83 LGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKF
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 GISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASN
.:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: : .. . ::: : :. .
CCDS83 AISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDC
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 CVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDPEVVNDESSLVR
. .: : ..:.. ..: :.... . :.. .:: : : . . ..: : :
CCDS83 GYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHDDFADDISLLK
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 HRWK
>>CCDS55787.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 (401 aa)
initn: 1263 init1: 611 opt: 1288 Z-score: 1352.0 bits: 259.4 E(32554): 5.5e-69
Smith-Waterman score: 1288; 47.6% identity (75.2% similar) in 399 aa overlap (122-512:3-400)
100 110 120 130 140
pF1KB5 YYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFD--TERSSTYRSKGFDVTVKY
: :....: . :::::. : : :
CCDS55 MVPFIYLQAHFTLCSGWSSTYRDLRKGVYVPY
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 TQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSS
:::.: : .: :::.::.: :.. .:::.: ::..::. : .:.:::::::: .:.:..
CCDS55 TQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDD
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 SLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYT
::: :::::: :...::.::.:.::::.:. : .. :::...:::. ::: :..:::
CCDS55 SLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYT
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 PIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARA
::..::::.. :...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:... :
CCDS55 PIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAA
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 SLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMG
: .: :::: : ::.:: . :::. :: ::.:: : ...::::::::: :..:.
CCDS55 SSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVED
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 AGLNYE-CYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEIS
.. . . ::.:.:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: : .. .
CCDS55 VATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVE
280 290 300 310 320 330
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 GPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDP
::: : :. . . .: : ..:.. ..: :.... . :.. .:: : : .
CCDS55 GPFVTLDMEDCGYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHD
340 350 360 370 380 390
510
pF1KB5 EVVNDESSLVRHRWK
. ..: : :
CCDS55 DFADDISLLK
400
>>CCDS44740.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 (457 aa)
initn: 1340 init1: 611 opt: 1043 Z-score: 1094.9 bits: 212.0 E(32554): 1.1e-54
Smith-Waterman score: 1279; 44.2% identity (68.8% similar) in 448 aa overlap (71-512:54-456)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 RVVAPTPGPGTPAERHADGLALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGT
:. ..:. :::::.: ::.:::.:: .:.
CCDS44 HGIRLPLRSGLGGAPLGLRLPRETDEEPEEPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGS
30 40 50 60 70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 PPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGE
::: :.::::::::::::...:: .. :.. . :::::. : : ::::.: : .:
CCDS44 PPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGT
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT
:: :..::: ::::::
CCDS44 DL--------------------------------------------PDDSLEPFFDSLVK
150
230 240 250 260 270
pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE
:...::.::.:.::::.:. : .. :::...:::. ::: :..:::::..::::..
CCDS44 QTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVI
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 ILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFW
:...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:... :: .: ::::
CCDS44 IVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFW
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 TGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYE-CYRF
: ::.:: . :::. :: ::.:: : ...::::::::: :..:. .. . . ::.:
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. .: : ..:.. ..: :.... . :.. .:: : : . . ..: : :
CCDS44 GYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHDDFADDISLLK
400 410 420 430 440 450
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.::::.:. : .. :::...:::. ::: :..:::
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.. . . ::.:.:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: : .. .
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510
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. ..: : :
CCDS55 DFADDISLLK
370
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230 240 250 260 270
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CCDS44 GYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHDDFADDISLLK
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CCDS44 DL----------------------------------------------------------
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pF1KB5 GISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASN
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CCDS73 ESVTEPGQTFVDA-EFDGILGLGYPSLA--VGGVTPVFDNMMAQNLVDLP-MFSVYMSSN
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CCDS73 -GCQAIVDTGTSLITGPSDKIKQLQNAIGAAPVDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYT
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