Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5174
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5174, 398 aa
1>>>pF1KB5174 398 - 398 aa - 398 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9464+/-0.000756; mu= 15.3650+/- 0.045
mean_var=160.2275+/-48.855, 0's: 0 Z-trim(111.7): 127 B-trim: 1489 in 2/50
Lambda= 0.101322
statistics sampled from 12376 (12626) to 12376 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.388), width: 16
Scan time: 3.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12240.1 S1PR5 gene_id:53637|Hs108|chr19 ( 398) 2610 393.5 1.8e-109
CCDS777.1 S1PR1 gene_id:1901|Hs108|chr1 ( 382) 1030 162.6 5.7e-40
CCDS6680.1 S1PR3 gene_id:1903|Hs108|chr9 ( 378) 696 113.7 2.8e-25
CCDS12229.1 S1PR2 gene_id:9294|Hs108|chr19 ( 353) 674 110.5 2.5e-24
CCDS6777.1 LPAR1 gene_id:1902|Hs108|chr9 ( 364) 668 109.6 4.7e-24
CCDS12407.1 LPAR2 gene_id:9170|Hs108|chr19 ( 351) 639 105.4 8.7e-23
CCDS700.1 LPAR3 gene_id:23566|Hs108|chr1 ( 353) 613 101.6 1.2e-21
CCDS12105.1 S1PR4 gene_id:8698|Hs108|chr19 ( 384) 610 101.2 1.7e-21
CCDS9319.1 GPR12 gene_id:2835|Hs108|chr13 ( 334) 398 70.1 3.4e-12
CCDS303.1 GPR3 gene_id:2827|Hs108|chr1 ( 330) 389 68.8 8.4e-12
CCDS245.1 CNR2 gene_id:1269|Hs108|chr1 ( 360) 385 68.2 1.3e-11
>>CCDS12240.1 S1PR5 gene_id:53637|Hs108|chr19 (398 aa)
initn: 2610 init1: 2610 opt: 2610 Z-score: 2079.0 bits: 393.5 E(32554): 1.8e-109
Smith-Waterman score: 2610; 100.0% identity (100.0% similar) in 398 aa overlap (1-398:1-398)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MESGLLRPAPVSEVIVLHYNYTGKLRGARYQPGAGLRADAVVCLAVCAFIVLENLAVLLV
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CCDS12 MESGLLRPAPVSEVIVLHYNYTGKLRGARYQPGAGLRADAVVCLAVCAFIVLENLAVLLV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LGRHPRFHAPMFLLLGSLTLSDLLAGAAYAANILLSGPLTLKLSPALWFAREGGVFVALT
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CCDS12 LGRHPRFHAPMFLLLGSLTLSDLLAGAAYAANILLSGPLTLKLSPALWFAREGGVFVALT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ASVLSLLAIALERSLTMARRGPAPVSSRGRTLAMAAAAWGVSLLLGLLPALGWNCLGRLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ASVLSLLAIALERSLTMARRGPAPVSSRGRTLAMAAAAWGVSLLLGLLPALGWNCLGRLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 ACSTVLPLYAKAYVLFCVLAFVGILAAICALYARIYCQVRANARRLPARPGTAGTTSTRA
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CCDS12 ACSTVLPLYAKAYVLFCVLAFVGILAAICALYARIYCQVRANARRLPARPGTAGTTSTRA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RRKPRSLALLRTLSVVLLAFVACWGPLFLLLLLDVACPARTCPVLLQADPFLGLAMANSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RRKPRSLALLRTLSVVLLAFVACWGPLFLLLLLDVACPARTCPVLLQADPFLGLAMANSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LNPIIYTLTNRDLRHALLRLVCCGRHSCGRDPSGSQQSASAAEASGGLRRCLPPGLDGSF
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CCDS12 LNPIIYTLTNRDLRHALLRLVCCGRHSCGRDPSGSQQSASAAEASGGLRRCLPPGLDGSF
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KB5 SGSERSSPQRDGLDTSGSTGSPGAPTAARTLVSEPAAD
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CCDS12 SGSERSSPQRDGLDTSGSTGSPGAPTAARTLVSEPAAD
370 380 390
>>CCDS777.1 S1PR1 gene_id:1901|Hs108|chr1 (382 aa)
initn: 1051 init1: 663 opt: 1030 Z-score: 831.0 bits: 162.6 E(32554): 5.7e-40
Smith-Waterman score: 1071; 47.5% identity (72.1% similar) in 373 aa overlap (13-383:23-376)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MESGLLRPAPVSEVIVLHYNYTGKLRGARYQPGAGLRADAVVCLAVCAFI
..:: :::::::: . . .. .. .:: . .: ::
CCDS77 MGPTSVPLVKAHRSSVSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENS-IKLTSVVFILICCFI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 VLENLAVLLVLGRHPRFHAPMFLLLGSLTLSDLLAGAAYAANILLSGPLTLKLSPALWFA
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CCDS77 ILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 REGGVFVALTASVLSLLAIALERSLTMARRGPAPVSSRGRTLAMAAAAWGVSLLLGLLPA
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CCDS77 REGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKMKLHNGSNNFRLFLLISACWVISLILGGLPI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 LGWNCLGRLDACSTVLPLYAKAYVLFCVLAFVGILAAICALYARIYCQVRANARRLPARP
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CCDS77 MGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRSRRLTFRK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 GTAGTTSTRARRKPRSLALLRTLSVVLLAFVACWGPLFLLLLLDVACPARTCPVLLQADP
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CCDS77 NI----SKASRSSEKSLALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB5 FLGLAMANSLLNPIIYTLTNRDLRHALLRLV-CCGRHSCGRDPSGSQQSASAAEASGGLR
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CCDS77 FLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMSCC---KC---PSG--------DSAGKFK
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KB5 RCLPPGLDGSFSGSERSS-PQRDGLDTSGSTGSPGAPTAARTLVSEPAAD
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CCDS77 RPIIAGMEFSRSKSDNSSHPQKDEGDNPETIMSSGNVNSSS
350 360 370 380
>>CCDS6680.1 S1PR3 gene_id:1903|Hs108|chr9 (378 aa)
initn: 991 init1: 684 opt: 696 Z-score: 567.2 bits: 113.7 E(32554): 2.8e-25
Smith-Waterman score: 994; 44.3% identity (72.7% similar) in 359 aa overlap (6-353:9-356)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MESGLLRPAPVSEVIVLHYNYTGKLRGARYQPGAGLRADAVVCLAVCAFIVLENLAV
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CCDS66 MATALPPRLQPVRGNETLREHYQYVGKLAGRLKEASEGSTLTTVLFLVICSFIVLENLMV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LLVLGRHPRFHAPMFLLLGSLTLSDLLAGAAYAANILLSGPLTLKLSPALWFAREGGVFV
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CCDS66 LIAIWKNNKFHNRMYFFIGNLALCDLLAGIAYKVNILMSGKKTFSLSPTVWFLREGSMFV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ALTASVLSLLAIALERSLTMARRGPAPVSSRGRTLAMAAAAWGVSLLLGLLPALGWNCLG
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CCDS66 ALGASTCSLLAIAIERHLTMIKMRPYDANKRHRVFLLIGMCWLIAFTLGALPILGWNCLH
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RLDACSTVLPLYAKAYVLFCVLAFVGILAAICALYARIYCQVRANARRLPARPGTAGTTS
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CCDS66 NLPDCSTILPLYSKKYIAFCISIFTAILVTIVILYARIYFLVKSSSRKVANHNNSE----
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 TRARRKPRSLALLRTLSVVLLAFVACWGPLFLLLLLDVACPARTCPVLLQADPFLGLAMA
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CCDS66 -------RSMALLRTVVIVVSVFIACWSPLFILFLIDVACRVQACPILFKAQWFIVLAVL
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KB5 NSLLNPIIYTLTNRDLRHALLRLVC-C---GRHSCGR------DPSGSQQSASAAEA-SG
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CCDS66 NSAMNPVIYTLASKEMRRAFFRLVCNCLVRGRGARASPIQPALDPSRSKSSSSNNSSHSP
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KB5 GLRRCLPPGLDGSFSGSERSSPQRDGLDTSGSTGSPGAPTAARTLVSEPAAD
... ::
CCDS66 KVKEDLPHTAPSSCIMDKNAALQNGIFCN
350 360 370
>>CCDS12229.1 S1PR2 gene_id:9294|Hs108|chr19 (353 aa)
initn: 950 init1: 643 opt: 674 Z-score: 550.2 bits: 110.5 E(32554): 2.5e-24
Smith-Waterman score: 943; 48.0% identity (70.8% similar) in 329 aa overlap (1-329:4-311)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MESGLLRPAPVSEVIVLHYNYTGKLRGARYQPGAGLRADAVVCLAVCAFIVLENLAV
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CCDS12 MGSLYSEYLNPNKVQE----HYNYT-KETLETQETTSRQVASAFIVILCCA-IVVENLLV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LLVLGRHPRFHAPMFLLLGSLTLSDLLAGAAYAANILLSGPLTLKLSPALWFAREGGVFV
:....:. .::. :.:.::.:. ::::::.:..:: :::: .::.:.:. ::::::..:.
CCDS12 LIAVARNSKFHSAMYLFLGNLAASDLLAGVAFVANTLLSGSVTLRLTPVQWFAREGSAFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ALTASVLSLLAIALERSLTMARRGPAPVSSRGRTLAMAAAAWGVSLLLGLLPALGWNCLG
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CCDS12 TLSASVFSLLAIAIERHVAIAKVKLYGSDKSCRMLLLIGASWLISLVLGGLPILGWNCLG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RLDACSTVLPLYAKAYVLFCVLAFVGILAAICALYARIYCQVRANARRLPARPGTAGTTS
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CCDS12 HLEACSTVLPLYAKHYVLCVVTIFSIILLAIVALYVRIYCVVRSSHADMAA---------
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 TRARRKPRSLALLRTLSVVLLAFVACWGPLFLLLLLDVACPARTCPVLLQADPFLGLAMA
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CCDS12 ------PQTLALLKTVTIVLGVFIVCWLPAFSILLLDYACPVHSCPILYKAHYFFAVSTL
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 NSLLNPIIYTLTNRDLRHALLRLVCCGRHSCGRDPSGSQQSASAAEASGGLRRCLPPGLD
::::::.::: .::::. .:: . : : . :
CCDS12 NSLLNPVIYTWRSRDLRREVLRPLQCWRPGVGVQGRRRGGTPGHHLLPLRSSSSLERGMH
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390
pF1KB5 GSFSGSERSSPQRDGLDTSGSTGSPGAPTAARTLVSEPAAD
CCDS12 MPTSPTFLEGNTVV
340 350
>>CCDS6777.1 LPAR1 gene_id:1902|Hs108|chr9 (364 aa)
initn: 670 init1: 415 opt: 668 Z-score: 545.3 bits: 109.6 E(32554): 4.7e-24
Smith-Waterman score: 668; 34.1% identity (66.2% similar) in 331 aa overlap (12-341:27-347)
10 20 30 40
pF1KB5 MESGLLRPAPVSEVIVLHYNYTGKLRGARYQPGAGLRADAVVCLA
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CCDS67 MAAISTSIPVISQPQFTAMNEPQCFYNESIAFFYNRSGKHLATEWNTVSKLVMG--LGIT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 VCAFIVLENLAVLLVLGRHPRFHAPMFLLLGSLTLSDLLAGAAYAANILLSGPLTLKLSP
:: ::.: :: :.... . ::: :.. :...:. .:..:: :: .. .:: : .:.
CCDS67 VCIFIMLANLLVMVAIYVNRRFHFPIYYLMANLAAADFFAGLAYFYLMFNTGPNTRRLTV
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 ALWFAREGGVFVALTASVLSLLAIALERSLTMARRGPAPVSSRGRTLAMAAAAWGVSLLL
. :. :.: . ..::::: .:::::.:: .:. : : :.... .. : .....
CCDS67 STWLLRQGLIDTSLTASVANLLAIAIERHITVFRMQLHTRMSNRRVVVVIVVIWTMAIVM
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 GLLPALGWNCLGRLDACSTVLPLYAKAYVLFCVLAFVGILAAICALYARIYCQVRANARR
: .:..::::. .. ::.. :::. .:..: .. . .... .:::.:. :: . :
CCDS67 GAIPSVGWNCICDIENCSNMAPLYSDSYLVFWAIFNLVTFVVMVVLYAHIFGYVRQRTMR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 LPARPGTAGTTSTRARRKPRSLALLRTLSVVLLAFVACWGPLFLLLLLDVACPARTCPVL
. . ... : : . ..::.:. .:: ::. :: : ..:::::: :: : ::
CCDS67 M-----SRHSSGPR-RNRDTMMSLLKTVVIVLGAFIICWTPGLVLLLLDVCCP--QCDVL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LQADPFLGLAMANSLLNPIIYTLTNRDLRHALLRLVCCGRHSCGRDPS-GSQQSASAAEA
:: :: :: .:::::. .... .. ...:: : :. ::..:::.
CCDS67 AYEKFFLLLAEFNSAMNPIIYSYRDKEMSATFRQILCCQRSENPTGPTEGSDRSASSLNH
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KB5 SGGLRRCLPPGLDGSFSGSERSSPQRDGLDTSGSTGSPGAPTAARTLVSEPAAD
CCDS67 TILAGVHSNDHSVV
360
>>CCDS12407.1 LPAR2 gene_id:9170|Hs108|chr19 (351 aa)
initn: 643 init1: 419 opt: 639 Z-score: 522.5 bits: 105.4 E(32554): 8.7e-23
Smith-Waterman score: 657; 35.2% identity (65.4% similar) in 358 aa overlap (12-360:10-351)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MESGLLRPAPVSEVIVLHYNYTGKLRGARYQPGAGLRADAVVC---LAVCAFIVLENLAV
.:.: . :: .:: .....: :.:: :.: ....: :: :
CCDS12 MVIMGQCYYNETIGFFYNNSGKELSSHWRP-----KDVVVVALGLTVSVLVLLTNLLV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LLVLGRHPRFHAPMFLLLGSLTLSDLLAGAAYAANILLSGPLTLKLSPALWFAREGGVFV
. ... . ::: :.. :::.:. .::.::.:: .. .:: : .:: :: :.: . .
CCDS12 IAAIASNRRFHQPIYYLLGNLAAADLFAGVAYLFLMFHTGPRTARLSLEGWFLRQGLLDT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ALTASVLSLLAIALERSLTMARRGPAPVSSRGRTLAMAAAAWGVSLLLGLLPALGWNCLG
.::::: .:::::.:: .. :::.. . ...: ..: :::::: .:.::
CCDS12 SLTASVATLLAIAVERHRSVMAVQLHSRLPRGRVVMLIVGVWVAALGLGLLPAHSWHCLC
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RLDACSTVLPLYAKAYVLFCVLAFVGILAAICALYARIYCQVRANARRLPARPGTAGTTS
:: :: . :: ...:. .:. . .. . :.:.::. :: ..:. : .:
CCDS12 ALDRCSRMAPLLSRSYLAVWALSSLLVFLLMVAVYTRIFFYVRRRVQRM------AEHVS
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 TRARRKPRSLALLRTLSVVLLAFVACWGPLFLLLLLD-VACPARTCPVLLQADPFLGLAM
. : . .:.:..:. ..: :::.:: : ..:::: ..: ..: :: :: ::
CCDS12 CHPRYRETTLSLVKTVVIILGAFVVCWTPGQVVLLLDGLGC--ESCNVLAVEKYFLLLAE
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ANSLLNPIIYTLTNRDLRHALLRLVCCGRHSCGRDPSG-SQQSASAAEASGGLRRCLP--
::::.: .:. . ..:... ::.:: .: :. . : . .:.:..... : ::
CCDS12 ANSLVNAAVYSCRDAEMRRTFRRLLCC---ACLRQSTRESVHYTSSAQGGASTRIMLPEN
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KB5 --PGLDGSFSGSERSSPQRDGLDTSGSTGSPGAPTAARTLVSEPAAD
: .:...
CCDS12 GHPLMDSTL
350
>>CCDS700.1 LPAR3 gene_id:23566|Hs108|chr1 (353 aa)
initn: 590 init1: 387 opt: 613 Z-score: 502.0 bits: 101.6 E(32554): 1.2e-21
Smith-Waterman score: 613; 33.7% identity (66.3% similar) in 303 aa overlap (35-333:27-321)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 LLRPAPVSEVIVLHYNYTGKLRGARYQPGAGLRADAVVCLAV--CAFIVLENLAVLLVLG
: . :.:... : :: . : :. ..
CCDS70 MNECHYDKHMDFFYNRSNTDTVDDWTGTKLVIVLCVGTFFCLFIFFSNSLVIAAVI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RHPRFHAPMFLLLGSLTLSDLLAGAAYAANILLSGPLTLKLSPALWFAREGGVFVALTAS
.. .:: :.. ::..:. .:..:: ::. .. .::.. :. :: :.: . .::::
CCDS70 KNRKFHFPFYYLLANLAAADFFAGIAYVFLMFNTGPVSKTLTVNRWFLRQGLLDSSLTAS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VLSLLAIALERSLTMARRGPAPVSSRGRTLAMAAAAWGVSLLLGLLPALGWNCLGRLDAC
. .::.::.:: ... : .. :. . .:......: .:.:::::: ..::
CCDS70 LTNLLVIAVERHMSIMRMRVHSNLTKKRVTLLILLVWAIAIFMGAVPTLGWNCLCNISAC
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 STVLPLYAKAYVLFCVLAFVGILAAICALYARIYCQVRANARRLPARPGTAGTTSTRARR
:.. :.:...:..: ... . . . ..: ::: :. .. : : :.:. : : :
CCDS70 SSLAPIYSRSYLVFWTVSNLMAFLIMVVVYLRIYVYVKRKTNVLS--PHTSGSISRR--R
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KPRSLALLRTLSVVLLAFVACWGPLFLLLLLD-VACPARTCPVLLQADPFLGLAMANSLL
: . :..:. .:: :::.:: : ...:::: . : : : : :: ::. ::..
CCDS70 TP--MKLMKTVMTVLGAFVVCWTPGLVVLLLDGLNC--RQCGVQHVKRWFLLLALLNSVV
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CCDS70 NKSTS
350
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CCDS30 ----IATLAVVLGAFAACWLPFTVYCLLG---DAHSPPLYT----YLTLLPATYNSMINP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]